BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170P23
Chromosome14 (Build37)
Map Location 78,061,856 - 78,140,326
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD230005D02Rik
Upstream geneLOC100043753, LOC100043201, 9030625A04Rik, Ccdc122, LOC100043755, LOC676171, EG629678
Downstream geneGm1587, Dnajc15, Epsti1, AU021034, Tnfsf11, LOC219180, Akap11, Dgkh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170P23.bB6Ng01-170P23.g
ACCDH961573DH961574
length6231,138
definitionDH961573|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170P23, 5' end.DH961574|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170P23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,061,856 - 78,062,478)(78,139,184 - 78,140,326)
sequence
gaattcaaaggaagatgagaataaatggtaacataaatgtgaagtaaggt
caggggaagggtatgtatgtgtgtgtatgcacacatgatgcatgtgtgca
tgcatgcatgcgtgcgtgtgtgcatatgtgtgacgagaggttctaccaag
tttttcatgtattcactgttgatagtaacagctacgagttgtaatcaagt
cttttccctaatcttaagctcatattttttcccctcattactagaacagg
atgctcattatagatgtggtagtaggttaacaagcaggacttagagatca
cagaccggctcctgcatgagcagtgtccagatcccttcctgtgaatgtgg
ccagattaaacagaagctctgtgtaccctgccctctgtagccaagctgca
cgttctcatgtacttcctggtatctagggtttgcacagcttcacagttca
gggctctgcacatagacgaccacccttgatataacgaaccctccgctgct
gcactgagcagataaacgtcccttacctttgaagacaatttcctgttcat
tttgttctcttgcattaaaacttgcgtttgaaatattttaaaaatactcc
tcctgtgtgtgtgtctgtgtgtg
gaattctacttagtattaaaagtagccattgcatcagttcaaaataagca
ctaactgttggatattcagcttacccaggttgcagatatgcctgtgagct
acaagaaacaggaacactcactcccaaggataaccaagccacaaagcatg
aagaacaacagggaactagagaagctggaaagcagaacagtaccaggaaa
agaggtctggtgatcggaaggtagaagggatagtttgtcccctgctgctt
tagcatcttagtagcagagccttctgtctgcctctctgattgcttggctg
acatatactctcctcccatctcatacctctgcatggtgcctggtcatagg
gatcctctcagtgtagataactctggtggttttctctgtgactttcaagc
aggctaagactggataggctgactatgtctagcagtggcctctcaccaat
ggctgagtcctagtgacatcaggctcagagtcctctcaatagtcagctcc
tcagattgggaccaaaaggaacaggcatttgagacttgctagaagtggtc
agaatccatgatttactctctttctgtcttttaaatatcaaattggagtt
gttaagtggaagccagaggttaacattaggcatcttcctcaatcagtctc
taccttatgttttgagatagtctctcactgaatcttgaactcagcaattt
gtcttgtgtgacagaaacccttctgtctccgtaccactgggattataggt
atgtagtgcagtgctccacttttggtctgttggtgctaggcattgaactc
aggtcttcagacttgcacagcagcactttacctagcccagggaataagag
ctctatgcttcaaacaatatgtcatgactctgaaacacatgacagaaaag
ggaaaggaccagatgggctagtgagagggcatgtcacatggcactcaccc
aattcctggggtgctggactcagctggtgattctttcagtgttcatgact
cattgagaagtcattagagattgttgaaaagtacgaaataatgtggccac
ccctgaagtgggctttgtttattaaaccaggttgcattcttagaggaatg
tctaggaaacagcccagtagagatggctgaaattccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_78061856_78062478
seq2: B6Ng01-170P23.b_46_668

seq1  GAATTCAAAGGAAGATGAGAATAAATGGTAACATAAATGTGAAGTAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGAAGATGAGAATAAATGGTAACATAAATGTGAAGTAAGGT  50

seq1  CAGGGGAAGGGTATGTATGTGTGTGTATGCACACATGATGCATGTGTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGAAGGGTATGTATGTGTGTGTATGCACACATGATGCATGTGTGCA  100

seq1  TGCATGCATGCGTGCGTGTGTGCATATGTGTGACGAGAGGTTCTACCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCATGCGTGCGTGTGTGCATATGTGTGACGAGAGGTTCTACCAAG  150

seq1  TTTTTCATGTATTCACTGTTGATAGTAACAGCTACGAGTTGTAATCAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCATGTATTCACTGTTGATAGTAACAGCTACGAGTTGTAATCAAGT  200

seq1  CTTTTCCCTAATCTTAAGCTCATATTTTTTCCCCTCATTACTAGAACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCCTAATCTTAAGCTCATATTTTTTCCCCTCATTACTAGAACAGG  250

seq1  ATGCTCATTATAGATGTGGTAGTAGGTTAACAAGCAGGACTTAGAGATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCATTATAGATGTGGTAGTAGGTTAACAAGCAGGACTTAGAGATCA  300

seq1  CAGACCGGCTCCTGCATGAGCAGTGTCCAGATCCCTTCCTGTGAATGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCGGCTCCTGCATGAGCAGTGTCCAGATCCCTTCCTGTGAATGTGG  350

seq1  CCAGATTAAACAGAAGCTCTGTGTACCCTGCCCTCTGTAGCCAAGCTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTAAACAGAAGCTCTGTGTACCCTGCCCTCTGTAGCCAAGCTGCA  400

seq1  CGTTCTCATGTACTTCCTGGTATCTAGGGTTTGCACAGCTTCACAGTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCTCATGTACTTCCTGGTATCTAGGGTTTGCACAGCTTCACAGTTCA  450

seq1  GGGCTCTGCACATAGACGACCACCCTTGATATAACGAACCCTCCGCTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTGCACATAGACGACCACCCTTGATATAACGAACCCTCCGCTGCT  500

seq1  GCACTGAGCAGATAAACGTCCCTTACCTTTGAAGACAATTTCCTGTTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAGCAGATAAACGTCCCTTACCTTTGAAGACAATTTCCTGTTCAT  550

seq1  TTTGTTCTCTTGCATTAAAACTTGCGTTTGAAATATTTTAAAAATACTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCTCTTGCATTAAAACTTGCGTTTGAAATATTTTAAAAATACTCC  600

seq1  TCCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTG  623
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTG  623

seq1: chr14_78139184_78140326
seq2: B6Ng01-170P23.g_66_1203 (reverse)

seq1  AGGG-ATTTCAGCCCATCTCTACT-GGCTGTTTCCTTGACATTTTCTCTA  48
      |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||
seq2  AGGGAATTTCAG-CCATCTCTACTGGGCTGTTTCCTAGACA-TTCCTCTA  48

seq1  AAACATCCAAAACTTTGATTTAAATAAAAACAAAAACCAC-TCA-GTGTG  96
      | | || |||     || ||||   | |||||||  |||| ||| | |||
seq2  AGA-ATGCAA---CCTGGTTTA---ATAAACAAAGCCCACTTCAGGGGTG  91

seq1  G-CACATTATTTGGTACTTTTCAACAATCTCTAATGACTTCTCAATGAGT  145
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATTATTTCGTACTTTTCAACAATCTCTAATGACTTCTCAATGAGT  141

seq1  CAATGACACTGAAAGAATCA-CAGCTGAGTCCAGCA-CCCAGGAATTGGG  193
      ||   ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATGAACACTGAAAGAATCACCAGCTGAGTCCAGCACCCCAGGAATTGGG  191

seq1  TGAGTGCCATGTTGACATGCCCTCTCACTAGCCCATCTGGTCCCTTCCCT  243
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGAGTGCCATG-TGACATGCCCTCTCACTAGCCCATCTGGTCCTTTCCCT  240

seq1  TTTCTGTCATGTGTTTCAGAGTCATGACATATTTGTTTGAAGCATAGAGC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTCATGTGTTTCAGAGTCATGACATA-TTGTTTGAAGCATAGAGC  289

seq1  TCTTATTCCCTGGGCTAGGTAAAGTGCTTGCTGTGCAAGTCTGAAGACCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTCCCTGGGCTAGGTAAAGTGC-TGCTGTGCAAGTCTGAAGACCT  338

seq1  GAGTTCAATGCCTAGCACCAACAGACCAAAAGTGGAGCACTGCACTACAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAATGCCTAGCACCAACAGACCAAAAGTGGAGCACTGCACTACAT  388

seq1  ACCTATAATCCCAGTGGTACGGAGACAGAAGGGTTTCTGTCACACAAGAC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATAATCCCAGTGGTACGGAGACAGAAGGGTTTCTGTCACACAAGAC  438

seq1  AAATTGCTGAGTTCAAGATTCAGTGAGAGACTATCTCAAAACATAAGGTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCTGAGTTCAAGATTCAGTGAGAGACTATCTCAAAACATAAGGTA  488

seq1  GAGACTGATTGAGGAAGATGCCTAATGTTAACCTCTGGCTTCCACTTAAC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGATTGAGGAAGATGCCTAATGTTAACCTCTGGCTTCCACTTAAC  538

seq1  AACTCCAATTTGATATTTAAAAGACAGAAAGAGAGTAAATCATGGATTCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAATTTGATATTTAAAAGACAGAAAGAGAGTAAATCATGGATTCT  588

seq1  GACCACTTCTAGCAAGTCTCAAATGCCTGTTCCTTTTGGTCCCAATCTGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTTCTAGCAAGTCTCAAATGCCTGTTCCTTTTGGTCCCAATCTGA  638

seq1  GGAGCTGACTATTGAGAGGACTCTGAGCCTGATGTCACTAGGACTCAGCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGACTATTGAGAGGACTCTGAGCCTGATGTCACTAGGACTCAGCC  688

seq1  ATTGGTGAGAGGCCACTGCTAGACATAGTCAGCCTATCCAGTCTTAGCCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGAGAGGCCACTGCTAGACATAGTCAGCCTATCCAGTCTTAGCCT  738

seq1  GCTTGAAAGTCACAGAGAAAACCACCAGAGTTATCTACACTGAGAGGATC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAAAGTCACAGAGAAAACCACCAGAGTTATCTACACTGAGAGGATC  788

seq1  CCTATGACCAGGCACCATGCAGAGGTATGAGATGGGAGGAGAGTATATGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGACCAGGCACCATGCAGAGGTATGAGATGGGAGGAGAGTATATGT  838

seq1  CAGCCAAGCAATCAGAGAGGCAGACAGAAGGCTCTGCTACTAAGATGCTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAAGCAATCAGAGAGGCAGACAGAAGGCTCTGCTACTAAGATGCTA  888

seq1  AAGCAGCAGGGGACAAACTATCCCTTCTACCTTCCGATCACCAGACCTCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCAGGGGACAAACTATCCCTTCTACCTTCCGATCACCAGACCTCT  938

seq1  TTTCCTGGTACTGTTCTGCTTTCCAGCTTCTCTAGTTCCCTGTTGTTCTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGGTACTGTTCTGCTTTCCAGCTTCTCTAGTTCCCTGTTGTTCTT  988

seq1  CATGCTTTGTGGCTTGGTTATCCTTGGGAGTGAGTGTTCCTGTTTCTTGT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTTGTGGCTTGGTTATCCTTGGGAGTGAGTGTTCCTGTTTCTTGT  1038

seq1  AGCTCACAGGCATATCTGCAACCTGGGTAAGCTGAATATCCAACAGTTAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACAGGCATATCTGCAACCTGGGTAAGCTGAATATCCAACAGTTAG  1088

seq1  TGCTTATTTTGAACTGATGCAATGGCTACTTTTAATACTAAGTAGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATTTTGAACTGATGCAATGGCTACTTTTAATACTAAGTAGAATTC  1138