BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165E08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 65,905,460 - 66,041,946
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxo16, Zfp395, Pnoc
Upstream geneMsra, Kif13b, Hmbox1, LOC100043657, D14Ertd231e, Extl3, Fzd3, LOC668286
Downstream geneElp3, Gm600, Scara5, Pbk, Esco2, Ccdc25, Scara3, Clu, Gulo, Adam2, LOC100043675, Ephx2, Chrna2, Ptk2b, LOC100043676, Trim35, Stmn4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165E08.bB6Ng01-165E08.g
ACCDH957375DH957376
length1,116673
definitionDH957375|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165E08, 5' end.DH957376|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165E08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,040,831 - 66,041,946)(65,905,460 - 65,906,132)
sequence
catgggagaggatggatccagggtttgaaagcagctaggacaaaagccca
aaggaaaggcaaaggaattgatctttctctaatccaggaatggcgtacat
taagctaaacttggatatatacttatttcatcacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacggtgaccatgaccagtttaatcctgtat
tgttcaatcctgtattgtgtacttacaatgatatgcttcgaagacccttc
cttcccccctgactcctccactcacacagaccataaggaaatgtttgttt
cctgtgcgctgggtcatcagatgctttaggaacaaaagaacacatctcag
gaatgagcatcatcacgacatcggctttggggggcttgagttcctgagaa
caaagggatctttgaaacagttctgtttcgataccttcatctgctcccac
cgtctcacatagatcttacattttaaccacaaactctagctgtgatagtt
ggggcacaccaatttgagggagcaaggggacacaagttattttctgagca
tcataaccctcgaaaggttacacccactttgaacctcaacttcccatggc
cctgggtctgtcaaaatcctggcagctgcctaggcactgcagcagcatag
accagccaggtagggaaagctgggcttgccttcctgccaagcagacaagg
ctctgcagcctacagtgtcacaaccagcctctctcctcctcgtgctggtc
ctgtgatcttcccccatcctgtcaccccattcatcctttcattcatccag
ctgagaacgtgcgtgggttctgagaggagcagtgcacgcgcctgtagcac
tcagtcaccagctttctcccaactcaccatcaaagtcacaaatgtgaatg
aacctagaccagtagtctccaaatgggcttacctacccagatacctacta
aggcgactagaaactgagtgtaaattggttttttatcttattacaacaca
caccacacattcctctgcaggcccatattgaagctagaagggcaccacca
aggtgtcctctccctctacggtctcccgacatatttacttggagcaaaat
ctctgaccaattctca
gaattccaggccaacccgaactacagagtgtaagaccctgtctaaaagta
aaaaaaaagaaaaagaaaggaaggaagacctgaagaaagacgatagggta
gattacttcctttatatgaattattccatatacagaaactaaaaagagaa
agaggcctcattgtaggtcaaaagtaagtaaggtgggctggtagtgtggc
tcagcagtcgggtgcttgcctagtatgcacagagccctgggtttgatccc
cagcaccgcataaaccaaacatgaaatccaagtcccctggaagtagagac
aggaagataggaagttcaaggtcatccttggcttacatagagagttcaag
gtcatttaataaataaatgaaatgctctctggcatgcaacgcgtctcttc
ctactcagctgagatagtgaatactcactgacccttcagtgatgttgttt
agaatggatgtcttgaaccatgatgcacaaatgaccctattttcttttat
ttgttgcaggtatttgaagaacgaagagctctgctgggaaaatgggtaaa
gtatttaaaatatacaaggctggggatatgtgggtctcagagcacttggc
taaaatgcacaaggctttaggttcaattctcagtaccaccagatagatgg
atgggtggatggatggatggatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_66040831_66041946
seq2: B6Ng01-165E08.b_53_1168 (reverse)

seq1  TGAGATTTGGTCAGAGATTCTGCT-CAAGTAAATATGTCGGAGAACAGTA  49
      ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||   || |||
seq2  TGAGAATTGGTCAGAGATTTTGCTCCAAGTAAATATGTCGGGAGACCGTA  50

seq1  GAGGAGGAAGGACACC-TGGTGTTGACC-TCTAGCTTCAATATGTGCCTG  97
      |||| |  |||||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||
seq2  GAGG-GAGAGGACACCTTGGTGGTGCCCTTCTAGCTTCAATATGGGCCTG  99

seq1  CAGAGGAAATGTGT-GTGTGTGTTGTAATAAGAT-AAAAACCAATTTAAC  145
      |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  CAGAGG-AATGTGTGGTGTGTGTTGTAATAAGATAAAAAACCAATTT-AC  147

seq1  ACCTCAGTTTCTAGTCGCC-TAGTAGGTATCTGGGTAGGTAAGCCCCTTT  194
      | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  A-CTCAGTTTCTAGTCGCCTTAGTAGGTATCTGGGTAGGTAAGCCCATTT  196

seq1  GGAGACTACTGGTCTAGGTTCATTCACATTTTGTGACTTTGATGGTGAGT  244
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACTACTGGTCTAGGTTCATTCACA-TTTGTGACTTTGATGGTGAGT  245

seq1  TGGGAGAAAGCTGGTGACTGAGTGCTACAGGCGCGTGCACTGCTCCTCTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAAAGCTGGTGACTGAGTGCTACAGGCGCGTGCACTGCTCCTCTC  295

seq1  AGGAACCCACGCACGTTCTCAGCTGGATGAATGAAAGGATGAATGGGGTG  344
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GAACCCACGCACGTTCTCAGCTGGATGAATGAAAGGATGAATGGGGTG  344

seq1  ACAGGATGGGGGAAGATCACAGGACCAGCACGAGGAGGAGAGAGGCTGGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATGGGGGAAGATCACAGGACCAGCACGAGGAGGAGAGAGGCTGGT  394

seq1  TGTGACACTGTAGGCTGCAGAGCCTTGTCTGCTTGGCAGGAAGGCAAGCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACACTGTAGGCTGCAGAGCCTTGTCTGCTTGGCAGGAAGGCAAGCC  444

seq1  CAGCTTTCCCTACCTGGCTGGTCTATGCTGCTGCAGTGCCTAGGCAGCTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTCCCTACCTGGCTGGTCTATGCTGCTGCAGTGCCTAGGCAGCTG  494

seq1  CCAGGATTTTGACAGACCCAGGGCCATGGGAAGTTGAGGTTCAAAGTGGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATTTTGACAGACCCAGGGCCATGGGAAGTTGAGGTTCAAAGTGGG  544

seq1  TGTAACCTTTCGAGGGTTATGATGCTCAGAAAATAACTTGTGTCCCCTTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCTTTCGAGGGTTATGATGCTCAGAAAATAACTTGTGTCCCCTTG  594

seq1  CTCCCTCAAATTGGTGTGCCCCAACTATCACAGCTAGAGTTTGTGGTTAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCAAATTGGTGTGCCCCAACTATCACAGCTAGAGTTTGTGGTTAA  644

seq1  AATGTAAGATCTATGTGAGACGGTGGGAGCAGATGAAGGTATCGAAACAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAGATCTATGTGAGACGGTGGGAGCAGATGAAGGTATCGAAACAG  694

seq1  AACTGTTTCAAAGATCCCTTTGTTCTCAGGAACTCAAGCCCCCCAAAGCC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTTCAAAGATCCCTTTGTTCTCAGGAACTCAAGCCCCCCAAAGCC  744

seq1  GATGTCGTGATGATGCTCATTCCTGAGATGTGTTCTTTTGTTCCTAAAGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCGTGATGATGCTCATTCCTGAGATGTGTTCTTTTGTTCCTAAAGC  794

seq1  ATCTGATGACCCAGCGCACAGGAAACAAACATTTCCTTATGGTCTGTGTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGACCCAGCGCACAGGAAACAAACATTTCCTTATGGTCTGTGTG  844

seq1  AGTGGAGGAGTCAGGGGGGAAGGAAGGGTCTTCGAAGCATATCATTGTAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGGAGTCAGGGGGGAAGGAAGGGTCTTCGAAGCATATCATTGTAA  894

seq1  GTACACAATACAGGATTGAACAATACAGGATTAAACTGGTCATGGTCACC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACAATACAGGATTGAACAATACAGGATTAAACTGGTCATGGTCACC  944

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATGAAATAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATGAAATAA  994

seq1  GTATATATCCAAGTTTAGCTTAATGTACGCCATTCCTGGATTAGAGAAAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATCCAAGTTTAGCTTAATGTACGCCATTCCTGGATTAGAGAAAG  1044

seq1  ATCAATTCCTTTGCCTTTCCTTTGGGCTTTTGTCCTAGCTGCTTTCAAAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTCCTTTGCCTTTCCTTTGGGCTTTTGTCCTAGCTGCTTTCAAAC  1094

seq1  CCTGGATCCATCCTCTCCCATG  1116
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATCCATCCTCTCCCATG  1116

seq1: chr14_65905460_65906132
seq2: B6Ng01-165E08.g_68_740

seq1  GAATTCCAGGCCAACCCGAACTACAGAGTGTAAGACCCTGTCTAAAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAACCCGAACTACAGAGTGTAAGACCCTGTCTAAAAGTA  50

seq1  AAAAAAAAGAAAAAGAAAGGAAGGAAGACCTGAAGAAAGACGATAGGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGAAAAAGAAAGGAAGGAAGACCTGAAGAAAGACGATAGGGTA  100

seq1  GATTACTTCCTTTATATGAATTATTCCATATACAGAAACTAAAAAGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACTTCCTTTATATGAATTATTCCATATACAGAAACTAAAAAGAGAA  150

seq1  AGAGGCCTCATTGTAGGTCAAAAGTAAGTAAGGTGGGCTGGTAGTGTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCTCATTGTAGGTCAAAAGTAAGTAAGGTGGGCTGGTAGTGTGGC  200

seq1  TCAGCAGTCGGGTGCTTGCCTAGTATGCACAGAGCCCTGGGTTTGATCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGTCGGGTGCTTGCCTAGTATGCACAGAGCCCTGGGTTTGATCCC  250

seq1  CAGCACCGCATAAACCAAACATGAAATCCAAGTCCCCTGGAAGTAGAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCGCATAAACCAAACATGAAATCCAAGTCCCCTGGAAGTAGAGAC  300

seq1  AGGAAGATAGGAAGTTCAAGGTCATCCTTGGCTTACATAGAGAGTTCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGATAGGAAGTTCAAGGTCATCCTTGGCTTACATAGAGAGTTCAAG  350

seq1  GTCATTTAATAAATAAATGAAATGCTCTCTGGCATGCAACGCGTCTCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTAATAAATAAATGAAATGCTCTCTGGCATGCAACGCGTCTCTTC  400

seq1  CTACTCAGCTGAGATAGTGAATACTCACTGACCCTTCAGTGATGTTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCAGCTGAGATAGTGAATACTCACTGACCCTTCAGTGATGTTGTTT  450

seq1  AGAATGGATGTCTTGAACCATGATGCACAAATGACCCTATTTTCTTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGATGTCTTGAACCATGATGCACAAATGACCCTATTTTCTTTTAT  500

seq1  TTGTTGCAGGTATTTGAAGAACGAAGAGCTCTGCTGGGAAAATGGGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCAGGTATTTGAAGAACGAAGAGCTCTGCTGGGAAAATGGGTAAA  550

seq1  GTATTTAAAATATACAAGGCTGGGGATATGTGGGTCTCAGAGCACTTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAAAATATACAAGGCTGGGGATATGTGGGTCTCAGAGCACTTGGC  600

seq1  TAAAATGCACAAGGCTTTAGGTTCAATTCTCAGTACCACCAGATAGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGCACAAGGCTTTAGGTTCAATTCTCAGTACCACCAGATAGATGG  650

seq1  ATGGGTGGATGGATGGATGGATG  673
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTGGATGGATGGATGGATG  673