BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-159H01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 26,122,505 - 26,256,901
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneE330034G19Rik, LOC669325, Polr3a, Rps24, LOC669315, LOC100039411
Downstream geneZmiz1, I920194n01, LOC100039007, 4931406H21Rik, Ppif, 2310047A01Rik, Anxa11, Plac9, D14Ertd449e, Cphx, 1110051B16Rik, LOC100039468, LOC100039484, LOC100039175, LOC100039192, LOC100039213, LOC100039227, LOC100039503, LOC100039246, LOC100039257, LOC100039280, LOC100039293, LOC100039527, LOC100039538, 4933413J09Rik, Slmap
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-159H01.bB6Ng01-159H01.g
ACCDH953104DH953105
length1,1981,097
definitionDH953104|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159H01, 5' end.DH953105|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159H01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,255,678 - 26,256,901)(26,122,505 - 26,123,607)
sequence
gaattccagcatggttaggatcacataaagacacaccatctcaataaaat
aaaataaaataaaatataaaataaaatagcatttcctggattgtcagttc
atttaatcctcaccaacctgatgagggagggttgtttaaagaactagagg
cacaggaatggctcaacaatgaggctaattaaccctctccaggtctcacg
gtaaagacatgaagacggggtttacagcccagttttctgactgactgaat
gtagatgcacaggtatgggggcttccagactgtaaccatggcaaccgcag
agctcatttgtagcttgtcaagtaactttccagtgctattgcactgacta
cctatgacaagccccacaggagtcccatactataaagaagtaaactgagg
cacactatggaatttgagcaacatcacccagttaccagtcaagagtgaaa
tctaggaagtctgactttgggatttacaagagcatgatgaccaaatctct
cacagtgtaggatatggtgcacagtaggtcctcaataaacaatctcaata
agaataatacacagaataaataatacactgtggaccagtgtgctttcgct
tctcttgagtcaatgcctagatgtgggtttgtttgctgaatatctaagag
tgtgttaagagtgtgtttgactttataagaaattggtgggaatctgatgc
tattgctctggtgtttagagtcctgagttcaactcctagcacaacataaa
ctgggcaaagcagcacacccctgtagtcctagtattcaggaggttgatac
aggaggatcagaaattaagggtcaacctcagttacatggcaaattttagg
tcagcctgggctacctgtgaaacaggagaaaatggagaaccaagcaaact
ctttttcagtatttgtacacattggctacctgcaattcaaaaggctctgt
ttacctatatatttatatagtgatattacctgtcactcatctaagctatc
tgcagtacaatggtaatctttgtgtgtgaatttcatctgcaatgactaat
gacgctgaggatattgacattctcatgtgcatgcaccgtttttgatgagt
actagttgagtctttcgggccacatttgaatggtcactggctttgtctat
ctggttcagagtctcatgtaatttctgaacagaaatttgtcaatctat
gaattctagacacataactctgaaggaacatggataatataccaccaaga
tcatgcttcagttaacacacacacatacacacactcattcacacatacac
acacatataaagtcacatacgtatacatactcacacatatacatacccac
ccatatatacacacataatcatttacacatactcacacttacatatacac
tcacagaatgcatacacacactcacatatacatacccacacatacacata
cactcgcacatataacacactcacacatgtacacacacactcacacatac
acacccacttacatacatacacacatgcacacacacatgtgcacacacac
acacacatacatacacaccagaggctgaccttagccagtgaagaccaagg
aaaggaaccgtcaggtaaacaaggctgagaaaagtggagaagacaggtaa
aagccttcagggacaaagcacaaagtgacactatgggggaagagcaggta
aagaggatgctgggtagggacatgtgagggccaggggcccagaacccacc
ctgacttaaaccatgacccaagtcagcaattgctttcagctgcctcggca
tacacatctgtaaaatggttttattcctttcttctataagtgtgcctggc
tctggaagcttgaagctgtcttctgggcatgcggaaatccttcacacaca
ggagagctcaggtgtcaggacaagagggaagggcagccgtgagatcttga
catactggctggccctctccaattttcgaaggtctggctcctaaaaatag
aagactccataggtctaaagttcccaacagtacaacagacaaagaagaaa
gagtcgattccagtccacttgaattgaagtcctcggctttgtcatttaca
gttttcccttgggcatgcttcctcggggtctctcctgtcaatgtggctac
atgagaaagtaggagaacaggttagaccagagaaggtactggcttcttaa
gaagtagagagccttgcacttcagcatgtcctcaaagcaataacagacag
tctatggtaaggatccacatggcggcttggatgacatgcttggagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_26255678_26256901
seq2: B6Ng01-159H01.b_46_1243 (reverse)

seq1  ATAGATTGACAAAGATCTTGTATCAGGAATTTACATGAAGACTCTTTGAA  50
      |||||||||||||  || ||| ||| ||| ||||||| ||||||  ||||
seq2  ATAGATTGACAAATTTC-TGT-TCA-GAAATTACATG-AGACTC--TGAA  44

seq1  CTCAGGAATGACAAAGCCAGTGGCCCAATCAAA-GTGGGCCG-AAGACTC  98
      | || ||  |||||||||||| | ||| ||||| |||| ||| |||||||
seq2  C-CA-GATAGACAAAGCCAGT-GACCATTCAAATGTGGCCCGAAAGACTC  91

seq1  AACTAGTTACTTCATCAAAAACGGTGCATGCACATGAGAAATGTCCAATA  148
      |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  AACTAG-TAC-TCATCAAAAACGGTGCATGCACATGAG-AATGT-CAATA  137

seq1  TCCTCAGCGTCATTAGTCATTGCAGAATTGAAAATTCACAACAACAAAGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||   |||||| 
seq2  TCCTCAGCGTCATTAGTCATTGCAGA--TG-AAATTCACA--CACAAAG-  181

seq1  ATTACCATTTGTACTGGCCAGAATAGCTTAGATGAGTGACAGGTAATATC  248
      ||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCA-TTGTACTG--CAG-ATAGCTTAGATGAGTGACAGGTAATATC  227

seq1  AACTATATAAATAATATAGGGTAAACAGAGCCCTTTTGAATTGCAGGTAG  298
       ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  -ACTATATAAAT-ATATA-GGTAAACAGAG-CCTTTTGAATTGCAGGTAG  273

seq1  CCAATGTGTACAAATACCTGAAAAAGAGTTTGCTTGGTTCTCCATTTTCT  348
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTGTACAAATA-CTGAAAAAGAGTTTGCTTGGTTCTCCATTTTCT  322

seq1  CCTGTTTCACAGGTAGCCCAGGCTGACCTAAAATTTGCCATGTAACTGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTCACAGGTAGCCCAGGCTGACCTAAAATTTGCCATGTAACTGAG  372

seq1  GTTGACCCTTAATTTCTGATCCTCCTGTATCAACCTCCTGAATACTAGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACCCTTAATTTCTGATCCTCCTGTATCAACCTCCTGAATACTAGGA  422

seq1  CTACAGGGGTGTGCTGCTTTGCCCAGTTTATGTTGTGCTAGGAGTTGAAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGGGGTGTGCTGCTTTGCCCAGTTTATGTTGTGCTAGGAGTTGAAC  472

seq1  TCAGGACTCTAAACACCAGAGCAATAGCATCAGATTCCCACCAATTTCTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACTCTAAACACCAGAGCAATAGCATCAGATTCCCACCAATTTCTT  522

seq1  ATAAAGTCAAACACACTCTTAACACACTCTTAGATATTCAGCAAACAAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTCAAACACACTCTTAACACACTCTTAGATATTCAGCAAACAAAC  572

seq1  CCACATCTAGGCATTGACTCAAGAGAAGCGAAAGCACACTGGTCCACAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTAGGCATTGACTCAAGAGAAGCGAAAGCACACTGGTCCACAGT  622

seq1  GTATTATTTATTCTGTGTATTATTCTTATTGAGATTGTTTATTGAGGACC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTATTTATTCTGTGTATTATTCTTATTGAGATTGTTTATTGAGGACC  672

seq1  TACTGTGCACCATATCCTACACTGTGAGAGATTTGGTCATCATGCTCTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGCACCATATCCTACACTGTGAGAGATTTGGTCATCATGCTCTTG  722

seq1  TAAATCCCAAAGTCAGACTTCCTAGATTTCACTCTTGACTGGTAACTGGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCCAAAGTCAGACTTCCTAGATTTCACTCTTGACTGGTAACTGGG  772

seq1  TGATGTTGCTCAAATTCCATAGTGTGCCTCAGTTTACTTCTTTATAGTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTGCTCAAATTCCATAGTGTGCCTCAGTTTACTTCTTTATAGTAT  822

seq1  GGGACTCCTGTGGGGCTTGTCATAGGTAGTCAGTGCAATAGCACTGGAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCCTGTGGGGCTTGTCATAGGTAGTCAGTGCAATAGCACTGGAAA  872

seq1  GTTACTTGACAAGCTACAAATGAGCTCTGCGGTTGCCATGGTTACAGTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTTGACAAGCTACAAATGAGCTCTGCGGTTGCCATGGTTACAGTCT  922

seq1  GGAAGCCCCCATACCTGTGCATCTACATTCAGTCAGTCAGAAAACTGGGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCCCCATACCTGTGCATCTACATTCAGTCAGTCAGAAAACTGGGC  972

seq1  TGTAAACCCCGTCTTCATGTCTTTACCGTGAGACCTGGAGAGGGTTAATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAACCCCGTCTTCATGTCTTTACCGTGAGACCTGGAGAGGGTTAATT  1022

seq1  AGCCTCATTGTTGAGCCATTCCTGTGCCTCTAGTTCTTTAAACAACCCTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCATTGTTGAGCCATTCCTGTGCCTCTAGTTCTTTAAACAACCCTC  1072

seq1  CCTCATCAGGTTGGTGAGGATTAAATGAACTGACAATCCAGGAAATGCTA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCAGGTTGGTGAGGATTAAATGAACTGACAATCCAGGAAATGCTA  1122

seq1  TTTTATTTTATATTTTATTTTATTTTATTTTATTGAGATGGTGTGTCTTT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTATATTTTATTTTATTTTATTTTATTGAGATGGTGTGTCTTT  1172

seq1  ATGTGATCCTAACCATGCTGGAATTC  1224
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATCCTAACCATGCTGGAATTC  1198

seq1: chr14_26122505_26123607
seq2: B6Ng01-159H01.g_68_1164

seq1  GAATTCTAGACACATAACTCTGAAGGAACATGGATAATATACCACCAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGACACATAACTCTGAAGGAACATGGATAATATACCACCAAGA  50

seq1  TCATGCTTCAGTTAACACACACACATACACACACTCATTCACACATACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTTCAGTTAACACACACACATACACACACTCATTCACACATACAC  100

seq1  ACACATATAAAGTCACATACGTATACATACTCACACATATACATACCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATAAAGTCACATACGTATACATACTCACACATATACATACCCAC  150

seq1  CCATATATACACACATAATCATTTACACATACTCACACTTACATATACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATATACACACATAATCATTTACACATACTCACACTTACATATACAC  200

seq1  TCACAGAATGCATACACACACTCACATATACATACCCACACATACACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAATGCATACACACACTCACATATACATACCCACACATACACATA  250

seq1  CACTCGCACATATAACACACTCACACATGTACACACACACTCACACATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCGCACATATAACACACTCACACATGTACACACACACTCACACATAC  300

seq1  ACACCCACTTACATACATACACACATGCACACACACATGTGCACACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCACTTACATACATACACACATGCACACACACATGTGCACACACAC  350

seq1  ACACACATACATACACACCAGAGGCTGACCTTAGCCAGTGAAGACCAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATACATACACACCAGAGGCTGACCTTAGCCAGTGAAGACCAAGG  400

seq1  AAAGGAACCGTCAGGTAAACAAGGCTGAGAAAAGTGGAGAAGACAGGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAACCGTCAGGTAAACAAGGCTGAGAAAAGTGGAGAAGACAGGTAA  450

seq1  AAGCCTTCAGGGACAAAGCACAAAGTGACACTATGGGGGAAGAGCAGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTCAGGGACAAAGCACAAAGTGACACTATGGGGGAAGAGCAGGTA  500

seq1  AAGAGGATGCTGGGTAGGGACATGTGAGGGCCAGGGGCCCAGAACCCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGATGCTGGGTAGGGACATGTGAGGGCCAGGGGCCCAGAACCCACC  550

seq1  CTGACTTAAACCATGACCCAAGTCAGCAATTGCTTTCAGCTGCCTCGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTAAACCATGACCCAAGTCAGCAATTGCTTTCAGCTGCCTCGGCA  600

seq1  TACACATCTGTAAAATGGTTTTATTCCTTTCTTCTATAAGTGTGCCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATCTGTAAAATGGTTTTATTCCTTTCTTCTATAAGTGTGCCTGGC  650

seq1  TCTGGAAGCTTGAAGCTGTCTTCTGGGCATGCGGAAATCCTTCACACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGCTTGAAGCTGTCTTCTGGGCATGCGGAAATCCTTCACACACA  700

seq1  GGAGAGCTCAGGTGTCAGGACAAGAGGGAAGGGCAGCCGTGAGATCTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGCTCAGGTGTCAGGACAAGAGGGAAGGGCAGCCGTGAGATCTTGA  750

seq1  CATACTGGCTGGCCCTCTCCAATTTTCGAAGGTCTGGCTCCTAAAAATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGGCTGGCCCTCTCCAATTTTCGAAGGTCTGGCTCCTAAAAATAG  800

seq1  AAGACTCCATAGGTCTAAAGTTCCCAACAGTACAACAGACAAAGAGGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGACTCCATAGGTCTAAAGTTCCCAACAGTACAACAGACAAAGAAGAAA  850

seq1  GAGTCGAATCCCAGTCCACCTGAATTGAAGTCCTCGGCTTTGTCATTTAC  900
      |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCG-ATTCCAGTCCACTTGAATTGAAGTCCTCGGCTTTGTCATTTAC  899

seq1  AGTTTTCCCTTGGGCATGCTTCCTCGGGGTCTTCTCCTGTCAATGTGGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCCCTTGGGCATGCTTCCTCGGGGTC-TCTCCTGTCAATGTGGCT  948

seq1  ACATGAGAAAGTAGGAGGAACAGGTTAGACCAGAGAAGGGACTGGC-TCT  999
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  ACATGAGAAAGTAGGA-GAACAGGTTAGACCAGAGAAGGTACTGGCTTCT  997

seq1  TAAGAAAGTAGAGAGCCTTGCACCTCCAGCATGTTCCTCCAAAGCAAATA  1049
      |||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||  |
seq2  TAAG-AAGTAGAGAGCCTTGCA-CTTCAGCATG-TCCT-CAAAGCAATAA  1043

seq1  CAGACAGTCCTATGTGAGGGATCCACATGGC-GCTT-GATGACCCCTGC-  1096
      |||||||| |||||  | ||||||||||||| |||| |||||  | ||| 
seq2  CAGACAGT-CTATGGTAAGGATCCACATGGCGGCTTGGATGA--CATGCT  1090

seq1  TGGAGTC  1103
      |||||||
seq2  TGGAGTC  1097