BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119H18
Chromosome14 (Build37)
Map Location 37,601,845 - 37,816,807
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGcap14
Upstream gene4930596D02Rik, LOC100040277, LOC665933, 4930474N05Rik
Downstream geneLOC100040341, LOC670331, Rgr, Lrrc21, Lrrc22, Pcdh21, 2610528A11Rik, Ghitm, LOC382871, LOC382872
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119H18.bB6Ng01-119H18.g
ACCDH923684DH923685
length1,1381,151
definitionDH923684|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119H18, 5' end.DH923685|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119H18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,601,845 - 37,602,997)(37,815,645 - 37,816,807)
sequence
gaattccccctgtgttcagacagtcctctgtggtttaagcctctggtgaa
aagtgtctggctcagctctgtcaggctgaatcctcaggtgtgtttccatt
tacccctcctcctaaacccatgcaaatgaggcctcttttttctccctgag
tgcctatggcttgctgtctgtctgctctaggtagaggctttgagagatag
atctctgtgtacacataaaaagaggccacctttgcagtcctgagacactc
cactctccaagatggaaacccacaaaaatcagacacttcaaaccatctca
caacacagcctgtctcacaagatagcatgtgattctaggagcttgtcaga
ctggtaagaagcctaagagaatacagagattggcatgctggccttaccat
gttatgtatgagcgtaagacaatctggcccaaaccaagttagattctttt
ctttgtaggaaaactaatcatgacctgggtctgatctaatgttcctttct
tctccaaaaggctatctcacttatatcaatatttatattaaccagttaaa
gcaggaaatgtatttttctcacacaaggcaagcctgggcagaaatggagc
tgggcacaaggtcccatgttgtatgtgttctatgtgtatacatacatcac
aaccatatgactggatcatcaagaatacctgaaggaagctaggtgtggtg
gcctatgtctttaattccagcactcagaggcaaagacaggtggatctctg
tgagttcaaggtcaacctagtctatgtagtgagttccagcatagccaaag
ctaagtagagaaaccttgtcttaaaaaaccaaccaaccaaacaaacaaac
aaatacaaacaaacaaaagcctgagggagcacacaattttgtgggctgag
cttggccagccttcaccctgccatgcagtctaacaaaaaaaaggccttcc
tccagcatactggaatgtgagataatgtggggagatcacagtcaggtgat
agatgaaaacaacagctgtagtagggtcctacatgagtgagaaaccaata
tgcatccgcacttctaggttcattgctgtaagagtcacaatgaccagcaa
ctcttgtaagaaacatcaattggtgctagcttgcagtt
gaattcccgcccactcatccattcaccaaatacatttaagaacatattcc
cggggtctgttatgtaccagatgtgagggtaggagccgaggacatagctg
tggcaattcttttgcaagaataggtactctgtcctcccatcccaatggcc
agatgtgttcagaggaatctgattcctcttcaagatggccctttttgtcc
cacatgttcaagtattttaaataagaagtatcttgtaggagacaaggttt
cagaaaaagaagaaagtgaaaggaagtataaaaattaatgaaactatcat
ttttacaaccatgcccagaaatataattgataacatactgatatattgtt
ttccactctctatttttctctaatacatgtaaacttggagacacactacg
tccttgcaattgtaagacttagtcctatgaccctatccttcaaaagaact
tgtgggaacaaaggctcttggctgagaataaaatgaagccttttataagg
ggggctttgtagctcctccagggtaaccaggggagcttcctcagaagcat
gaagtgcccactttttaaagagccacaggaaacaaaccaaacatgacaca
gcccagcaatacagacacagactccaggaaaaagggaagtgcacactaaa
tatgtggccacgaaggaaagagcaacttgcatcctgagacttggggctct
gtccctgacttttagtgtcaatgcctatccttggaagttgtaggtgttaa
atatgaccacagaaagcagatcagaggatcatataggtggggatgttgca
aagaaaatcttacgcaggggatggtagacagcccgatcagtaaaatgact
gctctggatcctgggggagttgattttgaactttacaatcatgtagaaat
gccaactgtgatgagagtgcactggaaatcccagtattgtgagtgggaaa
catgcagatctttggagcttgctggctagcaaatgagagactgtgtcaaa
ccaaaggtggatgtggatggcacctgagagcacactgatgctatactttc
acctttatgtgcatgcccacccatgcatggtcatgacatggactaccagg
ttgacctaggtctatatcatttaaattcaagcctttcaaggccagttgca
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_37601845_37602997
seq2: B6Ng01-119H18.b_45_1182

seq1  GAATTCCCCCTGTGTTCAGACAGTCCTCTGTGGTTTAAGCCTCTGGTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCTGTGTTCAGACAGTCCTCTGTGGTTTAAGCCTCTGGTGAA  50

seq1  AAGTGTCTGGCTCAGCTCTGTCAGGCTGAATCCTCAGGTGTGTTTCCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCTGGCTCAGCTCTGTCAGGCTGAATCCTCAGGTGTGTTTCCATT  100

seq1  TACCCCTCCTCCTAAACCCATGCAAATGAGGCCTCTTTTTTCTCCCTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCTCCTCCTAAACCCATGCAAATGAGGCCTCTTTTTTCTCCCTGAG  150

seq1  TGCCTATGGCTTGCTGTCTGTCTGCTCTAGGTAGAGGCTTTGAGAGATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATGGCTTGCTGTCTGTCTGCTCTAGGTAGAGGCTTTGAGAGATAG  200

seq1  ATCTCTGTGTACACATAAAAAGAGGCCACCTTTGCAGTCCTGAGACACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGTGTACACATAAAAAGAGGCCACCTTTGCAGTCCTGAGACACTC  250

seq1  CACTCTCCAAGATGGAAACCCACAAAAATCAGACACTTCAAACCATCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCCAAGATGGAAACCCACAAAAATCAGACACTTCAAACCATCTCA  300

seq1  CAACACAGCCTGTCTCACAAGATAGCATGTGATTCTAGGAGCTTGTCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACAGCCTGTCTCACAAGATAGCATGTGATTCTAGGAGCTTGTCAGA  350

seq1  CTGGTAAGAAGCCTAAGAGAATACAGAGATTGGCATGCTGGCCTTACCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAAGAAGCCTAAGAGAATACAGAGATTGGCATGCTGGCCTTACCAT  400

seq1  GTTATGTATGAGCGTAAGACAATCTGGCCCAAACCAAGTTAGATTCTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTATGAGCGTAAGACAATCTGGCCCAAACCAAGTTAGATTCTTTT  450

seq1  CTTTGTAGGAAAACTAATCATGACCTGGGTCTGATCTAATGTTCCTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAGGAAAACTAATCATGACCTGGGTCTGATCTAATGTTCCTTTCT  500

seq1  TCTCCAAAAGGCTATCTCACTTATATCAATATTTATATTAACCAGTTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAAAGGCTATCTCACTTATATCAATATTTATATTAACCAGTTAAA  550

seq1  GCAGGAAATGTATTTTTCTCACACAAGGCAAGCCTGGGCAGAAATGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAATGTATTTTTCTCACACAAGGCAAGCCTGGGCAGAAATGGAGC  600

seq1  TGGGCACAAGGTCCCATGTTGTATGTGTTCTATGTGTATACATACATCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACAAGGTCCCATGTTGTATGTGTTCTATGTGTATACATACATCAC  650

seq1  AACCATATGACTGGATCATCAAGAATACCTGAAGGAAGCTAGGTGTGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATATGACTGGATCATCAAGAATACCTGAAGGAAGCTAGGTGTGGTG  700

seq1  GCCTATGTCTTTAATTCCAGCACTCAGAGGCAAAGACAGGTGGATCTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGTCTTTAATTCCAGCACTCAGAGGCAAAGACAGGTGGATCTCTG  750

seq1  TGAGTTCAAGGTCAACCTAGTCTATGTAGTGAGTTCCAGCATAGCCAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCAAGGTCAACCTAGTCTATGTAGTGAGTTCCAGCATAGCCAAAG  800

seq1  CTAAGTAGAGAAACCTTGTCTTTAAAAAACCAACCAACCAAACAAACAAA  850
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAGAGAAACCTTGTC-TTAAAAAACCAACCAACCAAACAAACAAA  849

seq1  CAAATACAAACAAACAAAAGCCTGAGGGAGCACACAATTTTGTGGGCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACAAACAAACAAAAGCCTGAGGGAGCACACAATTTTGTGGGCTGA  899

seq1  GCTTGGCCAGCCTTCACCCTGCCATGCAGTCTAACAAAAAAAAGGCCTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCCAGCCTTCACCCTGCCATGCAGTCTAACAAAAAAAAGGCCTTC  949

seq1  CTCCAGCATACTGGAATGTGAGGATAATGT-GGGAGATCACAGTCAGGTG  999
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCATACTGGAATGTGA-GATAATGTGGGGAGATCACAGTCAGGTG  998

seq1  ATAGATGAAAACAACAGCTTGTAGTAGGGTCCTACATGGAGTGAGAAACC  1049
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATAGATGAAAACAACAGC-TGTAGTAGGGTCCTACAT-GAGTGAGAAACC  1046

seq1  AATATGCAATCGCACCTGTCTTAGGGTTTCATTGCTGTAAAGAGTCACCA  1099
      ||||||||  |||||   |  ||||  ||||||||||| ||||||||| |
seq2  AATATGCATCCGCAC---TTCTAGG--TTCATTGCTGT-AAGAGTCACAA  1090

seq1  TGACCAAGGCAACTCTTGTAAAGAAAACCATTCCATTGGTGCTAGCTTGC  1149
      ||||||  ||||||||||| ||||||  || || ||||||||||||||||
seq2  TGACCA--GCAACTCTTGT-AAGAAA--CA-TCAATTGGTGCTAGCTTGC  1134

seq1  AGTT  1153
      ||||
seq2  AGTT  1138

seq1: chr14_37815645_37816807
seq2: B6Ng01-119H18.g_69_1219 (reverse)

seq1  GTGCAACATGGGCTTGAAAGGGCTTTGATATTTAAATGGATATTAGCACT  50
      ||||||| ||| |||||||||   |||| |||||||| |||| |||  ||
seq2  GTGCAAC-TGGCCTTGAAAGG--CTTGA-ATTTAAAT-GATA-TAGACCT  44

seq1  AGGTCAAACTGTGTATGTCCATGTCCATGCCCATGCATGTGTGTGCATGC  100
      ||||||| ||| ||| |||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||
seq2  AGGTCAACCTG-GTA-GTCCATGT-CATGACCATGCATGGGTGGGCATGC  91

seq1  ACATAAAGGTGAAAGTATAGCCTTAAGTGTTGCTCTTCAGTTGCCATCCA  150
      |||||||||||||||||||| | | |||| ||||| |||| |||||||||
seq2  ACATAAAGGTGAAAGTATAG-CATCAGTG-TGCTC-TCAGGTGCCATCCA  138

seq1  CATCCACCTTTGGTTTTTGACACAGTCTCTCATTTGCTAGCCAGCAAGCT  200
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACCTTTGG--TTTGACACAGTCTCTCATTTGCTAGCCAGCAAGCT  186

seq1  CCAAAGATCTGCATGTTT-CCACTCACAATACTGGGATTTCAAGTGCACT  249
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCAAAGATCTGCATGTTTCCCACTCACAATACTGGGATTTCCAGTGCACT  236

seq1  CTCATCACAGTTGGCATTTCTACATGATTGTAAAGTTCAAAATCAACTCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCACAGTTGGCATTTCTACATGATTGTAAAGTTCAAAATCAACTCC  286

seq1  CCCAGGATCCAGAGCAGTCATTTTACTGATCGGGCTGTCTACCATCCCCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGATCCAGAGCAGTCATTTTACTGATCGGGCTGTCTACCATCCCCT  336

seq1  GCGTAAGATTTTCTTTGCAACATCCCCACCTATATGATCCTCTGTTCTGC  399
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCGTAAGATTTTCTTTGCAACATCCCCACCTATATGATCCTCTGATCTGC  386

seq1  -TTCTGTGGTCATATTTAACACCTACAACTTCCAAGGATAGGCATTGACA  448
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTGGTCATATTTAACACCTACAACTTCCAAGGATAGGCATTGACA  436

seq1  CTAAAAGTCAGGGACAGAGCCCCAAGTCTCAGGATGCAAGTTGCTCTTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGTCAGGGACAGAGCCCCAAGTCTCAGGATGCAAGTTGCTCTTTC  486

seq1  CTTCGTGGCCACATATTTAGTGTGCACTTCCCTTTTTCCTGGAGTCTGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGTGGCCACATATTTAGTGTGCACTTCCCTTTTTCCTGGAGTCTGTG  536

seq1  TCTGTATTGCTGGGCTGTGTCATGTTTGGTTTGTTTCCTGTGGCTCTTTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTGCTGGGCTGTGTCATGTTTGGTTTGTTTCCTGTGGCTCTTTA  586

seq1  AAAAGTGGGCACTTCATGCTTCTGAGGAAGCTCCCCTGGTTACCCTGGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGGGCACTTCATGCTTCTGAGGAAGCTCCCCTGGTTACCCTGGAG  636

seq1  GAGCTACAAAGCCCCCCTTATAAAAGGCTTCATTTTATTCTCAGCCAAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACAAAGCCCCCCTTATAAAAGGCTTCATTTTATTCTCAGCCAAGA  686

seq1  GCCTTTGTTCCCACAAGTTCTTTTGAAGGATAGGGTCATAGGACTAAGTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGTTCCCACAAGTTCTTTTGAAGGATAGGGTCATAGGACTAAGTC  736

seq1  TTACAATTGCAAGGACGTAGTGTGTCTCCAAGTTTACATGTATTAGAGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATTGCAAGGACGTAGTGTGTCTCCAAGTTTACATGTATTAGAGAA  786

seq1  AAATAGAGAGTGGAAAACAATATATCAGTATGTTATCAATTATATTTCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAGAGTGGAAAACAATATATCAGTATGTTATCAATTATATTTCTG  836

seq1  GGCATGGTTGTAAAAATGATAGTTTCATTAATTTTTATACTTCCTTTCAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGTTGTAAAAATGATAGTTTCATTAATTTTTATACTTCCTTTCAC  886

seq1  TTTCTTCTTTTTCTGAAACCTTGTCTCCTACAAGATACTTCTTATTTAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTTTTTCTGAAACCTTGTCTCCTACAAGATACTTCTTATTTAAA  936

seq1  ATACTTGAACATGTGGGACAAAAAGGGCCATCTTGAAGAGGAATCAGATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGAACATGTGGGACAAAAAGGGCCATCTTGAAGAGGAATCAGATT  986

seq1  CCTCTGAACACATCTGGCCATTGGGATGGGAGGACAGAGTACCTATTCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAACACATCTGGCCATTGGGATGGGAGGACAGAGTACCTATTCTT  1036

seq1  GCAAAAGAATTGCCACAGCTATGTCCTCGGCTCCTACCCTCACATCTGGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGAATTGCCACAGCTATGTCCTCGGCTCCTACCCTCACATCTGGT  1086

seq1  ACATAACAGACCCCGGGAATATGTTCTTAAATGTATTTGGTGAATGGATG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACAGACCCCGGGAATATGTTCTTAAATGTATTTGGTGAATGGATG  1136

seq1  AGTGGGCGGGAATTC  1163
      |||||||||||||||
seq2  AGTGGGCGGGAATTC  1151