BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173M06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 29,464,940 - 29,613,226
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneErc2, LOC100040206, Wnt5a, LOC100040218
Downstream geneCacna2d3, Lrtm1, Ppia-ps15, EG665431
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173M06.bB6Ng01-173M06.g
ACCGA002027GA002028
length1,0931,091
definitionB6Ng01-173M06.b B6Ng01-173M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,464,940 - 29,466,024)(29,612,148 - 29,613,226)
sequence
gaattctaaggtatcccacaggctgtccctgaaggtttattggctgttgg
agaccagagtgtaaggaaccagatagatgtaaacccctagaaccctcatt
gtagtcccactgagtcagcataagtttcagactcttagctactcccagaa
ggaaccctgttaggttttccagctggaaagctttggacaaaccccaagcc
ctaagctccagtacccaggtaaacttgatctgtaaaggcctcactccgtc
tcctctctccctttccttttgcttcttctctttctcgctctctttcacca
gccatgttttttaagccctttgtacagagtcttgggactgtttgttatcc
acgtctggaagtcttggggctttatttagagttttcttattctttgggag
aataaaactgggctcattttaatagatgaaaccaggaatctaaactgaaa
gcagaggccatgtaaacaaagcccttttatgtggtgactccaaatgagtt
tactgtaacaaaaccagggcaagtaaatatgtggggtttacaaacataaa
ctgcaaagttgctgaagtgtgaggcgaattgtcggaggccctcctgcctc
aaaactatggcctggttttctccatgtgtatttctatcatagtaatctag
ggaggagggaatgttgtggcaaagaatctccaatggtggggtcagtcctt
gatgagatcaggaggcatcttgcaggacctaccaggaccagtgcatctcc
atccctaggcccatgaggaatttgcttgagcacatcacccacatatcaca
cagtttggtaagggactcttagaagtgacctgctttgatcatcatgaccc
agtgtggaggcagggctatgaacacgtagaagagtgatgaaaaacagttt
actagagaccggggtgatacacttgccatataggcattggcaatctggag
ttcaggtccccagaactcagaacaaattgctcttaggggcttggggggct
cttcttgtatatccagccttcaggaattcagagaaggtatctgggaacaa
atggcctagccagatggccaaattgttgagctatgagcttaac

gaattcaaaaatggatacaaaaaggaataaaaattagctttatttctcct
tttccctataagggcaaggcatgctcactagagaaaaagcaagcatgcag
aacagttcagaaaacagtaaagtctcacacaggctgctgggtctctgcat
ttggttccaggccacttgccccaagggctctgtgtctcttcatcgtccct
acttcatggagtgtgattcacttatctctgggaatactagacatgttggt
ctatacaacatcccagggctaggcaagatcctactcctcttggctcagtc
actgtctcatctcaggctgccctgagatgaacattctgagaatatctaac
tgctatttcttccatagatgttgatgaaccattctaagtcttctcaattg
ttgttattggtgatcttctattttcaattctacagtcatcctgtagaatt
atggagttttcatgccagttctaacacacaccgggttcaatgacacatca
acagaaatgcaaagcaatcaactaaaaattgtaaatattcatctgtggac
catataaaatcaatcatggccactaactcagaaagatactatccctgctt
gatagatgctaatgaggtggaaagaggtgtggtcacaccttgcacttctg
aatgtggtaaccaagaggcaagactgtctcttggggacttaggtctccca
ctcctgatggctcaagccatctgtccccaagcatcctatgttctctagaa
tcccagggatgtgttgcaaagggttctgtgggcttcaacacaccgcagac
tcacctttacttaaaagcttgagagtttgctcattgtggatatttttatt
ctgaccttacttcctgtataacagtgaatttgactcttaacattgatcac
tgagtcggttcataagtaatatatgtgtcttcatgccaatggaagtcacc
aaaaacatgttctggtattctaatgactacaggctgacaagtatcatatt
gtttacttttatttaagttggattattttttctgcttcaaggtcaattca
attccatcattctttttttagggacctaaggggtggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_29464940_29466024
seq2: B6Ng01-173M06.b_45_1137

seq1  GAATTCTAAGGTATCCCACAGGCTGTCCCTGAAGGTTTATTGGCTGTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGGTATCCCACAGGCTGTCCCTGAAGGTTTATTGGCTGTTGG  50

seq1  AGACCAGAGTGTAAGGAACCAGATAGATGTAAACCCCTAGAACCCTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGAGTGTAAGGAACCAGATAGATGTAAACCCCTAGAACCCTCATT  100

seq1  GTAGTCCCACTGAGTCAGCATAAGTTTCAGACTCTTAGCTACTCCCAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCCCACTGAGTCAGCATAAGTTTCAGACTCTTAGCTACTCCCAGAA  150

seq1  GGAACCCTGTTAGGTTTTCCAGCTGGAAAGCTTTGGACAAACCCCAAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCTGTTAGGTTTTCCAGCTGGAAAGCTTTGGACAAACCCCAAGCC  200

seq1  CTAAGCTCCAGTACCCAGGTAAACTTGATCTGTAAAGGCCTCACTCCGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTCCAGTACCCAGGTAAACTTGATCTGTAAAGGCCTCACTCCGTC  250

seq1  TCCTCTCTCCCTTTCCTTTTGCTTCTTCTCTTTCTCGCTCTCTTTCACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTCCCTTTCCTTTTGCTTCTTCTCTTTCTCGCTCTCTTTCACCA  300

seq1  GCCATGTTTTTTAAGCCCTTTGTACAGAGTCTTGGGACTGTTTGTTATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTTTTTTAAGCCCTTTGTACAGAGTCTTGGGACTGTTTGTTATCC  350

seq1  ACGTCTGGAAGTCTTGGGGCTTTATTTAGAGTTTTCTTATTCTTTGGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCTGGAAGTCTTGGGGCTTTATTTAGAGTTTTCTTATTCTTTGGGAG  400

seq1  AATAAAACTGGGCTCATTTTAATAGATGAAACCAGGAATCTAAACTGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACTGGGCTCATTTTAATAGATGAAACCAGGAATCTAAACTGAAA  450

seq1  GCAGAGGCCATGTAAACAAAGCCCTTTTATGTGGTGACTCCAAATGAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCCATGTAAACAAAGCCCTTTTATGTGGTGACTCCAAATGAGTT  500

seq1  TACTGTAACAAAACCAGGGCAAGTAAATATGTGGGGTTTACAAACATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTAACAAAACCAGGGCAAGTAAATATGTGGGGTTTACAAACATAAA  550

seq1  CTGCAAAGTTGCTGAAGTGTGAGGCGAATTGTCGGAGGCCCTCCTGCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAAGTTGCTGAAGTGTGAGGCGAATTGTCGGAGGCCCTCCTGCCTC  600

seq1  AAAACTATGGCCTGGTTTTCTCCATGTGTATTTCTATCATAGTAATCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATGGCCTGGTTTTCTCCATGTGTATTTCTATCATAGTAATCTAG  650

seq1  GGAGGAGGGAATGTTGTGGCAAAGAATCTCCAATGGTGGGGTCAGTCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGGAATGTTGTGGCAAAGAATCTCCAATGGTGGGGTCAGTCCTT  700

seq1  GATGAGATCAGGAGGCATCTTGCAGGACCTACCAGGACCAGTGCATCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGATCAGGAGGCATCTTGCAGGACCTACCAGGACCAGTGCATCTCC  750

seq1  ATCCCTAGGCCCATGAGGAATTTGCTTGAGCACATCACCCACATATCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTAGGCCCATGAGGAATTTGCTTGAGCACATCACCCACATATCACA  800

seq1  CAGTTTGGTAAGGGACTCTTAGAAGTGACCTGCTTTGATCA-CATGACCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGTTTGGTAAGGGACTCTTAGAAGTGACCTGCTTTGATCATCATGACCC  850

seq1  AGTGTGGAGGGCAGGGCTATGAACACGTAGAAGAGTGATGATAAACAGTT  899
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGTGTGGA-GGCAGGGCTATGAACACGTAGAAGAGTGATGAAAAACAGTT  899

seq1  TACTAGAGACCGGGGTGATACACTTGCCATATAGGCA-TGGCAATCT-GA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  TACTAGAGACCGGGGTGATACACTTGCCATATAGGCATTGGCAATCTGGA  949

seq1  GTTCAGGTCCCCAGAACTCAG-ACAAA-TGCTCTAAGGGGCTTGGGGGGC  995
      ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GTTCAGGTCCCCAGAACTCAGAACAAATTGCTCTTAGGGGCTTGGGGGGC  999

seq1  TCTTC-TGTAATCCCAGCC-TCAGGAA-TCAGAGAGGGAATCTGGG-ACA  1041
      ||||| ||||   |||||| ||||||| ||||||| || ||||||| |||
seq2  TCTTCTTGTATATCCAGCCTTCAGGAATTCAGAGAAGGTATCTGGGAACA  1049

seq1  AATGG-CTAGCCAGAGTGGCCAAATTGTTGAGCTATGAGCTTAAC  1085
      ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCCTAGCCAGA-TGGCCAAATTGTTGAGCTATGAGCTTAAC  1093


seq1: chr14_29612148_29613226
seq2: B6Ng01-173M06.g_69_1159 (reverse)

seq1  CCCCCCCACCCC-TAGGT-CCTAAAAAAAG-ATGATGGAA-TGGATTGA-  45
      |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||| 
seq2  CCCCCCCACCCCTTAGGTCCCTAAAAAAAGAATGATGGAATTGAATTGAC  50

seq1  CTTGAAGCAG--AAAATAATCC-ACTTAAAT-AAAGT-AACAATATGATA  90
      ||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  CTTGAAGCAGAAAAAATAATCCAACTTAAATAAAAGTAAACAATATGATA  100

seq1  CTTGTCAGCCCTGTAGTCATTAGAATACCAGAACATGTTTT--GTGAC-T  137
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |
seq2  CTTGTCAG-CCTGTAGTCATTAGAATACCAGAACATGTTTTTGGTGACTT  149

seq1  CCATTGGCATGAAGACACATATATTACTTATGAACCGACTCAGTGATCAA  187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGCATGAAGACACATATATTACTTATGAACCGACTCAGTGATCAA  199

seq1  TGTTAAGAGTCAAATTCACTGTTTATACAGGAAGTAAGGTCAG-ATAAAA  236
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGTTAAGAGTCAAATTCACTG-TTATACAGGAAGTAAGGTCAGAATAAAA  248

seq1  ATATCCACAATGAGCAAACTCTCAAGCTTTTAAGTAAAGGTGAGTCTGCG  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCACAATGAGCAAACTCTCAAGCTTTTAAGTAAAGGTGAGTCTGCG  298

seq1  GTGTGTTGAAGCCCACAGAACCCTTTGCAACACATCCCTGGGATTCTAGA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTGAAGCCCACAGAACCCTTTGCAACACATCCCTGGGATTCTAGA  348

seq1  GAACATAGGATGCTTGGGGACAGATGGCTTGAGCCATCAGGAGTGGGAGA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATAGGATGCTTGGGGACAGATGGCTTGAGCCATCAGGAGTGGGAGA  398

seq1  CCTAAGTCCCCAAGAGACAGTCTTGCCTCTTGGTTACCACATTCAGAAGT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTCCCCAAGAGACAGTCTTGCCTCTTGGTTACCACATTCAGAAGT  448

seq1  GCAAGGTGTGACCACACCTCTTTCCACCTCATTAGCATCTATCAAGCAGG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGTGTGACCACACCTCTTTCCACCTCATTAGCATCTATCAAGCAGG  498

seq1  GATAGTATCTTTCTGAGTTAGTGGCCATGATTGATTTTATATGGTCCACA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTATCTTTCTGAGTTAGTGGCCATGATTGATTTTATATGGTCCACA  548

seq1  GATGAATATTTACAATTTTTAGTTGATTGCTTTGCATTTCTGTTGATGTG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATATTTACAATTTTTAGTTGATTGCTTTGCATTTCTGTTGATGTG  598

seq1  TCATTGAACCCGGTGTGTGTTAGAACTGGCATGAAAACTCCATAATTCTA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGAACCCGGTGTGTGTTAGAACTGGCATGAAAACTCCATAATTCTA  648

seq1  CAGGATGACTGTAGAATTGAAAATAGAAGATCACCAATAACAACAATTGA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGACTGTAGAATTGAAAATAGAAGATCACCAATAACAACAATTGA  698

seq1  GAAGACTTAGAATGGTTCATCAACATCTATGGAAGAAATAGCAGTTAGAT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTTAGAATGGTTCATCAACATCTATGGAAGAAATAGCAGTTAGAT  748

seq1  ATTCTCAGAATGTTCATCTCAGGGCAGCCTGAGATGAGACAGTGACTGAG  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCAGAATGTTCATCTCAGGGCAGCCTGAGATGAGACAGTGACTGAG  798

seq1  CCAAGAGGAGTAGGATCTTGCCTAGCCCTGGGATGTTGTATAGACCAACA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGGAGTAGGATCTTGCCTAGCCCTGGGATGTTGTATAGACCAACA  848

seq1  TGTCTAGTATTCCCAGAGATAAGTGAATCACACTCCATGAAGTAGGGACG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGTATTCCCAGAGATAAGTGAATCACACTCCATGAAGTAGGGACG  898

seq1  ATGAAGAGACACAGAGCCCTTGGGGCAAGTGGCCTGGAACCAAATGCAGA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGACACAGAGCCCTTGGGGCAAGTGGCCTGGAACCAAATGCAGA  948

seq1  GACCCAGCAGCCTGTGTGAGACTTTACTGTTTTCTGAACTGTTCTGCATG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGCAGCCTGTGTGAGACTTTACTGTTTTCTGAACTGTTCTGCATG  998

seq1  CTTGCTTTTTCTCTAGTGAGCATGCCTTGCCCTTATAGGGAAAAGGAGAA  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTTTCTCTAGTGAGCATGCCTTGCCCTTATAGGGAAAAGGAGAA  1048

seq1  ATAAAGCTAATTTTTATTCCTTTTTGTATCCATTTTTGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCTAATTTTTATTCCTTTTTGTATCCATTTTTGAATTC  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |