BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111B09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 69,132,897 - 69,309,591
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdam7, Adamdec1, Adam28, LOC641033
Upstream geneLOC100043046, LOC100043056, Cdca2, Kctd9, Gnrh1, Dock5, Nefl, Nefm, LOC100043072
Downstream geneLOC100043082, Stc1, EG545808, Nkx2-6, Nkx3-1, Slc25a37, D930020E02Rik, Entpd4, Loxl2, R3hcc1, Chmp7, Tnfrsf10b, Rhobtb2, LOC100043701, 1700081D17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111B09.bB6Ng01-111B09.g
ACCDH917527DH917528
length1,1661,104
definitionDH917527|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111B09, 5' end.DH917528|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111B09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,308,403 - 69,309,591)(69,132,897 - 69,134,000)
sequence
gaattcaaggcttctcagctgttgccatctgcttagattgcccaatgtca
gaagaaagtagtcacctcgttacttgtaagaatttctagcttttactcct
tcaactccacaaatgctccacctccaaaccttgatattcaatgggccttt
gtcgttggggctctgaacagcacatgcacagcatcagtccttaattgtat
ggatgtttttatttaagaaaaaaccagcagcggtactgagaatgccactg
taggaatcctaaactttaccagcttccttgatgggaaagttgtgttaatt
tatgtgttagtttagttgcaatcttgaatatccaatttataatactgaat
atccaagaaaacattattctaggcatcccagttacccacttgagtctgta
tactatattcaatgtgtgcttgtatcaagcacagctatactgtgtgtcag
tccttgtgttgtcttcagagagttccagaagaataagttttatcacagct
aagcatataaataatgtcttactttacaaaaaaaggaattattttcatgt
ttgcatatatgtctgtgtgagtgaatgccataagtgtttgtgcccatgga
ggaggcatcagatcccctgagctggcattacagacagttgggagccactt
gaccacactcagggcctctggaagagcagaaagtgcttttaactactgag
cctttttttgttttttgttttttgtttttttgtttttgttttattttttt
tttctggctcaataatgccttccgtcaaagttagatttgaggaccacaga
tgctgtttgtcttaagcacaaagcccactgccacccacaatggagcatat
gaaaagggaagtcattcacatgtgtaattatatgaatagtaccaaaacat
gtggaagtgcaataattgtggcctattaatactgcagagtttaatttttc
atcaataaattgcaagctttatttggatgcatctatgtttgtcaagatcc
agatgtgtcatgttaaacagttattcaacacattataccctttgcactgt
ggtgttacagaggcataaagtaaagacactaaacagtgctagattctcaa
atcttgtgcctcattatgtttattacactagatgcagcaacatgtaaaga
tctgtactggttgctg
gaattcttcgggaaaggggttgttgagtatgcatgctggtttctgatcct
gcagaaattgctggtattgggtttggctgcatttgctgaattttattgca
gggatgctagagatgagatgaggtgagaataaagatttgcttctgtaaac
atttaataaagaattggaaatgaaaaacaattgctaactactggggcaga
gccatggtcgggtgtgtttttatttatttgttgtgttgcagagacaacta
ccaaatttagtttcagtgaaaaattctgattatgtgtcttccaacaaacc
cttcctaagacaacagttggttgtctgtgtttcctgttcctacttagccc
ctaatgtatcccacttatttaaaaaatatttttattttatgttataggtg
ttttgcttgtatgtatatctgtttcttgtgtgtagtgcccacagaggcta
gaagagggatttcccaccaccccaccccctgagctagagttaaagatggt
aaaacttcatgaagatgcaggcagttgaacgtcaatcttttgcaagagca
acaagtgttcttaataactaagccatctatttaatcccctaatgtacccc
tctcaacataaccatgtaataatataaatctgatttaccatctctgaaac
attataaacttctcaaccaagtcaaggatcacattgtgtttagttcctta
ggaataatcatgagttaacacagtgtctggaatagagtagtttgatatta
tgttatatgatattatatgttatacttacatattataaaacattgtattt
attcattataataaacaatatgtactcattatacatcatagtatattatg
tggtattgtagaaataaactcagcagaaatattaaaagcatcattaggac
ttctaaatgctcagttttaaactagcactcccctcctttctctcttcctt
tgggtttgattgctttcatgactgaatacagaagaacttagagatgagac
tactaaacaggttgaatatgacctggagatatactagttgatatcagttg
gctggggtccacctcgtgtgacagccactgcattttgagccattagcaaa
tttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_69308403_69309591
seq2: B6Ng01-111B09.b_49_1214 (reverse)

seq1  CAGC-ACCAGT-CAGATCTTTTACATGTTGCTGCCATCTAGTGT-ATAAA  47
      |||| |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  CAGCAACCAGTACAGATC-TTTACATGTTGCTG-CATCTAGTGTAATAAA  48

seq1  CATTTATGTGAAGCACCAAGATTTGAGAAATCTAAGCACTGTTTAAGTTG  97
      |||     ||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||   ||
seq2  CAT---AATGAGGCA-CAAGATTTGAG-AATCT-AGCACTGTTTA--GTG  90

seq1  TCTTTTACTTTTATGCTTCTGTAAACACACCA-AGTGGCAAAGGGGTATA  146
      || ||||| ||||||| ||||||   |||||| ||| ||||| |||||||
seq2  TC-TTTAC-TTTATGCCTCTGTA---ACACCACAGT-GCAAA-GGGTATA  133

seq1  ATGTGTTGAATAACTGTTT-ACATGGAACACATCTGGATTCTTTGGAACA  195
      ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||    |||
seq2  ATGTGTTGAATAACTGTTTAACATG--ACACATCTGGA-TCTT---GACA  177

seq1  TACATAGATGCAATCCAAATAAAGCTTGCAATTTATTGATTGAAAAAAAT  245
       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||
seq2  AACATAGATGC-ATCCAAATAAAGCTTGCAATTTATTGAT---GAAAAAT  223

seq1  TAAACTCTGCAGTATTAATAGGCCACAATTATTGCACTTCCACATGTTTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCTGCAGTATTAATAGGCCACAATTATTGCACTTCCACATGTTTT  273

seq1  GGTACTATTCATATAATTACACATGTGAATGACTTCCCTTTTCATATGCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTATTCATATAATTACACATGTGAATGACTTCCCTTTTCATATGCT  323

seq1  CCATTGTGGGTGGCAGTGGGCTTTGTGCTTAAGACAAACAGCATCTGTGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTGGGTGGCAGTGGGCTTTGTGCTTAAGACAAACAGCATCTGTGG  373

seq1  TCCTCAAATCTAACTTTGACGGAAGGCATTATTGAGCCAGAAAAAAAAAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAAATCTAACTTTGACGGAAGGCATTATTGAGCCAGAAAAAAAAAA  423

seq1  TAAAACAAAAAACAAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAAAAAGGCTCAGT  495
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAC-AAAAACAAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAAAAAGGCTCAGT  472

seq1  AGTTAAAAGCACTTTCTGCTCTTCCAGAGGCCCTGAGTGTGGTCAAGTGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAAGCACTTTCTGCTCTTCCAGAGGCCCTGAGTGTGGTCAAGTGG  522

seq1  CTCCCAACTGTCTGTAATGCCAGCTCAGGGGATCTGATGCCTCCTCCATG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAACTGTCTGTAATGCCAGCTCAGGGGATCTGATGCCTCCTCCATG  572

seq1  GGCACAAACACTTATGGCATTCACTCACACAGACATATATGCAAACATGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAAACACTTATGGCATTCACTCACACAGACATATATGCAAACATGA  622

seq1  AAATAATTCCTTTTTTTGTAAAGTAAGACATTATTTATATGCTTAGCTGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTCCTTTTTTTGTAAAGTAAGACATTATTTATATGCTTAGCTGT  672

seq1  GATAAAACTTATTCTTCTGGAACTCTCTGAAGACAACACAAGGACTGACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAACTTATTCTTCTGGAACTCTCTGAAGACAACACAAGGACTGACA  722

seq1  CACAGTATAGCTGTGCTTGATACAAGCACACATTGAATATAGTATACAGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTATAGCTGTGCTTGATACAAGCACACATTGAATATAGTATACAGA  772

seq1  CTCAAGTGGGTAACTGGGATGCCTAGAATAATGTTTTCTTGGATATTCAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTGGGTAACTGGGATGCCTAGAATAATGTTTTCTTGGATATTCAG  822

seq1  TATTATAAATTGGATATTCAAGATTGCAACTAAACTAACACATAAATTAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATAAATTGGATATTCAAGATTGCAACTAAACTAACACATAAATTAA  872

seq1  CACAACTTTCCCATCAAGGAAGCTGGTAAAGTTTAGGATTCCTACAGTGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTTTCCCATCAAGGAAGCTGGTAAAGTTTAGGATTCCTACAGTGG  922

seq1  CATTCTCAGTACCGCTGCTGGTTTTTTCTTAAATAAAAACATCCATACAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCAGTACCGCTGCTGGTTTTTTCTTAAATAAAAACATCCATACAA  972

seq1  TTAAGGACTGATGCTGTGCATGTGCTGTTCAGAGCCCCAACGACAAAGGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGACTGATGCTGTGCATGTGCTGTTCAGAGCCCCAACGACAAAGGC  1022

seq1  CCATTGAATATCAAGGTTTGGAGGTGGAGCATTTGTGGAGTTGAAGGAGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGAATATCAAGGTTTGGAGGTGGAGCATTTGTGGAGTTGAAGGAGT  1072

seq1  AAAAGCTAGAAATTCTTACAAGTAACGAGGTGACTACTTTCTTCTGACAT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTAGAAATTCTTACAAGTAACGAGGTGACTACTTTCTTCTGACAT  1122

seq1  TGGGCAATCTAAGCAGATGGCAACAGCTGAGAAGCCTTGAATTC  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAATCTAAGCAGATGGCAACAGCTGAGAAGCCTTGAATTC  1166

seq1: chr14_69132897_69134000
seq2: B6Ng01-111B09.g_67_1170

seq1  GAATTCTTCGGGAAAGGGGTTGTTGAGTATGCATGCTGGTTTCTGATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCGGGAAAGGGGTTGTTGAGTATGCATGCTGGTTTCTGATCCT  50

seq1  GCAGAAATTGCTGGTATTGGGTTTGGCTGCATTTGCTGAATTTTATTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAATTGCTGGTATTGGGTTTGGCTGCATTTGCTGAATTTTATTGCA  100

seq1  GGGATGCTAGAGATGAGATGAGGTGAGAATAAAGATTTGCTTCTGTAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCTAGAGATGAGATGAGGTGAGAATAAAGATTTGCTTCTGTAAAC  150

seq1  ATTTAATAAAGAATTGGAAATGAAAAACAATTGCTAACTACTGGGGCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATAAAGAATTGGAAATGAAAAACAATTGCTAACTACTGGGGCAGA  200

seq1  GCCATGGTCGGGTGTGTTTTTATTTATTTGTTGTGTTGCAGAGACAACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGTCGGGTGTGTTTTTATTTATTTGTTGTGTTGCAGAGACAACTA  250

seq1  CCAAATTTAGTTTCAGTGAAAAATTCTGATTATGTGTCTTCCAACAAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTTAGTTTCAGTGAAAAATTCTGATTATGTGTCTTCCAACAAACC  300

seq1  CTTCCTAAGACAACAGTTGGTTGTCTGTGTTTCCTGTTCCTACTTAGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAAGACAACAGTTGGTTGTCTGTGTTTCCTGTTCCTACTTAGCCC  350

seq1  CTAATGTATCCCACTTATTTAAAAAATATTTTTATTTTATGTTATAGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTATCCCACTTATTTAAAAAATATTTTTATTTTATGTTATAGGTG  400

seq1  TTTTGCTTGTATGTATATCTGTTTCTTGTGTGTAGTGCCCACAGAGGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTGTATGTATATCTGTTTCTTGTGTGTAGTGCCCACAGAGGCTA  450

seq1  GAAGAGGGATTTCCCACCACCCCACCCCCTGAGCTAGAGTTAAAGATGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGGATTTCCCACCACCCCACCCCCTGAGCTAGAGTTAAAGATGGT  500

seq1  AAAACTTCATGAAGATGCAGGCAGTTGAACGTCAATCTTTTGCAAGAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTCATGAAGATGCAGGCAGTTGAACGTCAATCTTTTGCAAGAGCA  550

seq1  ACAAGTGTTCTTAATAACTAAGCCATCTATTTAATCCCCTAATGTACCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGTTCTTAATAACTAAGCCATCTATTTAATCCCCTAATGTACCCC  600

seq1  TCTCAACATAACCATGTAATAATATAAATCTGATTTACCATCTCTGAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACATAACCATGTAATAATATAAATCTGATTTACCATCTCTGAAAC  650

seq1  ATTATAAACTTCTCAACCAAGTCAAGGATCACATTGTGTTTAGTTCCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAACTTCTCAACCAAGTCAAGGATCACATTGTGTTTAGTTCCTTA  700

seq1  GGAATAATCATGAGTTAACACAGTGTCTGGAATAGAGTAGTTTGATATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAATCATGAGTTAACACAGTGTCTGGAATAGAGTAGTTTGATATTA  750

seq1  TGTTATATGATATTATATGTTATACTTACATATTATAAAACATTGTA-TT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGTTATATGATATTATATGTTATACTTACATATTATAAAACATTGTATTT  800

seq1  ATTCA-TATAATAAACAATATGTACTCATTATACATCATAGTATATTATG  848
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTATAATAAACAATATGTACTCATTATACATCATAGTATATTATG  850

seq1  TGGTATTGTAGAAATAAACTCAGCAGAAATATTAAAAGCATCATTAGGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTGTAGAAATAAACTCAGCAGAAATATTAAAAGCATCATTAGGAC  900

seq1  TTCTAAATGCTCAGTTTTAAACTAGCACTCCACTCCTTTCTCTCTTCCTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAATGCTCAGTTTTAAACTAGCACTCCCCTCCTTTCTCTCTTCCTT  950

seq1  T-GGTTTGATTGCTTTCAATGACTGAATACAGAAGAACTTTTAGAGAATT  997
      | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  |
seq2  TGGGTTTGATTGCTTTC-ATGACTGAATACAGAAGAAC--TTAGAGA--T  995

seq1  GAGACTACTAAACAGGTTG-ATATGACCCTGAGAATATTACTAGTTTGAT  1046
      ||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||| |||||| |||||
seq2  GAGACTACTAAACAGGTTGAATATGACCTGGAG-ATA-TACTAG-TTGAT  1042

seq1  ATCAGTT-GCTGAGTTCTA-CTC-TGTGACAGCCACTGCATTTTGAG-CA  1092
      ||||||| |||| | || | ||| ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATCAGTTGGCTGGGGTCCACCTCGTGTGACAGCCACTGCATTTTGAGCCA  1092

seq1  TTAGCAATTTTT  1104
      ||||||| ||||
seq2  TTAGCAAATTTT  1104