BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-149N08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 30,135,537 - 30,233,031
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna2d3
Upstream geneErc2, LOC100040206, Wnt5a, LOC100040218, Lrtm1, Ppia-ps15
Downstream geneEG665431, Selk, Actr8, Il17rb, Chdh, Cacna1d, LOC665399
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-149N08.bB6Ng01-149N08.g
ACCDH946067DH946068
length3891,145
definitionDH946067|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149N08, 5' end.DH946068|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149N08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,232,637 - 30,233,031)(30,135,537 - 30,136,691)
sequence
acttagcctggccaacttagccaaactatgtgtcaacatataaaatacat
taagtctgggagggaggttatatctcagtggtagagcactgcctagcatg
agtaaggttctggattcaattcctatttacacataccaccacaaccagca
gcagcaacaacatacattcatatatacatacacacacatatgtgtacaca
cacatacacacaaacatacatgaaagggggcgtagaaaatgggggtatta
gagtatccaggtagaaggaggatagtctgggtcactagaattgtattcat
taggagaataatttaaatctaagttgaatttcttcagtgagtgtgtgtag
tatgtgtatgtagttatgtgtgtgtacgtgcatatgtat
gaattcactaactataaccagactgtggtagtgctgaaaattatgtggcc
accctgatgtctacaaaggcttaagttaggctacataaagacaggggtgg
taagaaaatgctgtctccaatcactgagttttggtctctgtttctacaca
aatgtttaccagtgttcatggatgcctagcttcagtttctagggttgtga
caacagagagcagaatttcccctcaaccagcaactggctaaagcagtctt
cataattccctcaatgtagtagttttaaaattagcttgtttgagagatcg
gggcaaaaggaacatgtttagagaacaactcctgaccactggaacactac
tttgaaccctcaaaagagtcatttaattccagttcttatggatttgatag
acagtgatgctatcatgctcataatgtgcctgagttcacaaagatgcagg
tagagctgccagagacaaggggtgctggcaatatgaattgtggtatctaa
cagtatgctagcgagcaaacaaccgccagcccagaaaacttactaagaat
atccaacaactcttaaaagctctacacttcacaatgggaatctctggcca
aggcaaatttagattggtagatgttgttgaaggtgtttccgtggaagagg
ccattgtctggcacagagatgccagtatgttgcatagcctatcactttct
gggagtgggatggagagacaacatagctcacctaggtaggagtctgggaa
taataaaaaggcctcctttggctttgcccaatctcttcgaagccccctga
gctatggctggctctcagtcagtctaccaatgctctcagcatccatgact
ttcatgatcagaatgagaatccagaaaataaaatttaagtcaaaccatac
aaacacatacaatcaaatgagaccatgctgaacccttcacaactcaccta
cagtgaaaatctctgtttgagctctctgctaccagggagcctactgtatt
agagtcatgggatgtgatatggatacacataagacacagcctaacaaaac
actagatttcattggggcatattagccaatgcagatggattctctaggac
cgttatcatgctcaaagagccacatctgagaaagttcttctttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_30232637_30233031
seq2: B6Ng01-149N08.b_47_441 (reverse)

seq1  ATACATATGCATGTACACACACATAACTACATACACATACTACACACACT  50
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATGCACGTACACACACATAACTACATACACATACTACACACACT  50

seq1  CACTGAAGAAATTCAACTTAGATTTAAATTATTCTCCTAATGAATACAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAGAAATTCAACTTAGATTTAAATTATTCTCCTAATGAATACAAT  100

seq1  TCTAGTGACCCAGACTATCCTCCTTCTACCTGGATACTCTAATACCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTGACCCAGACTATCCTCCTTCTACCTGGATACTCTAATACCCCCA  150

seq1  TTTTCTACGCCCCCTTTCATGTATGTTTGTGTGTATGTGTGTGTACACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTACGCCCCCTTTCATGTATGTTTGTGTGTATGTGTGTGTACACAT  200

seq1  ATGTGTGTGTATGTATATATGAATGTATGTTGTTGCTGCTGCTGGTTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTATGTATATATGAATGTATGTTGTTGCTGCTGCTGGTTGTG  250

seq1  GTGGTATGTGTAAATAGGAATTGAATCCAGAACCTTACTCATGCTAGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATGTGTAAATAGGAATTGAATCCAGAACCTTACTCATGCTAGGCA  300

seq1  GTGCTCTACCACTGAGATATAACCTCCCTCCCAGACTTAATGTATTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTACCACTGAGATATAACCTCCCTCCCAGACTTAATGTATTTTAT  350

seq1  ATGTTGACACATAGTTTGGCTAAGTTGGCCAGGCTAAGTGAATTC  395
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGACACATAGTTTGGCTAAGTTGGCCAGGCTAAGTGAATTC  395

seq1: chr14_30135537_30136691
seq2: B6Ng01-149N08.g_67_1211

seq1  GAATTCACTAACTATAACCAGACTGTGGTAGTGCTGAAAATTATGTGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAACTATAACCAGACTGTGGTAGTGCTGAAAATTATGTGGCC  50

seq1  ACCCTGATGTCTACAAAGGCTTAAGTTAGGCTACATAAAGACAGGGGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGATGTCTACAAAGGCTTAAGTTAGGCTACATAAAGACAGGGGTGG  100

seq1  TAAGAAAATGCTGTCTCCAATCACTGAGTTTTGGTCTCTGTTTCTACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAATGCTGTCTCCAATCACTGAGTTTTGGTCTCTGTTTCTACACA  150

seq1  AATGTTTACCAGTGTTCATGGATGCCTAGCTTCAGTTTCTAGGGTTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTACCAGTGTTCATGGATGCCTAGCTTCAGTTTCTAGGGTTGTGA  200

seq1  CAACAGAGAGCAGAATTTCCCCTCAACCAGCAACTGGCTAAAGCAGTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGAGAGCAGAATTTCCCCTCAACCAGCAACTGGCTAAAGCAGTCTT  250

seq1  CATAATTCCCTCAATGTAGTAGTTTTAAAATTAGCTTGTTTGAGAGATCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTCCCTCAATGTAGTAGTTTTAAAATTAGCTTGTTTGAGAGATCG  300

seq1  GGGCAAAAGGAACATGTTTAGAGAACAACTCCTGACCACTGGAACACTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAAAGGAACATGTTTAGAGAACAACTCCTGACCACTGGAACACTAC  350

seq1  TTTGAACCCTCAAAAGAGTCATTTAATTCCAGTTCTTATGGATTTGATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACCCTCAAAAGAGTCATTTAATTCCAGTTCTTATGGATTTGATAG  400

seq1  ACAGTGATGCTATCATGCTCATAATGTGCCTGAGTTCACAAAGATGCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGATGCTATCATGCTCATAATGTGCCTGAGTTCACAAAGATGCAGG  450

seq1  TAGAGCTGCCAGAGACAAGGGGTGCTGGCAATATGAATTGTGGTATCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTGCCAGAGACAAGGGGTGCTGGCAATATGAATTGTGGTATCTAA  500

seq1  CAGTATGCTAGCGAGCAAACAACCGCCAGCCCAGAAAACTTACTAAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGCTAGCGAGCAAACAACCGCCAGCCCAGAAAACTTACTAAGAAT  550

seq1  ATCCAACAACTCTTAAAAGCTCTACACTTCACAATGGGAATCTCTGGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAACAACTCTTAAAAGCTCTACACTTCACAATGGGAATCTCTGGCCA  600

seq1  AGGCAAATTTAGATTGGTAGATGTTGTTGAAGGTGTTTCCGTGGAAGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAATTTAGATTGGTAGATGTTGTTGAAGGTGTTTCCGTGGAAGAGG  650

seq1  CCATTGTCTGGCACAGAGATGCCAGTATGTTGCATAGCCTATCACTTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTCTGGCACAGAGATGCCAGTATGTTGCATAGCCTATCACTTTCT  700

seq1  GGGAGTGGGATGGAGAGACAACATAGCTCACCTAGGTAGGAGTCTGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGGGATGGAGAGACAACATAGCTCACCTAGGTAGGAGTCTGGGAA  750

seq1  TAATAAAAAGGCCTCCTTTGGCTTTGCCCAATCTCTTCGAAGCCCCCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAAAGGCCTCCTTTGGCTTTGCCCAATCTCTTCGAAGCCCCCTGA  800

seq1  GCTATGGCTGGCTCTCAGTCAGTCTACCAATGCTCTCAGCATCCATGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGGCTGGCTCTCAGTCAGTCTACCAATGCTCTCAGCATCCATGACT  850

seq1  TTCATGATCAGAATGAGAATCCAGAAAATAAAATTTAAGTCAAACCATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGATCAGAATGAGAATCCAGAAAATAAAATTTAAGTCAAACCATAC  900

seq1  AAACACATACAATCAAATGAGACCATGCTGAACCCTTCACAACTCACCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATACAATCAAATGAGACCATGCTGAACCCTTCACAACTCACCTA  950

seq1  CAGTGAGAATCTGCTGTTTGAGCTCTCTGCTACCAGGGAGCCTACTGTTA  1000
      |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  CAGTGAAAATCT-CTGTTTGAGCTCTCTGCTACCAGGGAGCCTACTG---  996

seq1  TATAAGAGTCAAGGGATGTGATATGGATACCACATAAGACACAGCCCAAC  1050
      ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  TATTAGAGTCATGGGATGTGATATGGATA-CACATAAGACACAGCCTAAC  1045

seq1  AAAACACTAGATTTCATTGGGGGCATATAAG-CAATGCAGAATGGATTCT  1099
      |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||
seq2  AAAACACTAGATTTCATT-GGGGCATATTAGCCAATGCAG-ATGGATTCT  1093

seq1  CT-GGACAGGGTGATCAAGGCTCAGAAGAAGCAACATCTGAG-ATGTTCT  1147
      || ||||   || ||| | ||||| ||| ||| ||||||||| | |||| 
seq2  CTAGGAC--CGTTATC-ATGCTCA-AAG-AGCCACATCTGAGAAAGTTC-  1137

seq1  TTCTTTGT  1155
      ||||||||
seq2  TTCTTTGT  1145