BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127H10
Chromosome14 (Build37)
Map Location 100,316,844 - 100,319,885
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKlf12
Upstream geneLOC100043787, 2410129H14Rik, 6720463M24Rik, Dis3, D14Ertd581e, LOC100043395, LOC100043397, Klf5, LOC100043400, LOC100043789, LOC668671, LOC668672, EG546623
Downstream geneLOC100043413, EG668683, EG668684
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127H10.bB6Ng01-127H10.g
ACCDH929575DH929576
length1,1611,044
definitionDH929575|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127H10, 5' end.DH929576|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127H10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,316,844 - 100,318,003)(100,318,824 - 100,319,885)
sequence
gaattcactaggttgaccaggttggcctcggactccaagatctgcttgtc
tctctctcccaagtgatagacatgtgctaccactgtctacaaccttggtg
ttgaaatcagactgtaagccggtgacatcaatgactacacttgccagata
caagaaacaccctcataaataaaatcaagattatttaattttcttcaatt
gatgataaagataagtctcagtctgtaactgtgggtgttgttgttgtttg
cattaaaaagagagaagcacacattgttctatagaatttcaaaataagtc
tcaggagaacatgactatgtatgcaaagcactatcaataacaaaagtaat
acagaaaccaagtaggatgatcatacatagtctattaaagggtgtgtatg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtccccagagtggtcagttaccctaacagggct
ttatggttgagacattctgaagactgaagtccatattaaaatcatccaag
gtgactttctatcaacttccattcataactcttttccttgtgaactatgg
tctgcttgcatttgtttcaaggaagaaagtctgtggtcaagtgcctggtg
catcagcccgatagcctatatcctgttgactcttggccttggtgcttctg
tttatcatctgtgaaatgaaataaatccatggacttgtctgaaaagattg
tggtaaggattaaactagctaccctgtgccaagcattaaaggcagtgcac
gagggccttgggatgtgaatatattaagacactgttgtctagctcatggg
aaatggccggaagtgctcacatgcaattcagctttagaacaaatgtcata
cagtccacctgagatgtagacctccagctacaaactcaagagcttaaaga
gcttcatgtctcttagaaggttggaagttcactgttgtgaacaaatgatt
agaattgtcaaacccaccacttttgtccttggtcactatcatagatctca
cgttagagcccaagtgtgtcagaaggcctatactatgaccaaatggaggt
actaagctgcctttatgtctgcatgggactgggagtaccttgacaaatct
ggtatatattcagcacacaaagtgaagtaaatctcactcgtttctctcct
ctctcaggaca
gaattcacatgtgcaatgggaactcacagatgatagctgagtatgtgtgt
tcgccttacatcctgggaagtaatctaaattgtgcccttgatgttccagt
gattccatggccccacagaaactctgttggtatggacataaacaagactc
tattgccctaaaggccatgaaaaagactggatccggtggactgcagaagt
ctttgacattctttatgaacctcaaagcaaggtttctggtctgcacatga
ccctgtaacactgtatttgatcaaagcagctttggtgggtctgaaaacat
tctcaattgtaaagcaactttgacaggcaggcagcctgtacattagacta
cattgtggggtgccacagccaagcttgtgtgagtccctgcaccctctcct
gggccttgggtttctctcatacaagaagcacatagctttctgttcttgga
aatacttaccaggtgaattcaaatttaaaacaaatttttaaaattttgtg
tagaacctggacttcctcagagggcttgtataatagaaattagtataaat
tgaacacgagagtatgttcgggcgtccttgatacttagagctgatgccca
tcctgtctcatgccttataatgtgtacttatgtctaggctcttacgtcct
gttttcctgctttcatcactgggtaggacttgtatgcatgtgtgttccat
tctgcaactcgggctgtgctgttgtctgtcatgagagtcctctgtgtgta
ggagtctccaacacgcaggtgcatttggtagctcatgggtgccttcccaa
tgatttttcagacagtgtttctacatgctttcccattcctgaatctcacc
atgaaggacatttggcagaggatgtcaatagtggctttgaaaacccaaat
caactctgaactcattactaaaggaaagtatatgtggtttggctagccta
atcaccctctatgacatgttagcagtgacttggtctgtcagctgctgtag
tataataaatctggtgctttaagcatgtcatttgtctcttcgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_100316844_100318003
seq2: B6Ng01-127H10.b_47_1207

seq1  GAATTCACTAGGTTGACCAGGTTGGCCTCGGACTCCAAGATCTGCTTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAGGTTGACCAGGTTGGCCTCGGACTCCAAGATCTGCTTGTC  50

seq1  TCTCTCTCCCAAGTGATAGACATGTGCTACCACTGTCTACAACCTTGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCCCAAGTGATAGACATGTGCTACCACTGTCTACAACCTTGGTG  100

seq1  TTGAAATCAGACTGTAAGCCGGTGACATCAATGACTACACTTGCCAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATCAGACTGTAAGCCGGTGACATCAATGACTACACTTGCCAGATA  150

seq1  CAAGAAACACCCTCATAAATAAAATCAAGATTATTTAATTTTCTTCAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAACACCCTCATAAATAAAATCAAGATTATTTAATTTTCTTCAATT  200

seq1  GATGATAAAGATAAGTCTCAGTCTGTAACTGTGGGTGTTGTTGTTGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATAAAGATAAGTCTCAGTCTGTAACTGTGGGTGTTGTTGTTGTTTG  250

seq1  CATTAAAAAGAGAGAAGCACACATTGTTCTATAGAATTTCAAAATAAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAAGAGAGAAGCACACATTGTTCTATAGAATTTCAAAATAAGTC  300

seq1  TCAGGAGAACATGACTATGTATGCAAAGCACTATCAATAACAAAAGTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGAACATGACTATGTATGCAAAGCACTATCAATAACAAAAGTAAT  350

seq1  ACAGAAACCAAGTAGGATGATCATACATAGTCTATTAAAGGGTGTGTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACCAAGTAGGATGATCATACATAGTCTATTAAAGGGTGTGTATG  400

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCCCAGAGTGGTCAGTTACCCTAACAGGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCCCAGAGTGGTCAGTTACCCTAACAGGGCT  450

seq1  TTATGGTTGAGACATTCTGAAGACTGAAGTCCATATTAAAATCATCCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTTGAGACATTCTGAAGACTGAAGTCCATATTAAAATCATCCAAG  500

seq1  GTGACTTTCTATCAACTTCCATTCATAACTCTTTTCCTTGTGAACTATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTTCTATCAACTTCCATTCATAACTCTTTTCCTTGTGAACTATGG  550

seq1  TCTGCTTGCATTTGTTTCAAGGAAGAAAGTCTGTGGTCAAGTGCCTGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTGCATTTGTTTCAAGGAAGAAAGTCTGTGGTCAAGTGCCTGGTG  600

seq1  CATCAGCCCGATAGCCTATATCCTGTTGACTCTTGGCCTTGGTGCTTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCCCGATAGCCTATATCCTGTTGACTCTTGGCCTTGGTGCTTCTG  650

seq1  TTTATCATCTGTGAAATGAAATAAATCCATGGACTTGTCTGAAAAGATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCATCTGTGAAATGAAATAAATCCATGGACTTGTCTGAAAAGATTG  700

seq1  TGGTAAGGATTAAACTAGCTACCCTGTGCCAAGCATTAAAGGCAGTGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGGATTAAACTAGCTACCCTGTGCCAAGCATTAAAGGCAGTGCAC  750

seq1  GAGGGCCTTGGGATGTGAATATATTAAGACACTGTTGTCTAGCTCATGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCCTTGGGATGTGAATATATTAAGACACTGTTGTCTAGCTCATGGG  800

seq1  AAATGGCCGGAAGTGCTCACATGCAATTCAGCTTTAAGAACAAATGTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAATGGCCGGAAGTGCTCACATGCAATTCAGCTTT-AGAACAAATGTCAT  849

seq1  ACAGTCCACCTGAGATGTAGACCTCCAGCTACAAACTCAAGAGCTTAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCACCTGAGATGTAGACCTCCAGCTACAAACTCAAGAGCTTAAAG  899

seq1  AGCTTCATGTCTCTTAGAAGGTTGGAAG-TCACTGTTGTGGAACAAA-GA  948
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||
seq2  AGCTTCATGTCTCTTAGAAGGTTGGAAGTTCACTGTTGT-GAACAAATGA  948

seq1  TTAG-AGTGTCAAA-CCACCAC-TTTGTCCCTGGTCACATTCATAGATCT  995
      |||| | ||||||| ||||||| ||||||| |||||||  ||||||||||
seq2  TTAGAATTGTCAAACCCACCACTTTTGTCCTTGGTCACTATCATAGATCT  998

seq1  CACGTTAGAGCCAAAGTGTGTCAG-AGGCCTATTACATAGACCAAATTGG  1044
      |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||   ||||||||  |
seq2  CACGTTAGAGCCCAAGTGTGTCAGAAGGCCTA-TACTATGACCAAAT--G  1045

seq1  AAGCTACTAAGCTGCCTTTTAAGGTCTGCATGGGTACT-GGAGTACCTTG  1093
       || |||||||||||||||  | ||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  GAGGTACTAAGCTGCCTTT--ATGTCTGCATGGG-ACTGGGAGTACCTTG  1092

seq1  ACAAA-CTGGAATATTATTCAGCAACACAAAGTGAAGTAAATCTCACT-G  1141
      ||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACAAATCTGGTATA-TATTCAGC-ACACAAAGTGAAGTAAATCTCACTCG  1140

seq1  TTTCTC-CCTCTC-CAGGACA  1160
      |||||| |||||| |||||||
seq2  TTTCTCTCCTCTCTCAGGACA  1161

seq1: chr14_100318824_100319885
seq2: B6Ng01-127H10.g_69_1112 (reverse)

seq1  AACGAAGAGACAAATGACCATGCTTTATAAGCCACAGATCTATTATACTT  50
      ||||||||||||||||| |||||||   ||||  ||||| |||||||| |
seq2  AACGAAGAGACAAATGA-CATGCTT--AAAGCACCAGATTTATTATAC-T  46

seq1  ACAGCAGCTTGGACAGACCAAGTCACTGCTTAAACATTGTCATAGAGGGT  100
      |||||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||
seq2  ACAGCAGCT--GACAGACCAAGTCACTGCT--AACA-TGTCATAGAGGGT  91

seq1  GATTTAGGGCTAGCCAAACCACATATACTTTCCCTTTAGTAAATGAGTTC  150
      ||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  GATT--AGGCTAGCCAAACCACATATACTTT-CCTTTAGT-AATGAGTTC  137

seq1  AGAGTTTGATTTGGGTTTTCAAAGCCACTATTTGAACATCCTCTGCCAAA  200
      |||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  AGAG-TTGATTTGGGTTTTCAAAGCCACTATT--GACATCCTCTGCCAAA  184

seq1  TGTTCCTTCATGTTGAGATTCAGGAATGGGGAAAGCATTGTAGAAACACT  250
      || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TG-TCCTTCATGGTGAGATTCAGGAAT-GGGAAAGCA-TGTAGAAACACT  231

seq1  GTCTG-AAAATCATTGGGAAGGCACCCATGAGCTACCAAATGCACCTGCG  299
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAAAATCATTGGGAAGGCACCCATGAGCTACCAAATGCACCTGCG  281

seq1  TGTTGGAGACTCCTACACACAGAGGACTCTCATGACAGACAACAGCACAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGAGACTCCTACACACAGAGGACTCTCATGACAGACAACAGCACAG  331

seq1  CCCGAGTTGCAGAATGGAACACACATGCATACAAGTCCTACCCAGTGATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGTTGCAGAATGGAACACACATGCATACAAGTCCTACCCAGTGATG  381

seq1  AAAGCAGGAAAACAGGACGTAAGAGCCTAGACATAAGTACACATTATAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGGAAAACAGGACGTAAGAGCCTAGACATAAGTACACATTATAAG  431

seq1  GCATGAGACAGGATGGGCATCAGCTCTAAGTATCAAGGACGCCCGAACAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGACAGGATGGGCATCAGCTCTAAGTATCAAGGACGCCCGAACAT  481

seq1  ACTCTCGTGTTCAATTTATACTAATTTCTATTATACAAGCCCTCTGAGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCGTGTTCAATTTATACTAATTTCTATTATACAAGCCCTCTGAGGA  531

seq1  AGTCCAGGTTCTACACAAAATTTTAAAAATTTGTTTTAAATTTGAATTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAGGTTCTACACAAAATTTTAAAAATTTGTTTTAAATTTGAATTCA  581

seq1  CCTGGTAAGTATTTCCAAGAACAGAAAGCTATGTGCTTCTTGTATGAGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTAAGTATTTCCAAGAACAGAAAGCTATGTGCTTCTTGTATGAGAG  631

seq1  AAACCCAAGGCCCAGGAGAGGGTGCAGGGACTCACACAAGCTTGGCTGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAAGGCCCAGGAGAGGGTGCAGGGACTCACACAAGCTTGGCTGTG  681

seq1  GCACCCCACAATGTAGTCTAATGTACAGGCTGCCTGCCTGTCAAAGTTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCCACAATGTAGTCTAATGTACAGGCTGCCTGCCTGTCAAAGTTGC  731

seq1  TTTACAATTGAGAATGTTTTCAGACCCACCAAAGCTGCTTTGATCAAATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAATTGAGAATGTTTTCAGACCCACCAAAGCTGCTTTGATCAAATA  781

seq1  CAGTGTTACAGGGTCATGTGCAGACCAGAAACCTTGCTTTGAGGTTCATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTACAGGGTCATGTGCAGACCAGAAACCTTGCTTTGAGGTTCATA  831

seq1  AAGAATGTCAAAGACTTCTGCAGTCCACCGGATCCAGTCTTTTTCATGGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGTCAAAGACTTCTGCAGTCCACCGGATCCAGTCTTTTTCATGGC  881

seq1  CTTTAGGGCAATAGAGTCTTGTTTATGTCCATACCAACAGAGTTTCTGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGGCAATAGAGTCTTGTTTATGTCCATACCAACAGAGTTTCTGTG  931

seq1  GGGCCATGGAATCACTGGAACATCAAGGGCACAATTTAGATTACTTCCCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCATGGAATCACTGGAACATCAAGGGCACAATTTAGATTACTTCCCA  981

seq1  GGATGTAAGGCGAACACACATACTCAGCTATCATCTGTGAGTTCCCATTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTAAGGCGAACACACATACTCAGCTATCATCTGTGAGTTCCCATTG  1031

seq1  CACATGTGAATTC  1062
      |||||||||||||
seq2  CACATGTGAATTC  1044