BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118G19
Chromosome14 (Build37)
Map Location 24,566,480 - 24,713,931
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnma1
Upstream gene1700112E06Rik, LOC665068
Downstream geneLOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik, LOC669325, Polr3a, Rps24, LOC669315
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118G19.bB6Ng01-118G19.g
ACCDH922905DH922906
length1,1641,054
definitionDH922905|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118G19, 5' end.DH922906|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118G19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,712,975 - 24,713,931)(24,566,480 - 24,567,544)
sequence
gaattcagatcccagcccccacatggcagcttacaacccatctggaagtc
cagcatcgggagagatctgacaccctagcttctctggacactgggtgtac
acatagtgaacatacatacatacatgcatacatatgggtaaaacactcat
gcaaaataaaaatattagaaataaataaagcatgacattaactcttatct
ttctgattgtaaagcacacccatgtttcttgcaggacacccagaaaataa
gtgaaaaggattagatgattattatccagaagtcagaataataaccaacg
ccaggaaggctgtatgctggaaccctggctcactgctagtggagtgatgg
tagctgcttattatattaggcactgaattatcatccggtcccaaagtttc
acagaaataaaaacagggatgtaaacaggagtcagggggaagtgggattg
taactgagactttggacgccttggattagcccgtgggcatgtggttggag
cattcattttaaacttcaattgtttatcttgtgtgtgtgtgtgtgtggat
gttttatctacatgtatatctgtacactacctgcatgcctgctattcatg
gaggctagaagagagtgtcaggtccactggaggtggagttatagctggtt
gtgagccatcatgtggatgctaggaattgaacccaggtctattgaaagag
tagccagtgctcttaaccactgattcatctttccagctccagtgggcctt
tttcttcattccccatatccctgtgggcagagtcactcatgggcaggcgc
tcctgggttatgtaagaaagcagctgggcaaaccgttgagcagcaatctt
ccttggttcttgcctctctctgtctctgcaggagcttgtgccctaactgc
cctctttatggattgggggatggagagagatggctcttgggagcttgctg
gcccaccagtctagctgaaactggagcccagattcagtgcaagcctgtgc
taagaatagtggggatcatagggctgaaataccctgctgggactctggcc
ttgcatgtgtagcccatgacccacatgtactgtatgcatacccatgacac
cagaatagaggtgagagccacagtacatgccagggtatgtcaagtttaga
tttgtaccaccctt
gaattcagatgaggtttgcttgtatcctgctacactcatctctcctgcaa
tcggatgggaaccctccactcaactggagaatggtgggatgcctccttac
agtctcttgcaaaaatgtctcttctaatcaccttgactgttaaatagagg
aacagacccagccaactgtgtccaaagacatgggaaaccatctgtgacag
agttaacacccctaaaaaatccagaactagatgtgtgctgtattctcttg
gaagaggaaggttagcctcaggctcaaatgaaagcatcacccggcataga
tatgatgaaaatgtccatcacaagggcgctgctgctcatggaaagtggtg
atgtatgcatactacaaggaccttagcatggaactgtaaagaggagtaat
acacaaaggtatttctataggtcacccctgccagggtttgagtctcaatg
ccacaaccacattgtaggctttctgaccttgaatgagccacttattctca
cagagcctatttctccctctgaaaaatcaagagtgcccatctggtgctgg
tgtaaggatcacatgagatcgtagatggaaactacccccagataaacgta
acaaactgtcgttgtttctgacacttgccatgcactaaataaatgtgagg
ccttttacttgaacctggaatatattgcagcattatctggccaggggcta
cagtaaatggatattgttgctcatatttcacaacaaactgaagttcagaa
gagataatgatctgtacaaaggcacaggattgggaagctagggaagtaga
ttgggatttgactcaggcctccctgacctacagtaggagaaagaatgttg
gaggaacctcctaccagagctgcggtaggattcagtctttgggtcccagt
gtcagagctgcttcactgacagctctgcaaagaagattcaagaccttggc
tctgagcagcatcctggggctgagtctaaatgtgatgatgtgtgagtcag
ctgtgcctctgctgctcaagtatgcctcccctcccacctctggaatgagg
gttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_24712975_24713931
seq2: B6Ng01-118G19.b_288_1209 (reverse)

seq1  AAGGGTGGTACAAAATACCATAAAACATCTGTACATATCACCTTGGCTAT  50
      ||||||||||||||      ||||    ||  ||||   ||| |||| ||
seq2  AAGGGTGGTACAAA----TCTAAA----CTTGACAT---ACCCTGGC-AT  38

seq1  GTACCTGGTGCTCTCACCTCTATATTTCTGTGTGTCATGGGGTATGCATA  100
      ||| |||  |||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||||||
seq2  GTA-CTGTGGCTCTCACCTCTA---TTCTG-GTGTCAT-GGGTATGCATA  82

seq1  CATGTACATGTGGGTCATGTGTGCATACACACATGCAAAGGCCAGAGTCC  150
      || |||||||||||||||| |       |||||||| |||||||||||||
seq2  CA-GTACATGTGGGTCATGGG-----CTACACATGC-AAGGCCAGAGTCC  125

seq1  CAGCAGGGTATCTCAGCCCCTATTGATCCCCACCTTATTCTGTAAGCACA  200
      ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  |||||  | ||||||
seq2  CAGCAGGGTATTTCAG-CCCTA-TGATCCCCAC--TATTC--TTAGCACA  169

seq1  GGCCTTGCACTGAATCTGGGGCTCCAGTTTCAGCTAGACTGGTGGGCCAG  250
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GG-CTTGCACTGAATCT-GGGCTCCAGTTTCAGCTAGACTGGTGGGCCAG  217

seq1  CAAGCTCCCAAGAGCCATCTCTCTCCATCCCCCAAATCCATAAAGAGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCCCAAGAGCCATCTCTCTCCATCCCCC-AATCCATAAAGAGGGC  266

seq1  AGTTAGGGCACAAGCTCCTGCAGAGACAGAGAGAGGCAAGAACCAAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGGCACAAGCTCCTGCAGAGACAGAGAGAGGCAAGAACCAAGGAA  316

seq1  GATTGCTGCTCAACGGTTTGCCCAGCCTGCTTTCTTACATAACCCAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTGCTCAACGGTTTGCCCAG-CTGCTTTCTTACATAACCCAGGAG  365

seq1  CGCCTGCCCATGAGTGACTCTGCCCACAGGGATATGGGGAATGAAGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTGCCCATGAGTGACTCTGCCCACAGGGATATGGGGAATGAAGAAAA  415

seq1  AGGCCCACTGGAGCTGGAAAGATGAATCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCACTGGAGCTGGAAAGATGAATCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTAC  465

seq1  TCTTTCAATAGACCTGGGTTCAATTCCTAGCATCCACATGATGGCTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAATAGACCTGGGTTCAATTCCTAGCATCCACATGATGGCTCACA  515

seq1  ACCAGCTATAACTCCACCTCCAGTGGACCTGACACTCTCTTCTAGCCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTATAACTCCACCTCCAGTGGACCTGACACTCTCTTCTAGCCTCC  565

seq1  ATGAATAGCAGGCATGCAGGTAGTGTACAGATATACATGTAGATAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAGCAGGCATGCAGGTAGTGTACAGATATACATGTAGATAAAACA  615

seq1  TCCACACACACACACACACAAGATAAACAATTGAAGTTTAAAATGAATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACACACACACACACAAGATAAACAATTGAAGTTTAAAATGAATGC  665

seq1  TCCAACCACATGCCCACGGGCTAATCCAAGGCGTCCAAAGTCTCAGTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACCACATGCCCACGGGCTAATCCAAGGCGTCCAAAGTCTCAGTTAC  715

seq1  AATCCCACTTCCCCCTGACTCCTGTTTACATCCCTGTTTTTATTTCTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCACTTCCCCCTGACTCCTGTTTACATCCCTGTTTTTATTTCTGTG  765

seq1  AAACTTTGGGACCGGATGATAATTCAGTGCCTAATATAATAAGCAGCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTGGGACCGGATGATAATTCAGTGCCTAATATAATAAGCAGCTAC  815

seq1  CATCACTCCACTAGCAGTGAGCCAGGGTTCCAGCATACAGCCTTCCTGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTCCACTAGCAGTGAGCCAGGGTTCCAGCATACAGCCTTCCTGGC  865

seq1  GTTGGTTATTATTCTGACTTCTGGATAATAATCATCTAATCCTTTTCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTATTATTCTGACTTCTGGATAATAATCATCTAATCCTTTTCACT  915

seq1  TATTTTC  957
      |||||||
seq2  TATTTTC  922

seq1: chr14_24566480_24567544
seq2: B6Ng01-118G19.g_67_1120

seq1  GAATTCAGATGAGGTTTGCTTGTATCCTGCTACACTCATCTCTCCTGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGAGGTTTGCTTGTATCCTGCTACACTCATCTCTCCTGCAA  50

seq1  TCGGATGGGAACCCTCCACTCAACTGGAGAATGGTGGGATGCCTCCTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGATGGGAACCCTCCACTCAACTGGAGAATGGTGGGATGCCTCCTTAC  100

seq1  AGTCTCTTGCAAAAATGTCTCTTCTAATCACCTTGACTGTTAAATAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTTGCAAAAATGTCTCTTCTAATCACCTTGACTGTTAAATAGAGG  150

seq1  AACAGACCCAGCCAACTGTGTCCAAAGACATGGGAAACCATCTGTGACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACCCAGCCAACTGTGTCCAAAGACATGGGAAACCATCTGTGACAG  200

seq1  AGTTAACACCCCTAAAAAATCCAGAACTAGATGTGTGCTGTATTCTCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACACCCCTAAAAAATCCAGAACTAGATGTGTGCTGTATTCTCTTG  250

seq1  GAAGAGGAAGGTTAGCCTCAGGCTCAAATGAAAGCATCACCCGGCATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGAAGGTTAGCCTCAGGCTCAAATGAAAGCATCACCCGGCATAGA  300

seq1  TATGATGAAAATGTCCATCACAAGGGCGCTGCTGCTCATGGAAAGTGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGAAAATGTCCATCACAAGGGCGCTGCTGCTCATGGAAAGTGGTG  350

seq1  ATGTATGCATACTACAAGGACCTTAGCATGGAACTGTAAAGAGGAGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGCATACTACAAGGACCTTAGCATGGAACTGTAAAGAGGAGTAAT  400

seq1  ACACAAAGGTATTTCTATAGGTCACCCCTGCCAGGGTTTGAGTCTCAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGGTATTTCTATAGGTCACCCCTGCCAGGGTTTGAGTCTCAATG  450

seq1  CCACAACCACATTGTAGGCTTTCTGACCTTGAATGAGCCACTTATTCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACCACATTGTAGGCTTTCTGACCTTGAATGAGCCACTTATTCTCA  500

seq1  CAGAGCCTATTTCTCCCTCTGAAAAATCAAGAGTGCCCATCTGGTGCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCTATTTCTCCCTCTGAAAAATCAAGAGTGCCCATCTGGTGCTGG  550

seq1  TGTAAGGATCACATGAGATCGTAGATGGAAACTACCCCCAGATAAACGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGATCACATGAGATCGTAGATGGAAACTACCCCCAGATAAACGTA  600

seq1  ACAAACTGTCGTTGTTTCTGACACTTGCCATGCACTAAATAAATGTGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTGTCGTTGTTTCTGACACTTGCCATGCACTAAATAAATGTGAGG  650

seq1  CCTTTTACTTGAACCTGGAATATATTGCAGCATTATCTGGCCAGGGGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTACTTGAACCTGGAATATATTGCAGCATTATCTGGCCAGGGGCTA  700

seq1  CAGTAAATGGATATTGTTGCTCATATTTCACAACAAACTGAAGTTCAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAATGGATATTGTTGCTCATATTTCACAACAAACTGAAGTTCAGAA  750

seq1  GAGATAATGATCTGTACAAAGGCACAGGATTGGGAAGCTAGGGAAGTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAATGATCTGTACAAAGGCACAGGATTGGGAAGCTAGGGAAGTAGA  800

seq1  TTGGGATTTGAACTCAGGCCTCCCTGACCTACAGTAGGAGAAAGAATGTT  850
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATTTG-ACTCAGGCCTCCCTGACCTACAGTAGGAGAAAGAATGTT  849

seq1  GGAGGAACCTCCTACCAGAGCTGCGGTTAGGATTCAGTCTTTGGGTCCCA  900
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAACCTCCTACCAGAGCTGCGG-TAGGATTCAGTCTTTGGGTCCCA  898

seq1  GTGTCAGGAGCTGCTTCACTGACAGCTCTGCAAAGAAGATTCAGGACCTT  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTGTCA-GAGCTGCTTCACTGACAGCTCTGCAAAGAAGATTCAAGACCTT  947

seq1  GGGCTCTGAGCCAGCATCCTGGGGCTGAGTTCTAAATGTGATGATGTGTG  1000
       ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -GGCTCTGAG-CAGCATCCTGGGGCTGAG-TCTAAATGTGATGATGTGTG  994

seq1  AGTCCAGCTGTTGCCTCTGCTGCTCAGGTATGCCTCCCCTCCCACCTCTG  1050
      ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGT-CAGCTG-TGCCTCTGCTGCTCAAGTATGCCTCCCCTCCCACCTCTG  1042

seq1  GAAATTGAGGAGTTG  1065
      |||  ||||| ||||
seq2  GAA--TGAGG-GTTG  1054