BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138L08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 102,091,400 - 102,272,270
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUchl3, Lmo7
Upstream gene1700110M21Rik, LOC100043421, LOC382936, Tbc1d4, Commd6
Downstream geneLOC100043795, LOC545567, LOC669278
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138L08.bB6Ng01-138L08.g
ACCDH937891DH937892
length1,0431,121
definitionDH937891|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138L08, 5' end.DH937892|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138L08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,271,228 - 102,272,270)(102,091,400 - 102,092,538)
sequence
gaattcacatggcccaagattgctggagcagagttcacggtgacacacac
acacaccccagtggatgaagtcaggaaacaggcagctcctgggcttgggt
ggccacagagcacactcctgagagcttttaaattaaccagtagagagagg
aagctcaaggtaacaagccaagtgcctgcacaagccaaagctgaaagaaa
aatctgcccttgctgagtggccccaccagaacaagtgtgcccagaactga
ggtcacacaacaccatggagggagcactttaggaatggatatgggtccca
gggtctcttcatttggaccatttattttcaagatttctattttatactga
gagatgcaaggcacacaatgtcccctacttcaacagataagaggaaatac
acaaaataggatccctaacttatcaagaccggttctcagactctggccca
gggagggaaaggctcttctgtccactcttcccacaaaggcctcctaatga
cattctatgctggactccaacataagttgcagccagcctaacacagcact
ccctaacttcctcttactccctacttcgcttacacttacagccatcgtta
gcctgcatttgtttttgtttgttgtggtggtactgagaactgaacctaga
cttcatgttaggcaagcagtctgccacttagctatatgctcaatccctgc
cttgagtatgtgaatagctctgtgtggtgttgttcgctgccatctctagt
gcacgaagaaagggtctgcctacttgggagtgcataaaaatattttatat
gaccagcgtaatgcaagatacacaaatgttctcgttcacggaatgcgttg
atcagactttgggaaaggcaagttggcaagaaaaggcctaaatgaacact
agaacattcttaatatttcatatactgctgaaaaattaaactgcattgct
tatttttaacgactgtccaacttgactccaactgcactgctacccacagt
taagattgggtgggcggggcaggggccgggtggtgggggggaa
gaattcatgaattaaaaatcgagattaagagaatgctatttttaaggaaa
caacaaattaaaaatcactgtatttattggttcttgggattgcacctagg
gcctcatatactcttggcaagcagtgggcagctgaggtccacctccatcc
tgtgtaatcttatttttaacccatcagattgtaggcatgttgcagtaatt
cctactgggcagttgcttaacagaggatggtggcagtgtttaattattta
ctcactcgttactaaattgtgaagttaactcataaaaaggaccaggttat
ttctggttttcttttctttgggggcttcagaacgttcctagtatatgtag
aggaaagtggcacagatttaaaaatgaataaattagcaaataggagttca
atggggaattccaagtagacagagtaaacagattttaaaaatgttaacta
atgaattattgcctgttagaagtaagcttgaaaaactcgtattttagaat
aattttgggtatgtatgggaagtagaatagtacatagaccttccatttac
ctctctcctaggtttgtcaaacccggttagtatttccgagacatttgaaa
ataagttacagacatggcgctgtaatccctctctaggtctgtctttgaaa
gaggtgaatacttttctgtaggactgccacatgtcagtagcagtggtgcg
acatcatgaagggacctggctcagagcgtgcttgttacagcagtgaaccc
aggctcagctgtggaagttaggtggccctgctctggaactttgtcttctt
gaatcgcttttattgccttttgtgtcagtgacatttatttttgagaagat
aggacatttattggagttttccttcaacccctgttgtctgctatgtcacc
atgatttatatgtttggggaaagagtgctatatatagcacagagatgcta
tagcccgtctagtgcattgtataagaaggccatttgcctactagatcatt
ttttgtgcattacatttgtcacttggttagtaagtattgttcagagatct
ttgagactatctatgtaatatgtagtttcatcagttacctccccttttag
agaggtaacatataccctgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_102271228_102272270
seq2: B6Ng01-138L08.b_45_1086 (reverse)

seq1  TCCCCCCCACCACCC-GCCCCTGCCCCGCCCACCCAATCCTAACTGTGGG  49
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCCCCCCCACCACCCGGCCCCTGCCCCGCCCACCCAATCTTAACTGTGGG  50

seq1  TAGCAGTGCAGTTGGAGTCAAGTTGGACAGTCGTTAAAAATAAGCAAATG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAGCAGTGCAGTTGGAGTCAAGTTGGACAGTCGTTAAAAATAAGC-AATG  99

seq1  CAGTTTAATTTTTTCAGCAGTATATG-AATATTAAGAATGTTCTAGGTGT  148
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGTTTAA-TTTTTCAGCAGTATATGAAATATTAAGAATGTTCTA-GTGT  147

seq1  TCATTTTAGGCCTTTTCTTGCCAACTTGCCTTT-CCAAAGTCTGATCAAC  197
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCA-TTTAGGCCTTTTCTTGCCAACTTGCCTTTCCCAAAGTCTGATCAAC  196

seq1  GCATTCCGTGAACGAGAACATTTGTGTATCTTGCATTACGCTGGTCATAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCCGTGAACGAGAACATTTGTGTATCTTGCATTACGCTGGTCATAT  246

seq1  AAAATATTTTTATGCACTCCCAAGTAGGCAGACCCTTTCTTCGTGCACTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTTTTATGCACTCCCAAGTAGGCAGACCCTTTCTTCGTGCACTA  296

seq1  GAGATGGCAGCGAACAACACCACACAGAGCTATTCACATACTCAAGGCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGCAGCGAACAACACCACACAGAGCTATTCACATACTCAAGGCAG  346

seq1  GGATTGAGCATATAGCTAAGTGGCAGACTGCTTGCCTAACATGAAGTCTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGAGCATATAGCTAAGTGGCAGACTGCTTGCCTAACATGAAGTCTA  396

seq1  GGTTCAGTTCTCAGTACCACCACAACAAACAAAAACAAATGCAGGCTAAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGTTCTCAGTACCACCACAACAAACAAAAACAAATGCAGGCTAAC  446

seq1  GATGGCTGTAAGTGTAAGCGAAGTAGGGAGTAAGAGGAAGTTAGGGAGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTGTAAGTGTAAGCGAAGTAGGGAGTAAGAGGAAGTTAGGGAGTG  496

seq1  CTGTGTTAGGCTGGCTGCAACTTATGTTGGAGTCCAGCATAGAATGTCAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTAGGCTGGCTGCAACTTATGTTGGAGTCCAGCATAGAATGTCAT  546

seq1  TAGGAGGCCTTTGTGGGAAGAGTGGACAGAAGAGCCTTTCCCTCCCTGGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGCCTTTGTGGGAAGAGTGGACAGAAGAGCCTTTCCCTCCCTGGG  596

seq1  CCAGAGTCTGAGAACCGGTCTTGATAAGTTAGGGATCCTATTTTGTGTAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTCTGAGAACCGGTCTTGATAAGTTAGGGATCCTATTTTGTGTAT  646

seq1  TTCCTCTTATCTGTTGAAGTAGGGGACATTGTGTGCCTTGCATCTCTCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTTATCTGTTGAAGTAGGGGACATTGTGTGCCTTGCATCTCTCAG  696

seq1  TATAAAATAGAAATCTTGAAAATAAATGGTCCAAATGAAGAGACCCTGGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATAGAAATCTTGAAAATAAATGGTCCAAATGAAGAGACCCTGGG  746

seq1  ACCCATATCCATTCCTAAAGTGCTCCCTCCATGGTGTTGTGTGACCTCAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATATCCATTCCTAAAGTGCTCCCTCCATGGTGTTGTGTGACCTCAG  796

seq1  TTCTGGGCACACTTGTTCTGGTGGGGCCACTCAGCAAGGGCAGATTTTTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGCACACTTGTTCTGGTGGGGCCACTCAGCAAGGGCAGATTTTTC  846

seq1  TTTCAGCTTTGGCTTGTGCAGGCACTTGGCTTGTTACCTTGAGCTTCCTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCTTTGGCTTGTGCAGGCACTTGGCTTGTTACCTTGAGCTTCCTC  896

seq1  TCTCTACTGGTTAATTTAAAAGCTCTCAGGAGTGTGCTCTGTGGCCACCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACTGGTTAATTTAAAAGCTCTCAGGAGTGTGCTCTGTGGCCACCC  946

seq1  AAGCCCAGGAGCTGCCTGTTTCCTGACTTCATCCACTGGGGTGTGTGTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCAGGAGCTGCCTGTTTCCTGACTTCATCCACTGGGGTGTGTGTGT  996

seq1  GTGTCACCGTGAACTCTGCTCCAGCAATCTTGGGCCATGTGAATTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACCGTGAACTCTGCTCCAGCAATCTTGGGCCATGTGAATTC  1042

seq1: chr14_102091400_102092538
seq2: B6Ng01-138L08.g_67_1187

seq1  GAATTCATGAATTAAAAATCGAGATTAAGAGAATGCTATTTTTAAGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAATTAAAAATCGAGATTAAGAGAATGCTATTTTTAAGGAAA  50

seq1  CAACAAATTAAAAATCACTGTATTTATTGGTTCTTGGGATTGCACCTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAATTAAAAATCACTGTATTTATTGGTTCTTGGGATTGCACCTAGG  100

seq1  GCCTCATATACTCTTGGCAAGCAGTGGGCAGCTGAGGTCCACCTCCATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATATACTCTTGGCAAGCAGTGGGCAGCTGAGGTCCACCTCCATCC  150

seq1  TGTGTAATCTTATTTTTAACCCATCAGATTGTAGGCATGTTGCAGTAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAATCTTATTTTTAACCCATCAGATTGTAGGCATGTTGCAGTAATT  200

seq1  CCTACTGGGCAGTTGCTTAACAGAGGATGGTGGCAGTGTTTAATTATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTGGGCAGTTGCTTAACAGAGGATGGTGGCAGTGTTTAATTATTTA  250

seq1  CTCACTCGTTACTAAATTGTGAAGTTAACTCATAAAAAGGACCAGGTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCGTTACTAAATTGTGAAGTTAACTCATAAAAAGGACCAGGTTAT  300

seq1  TTCTGGTTTTCTTTTCTTTGGGGGCTTCAGAACGTTCCTAGTATATGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTTTTCTTTTCTTTGGGGGCTTCAGAACGTTCCTAGTATATGTAG  350

seq1  AGGAAAGTGGCACAGATTTAAAAATGAATAAATTAGCAAATAGGAGTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGTGGCACAGATTTAAAAATGAATAAATTAGCAAATAGGAGTTCA  400

seq1  ATGGGGAATTCCAAGTAGACAGAGTAAACAGATTTTAAAAATGTTAACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGAATTCCAAGTAGACAGAGTAAACAGATTTTAAAAATGTTAACTA  450

seq1  ATGAATTATTGCCTGTTAGAAGTAAGCTTGAAAAACTCGTATTTTAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTATTGCCTGTTAGAAGTAAGCTTGAAAAACTCGTATTTTAGAAT  500

seq1  AATTTTGGGTATGTATGGGAAGTAGAATAGTACATAGACCTTCCATTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGGGTATGTATGGGAAGTAGAATAGTACATAGACCTTCCATTTAC  550

seq1  CTCTCTCCTAGGTTTGTCAAACCCGGTTAGTATTTCCGAGACATTTGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCTAGGTTTGTCAAACCCGGTTAGTATTTCCGAGACATTTGAAA  600

seq1  ATAAGTTACAGACATGGCGCTGTAATCCCTCTCTAGGTCTGTCTTTGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTACAGACATGGCGCTGTAATCCCTCTCTAGGTCTGTCTTTGAAA  650

seq1  GAGGTGAATACTTTTCTGTAGGACTGCCACATGTCAGTAGCAGTGGTGCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAATACTTTTCTGTAGGACTGCCACATGTCAGTAGCAGTGGTGCG  700

seq1  ACATCATGAAGGGACCTGGCTCAGAGCGTGCTTGTTACAGCAGTGAACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATGAAGGGACCTGGCTCAGAGCGTGCTTGTTACAGCAGTGAACCC  750

seq1  AGGCTCAGCTGTGGAAGTTAGGTGGCCCTGCTCTGGAACTTTGTCTTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGCTGTGGAAGTTAGGTGGCCCTGCTCTGGAACTTTGTCTTCTT  800

seq1  GAATCGCTTTTATTGCCTTTTGTGTCAGTGACATTTATTTTTGAGAAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCGCTTTTATTGCCTTTTGTGTCAGTGACATTTATTTTTGAGAAGAT  850

seq1  AGGACATTTATTGGAGTTTTCCTTCAACCCCTGTTGTCTGCTATGTCACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATTTATTGGAGTTTTCCTTCAACCCCTGTTGTCTGCTATGTCACC  900

seq1  ATGATTTATATGTTTGGGGAAAGAGTGCTATATATAGCACAGAGATGCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTATATGTTTGGGGAAAGAGTGCTATATATAGCACAGAGATGCTA  950

seq1  TAGCCCGTCTAGTGCATTGTATAAGAAGGCCATTTGCCTACTTGGATCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
seq2  TAGCCCGTCTAGTGCATTGTATAAGAAGGCCATTTGCCTAC-TAGATCAT  999

seq1  TTTTTGTGCATTAACATTTGTCACTTGGTTTAGTAAGTATTGTTTCAGGA  1050
      |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||
seq2  TTTTTGTGCATT-ACATTTGTCACTTGG-TTAGTAAGTATTG-TTCA-GA  1045

seq1  GATCCTTTGAGACTATCTATGTAAATATGTAAGTTTTCATCAAGTTACCT  1100
      ||| |||||||||||||||||| ||||||||   ||||||| ||||||||
seq2  GAT-CTTTGAGACTATCTATGT-AATATGTA--GTTTCATC-AGTTACCT  1090

seq1  TCCCCCTTTTTAGAGAGGGTTTAACTATATAACCCTGAC  1139
         ||| |||||||||||   |||| |||| ||||||||
seq2  ---CCCCTTTTAGAGAGG---TAAC-ATAT-ACCCTGAC  1121