BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162O07
Chromosome14 (Build37)
Map Location 88,419,153 - 88,526,529
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043317, LOC100043780
Upstream geneDiap3, EG665324, Tdrd3
Downstream geneLOC668624, LOC668625, Pcdh20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162O07.bB6Ng01-162O07.g
ACCDH955616DH955617
length1,1271,129
definitionDH955616|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162O07, 5' end.DH955617|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162O07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,525,399 - 88,526,529)(88,419,153 - 88,420,299)
sequence
gaattctagggacaacgcatatcttgagccaggcctagcaactagtcaca
cctcactcttctcatctgagagatgggactcgtgacctagacaacccgtg
gaactccctttcgattctaaacccaaatgcacaaatgtaatttcgccatt
ttaggattgagcttaatttattgcctatttttctcaagttgtaggaagaa
aatgaactcattaacttggaattaatcctcccattgtgctgtcttatatc
tggaatgccaggcattgatatggacattttacaagtactaattaaactga
gttatctttatgagaagggctcctccaaagaagagtacaatttagaacac
aaattctgaattaaacttatattttctctgtgttataaggaatagaataa
atcatatctctcaatatgtgtgaacatgtcatatagtatttacttggaaa
tggcattaattaataattacgcagagcaaagcacctcaaaagccaatgtt
tatagttagaaactacatttaagcatttttcaataattctacttggtaat
tctaattaaagatgggctgaacaactccaagtctgcatttcaggtggata
cttggtatcagacataggcttgttatttaggtcataaaaactgtcttgct
ccatatattcatttcaagtaaatgcatttcatattggatattaagtagaa
agaagaatatgggataaaattagctacatttgaacagaccttacccttat
cacactaatttcacatggtactcatagtaagtaaaagtaatttaaataaa
atttgtagactttttatttttcaattgtaaaaattgtattttttataatt
ttagtatttcatatatattttatagaatatcaacatattggggatactgt
ataaaatctccagccaaaaatcatatattaaaatttactgaaaatctatt
ctcattatcaaattgggaatgcagaatcagcgatccttcttttaaaagac
cccacaagaagtagaatttctgaattcacttttaagcatctgagcaaaag
gaaacttaaccctcatcaagcttcatctgacttcagcccatcccttgaag
cagcttactgaaatgcagcatctctga
gaattccactgttgatgtattgaatgggttctttggttgatttgttcaaa
aatcattctcaaatcactctataaagagttgctgaagtatttattcttaa
accttctttttttctggaaccaactgctttacatcaattttcaactcagg
aaagtcatacatagttcttgtaagccacaaagggtgttgtagcacttctt
aaaagcactttgaaaacttccaagttactaacaacttcagaagctgaact
tttgttagttttcagacagactctctccctatgcagcctagacgatcctc
agtatctagttccttgtgcttatgccttttggttgctggaagtgcaagag
tgtgtcactatagattgcctaagaagcttaagattttatatgaggctaac
ttatagtttcatggcatcatgcattattagatagcaagtaatttattctc
aaagccagcattaactttctgaagaactagtgtttctttttcctatgtaa
atgtgttatagagttggtggattggctaattatacaagtcccttattttg
aattttctcatattggtttagaagatttctccatttttctgcctttatgg
acagttctctgcatatgaaaccaacgtatgcaattcatttggatgcatta
catgttatgctatatacatatctgcatatgcatgcaaagacaaaggcagt
ctgtaagtactgccacctggcccacagcaattataaactccactggcttc
agaaatgttaaactatgaaaaaatacatatcttcaaccaacaggatattt
ctttactgtcaaagctcttacttttcctgcatgtatatgaaaagctacaa
aagaaaaactgtattggtttatgataaagctattgccctattatggaaca
taatttgtatatagagatgtacacacataaggatacaataattttattag
ctttcctgtggccacggtagatatgtgcagttttgtcttgaagatataat
tggtttctactgaggtttgcagaaaagtttgctttgcacaactcagctca
tgtatcctcagaaattccacttatccctgcatcattggaaatatttgttt
gcattctgagggagttgtatgtagatctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_88525399_88526529
seq2: B6Ng01-162O07.b_46_1172 (reverse)

seq1  TCAGAGATGCTGCATTTCCAGTAGGCTGCTCTAAGGGATGGGCTGAAGTC  50
      ||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGATGCTGCATTT-CAGTAAGCTGCTTCAAGGGATGGGCTGAAGTC  49

seq1  AGATGAAGCCTTGATGAAGGGTTAAGTTTCCTTTTGCTCAGATTGCTTAA  100
      |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  AGATGAAG-CTTGATG-AGGGTTAAGTTTCCTTTTGCTCAGA-TGCTT-A  95

seq1  AAAGTGAATTCAGAAATTCTACTTCTTGT-GAGTCTTTTAAAAGAAGGAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAATTCAGAAATTCTACTTCTTGTGGGGTCTTTTAAAAGAAGGAT  145

seq1  CGCTTGATTCTGCATT-CCAATTTGATAATGAGAATAGATTTTCAGTAAA  198
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGC-TGATTCTGCATTCCCAATTTGATAATGAGAATAGATTTTCAGTAAA  194

seq1  TTTTAATATATGATTTTTGGCTGGAGATTTTATACAGTATCCCCAATATG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATATATGATTTTTGGCTGGAGATTTTATACAGTATCCCCAATATG  244

seq1  TTGATATTCTATAAAATATATATGAAATACTAAAATTATAAAAAATACAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATTCTATAAAATATATATGAAATACTAAAATTATAAAAAATACAA  294

seq1  TTTTTACAATTGAAAAATAAAAAGTCTACAAATTTTATTTAAATTACTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACAATTGAAAAATAAAAAGTCTACAAATTTTATTTAAATTACTTT  344

seq1  TACTTACTATGAGTACCATGTGAAATTAGTGTGATAAGGGTAAGGTCTGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTACTATGAGTACCATGTGAAATTAGTGTGATAAGGGTAAGGTCTGT  394

seq1  TCAAATGTAGCTAATTTTATCCCATATTCTTCTTTCTACTTAATATCCAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTAGCTAATTTTATCCCATATTCTTCTTTCTACTTAATATCCAA  444

seq1  TATGAAATGCATTTACTTGAAATGAATATATGGAGCAAGACAGTTTTTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAATGCATTTACTTGAAATGAATATATGGAGCAAGACAGTTTTTAT  494

seq1  GACCTAAATAACAAGCCTATGTCTGATACCAAGTATCCACCTGAAATGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAAATAACAAGCCTATGTCTGATACCAAGTATCCACCTGAAATGCA  544

seq1  GACTTGGAGTTGTTCAGCCCATCTTTAATTAGAATTACCAAGTAGAATTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGAGTTGTTCAGCCCATCTTTAATTAGAATTACCAAGTAGAATTA  594

seq1  TTGAAAAATGCTTAAATGTAGTTTCTAACTATAAACATTGGCTTTTGAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAATGCTTAAATGTAGTTTCTAACTATAAACATTGGCTTTTGAGG  644

seq1  TGCTTTGCTCTGCGTAATTATTAATTAATGCCATTTCCAAGTAAATACTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGCTCTGCGTAATTATTAATTAATGCCATTTCCAAGTAAATACTA  694

seq1  TATGACATGTTCACACATATTGAGAGATATGATTTATTCTATTCCTTATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACATGTTCACACATATTGAGAGATATGATTTATTCTATTCCTTATA  744

seq1  ACACAGAGAAAATATAAGTTTAATTCAGAATTTGTGTTCTAAATTGTACT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGAAAATATAAGTTTAATTCAGAATTTGTGTTCTAAATTGTACT  794

seq1  CTTCTTTGGAGGAGCCCTTCTCATAAAGATAACTCAGTTTAATTAGTACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTGGAGGAGCCCTTCTCATAAAGATAACTCAGTTTAATTAGTACT  844

seq1  TGTAAAATGTCCATATCAATGCCTGGCATTCCAGATATAAGACAGCACAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATGTCCATATCAATGCCTGGCATTCCAGATATAAGACAGCACAA  894

seq1  TGGGAGGATTAATTCCAAGTTAATGAGTTCATTTTCTTCCTACAACTTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGATTAATTCCAAGTTAATGAGTTCATTTTCTTCCTACAACTTGA  944

seq1  GAAAAATAGGCAATAAATTAAGCTCAATCCTAAAATGGCGAAATTACATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATAGGCAATAAATTAAGCTCAATCCTAAAATGGCGAAATTACATT  994

seq1  TGTGCATTTGGGTTTAGAATCGAAAGGGAGTTCCACGGGTTGTCTAGGTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTTGGGTTTAGAATCGAAAGGGAGTTCCACGGGTTGTCTAGGTC  1044

seq1  ACGAGTCCCATCTCTCAGATGAGAAGAGTGAGGTGTGACTAGTTGCTAGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGTCCCATCTCTCAGATGAGAAGAGTGAGGTGTGACTAGTTGCTAGG  1094

seq1  CCTGGCTCAAGATATGCGTTGTCCCTAGAATTC  1131
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTCAAGATATGCGTTGTCCCTAGAATTC  1127

seq1: chr14_88419153_88420299
seq2: B6Ng01-162O07.g_68_1196

seq1  GAATTCCACTGTTGATGTATTGAATGGGTTCTTTGGTTGATTTGTTCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGTTGATGTATTGAATGGGTTCTTTGGTTGATTTGTTCAAA  50

seq1  AATCATTCTCAAATCACTCTATAAAGAGTTGCTGAAGTATTTATTCTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTCTCAAATCACTCTATAAAGAGTTGCTGAAGTATTTATTCTTAA  100

seq1  ACCTTCTTTTTTTCTGGAACCAACTGCTTTACATCAATTTTCAACTCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTTTTTTTCTGGAACCAACTGCTTTACATCAATTTTCAACTCAGG  150

seq1  AAAGTCATACATAGTTCTTGTAAGCCACAAAGGGTGTTGTAGCACTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCATACATAGTTCTTGTAAGCCACAAAGGGTGTTGTAGCACTTCTT  200

seq1  AAAAGCACTTTGAAAACTTCCAAGTTACTAACAACTTCAGAAGCTGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCACTTTGAAAACTTCCAAGTTACTAACAACTTCAGAAGCTGAACT  250

seq1  TTTGTTAGTTTTCAGACAGACTCTCTCCCTATGCAGCCTAGACGATCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAGTTTTCAGACAGACTCTCTCCCTATGCAGCCTAGACGATCCTC  300

seq1  AGTATCTAGTTCCTTGTGCTTATGCCTTTTGGTTGCTGGAAGTGCAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTAGTTCCTTGTGCTTATGCCTTTTGGTTGCTGGAAGTGCAAGAG  350

seq1  TGTGTCACTATAGATTGCCTAAGAAGCTTAAGATTTTATATGAGGCTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCACTATAGATTGCCTAAGAAGCTTAAGATTTTATATGAGGCTAAC  400

seq1  TTATAGTTTCATGGCATCATGCATTATTAGATAGCAAGTAATTTATTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTTTCATGGCATCATGCATTATTAGATAGCAAGTAATTTATTCTC  450

seq1  AAAGCCAGCATTAACTTTCTGAAGAACTAGTGTTTCTTTTTCCTATGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGCATTAACTTTCTGAAGAACTAGTGTTTCTTTTTCCTATGTAA  500

seq1  ATGTGTTATAGAGTTGGTGGATTGGCTAATTATACAAGTCCCTTATTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTATAGAGTTGGTGGATTGGCTAATTATACAAGTCCCTTATTTTG  550

seq1  AATTTTCTCATATTGGTTTAGAAGATTTCTCCATTTTTCTGCCTTTATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCTCATATTGGTTTAGAAGATTTCTCCATTTTTCTGCCTTTATGG  600

seq1  ACAGTTCTCTGCATATGAAACCAACGTATGCAATTCATTTGGATGCATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCTCTGCATATGAAACCAACGTATGCAATTCATTTGGATGCATTA  650

seq1  CATGTTATGCTATATACATATCTGCATATGCATGCAAAGACAAAGGCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTATGCTATATACATATCTGCATATGCATGCAAAGACAAAGGCAGT  700

seq1  CTGTAAGTACTGCCACCTGGCCCACAGCAATTATAAACTCCACTGGCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGTACTGCCACCTGGCCCACAGCAATTATAAACTCCACTGGCTTC  750

seq1  AGAAATGTTAAACTATGAAAAAATACATATCTTCAACCAACAGGATATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTTAAACTATGAAAAAATACATATCTTCAACCAACAGGATATTT  800

seq1  CTTTACTGTCAAAGCTCTTACTTTTCCTGCATGTATATGAAAAGCTACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTGTCAAAGCTCTTACTTTTCCTGCATGTATATGAAAAGCTACAA  850

seq1  AAGAAAAACTGTATTGGTTTATGATAAAGCTATTGCCCTATTATGGAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAACTGTATTGGTTTATGATAAAGCTATTGCCCTATTATGGAACA  900

seq1  TAATTTGTAATATAGAGATGTACACAACAATAAGGAATACAATAATTTTA  950
      |||||||| |||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||
seq2  TAATTTGT-ATATAGAGATGTACACA--CATAAGG-ATACAATAATTTTA  946

seq1  TTAGCTTTCCTGTGGCCACGGTAGATATGTGGCAGTTTTGTCCTTGAAGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TTAGCTTTCCTGTGGCCACGGTAGATATGT-GCAGTTTTGT-CTTGAAGA  994

seq1  TATAAATTGGTTTCTACTGAGGTTTGCCAGAAAAGGTTTGGCTTTGCACA  1050
      ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||
seq2  TAT-AATTGGTTTCTACTGAGGTTTG-CAGAAAAG--TTTGCTTTGCACA  1040

seq1  ACCTCAGCCTCATGTATCCTCAGAAATTCCAACTTAATTCACTGCATCAT  1100
      | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||||
seq2  A-CTCAG-CTCATGTATCCTCAGAAATTCC-ACTTA--TCCCTGCATCAT  1085

seq1  TGGGAAATATTTTGTTTGCATTCTGGAGGGAGTTGTATGTAGATCTG  1147
      | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  T-GGAAATA-TTTGTTTGCATTCT-GAGGGAGTTGTATGTAGATCTG  1129