BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157G01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 24,568,249 - 24,727,519
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnma1
Upstream gene1700112E06Rik, LOC665068
Downstream geneLOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik, LOC669325, Polr3a, Rps24, LOC669315
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157G01.bB6Ng01-157G01.g
ACCDH951627DH951628
length1,0541,013
definitionDH951627|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157G01, 5' end.DH951628|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157G01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,568,249 - 24,569,307)(24,726,500 - 24,727,519)
sequence
gaattccaagaggtcctggaaaggcagagggccaggaaactcaggctgac
acagatctggcaagctgggtaagagccaggttaataggcctttgaatgca
agtatagcatctagttgggacgatgggtactcgcctgtgagaaatgacgc
tttcatatctcttacgccagcatgctcctgaaatgtagttctgataccct
tagcagatgagtatacagaagaacatactgaatattccagtagggatctg
acaaaccagggccaaatccatcagttatcaaacttcccaagtactcccag
gaatggccacagatagacaagttagcattctgttctgtggatgggctgcc
actattctttggagcacatctctgcaatgctggctgtattcaaaacagcg
gtaggattctagacaatacttgcccatactttccttgcctctcagcaaat
ctaaaatctgaggctaaatttattgaagctaaatactaaaaccggaaatc
ttttcaaaacattaagatggtattggccttagaaaatgagctccttcact
ctgcaatcacttcctaatgcagtcctgagatgctctcatctatggtctga
atggtgtgcctccagcttagatactagcatctcatcacccatgtgactgc
attaggagacaaggttttgtagaagcaatggggccaaaggtacagagtcc
ctgtgaatgagatggggctctaaaggcctactttgccctccttcaccctg
acaaaataagttatcatctaagaatcagaaataaaggccttaccagaaat
ggaagcttccagaaccttgaccttggactcccagcaccttcagatctgga
ataagtttctcttgttcataagttgcccagcctgtggtatctcgtatcag
cagtcacattgaaccaacactccttatctacccatgtgggcataggatga
tgtacgaccattcttatggtatacctaaatatgctgggagcagcatgttg
cattcaaacttgtaggtgagtcacagaaagctaggctagaaaatgaaata
gtcc
gaattccctggctgagtccacttggccaggatccaactgtttaaagagca
tcaggataccaatggatcacagtcaggatcactgatgtccaggatttagg
tgaagggtggcctccatctgaggggtgcctcaggggattttctaggcatt
tggtgttaaaagttctccagagggcttgcattctttccaaactggtggct
acctgcattagttaggatgcttaatcacatcaacttttggaaaacaccaa
ctctgattagcttacagtttcccccgtagggagaacataaatcaggggag
agcaagtgcttgtgcaagggttcagtgatgttggtgaagccctgggtgcc
tctcttcctttattctggcattcttagaggcctcttgttaccattggttg
gcacctatgctgagcatactcgtattcttggccttgtgtccgaagatttg
acattaaaagctcacatgcatttataaaagaagcaagataactctggagt
tagggcagggaggctggattgctcagtggttaagggagtgctgttctcaa
ataccatcagaagtaaagctgtaccgtgacccacaccgatatgtcagtac
tctggcaccttttcttctttctctggagctgggtctctaggtatgtctgg
aattgggatcccagagcatcatatgccggtgtgcaacattttctaaagcc
agcctcaggatcctatgtacatttgagtgttagaaactcctagacctgtc
aagatgcccacaggagacaagggaagctgtctcagactcaaagcgaacac
catctgcagtcttggtctttgagctcttgcaggcttgagtgtgtggtgca
actcttggagcttctttttgtatcacaggaatgttcttggcctcttttga
tgactcaggctttccagctttccttttagcatctcacatgctcctggggt
cgtcttctgttgtgggtatagagcttggcagagcctagctctcagatggg
gagttgcacataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_24568249_24569307
seq2: B6Ng01-157G01.b_47_1100

seq1  GAATTCCAAGAGGTCCTGGAAAGGCAGAGGGCCAGGAAACTCAGGCTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGAGGTCCTGGAAAGGCAGAGGGCCAGGAAACTCAGGCTGAC  50

seq1  ACAGATCTGGCAAGCTGGGTAAGAGCCAGGTTAATAGGCCTTTGAATGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCTGGCAAGCTGGGTAAGAGCCAGGTTAATAGGCCTTTGAATGCA  100

seq1  AGTATAGCATCTAGTTGGGACGATGGGTACTCGCCTGTGAGAAATGACGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGCATCTAGTTGGGACGATGGGTACTCGCCTGTGAGAAATGACGC  150

seq1  TTTCATATCTCTTACGCCAGCATGCTCCTGAAATGTAGTTCTGATACCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATATCTCTTACGCCAGCATGCTCCTGAAATGTAGTTCTGATACCCT  200

seq1  TAGCAGATGAGTATACAGAAGAACATACTGAATATTCCAGTAGGGATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGATGAGTATACAGAAGAACATACTGAATATTCCAGTAGGGATCTG  250

seq1  ACAAACCAGGGCCAAATCCATCAGTTATCAAACTTCCCAAGTACTCCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACCAGGGCCAAATCCATCAGTTATCAAACTTCCCAAGTACTCCCAG  300

seq1  GAATGGCCACAGATAGACAAGTTAGCATTCTGTTCTGTGGATGGGCTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCCACAGATAGACAAGTTAGCATTCTGTTCTGTGGATGGGCTGCC  350

seq1  ACTATTCTTTGGAGCACATCTCTGCAATGCTGGCTGTATTCAAAACAGCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCTTTGGAGCACATCTCTGCAATGCTGGCTGTATTCAAAACAGCG  400

seq1  GTAGGATTCTAGACAATACTTGCCCATACTTTCCTTGCCTCTCAGCAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATTCTAGACAATACTTGCCCATACTTTCCTTGCCTCTCAGCAAAT  450

seq1  CTAAAATCTGAGGCTAAATTTATTGAAGCTAAATACTAAAACCGGAAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATCTGAGGCTAAATTTATTGAAGCTAAATACTAAAACCGGAAATC  500

seq1  TTTTCAAAACATTAAGATGGTATTGGCCTTAGAAAATGAGCTCCTTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAACATTAAGATGGTATTGGCCTTAGAAAATGAGCTCCTTCACT  550

seq1  CTGCAATCACTTCCTAATGCAGTCCTGAGATGCTCTCATCTATGGTCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATCACTTCCTAATGCAGTCCTGAGATGCTCTCATCTATGGTCTGA  600

seq1  ATGGTGTGCCTCCAGCTTAGATACTAGCATCTCATCACCCATGTGACTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTGCCTCCAGCTTAGATACTAGCATCTCATCACCCATGTGACTGC  650

seq1  ATTAGGAGACAAGGTTTTGTAGAAGCAATGGGGCCAAAGGTACAGAGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAGACAAGGTTTTGTAGAAGCAATGGGGCCAAAGGTACAGAGTCC  700

seq1  CTGTGAATGAGATGGGGCTCTAAAGGCCTACTTTGCCCTCCTTCACCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAATGAGATGGGGCTCTAAAGGCCTACTTTGCCCTCCTTCACCCTG  750

seq1  ACAAAATAAGTTATCATCTAAGAATCAGAAATAAAGGCCTTACCAGAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATAAGTTATCATCTAAGAATCAGAAATAAAGGCCTTACCAGAAAT  800

seq1  GGAAGCTTCCAGAACCTTGACCTTGGACTCCCAGCACCTTCAGATCTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTTCCAGAACCTTGACCTTGGACTCCCAGCACCTTCAGATCTGGA  850

seq1  ATAAGTTTCTCTTGTTCATAAGTTGCCCAGCCTGTGGTATCTCGTATCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTTCTCTTGTTCATAAGTTGCCCAGCCTGTGGTATCTCGTATCAG  900

seq1  CAGTCACATTGAACCAACACTCCTTATCTACCCATGTGGGCATAGGATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACATTGAACCAACACTCCTTATCTACCCATGTGGGCATAGGATGA  950

seq1  TGTAAGGACCATTCTTATGGTATACCTAAATATGCTGGGAGCCAGCATGT  1000
      ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGT-ACGACCATTCTTATGGTATACCTAAATATGCTGGGAG-CAGCATGT  998

seq1  TGCATTCAAACCTGTAGGTGAGTTCACAGGAAAGCTAGGGCTAGAAAATG  1050
      ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TGCATTCAAACTTGTAGGTGAG-TCACA-GAAAGCTA-GGCTAGAAAATG  1045

seq1  AAATAGTCC  1059
      |||||||||
seq2  AAATAGTCC  1054

seq1: chr14_24726500_24727519
seq2: B6Ng01-157G01.g_68_1080 (reverse)

seq1  TTATGTTGCAAAACTCCCCATCTGGAGAGCTTAGGCTCTGCCCAAGCTCT  50
      ||||| |||  |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||
seq2  TTATG-TGC--AACTCCCCATCT-GAGAGC-TAGGCTCTG-CCAAGCTCT  44

seq1  ATACCCACAACAAGAAAGACGACCCCAGGAGCATGTGAGATGCTAAAAGG  100
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCACAACA--GAAGACGACCCCAGGAGCATGTGAGATGCTAAAAGG  92

seq1  AAAGCTGGAAAGCTTGAGTCATC-AAAGA-GCCAAGAACATTCCCTGTGA  148
      ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||
seq2  AAAGCTGGAAAGCCTGAGTCATCAAAAGAGGCCAAGAACATT-CCTGTGA  141

seq1  TACAAAAAGAGGCTCCAAGAGTTGCACCACACACTCAAGCCTGCAAGAGC  198
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAAAGAAGCTCCAAGAGTTGCACCACACACTCAAGCCTGCAAGAGC  191

seq1  TCAAAGACCAAGACTGCAGATGGTGTTCGCTTTGAGTCTGAGACAGCTTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGACCAAGACTGCAGATGGTGTTCGCTTTGAGTCTGAGACAGCTTC  241

seq1  CCTTGTCTCCTGTGGGCATCTTGACAGGTCTAGGAGTTTCTAACACTCAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCTCCTGTGGGCATCTTGACAGGTCTAGGAGTTTCTAACACTCAA  291

seq1  ATGTACATAGGATCCTGAGGCTGGCTTTAGAAAATGTTGCACACCGGCAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATAGGATCCTGAGGCTGGCTTTAGAAAATGTTGCACACCGGCAT  341

seq1  ATGATGCTCTGGGATCCCAATTCCAGACATACCTAGAGACCCAGCTCCAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGCTCTGGGATCCCAATTCCAGACATACCTAGAGACCCAGCTCCAG  391

seq1  AGAAAGAAGAAAAGGTGCCAGAGTACTGACATATCGGTGTGGGTCACGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAGAAAAGGTGCCAGAGTACTGACATATCGGTGTGGGTCACGGT  441

seq1  ACAGCTTTACTTCTGATGGTATTTGAGAACAGCACTCCCTTAACCACTGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTTACTTCTGATGGTATTTGAGAACAGCACTCCCTTAACCACTGA  491

seq1  GCAATCCAGCCTCCCTGCCCTAACTCCAGAGTTATCTTGCTTCTTTTATA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCCAGCCTCCCTGCCCTAACTCCAGAGTTATCTTGCTTCTTTTATA  541

seq1  AATGCATGTGAGCTTTTAATGTCAAATCTTCGGACACAAGGCCAAGAATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATGTGAGCTTTTAATGTCAAATCTTCGGACACAAGGCCAAGAATA  591

seq1  CGAGTATGCTCAGCATAGGTGCCAACCAATGGTAACAAGAGGCCTCTAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTATGCTCAGCATAGGTGCCAACCAATGGTAACAAGAGGCCTCTAAG  641

seq1  AATGCCAGAATAAAGGAAGAGAGGCACCCAGGGCTTCACCAACATCACTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCAGAATAAAGGAAGAGAGGCACCCAGGGCTTCACCAACATCACTG  691

seq1  AACCCTTGCACAAGCACTTGCTCTCCCCTGATTTATGTTCTCCCTACGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTGCACAAGCACTTGCTCTCCCCTGATTTATGTTCTCCCTACGGG  741

seq1  GGAAACTGTAAGCTAATCAGAGTTGGTGTTTTCCAAAAGTTGATGTGATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTGTAAGCTAATCAGAGTTGGTGTTTTCCAAAAGTTGATGTGATT  791

seq1  AAGCATCCTAACTAATGCAGGTAGCCACCAGTTTGGAAAGAATGCAAGCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCCTAACTAATGCAGGTAGCCACCAGTTTGGAAAGAATGCAAGCC  841

seq1  CTCTGGAGAACTTTTAACACCAAATGCCTAGAAAATCCCCTGAGGCACCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAGAACTTTTAACACCAAATGCCTAGAAAATCCCCTGAGGCACCC  891

seq1  CTCAGATGGAGGCCACCCTTCACCTAAATCCTGGACATCAGTGATCCTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATGGAGGCCACCCTTCACCTAAATCCTGGACATCAGTGATCCTGA  941

seq1  CTGTGATCCATTGGTATCCTGATGCTCTTTAAACAGTTGGATCCTGGCCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATCCATTGGTATCCTGATGCTCTTTAAACAGTTGGATCCTGGCCA  991

seq1  AGTGGACTCAGCCAGGGAATTC  1020
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACTCAGCCAGGGAATTC  1013