BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162E11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 112,942,613 - 113,075,803
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlitrk5, LOC100043501, EG223186
Downstream geneLOC100043509, Tpm3-rs7, LOC100043510
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162E11.bB6Ng01-162E11.g
ACCDH955157DH955158
length9981,142
definitionDH955157|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162E11, 5' end.DH955158|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162E11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,074,808 - 113,075,803)(112,942,613 - 112,943,765)
sequence
gaattcagtcagaacatgccactgaggtaagtttggttggaacagaagcc
aattataagcctatatgtaattcacagagaatccctatttttttcaaagc
accacccagaaactctggtaggagccttcacaatgatcctggagaattgc
atcagcttcttgatatgttttcaggtgtacattacctatgccttaaaatg
acttggtggtggtagctgtggtttttattaattctttaaaatttttcata
caagattttttttttcatttttgcatgcacacattttctggagtgtacca
tgtatgttcagtaggacgcagcaaatagaggacagaataaggcagcaaat
aaattacaactagttgaaggtgattatgagtgaggcagtatgtgggtgct
aagaactgaacccaagtcctctgcaagaggactaagcactgtcactgagc
catctctccacttccttaaagtgattcttagaatatattcttttttaaaa
aaaatttgtttttttttttaaattaggtatttatttcatttatatttcca
atgctatccccaaagtcccccacatgctcccccactcactcccccaccca
tccactcctacttcttggccctggtgttcccctgtactggggcagacaaa
atttgcacggccaatggacctctctttccattgataaccaactaggccat
cttctgatacatatgcagctagagacaccagctcttggggggggggtact
gggtagttcatattgttgtcccacctgtagggttgcagatccctttagct
ccttgggtacttttctctagctcctccattgggggccctgtgatccatcc
aatagctgactctgagcatctacttctgtgtttgctaggccccggcatat
cctcacaagagacagctacatctgggttctttcagcaaaatcttggtagt
ttatgccatggtggccgggtttggaggctgattatgggaatggatccc
gaattcttcccttccaattcgcatcagtttgatcttccgttgtcttattg
atcagtctgtcttcctgctgcctgaagatctggatgttcaacaacttctc
cagcactgtgtctgactgcttgttgcctgttctctgctgtgataccaata
accaaaagctccaaaattactgtcaagcacccattaaatgtcttctatga
taccaatgaccaaaagctctgaaacttcaagcaagtgcccattaaatgcc
ttccaagatttgtcatgggcatagtgtctcttcacagcaatagaacgctg
aaaaagccaattgttgatacacagttttttctaactgacataaagtgatt
ctgtagactaagtctttataatactgattgtagagaatactgagcaagat
gaactaggatacctaaagctgcatcctttgtaataaactggttgtacaca
tttattagggaatgatttttttgttcatttttactttgtatataatatgc
tgagagatgtacataagaagatgtatctactattaattaattggggagta
atataggataagacataatgtgtttgtgaatatttgcaaaattgttctca
attgtcatagcaattataaatcttctttgtagtattggtaacattttcac
agtttgtatgctactcttacattctatgttataaattaatttactttatt
ctaagcattctggaatttgtagtttctgactagcaatatgatcctgatga
attgggacacagtcgatatgtcatatacaaggttaccccacagggtcatt
gtctaagtcagggttttctattcctgcactaacatcatgaccaagaagca
agttggggatgaaagggcttgttcggcttacacttccatgctgctgttca
tcaccaaggaagtcagacttgaactcagcagtcaggaagcagagctgatg
cagaggccatgaagggatgtccttactgcttgcttccctggctactcagc
ctgctctctatagaacaggactacagaccagagatgttcccacccacaag
gggcctttccccttgatcactaatggagaaaaaatgcttacagctggatc
tcatgagggcattcccaactgaagctcctttctcgtgtgata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_113074808_113075803
seq2: B6Ng01-162E11.b_46_1043 (reverse)

seq1  GGGATCCA-TCCCATAATCAGCCTCCAAACCCTGGCACCATTGCATAAAC  49
      |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||
seq2  GGGATCCATTCCCATAATCAGCCTCCAAACCCGGCCACCATGGCATAAAC  50

seq1  TACCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACT  99
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  TACCAAGATTTTGCTGAAAGAACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGGAT  100

seq1  ATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTAGATGCTCAGAGTCAGCTATTGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTAGATGCTCAGAGTCAGCTATTGG  150

seq1  ATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAG-AAAGTACCCAAGGAG  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAAGTACCCAAGGAG  200

seq1  CTAAAGGGATCTGCAACCCTACAGGTGGGACAACAATATGAACTACCCAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGGGATCTGCAACCCTACAGGTGGGACAACAATATGAACTACCCAG  250

seq1  TACCCCCCCCCCAAGAGCTGGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCCCCCCCAAGAGCTGGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGAT  300

seq1  GGCCTAGTTGGTTATCAATGGAAAGAGAGGTCCATTGGCCGTGCAAATTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGTTGGTTATCAATGGAAAGAGAGGTCCATTGGCCGTGCAAATTT  350

seq1  TGTCTGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAGAAGTAGGAGTGGATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAGAAGTAGGAGTGGATG  400

seq1  GGTGGGGGAGTGAGTGGGGGAGCATGTGGGGGACTTTGGGGATAGCATTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGGAGTGAGTGGGGGAGCATGTGGGGGACTTTGGGGATAGCATTG  450

seq1  GAAATATAAATGAAATAAATACCTAATTTAAAAAAAAAAACAAATTTTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATAAATGAAATAAATACCTAATTTAAAAAAAAAAACAAATTTTTT  500

seq1  TTAAAAAAGAATATATTCTAAGAATCACTTTAAGGAAGTGGAGAGATGGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAGAATATATTCTAAGAATCACTTTAAGGAAGTGGAGAGATGGC  550

seq1  TCAGTGACAGTGCTTAGTCCTCTTGCAGAGGACTTGGGTTCAGTTCTTAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGACAGTGCTTAGTCCTCTTGCAGAGGACTTGGGTTCAGTTCTTAG  600

seq1  CACCCACATACTGCCTCACTCATAATCACCTTCAACTAGTTGTAATTTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACATACTGCCTCACTCATAATCACCTTCAACTAGTTGTAATTTAT  650

seq1  TTGCTGCCTTATTCTGTCCTCTATTTGCTGCGTCCTACTGAACATACATG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCCTTATTCTGTCCTCTATTTGCTGCGTCCTACTGAACATACATG  700

seq1  GTACACTCCAGAAAATGTGTGCATGCAAAAATGAAAAAAAAAATCTTGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACTCCAGAAAATGTGTGCATGCAAAAATGAAAAAAAAAATCTTGTA  750

seq1  TGAAAAATTTTAAAGAATTAATAAAAACCACAGCTACCACCACCAAGTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATTTTAAAGAATTAATAAAAACCACAGCTACCACCACCAAGTCA  800

seq1  TTTTAAGGCATAGGTAATGTACACCTGAAAACATATCAAGAAGCTGATGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGGCATAGGTAATGTACACCTGAAAACATATCAAGAAGCTGATGC  850

seq1  AATTCTCCAGGATCATTGTGAAGGCTCCTACCAGAGTTTCTGGGTGGTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTCCAGGATCATTGTGAAGGCTCCTACCAGAGTTTCTGGGTGGTGC  900

seq1  TTTGAAAAAAATAGGGATTCTCTGTGAATTACATATAGGCTTATAATTGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAAAATAGGGATTCTCTGTGAATTACATATAGGCTTATAATTGG  950

seq1  CTTCTGTTCCAACCAAACTTACCTCAGTGGCATGTTCTGACTGAATTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTTCCAACCAAACTTACCTCAGTGGCATGTTCTGACTGAATTC  998

seq1: chr14_112942613_112943765
seq2: B6Ng01-162E11.g_67_1208

seq1  GAATTCTTCCCTTCCAATTCGCATCAGTTTGATCTTCCGTTGTCTTATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCCTTCCAATTCGCATCAGTTTGATCTTCCGTTGTCTTATTG  50

seq1  ATCAGTCTGTCTTCCTGCTGCCTGAAGATCTGGATGTTCAACAACTTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCTGTCTTCCTGCTGCCTGAAGATCTGGATGTTCAACAACTTCTC  100

seq1  CAGCACTGTGTCTGACTGCTTGTTGCCTGTTCTCTGCTGTGATACCAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTGTGTCTGACTGCTTGTTGCCTGTTCTCTGCTGTGATACCAATA  150

seq1  ACCAAAAGCTCCAAAATTACTGTCAAGCACCCATTAAATGTCTTCTATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAAGCTCCAAAATTACTGTCAAGCACCCATTAAATGTCTTCTATGA  200

seq1  TACCAATGACCAAAAGCTCTGAAACTTCAAGCAAGTGCCCATTAAATGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAATGACCAAAAGCTCTGAAACTTCAAGCAAGTGCCCATTAAATGCC  250

seq1  TTCCAAGATTTGTCATGGGCATAGTGTCTCTTCACAGCAATAGAACGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGATTTGTCATGGGCATAGTGTCTCTTCACAGCAATAGAACGCTG  300

seq1  AAAAAGCCAATTGTTGATACACAGTTTTTTCTAACTGACATAAAGTGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCCAATTGTTGATACACAGTTTTTTCTAACTGACATAAAGTGATT  350

seq1  CTGTAGACTAAGTCTTTATAATACTGATTGTAGAGAATACTGAGCAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGACTAAGTCTTTATAATACTGATTGTAGAGAATACTGAGCAAGAT  400

seq1  GAACTAGGATACCTAAAGCTGCATCCTTTGTAATAAACTGGTTGTACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAGGATACCTAAAGCTGCATCCTTTGTAATAAACTGGTTGTACACA  450

seq1  TTTATTAGGGAATGATTTTTTTGTTCATTTTTACTTTGTATATAATATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAGGGAATGATTTTTTTGTTCATTTTTACTTTGTATATAATATGC  500

seq1  TGAGAGATGTACATAAGAAGATGTATCTACTATTAATTAATTGGGGAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGATGTACATAAGAAGATGTATCTACTATTAATTAATTGGGGAGTA  550

seq1  ATATAGGATAAGACATAATGTGTTTGTGAATATTTGCAAAATTGTTCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGGATAAGACATAATGTGTTTGTGAATATTTGCAAAATTGTTCTCA  600

seq1  ATTGTCATAGCAATTATAAATCTTCTTTGTAGTATTGGTAACATTTTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCATAGCAATTATAAATCTTCTTTGTAGTATTGGTAACATTTTCAC  650

seq1  AGTTTGTATGCTACTCTTACATTCTATGTTATAAATTAATTTACTTTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGTATGCTACTCTTACATTCTATGTTATAAATTAATTTACTTTATT  700

seq1  CTAAGCATTCTGGAATTTGTAGTTTCTGACTAGCAATATGATCCTGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCATTCTGGAATTTGTAGTTTCTGACTAGCAATATGATCCTGATGA  750

seq1  ATTGGGACACAGTCGATATGTCATATACAAGGTTACCCCACAGGGTCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGACACAGTCGATATGTCATATACAAGGTTACCCCACAGGGTCATT  800

seq1  GTCTAAGTCAGGG-TTTCTATTCCTGCACTAACATCATGACCAAGAAGCA  849
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAGTCAGGGTTTTCTATTCCTGCACTAACATCATGACCAAGAAGCA  850

seq1  AGTTGGGGATGAAAGGGCTTGTTCGGCTTACACTTCCATGCTGCTGTTCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGGATGAAAGGGCTTGTTCGGCTTACACTTCCATGCTGCTGTTCA  900

seq1  TCACCAAGGAAGTCAGGACTTGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCT  949
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||
seq2  TCACCAAGGAAGTCA-GACTTGAACTC-AGCA-GTCAGGAAGCA-GAGCT  946

seq1  GATGCAGAGGCCATGAAGGGATGTTCCTTACTGGCTTGCTTCCCCTGGCT  999
      ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| 
seq2  GATGCAGAGGCCATGAAGGGATG-TCCTTACT-GCTTGCTT-CCCTGGC-  992

seq1  TACTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAGGACTACCAGACCAGAGATGGTC  1049
      |||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TACTCAGCCTGCTCTC-TATAGAA-CAGGACTA-CAGACCAGAGATGTTC  1039

seq1  CCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAATTGAG--AAAATGCC  1097
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||| |
seq2  CCACCCACAAGGGGCCTTT-CCCCTTGATCACTAATGGAGAAAAAATG-C  1087

seq1  TTACAGCTGGATCTCATGAAGGCATTTCCCCAACTGAAGCTCCTTTCTC-  1146
      ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| 
seq2  TTACAGCTGGATCTCATGAGGGCATT--CCCAACTGAAGCTCCTTTCTCG  1135

seq1  TGTGATA  1153
      |||||||
seq2  TGTGATA  1142