BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139B08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 27,845,378 - 27,984,731
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl17rd
Upstream geneLOC100039484, LOC100039175, LOC100039192, LOC100039213, LOC100039227, LOC100039503, LOC100039246, LOC100039257, LOC100039280, LOC100039293, LOC100039527, LOC100039538, 4933413J09Rik, Slmap, LOC100039353, LOC665279, A630054L15Rik, Arf4, E430028B21Rik, 4921531P07Rik, Dnahc7c, Asb14, Appl1, Hesx1
Downstream geneLOC665333, Arhgef3, LOC100040147, Ccdc66, LOC665370, Erc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139B08.bB6Ng01-139B08.g
ACCDH938160DH938161
length1,0571,097
definitionDH938160|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139B08, 5' end.DH938161|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139B08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,845,378 - 27,846,437)(27,983,608 - 27,984,731)
sequence
gaattccctgggcactccccattgagcttgccttcctgggaaatgacttc
ctaattagatgcaatgatttgaggatgtctgatttggcttaatacattgc
tctgtaaacccccagatatgttatggtgctggtagactgtgttgtgaatt
ataaaagacaaatatctccttatggcaagaaaaaaatgatgagatagaat
gaaaggctacaatgaacctgtggtattagattagaattcagattatttaa
ggaactcgaggtacatatatacatgcaaagagaagtagataaattatgta
catgtaaataaatacatatatgcatacattaacagacataaatatatatc
ctgtaatataccctgagaaggcctaggagtggtgagatttctagtagcaa
ggcatacagctagaacatagtgtataagtgtgagactcaatacaggagtc
atagattcttggagaaatggtttattcaagagctaggcagggaaaataca
aagactgaaagacatggataaatcggagaagtctgaagagatggtgattg
aacacaaggtggtattctggactgggcgtgcatttcaatgctctggtccc
cggttggaaaccttcagcccactttagacaatgcgctttgaggctagtcc
tcaaaacatctaatgtgcactcttcaaaaaacccttaaggtcgccaaaca
gaaagtctgagaaacagtcacaacaaggagcagcctaataaagtcagata
actaaatgtactgtggagtcttgattgtgaaacagaaagtagcctcactt
aaaaacttggaaagctggcacgggggagacagtttagtgagtaaatgtgc
cctccatcctttgtgatggacattcgtgatggatggaagaactgactcca
gagggtttgcctctgatctacacacacacacacacacacacacacacaca
cacgaaggggggcaggtgtttgaaagcacatgaattcatcacttctagga
cctatggggtcggtagaatacatatctagcctaatgttgaggcctggggt
catcttt
gaattcacatggacagtatttaaaaacaaaatccacaaagtggagatcta
ctgtgcctgagcctgcaccccaaggactagacctttggcctctgtgggct
gactaattgatccccacccctcagcccaggccctcagcccttcagccaag
aacatacgtttgggactcggcacagcgcagcacggggcagcatcctgaga
tcaagcatctgtgtttcatcagctgctggacaggctgcgtacagggacag
ccgggtaatcaaatcgctggagtacagacagaaggaaaagcaacaggaca
agaaagccacaaacacagcacactagcatgacagaacctggagcaggaga
acgggacccttaaaagatccacaagagccaagagatcaggaagaatcttc
cttctcaacccagctgacctcaccagtgacaactctgagtccctctctgc
tctaagcaccattattcccagtatcttctttcagagatgatgaaaccgag
gcacagcatggccctgaacctgagcaaggctacacagcagcaagtgacag
agcccacacagatgcttccagtgtgaagacttctgacatcacattctcta
ccccctcatttcaatgtatgggtgtctccactggctgggatgtgcaaacc
accatccacagctccctacagtgctaccgaccactgtaggatttatctgc
atgtgtgccttgcaattggtctatgcacgctagcatctacatatatagtt
gctgtgtagggccacatacccaaacccacacatgctactctacgtgcatg
gtctgaaggatttcaaagattaatgttgaacattttacaacccctgcctt
acctgttggttttagctttccacagtcaagtgtctgtatcccaagagctc
tgacttcaaagaacacagtcatcaagaacaaaggtctccagggtatgtgc
agatctcatagcagagagagctctctgacactgacaggagctgttataga
cagcttacccaatgagacatttggtcctgctcatagttgatgccttaatg
atgttctgagaacagattcctgtaatacctcatgtctgagaactcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_27845378_27846437
seq2: B6Ng01-139B08.b_46_1102

seq1  GAATTCCCTGGGCACTCCCCATTGAGCTTGCCTTCCTGGGAAATGACTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGGGCACTCCCCATTGAGCTTGCCTTCCTGGGAAATGACTTC  50

seq1  CTAATTAGATGCAATGATTTGAGGATGTCTGATTTGGCTTAATACATTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTAGATGCAATGATTTGAGGATGTCTGATTTGGCTTAATACATTGC  100

seq1  TCTGTAAACCCCCAGATATGTTATGGTGCTGGTAGACTGTGTTGTGAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAACCCCCAGATATGTTATGGTGCTGGTAGACTGTGTTGTGAATT  150

seq1  ATAAAAGACAAATATCTCCTTATGGCAAGAAAAAAATGATGAGATAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGACAAATATCTCCTTATGGCAAGAAAAAAATGATGAGATAGAAT  200

seq1  GAAAGGCTACAATGAACCTGTGGTATTAGATTAGAATTCAGATTATTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCTACAATGAACCTGTGGTATTAGATTAGAATTCAGATTATTTAA  250

seq1  GGAACTCGAGGTACATATATACATGCAAAGAGAAGTAGATAAATTATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCGAGGTACATATATACATGCAAAGAGAAGTAGATAAATTATGTA  300

seq1  CATGTAAATAAATACATATATGCATACATTAACAGACATAAATATATATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAATAAATACATATATGCATACATTAACAGACATAAATATATATC  350

seq1  CTGTAATATACCCTGAGAAGGCCTAGGAGTGGTGAGATTTCTAGTAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATATACCCTGAGAAGGCCTAGGAGTGGTGAGATTTCTAGTAGCAA  400

seq1  GGCATACAGCTAGAACATAGTGTATAAGTGTGAGACTCAATACAGGAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATACAGCTAGAACATAGTGTATAAGTGTGAGACTCAATACAGGAGTC  450

seq1  ATAGATTCTTGGAGAAATGGTTTATTCAAGAGCTAGGCAGGGAAAATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTCTTGGAGAAATGGTTTATTCAAGAGCTAGGCAGGGAAAATACA  500

seq1  AAGACTGAAAGACATGGATAAATCGGAGAAGTCTGAAGAGATGGTGATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGAAAGACATGGATAAATCGGAGAAGTCTGAAGAGATGGTGATTG  550

seq1  AACACAAGGTGGTATTCTGGACTGGGCGTGCATTTCAATGCTCTGGTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAGGTGGTATTCTGGACTGGGCGTGCATTTCAATGCTCTGGTCCC  600

seq1  CGGTTGGAAACCTTCAGCCCACTTTAGACAATGCGCTTTGAGGCTAGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTGGAAACCTTCAGCCCACTTTAGACAATGCGCTTTGAGGCTAGTCC  650

seq1  TCAAAACATCTAATGTGCACTCTTCAAAAAACCCTTAAGGTCGCCAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACATCTAATGTGCACTCTTCAAAAAACCCTTAAGGTCGCCAAACA  700

seq1  GAAAGTCTGAGAAACAGTCACAACAAGGAGCAGCCTAATAAAGTCAGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCTGAGAAACAGTCACAACAAGGAGCAGCCTAATAAAGTCAGATA  750

seq1  ACTAAATGTACTGTGGAGTCTTGATTGTGAAACAGAAAGTAGCCTCACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATGTACTGTGGAGTCTTGATTGTGAAACAGAAAGTAGCCTCACTT  800

seq1  AAAAACTTGGAAAGCTGGCACGGGGGAGACAGTTTAGTGAGTAAATGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTTGGAAAGCTGGCACGGGGGAGACAGTTTAGTGAGTAAATGTGC  850

seq1  CCTCCATCCTTTGTGATGGACATTCGTGATGGATGGAAGAACTGACTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCCTTTGTGATGGACATTCGTGATGGATGGAAGAACTGACTCCA  900

seq1  GAGGGTTTGCCTCTGATCTACACACACACACACACACACACACACACACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTTGCCTCTGATCTACACACACACACACACACACACACACACACA  950

seq1  CACG-AGGGGGGCAGGTGTTTGAAAGCACATGAATTCATCAATTCTAGGA  999
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACGAAGGGGGGCAGGTGTTTGAAAGCACATGAATTCATCACTTCTAGGA  1000

seq1  CCTATGGGGTTCGGTAGAATACATATCTAGCCTAATGTTTGAGGCCCTGG  1049
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||
seq2  CCTATGGGG-TCGGTAGAATACATATCTAGCCTAATG-TTGAGGCCTGGG  1048

seq1  GTTCCATCTTT  1060
      ||  |||||||
seq2  GT--CATCTTT  1057

seq1: chr14_27983608_27984731
seq2: B6Ng01-139B08.g_70_1166 (reverse)

seq1  TTGAGTTCTCAGACATTGAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAGAAAA  50
      ||||||||||||||| |||||  | ||||| ||| |  | |||||||   
seq2  TTGAGTTCTCAGACA-TGAGGTAT-TACAG-GAATCTGT-TCTCAGA---  43

seq1  CAAAACAATAAAGAGCAATCAAACTAATGAGCAGGGACCCAAATGTCTCC  100
       | | || ||   ||  ||| |||| |||||||||   |||||||||| |
seq2  -ACATCATTA---AGGCATC-AACT-ATGAGCAGG--ACCAAATGTCT-C  84

seq1  ATTGGGGTAAAGCTTGTTCTATAAACAGCTCCTGTCTGTTGTTCAAGAGA  150
      ||||||   |||||   ||||| ||||||||||||| | |||   |||||
seq2  ATTGGG--TAAGCT--GTCTAT-AACAGCTCCTGTCAG-TGT--CAGAGA  126

seq1  GCTCTCTCTGCTATGGAGATCTTGGCACATACCCTGGAGACCTTTGTTCT  200
      |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTCTGCTAT-GAGATCT--GCACATACCCTGGAGACCTTTGTTCT  173

seq1  TGATGACTGTGGTTCTTTGGAGTCAGAGCTCTTGGGATACAGACACTTGA  250
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACTGT-GTTCTTTGAAGTCAGAGCTCTTGGGATACAGACACTTGA  222

seq1  CTGTGGAAAGCTAAAACCAACAGGTAAGGCAGGGGTTGT-AAATGTTCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGTGGAAAGCTAAAACCAACAGGTAAGGCAGGGGTTGTAAAATGTTCAA  272

seq1  CATTAATCTTTGAAATCCTTCAGACCATGCACGTAGAGTAGCATGTGTGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATCTTTGAAATCCTTCAGACCATGCACGTAGAGTAGCATGTGTGG  322

seq1  GTTTGGGTATGTGGCCCTACACAGCAACTATATATGTAGATGCTAGCGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGTATGTGGCCCTACACAGCAACTATATATGTAGATGCTAGCGTG  372

seq1  CATAGACCAATTGCAAGGCACACATGCAGATAAATCCTACAGTGGTCGGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACCAATTGCAAGGCACACATGCAGATAAATCCTACAGTGGTCGGT  422

seq1  AGCACTGTAGGGAGCTGTGGATGGTGGTTTGCACATCCCAGCCAGTGGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGTAGGGAGCTGTGGATGGTGGTTTGCACATCCCAGCCAGTGGAG  472

seq1  ACACCCATACATTGAAATGAGGGGGTAGAGAATGTGATGTCAGAAGTCTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCATACATTGAAATGAGGGGGTAGAGAATGTGATGTCAGAAGTCTT  522

seq1  CACACTGGAAGCATCTGTGTGGGCTCTGTCACTTGCTGCTGTGTAGCCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGAAGCATCTGTGTGGGCTCTGTCACTTGCTGCTGTGTAGCCTT  572

seq1  GCTCAGGTTCAGGGCCATGCTGTGCCTCGGTTTCATCATCTCTGAAAGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGTTCAGGGCCATGCTGTGCCTCGGTTTCATCATCTCTGAAAGAA  622

seq1  GATACTGGGAATAATGGTGCTTAGAGCAGAGAGGGACTCAGAGTTGTCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGGGAATAATGGTGCTTAGAGCAGAGAGGGACTCAGAGTTGTCAC  672

seq1  TGGTGAGGTCAGCTGGGTTGAGAAGGAAGATTCTTCCTGATCTCTTGGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGGTCAGCTGGGTTGAGAAGGAAGATTCTTCCTGATCTCTTGGCT  722

seq1  CTTGTGGATCTTTTAAGGGTCCCGTTCTCCTGCTCCAGGTTCTGTCATGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGATCTTTTAAGGGTCCCGTTCTCCTGCTCCAGGTTCTGTCATGC  772

seq1  TAGTGTGCTGTGTTTGTGGCTTTCTTGTCCTGTTGCTTTTCCTTCTGTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGCTGTGTTTGTGGCTTTCTTGTCCTGTTGCTTTTCCTTCTGTCT  822

seq1  GTACTCCAGCGATTTGATTACCCGGCTGTCCCTGTACGCAGCCTGTCCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCCAGCGATTTGATTACCCGGCTGTCCCTGTACGCAGCCTGTCCAG  872

seq1  CAGCTGATGAAACACAGATGCTTGATCTCAGGATGCTGCCCCGTGCTGCG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGATGAAACACAGATGCTTGATCTCAGGATGCTGCCCCGTGCTGCG  922

seq1  CTGTGCCGAGTCCCAAACGTATGTTCTTGGCTGAAGGGCTGAGGGCCTGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCGAGTCCCAAACGTATGTTCTTGGCTGAAGGGCTGAGGGCCTGG  972

seq1  GCTGAGGGGTGGGGATCAATTAGTCAGCCCACAGAGGCCAAAGGTCTAGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGGGTGGGGATCAATTAGTCAGCCCACAGAGGCCAAAGGTCTAGT  1022

seq1  CCTTGGGGTGCAGGCTCAGGCACAGTAGATCTCCACTTTGTGGATTTTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGGTGCAGGCTCAGGCACAGTAGATCTCCACTTTGTGGATTTTGT  1072

seq1  TTTTAAATACTGTCCATGTGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATACTGTCCATGTGAATTC  1097