BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118J01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 113,757,618 - 113,890,371
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043510
Upstream geneEG223186, LOC100043509, Tpm3-rs7
Downstream geneLOC382947, LOC668791, LOC100043821
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118J01.bB6Ng01-118J01.g
ACCDH923009DH923010
length1,1931,066
definitionDH923009|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118J01, 5' end.DH923010|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118J01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,757,618 - 113,758,831)(113,889,305 - 113,890,371)
sequence
gaattctgcccataaactgaatgagttggaagtggatagaacctccccta
gccaattttttttaaataaaaatgccatactaactgacccataacttgcc
ttgcaggggctttagctaactcacaatagacagctgactcatatggatta
aaagataataacatgaatgttaggatggcaactgtttgctgctttcatac
acaattaggtagaagtcataatttgtgttataaagaatttcaagtgtaat
agaaaaagcgcaatttaaaccagaaaaatctacacgagattcaatcatca
caacacaaagataaattgttatgcagtaccaaacctaagtccctaggaat
gtctgtgcctattccttctctccagtttattttctcagaacaagtgaaga
gtcaaatacttgaacagcattgaaaaaaaaataggctttggccagagcca
gtagaaaataaactgactgaataatatgaaaaatacttgcttctaacatg
aatgatttaattattaaatttgtatgatttaatttattatcctttttaat
gaaggactaaaaataagtaaattaatagaatcctacaatccgatcatgct
aaagttggagtggaggatcacaagattgagtagactgtattagataccta
gaccctgtatcaaagaaaacaataaagattgtgaaaattttatgctttta
taatatagatgatttaataaggagcatatatttatatttgctatatttca
tcatatcaactatatttcatcaacagtcaatctcaaagaaattaaaatgg
aaagaaacactcctcttacaataaaacgtggtgaggtgaaggtattgtag
ccattgtcttacaaaagacatcctaattaaaactgagaaatgttttctat
ctgaagctgatcacattcactggaatagactatattttcccaagccttct
gcatttctgaatatttctacatgttggagaaatgatacctaagaaaatat
tttggtatattagaatgtttctaaataatgattaaaatatagtttgtgtc
aaacccatgcttttttttaccccaccactttataaaatatgtactggaag
actcacaatatgagactggcctcacggtctgactaagagagccacctcaa
tccctccctagaaggccttgattaattgcacgaaggacgtttt
gaattccatgtgccatgcttcagagacgtgaaatgcaatcctagagtata
catggaagctggaagcacaagataccctgaaaagcaaaggagggaaggga
acaacactggtagtgtcaagatagttaataacactgcatatccaaagtga
aaatggaatgttactggcacaaacatgtatgtagtggacccagaagtaaa
cccgcatgcttgggtccatctgacttttcataaattactaactccacact
ttgaaaaaagatcatctcgatgccatccgtgactacagggtggcggcggg
tagcagggcatgcaatgcaagtcgcaggaaggacaggacgaacagttatt
tggctatgggttgcagacattgctgaacaggggtggtgcctggtcatcct
caaggaatggatggaggtgaaagacgccccggggtcagcaaacttagttt
caggacggacctcattgctcaagtttgagaggtacagacatggccaagtc
catgaaccacactacacccaaccactcctgcaaatgacacagaaatgaca
gaaaccctggacataaagatacgaatctcttaagggggttgaccccaagt
tcctgaggaacatgcactttgccaagaatcacaacaaggaaggcctcaag
aagatgcaggccagcaaggctcttgtgaagcctcaggccatcaagcccaa
tacgccaaagggccccagcctcaaactcaaccctctggatttatcgatca
ccccaagcttgggaaatggattcaaagctacatggccaagggtcagaggc
tctgccaactgaagcctgaggttcaagcaaagacagggataaaagcttca
cctaagcttcagacttcagctccattccaggctccgtaaggtgcccaggc
ccctgttgaaggccccatagaaaaggctcctgtgtgtagacagatggact
tcttgtgaccacatctacccacacactatttgcagtgactagtgttctat
gctgtttttacaaataaactcaagcaggatctgtcaaaaaagaaaaagag
gaggggggggggaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_113757618_113758831
seq2: B6Ng01-118J01.b_50_1242

seq1  GAATTCTGCCCATAAACTGAATGAGTTGGAAGTGGATAGAACCTCCCCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCCATAAACTGAATGAGTTGGAAGTGGATAGAACCTCCCCTA  50

seq1  GCCAATTTTTTTTAAATAAAAATGCCATACTAACTGACCCATAACTTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTTTTTTTAAATAAAAATGCCATACTAACTGACCCATAACTTGCC  100

seq1  TTGCAGGGGCTTTAGCTAACTCACAATAGACAGCTGACTCATATGGATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGGGCTTTAGCTAACTCACAATAGACAGCTGACTCATATGGATTA  150

seq1  AAAGATAATAACATGAATGTTAGGATGGCAACTGTTTGCTGCTTTCATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAATAACATGAATGTTAGGATGGCAACTGTTTGCTGCTTTCATAC  200

seq1  ACAATTAGGTAGAAGTCATAATTTGTGTTATAAAGAATTTCAAGTGTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTAGGTAGAAGTCATAATTTGTGTTATAAAGAATTTCAAGTGTAAT  250

seq1  AGAAAAAGCGCAATTTAAACCAGAAAAATCTACACGAGATTCAATCATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGCGCAATTTAAACCAGAAAAATCTACACGAGATTCAATCATCA  300

seq1  CAACACAAAGATAAATTGTTATGCAGTACCAAACCTAAGTCCCTAGGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACAAAGATAAATTGTTATGCAGTACCAAACCTAAGTCCCTAGGAAT  350

seq1  GTCTGTGCCTATTCCTTCTCTCCAGTTTATTTTCTCAGAACAAGTGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGCCTATTCCTTCTCTCCAGTTTATTTTCTCAGAACAAGTGAAGA  400

seq1  GTCAAATACTTGAACAGCATTGAAAAAAAAATAGGCTTTGGCCAGAGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAATACTTGAACAGCATTGAAAAAAAAATAGGCTTTGGCCAGAGCCA  450

seq1  GTAGAAAATAAACTGACTGAATAATATGAAAAATACTTGCTTCTAACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAATAAACTGACTGAATAATATGAAAAATACTTGCTTCTAACATG  500

seq1  AATGATTTAATTATTAAATTTGTATGATTTAATTTATTATCCTTTTTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTTAATTATTAAATTTGTATGATTTAATTTATTATCCTTTTTAAT  550

seq1  GAAGGACTAAAAATAAGTAAATTAATAGAATCCTACAATCCGATCATGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTAAAAATAAGTAAATTAATAGAATCCTACAATCCGATCATGCT  600

seq1  AAAGTTGGAGTGGAGGATCACAAGATTGAGTAGACTGTATTAGATACCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGGAGTGGAGGATCACAAGATTGAGTAGACTGTATTAGATACCTA  650

seq1  GACCCTGTATCAAAGAAAACAATAAAGATTGTGAAAATTTTATGCTTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGTATCAAAGAAAACAATAAAGATTGTGAAAATTTTATGCTTTTA  700

seq1  TAATATAGATGATTTAATAAGGAGCATATATTTATATTTGCTATATTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATAGATGATTTAATAAGGAGCATATATTTATATTTGCTATATTTCA  750

seq1  TCATATCAACTATATTTCATCAACAGTCAATCTCAAAGAAATTAAAATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCAACTATATTTCATCAACAGTCAATCTCAAAGAAATTAAAATGG  800

seq1  AAAGAAACACTCCTCTTACAATAAAACGTGGTGAGGTGAAGGTATTGTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACACTCCTCTTACAATAAAACGTGGTGAGGTGAAGGTATTGTAG  850

seq1  CCATTGTCTTACAAAAGACATCCTAATTAAAACTGAGAAATGTTTTCTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTCTTACAAAAGACATCCTAATTAAAACTGAGAAATGTTTTCTAT  900

seq1  CTGAAGCTGATCACATTCACTGGAATAGACTATATTTTCCCAAGCCTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCTGATCACATTCACTGGAATAGACTATATTTTCCCAAGCCTTCT  950

seq1  GCATTTCTGAATATTTCTACATGTTGGAGAAATGATACCTAAGAAAATAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCATTTCTGAATATTTCTACATGTTGGAGAAATGATACCTAAGAAAATA-  999

seq1  TTTTGGTATAATTAGAATGTTTTCTAAATAAAATGAATTAAAAATTATAG  1050
      ||||||||| ||||||||| |||||||||  |||| |||||||  |||||
seq2  TTTTGGTAT-ATTAGAATG-TTTCTAAAT--AATG-ATTAAAA--TATAG  1042

seq1  TTTGTGTCAAAACCCATGCTTTTTTTTTTAACCCACACTTTTATAAACAT  1100
      |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||   |||||||| ||
seq2  TTTGTGTC-AAACCCATGC--TTTTTTTTACCCCACCACTTTATAAA-AT  1088

seq1  ATGGTACTGAAAGACCCACAATATGAGGACT-GCCCCACGTTCTGACTAA  1149
      || |||||| ||||| |||||||||| |||| ||| |||| |||||||||
seq2  AT-GTACTGGAAGACTCACAATATGA-GACTGGCCTCACGGTCTGACTAA  1136

seq1  GGAGAGGCGACACCACAAATCACTCACTAGAAAAGGTCTTGATCCAAATT  1199
       ||||   | |||| | |||| ||| ||||  |||| ||||||   ||||
seq2  -GAGA---GCCACCTC-AATCCCTCCCTAG--AAGGCCTTGAT--TAATT  1177

seq1  GCAAG-AGGACGTTTT  1214
      ||| | ||||||||||
seq2  GCACGAAGGACGTTTT  1193

seq1: chr14_113889305_113890371
seq2: B6Ng01-118J01.g_68_1133 (reverse)

seq1  CCTTCCCTCCCCCCT-CTCTATTTCTTTTTTTGACAGATCTTGCCTGAGT  49
      | ||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||| |||||
seq2  CATTCCCCCCCCCCTCCTCTTTTTC-TTTTTTGACAGATCCTGCTTGAGT  49

seq1  TTATTTGTAAAAACAGCATAGAACACTAGTCAACTGCAAATAGTGTGTGG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTAAAAACAGCATAGAACACTAGTC-ACTGCAAATAGTGTGTGG  98

seq1  GTAGATGT-GTCAC-AGAAGTCCATCTGTCCTAACACACAGGAGCCTTTT  147
      |||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  GTAGATGTGGTCACAAGAAGTCCATCTGTC--TACACACAGGAGCCTTTT  146

seq1  CTATGGGGCCTTCAACAGGGGCCTGGGCACCTTACGGAGCCTGGAATGGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGGCCTTCAACAGGGGCCTGGGCACCTTACGGAGCCTGGAATGGA  196

seq1  GCTGAAGTCTGAAGCTTAGGTGAAGCTTTTATCCCTGTCTTTGCTTGAAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGTCTGAAGCTTAGGTGAAGCTTTTATCCCTGTCTTTGCTTGAAC  246

seq1  CTCAGGCTTCAGTTGGCAGAGCCTCTGACCCTTGGCCATGTAGCTTTGAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCTTCAGTTGGCAGAGCCTCTGACCCTTGGCCATGTAGCTTTGAA  296

seq1  TCCATTTCCCAAGCTTGGGGTGATCGATAAATCCAGAGGGTTGAGTTTGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTCCCAAGCTTGGGGTGATCGATAAATCCAGAGGGTTGAGTTTGA  346

seq1  GGCTGGGGCCCTTTGGCGTATTGGGCTTGATGGCCTGAGGCTTCACAAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGGCCCTTTGGCGTATTGGGCTTGATGGCCTGAGGCTTCACAAGA  396

seq1  GCCTTGCTGGCCTGCATCTTCTTGAGGCCTTCCTTGTTGTGATTCTTGGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCTGGCCTGCATCTTCTTGAGGCCTTCCTTGTTGTGATTCTTGGC  446

seq1  AAAGTGCATGTTCCTCAGGAACTTGGGGTCAACCCCCTTAAGAGATTCGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCATGTTCCTCAGGAACTTGGGGTCAACCCCCTTAAGAGATTCGT  496

seq1  ATCTTTATGTCCAGGGTTTCTGTCATTTCTGTGTCATTTGCAGGAGTGGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTATGTCCAGGGTTTCTGTCATTTCTGTGTCATTTGCAGGAGTGGT  546

seq1  TGGGTGTAGTGTGGTTCATGGACTTGGCCATGTCTGTACCTCTCAAACTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTAGTGTGGTTCATGGACTTGGCCATGTCTGTACCTCTCAAACTT  596

seq1  GAGCAATGAGGTCCGTCCTGAAACTAAGTTTGCTGACCCCGGGGCGTCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATGAGGTCCGTCCTGAAACTAAGTTTGCTGACCCCGGGGCGTCTT  646

seq1  TCACCTCCATCCATTCCTTGAGGATGACCAGGCACCACCCCTGTTCAGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCCATCCATTCCTTGAGGATGACCAGGCACCACCCCTGTTCAGCA  696

seq1  ATGTCTGCAACCCATAGCCAAATAACTGTTCGTCCTGTCCTTCCTGCGAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGCAACCCATAGCCAAATAACTGTTCGTCCTGTCCTTCCTGCGAC  746

seq1  TTGCATTGCATGCCCTGCTACCCGCCGCCACCCTGTAGTCACGGATGGCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTGCATGCCCTGCTACCCGCCGCCACCCTGTAGTCACGGATGGCA  796

seq1  TCGAGATGATCTTTTTTCAAAGTGTGGAGTTAGTAATTTATGAAAAGTCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGATGATCTTTTTTCAAAGTGTGGAGTTAGTAATTTATGAAAAGTCA  846

seq1  GATGGACCCAAGCATGCGGGTTTACTTCTGGGTCCACTACATACATGTTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACCCAAGCATGCGGGTTTACTTCTGGGTCCACTACATACATGTTT  896

seq1  GTGCCAGTAACATTCCATTTTCACTTTGGATATGCAGTGTTATTAACTAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGTAACATTCCATTTTCACTTTGGATATGCAGTGTTATTAACTAT  946

seq1  CTTGACACTACCAGTGTTGTTCCCTTCCCTCCTTTGCTTTTCAGGGTATC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACACTACCAGTGTTGTTCCCTTCCCTCCTTTGCTTTTCAGGGTATC  996

seq1  TTGTGCTTCCAGCTTCCATGTATACTCTAGGATTGCATTTCACGTCTCTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTTCCAGCTTCCATGTATACTCTAGGATTGCATTTCACGTCTCTG  1046

seq1  AAGCATGGCACATGGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGGCACATGGAATTC  1066