BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175K03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 80,572,728 - 80,732,889
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1300010F03Rik, LOC100043765, AU017455, 1190002H23Rik, Narg1l, Mtrf1, Kbtbd7, EG432879, Wbp4, Elf1, LOC668560, Sugt1, Lect1, Pcdh8, EG629734, Olfm4
Downstream geneLOC672828
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175K03.bB6Ng01-175K03.g
ACCGA003387GA003388
length1,1521,006
definitionB6Ng01-175K03.b B6Ng01-175K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,572,728 - 80,573,886)(80,731,991 - 80,732,889)
sequence
gaattctccctgagaggaacagctgggtcttttcacattttgtctttatg
cccaattaacccctaactacagccctactgagttgttattgttgcaaagg
aaaaaaatcaactgtgagacccacatgtctagacagtgaaggacttagca
cagaaattccttctttgtgccagaggttgccaagtgagtggtgcaggaga
taggaagagtagcctgcacagctggtagcagctgtacttgcccatgggct
cttcagacctagttttgaagccagaggcgctaatgatggggacagaaaaa
gaacaacagcatgtggcatccatgcaaggtgccagtacttgtatctcttc
cccatctgttcccgtcacccttgcactctcccatttgctcacacatggat
aggcaatgggtgaccaaatgctgcctgagggactggacctgatgctgtta
attactaggagtgttgagagccaattatctccacaaaaccaaaacatctt
cttatagcatttcaaatggacattgtttcatccggggtggagacaaagtg
gacactgttgcttgcttcaaatgagaacaaaaacaaaaacaaaaacaaaa
aaatcacgctcacttctttgcattagtattatcggttttcaaatgctata
atgactcaaagaatgagacctataatgtagacagggtagctctctatgga
tgtatttgtatgtctctttccaactgtgttggatgcacacatataaaatg
cagatctgtctgcgagcttttacatacacactgcgagtgcagtgtctgtt
tttgctttggcagaccagtctgaccatgctttgtgtttgtatcactggat
aatgtctccgcccattctttctgcattcccagttgatttaaagatgtcat
ctacattttgtaaaacctccatggatcacaatagtacatacgtgtcttta
ggtatttgttgaggatctacttcagggcttcatttatcagcataataatt
ggataaaagctttcgaggtaactcttattctttagtaaaggtgaactgat
gcttacataagactaatggaggtgtaaatggtggaatactttcctgattt
ctggtcaaaacattcaccttaggaaaaaggtagaaatgaataaacatatt
tt
gaattcaccacaccaaaggcgaggtgtggcttctatctcggtgtttcaga
agaaatcttttaagtcttacaattgcccaatgatagaagtgtctgttttt
catgatggcatctcagaccacacatgaaaatctgtgctaaagagatgatg
gaagatgaggccaaccagatgaggatactaacgacaggagctggccatac
tggaaagaaaagtgtgtgattagagaagtagaggtttgggctgtgtaaag
agtagctgacctctggggagaggagaagggctgtagatgacaacagaaac
acaatcaatcatgcatatcaaataaatcaatgaaattgctataaactaaa
actgagatacaccttcctgtgtagcaactatcatatatatactataacag
tcccagagtctcctcagtatatccctttctttgtctatccctgatctgag
tccttttgctataataaaaccatacttgtaagtataatactattataagt
tctcaaacttgacctacaaatatcatcaaacctgaaagacttcatggacc
caaatttggggttagttggtttgaaaggaggtctgctgtgaggctgcact
caaatgggttaagatagcctggacagtagggatgaccatgccctgaaatt
tgggacttcctatacacacttcaattctacttctctgtgttttgtctact
gtctccggataggacctcatgtcctccctttaccaatgcagcctcagtac
actatttcctgaggtatgtcatttccacactttttctagatgccaacgat
aagaaccttttatttataaccattactgcctctgacaaaagaaattggtt
tatcagctagtacctacaaggagtcttctccctgtgttctagtctctttg
gtatggaaaggtcccccacaagcaaacctgtggacatcaacacagccaca
aaacctttgacctacaatctgtcctgcctgtagatatgctggggcaatgg
tggaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_80572728_80573886
seq2: B6Ng01-175K03.b_42_1193

seq1  GAATTCTCCCTGAGAGGAACAGCTGGGTCTTTTCACATTTTGTCTTTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTGAGAGGAACAGCTGGGTCTTTTCACATTTTGTCTTTATG  50

seq1  CCCAATTAACCCCTAACTACAGCCCTACTGAGTTGTTATTGTTGCAAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTAACCCCTAACTACAGCCCTACTGAGTTGTTATTGTTGCAAAGG  100

seq1  AAAAAAATCAACTGTGAGACCCACATGTCTAGACAGTGAAGGACTTAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATCAACTGTGAGACCCACATGTCTAGACAGTGAAGGACTTAGCA  150

seq1  CAGAAATTCCTTCTTTGTGCCAGAGGTTGCCAAGTGAGTGGTGCAGGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATTCCTTCTTTGTGCCAGAGGTTGCCAAGTGAGTGGTGCAGGAGA  200

seq1  TAGGAAGAGTAGCCTGCACAGCTGGTAGCAGCTGTACTTGCCCATGGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGAGTAGCCTGCACAGCTGGTAGCAGCTGTACTTGCCCATGGGCT  250

seq1  CTTCAGACCTAGTTTTGAAGCCAGAGGCGCTAATGATGGGGACAGAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGACCTAGTTTTGAAGCCAGAGGCGCTAATGATGGGGACAGAAAAA  300

seq1  GAACAACAGCATGTGGCATCCATGCAAGGTGCCAGTACTTGTATCTCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACAGCATGTGGCATCCATGCAAGGTGCCAGTACTTGTATCTCTTC  350

seq1  CCCATCTGTTCCCGTCACCCTTGCACTCTCCCATTTGCTCACACATGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTGTTCCCGTCACCCTTGCACTCTCCCATTTGCTCACACATGGAT  400

seq1  AGGCAATGGGTGACCAAATGCTGCCTGAGGGACTGGACCTGATGCTGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATGGGTGACCAAATGCTGCCTGAGGGACTGGACCTGATGCTGTTA  450

seq1  ATTACTAGGAGTGTTGAGAGCCAATTATCTCCACAAAACCAAAACATCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTAGGAGTGTTGAGAGCCAATTATCTCCACAAAACCAAAACATCTT  500

seq1  CTTATAGCATTTCAAATGGACATTGTTTCATCCGGGGTGGAGACAAAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAGCATTTCAAATGGACATTGTTTCATCCGGGGTGGAGACAAAGTG  550

seq1  GACACTGTTGCTTGCTTCAAATGAGAACAAAAACAAAAACAAAAACAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGTTGCTTGCTTCAAATGAGAACAAAAACAAAAACAAAAACAAAA  600

seq1  AAATCACGCTCACTTCTTTGCATTAGTATTATCGGTTTTCAAATGCTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACGCTCACTTCTTTGCATTAGTATTATCGGTTTTCAAATGCTATA  650

seq1  ATGACTCAAAGAATGAGACCTATAATGTAGACAGGGTAGCTCTCTATGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCAAAGAATGAGACCTATAATGTAGACAGGGTAGCTCTCTATGGA  700

seq1  TGTATTTGTATGTCTCTTTCCAACTGTGTTGGATGCACACATATAAAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTGTATGTCTCTTTCCAACTGTGTTGGATGCACACATATAAAATG  750

seq1  CAGATCTGTCTGCGAGCTTTTACATACACACTGCGAGTGCAGTGTCTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGTCTGCGAGCTTTTACATACACACTGCGAGTGCAGTGTCTGTT  800

seq1  TTTGCTTTGGCAGACCAGTCTGACCATGCTTTGTGTTTGTATCACTGGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTGGCAGACCAGTCTGACCATGCTTTGTGTTTGTATCACTGGAT  850

seq1  AATGTCTCCGCCCATTCTTTCTGCATTCCCAGTTGATTTAAAGATGTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCCGCCCATTCTTTCTGCATTCCCAGTTGATTTAAAGATGTCAT  900

seq1  CTACATTTTGTAAAACCTCCATGGATCACAATAGTACATACGTGTCTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTTTGTAAAACCTCCATGGATCACAATAGTACATACGTGTCTTTA  950

seq1  GGTATTTGTTGAGAATCTACTTCAGGGCTTCATTTATCAAGCATAAATAA  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  GGTATTTGTTGAGGATCTACTTCAGGGCTTCATTTATC-AGCAT-AATAA  998

seq1  TTGGATAAAAGCCTTCGAGGTAACTCTTA-TCTTTAGTAAAAGTGAACTG  1049
      |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  TTGGATAAAAGCTTTCGAGGTAACTCTTATTCTTTAGTAAAGGTGAACTG  1048

seq1  ATGCTTACATAAGACTAAT-GAGGTGTAAAT-GTGAAATAATTTTCTGAT  1097
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||| |||| 
seq2  ATGCTTACATAAGACTAATGGAGGTGTAAATGGTGGAATACTTTCCTGA-  1097

seq1  TTTCTGGTCAAAACATTTCAACTAAGGAAAAAAAAAGGTAGAAAATGAAT  1147
      ||||||||||||||| |||| || |||    |||||||||| ||||||| 
seq2  TTTCTGGTCAAAACA-TTCACCTTAGG----AAAAAGGTAG-AAATGAA-  1140

seq1  TAAACATATTTT  1159
      ||||||||||||
seq2  TAAACATATTTT  1152

seq1: chr14_80731991_80732889
seq2: B6Ng01-175K03.g_62_959 (reverse)

seq1  AAGAGACTAGAACACAGGGGAGAAGACTCCTTGTAGGTACTAGCTGATAA  50
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACTAGAACACA-GGGAGAAGACTCCTTGTAGGTACTAGCTGATAA  49

seq1  ACCAATTTCTTTTGTCAGAGGCAGTAATGGTTATAAATAAAAGGTTCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTTCTTTTGTCAGAGGCAGTAATGGTTATAAATAAAAGGTTCTTA  99

seq1  TCGTTGGCATCTAGAAAAAGTGTGGAAATGACATACCTCAGGAAATAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTGGCATCTAGAAAAAGTGTGGAAATGACATACCTCAGGAAATAGTG  149

seq1  TACTGAGGCTGCATTGGTAAAGGGAGGACATGAGGTCCTATCCGGAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGGCTGCATTGGTAAAGGGAGGACATGAGGTCCTATCCGGAGACA  199

seq1  GTAGACAAAACACAGAGAAGTAGAATTGAAGTGTGTATAGGAAGTCCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACAAAACACAGAGAAGTAGAATTGAAGTGTGTATAGGAAGTCCCAA  249

seq1  ATTTCAGGGCATGGTCATCCCTACTGTCCAGGCTATCTTAACCCATTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGGGCATGGTCATCCCTACTGTCCAGGCTATCTTAACCCATTTGA  299

seq1  GTGCAGCCTCACAGCAGACCTCCTTTCAAACCAACTAACCCCAAATTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCCTCACAGCAGACCTCCTTTCAAACCAACTAACCCCAAATTTGG  349

seq1  GTCCATGAAGTCTTTCAGGTTTGATGATATTTGTAGGTCAAGTTTGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGAAGTCTTTCAGGTTTGATGATATTTGTAGGTCAAGTTTGAGAA  399

seq1  CTTATAATAGTATTATACTTACAAGTATGGTTTTATTATAGCAAAAGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAATAGTATTATACTTACAAGTATGGTTTTATTATAGCAAAAGGAC  449

seq1  TCAGATCAGGGATAGACAAAGAAAGGGATATACTGAGGAGACTCTGGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCAGGGATAGACAAAGAAAGGGATATACTGAGGAGACTCTGGGAC  499

seq1  TGTTATAGTATATATATGATAGTTGCTACACAGGAAGGTGTATCTCAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATAGTATATATATGATAGTTGCTACACAGGAAGGTGTATCTCAGTT  549

seq1  TTAGTTTATAGCAATTTCATTGATTTATTTGATATGCATGATTGATTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTATAGCAATTTCATTGATTTATTTGATATGCATGATTGATTGTG  599

seq1  TTTCTGTTGTCATCTACAGCCCTTCTCCTCTCCCCAGAGGTCAGCTACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTGTCATCTACAGCCCTTCTCCTCTCCCCAGAGGTCAGCTACTC  649

seq1  TTTACACAGCCCAAACCTCTACTTCTCTAATCACACACTTTTCTTTCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACAGCCCAAACCTCTACTTCTCTAATCACACACTTTTCTTTCCAG  699

seq1  TATGGCCAGCTCCTGTCGTTAGTATCCTCATCTGGTTGGCCTCATCTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCCAGCTCCTGTCGTTAGTATCCTCATCTGGTTGGCCTCATCTTCC  749

seq1  ATCATCTCTTTAGCACAGATTTTCATGTGTGGTCTGAGATGCCATCATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTCTTTAGCACAGATTTTCATGTGTGGTCTGAGATGCCATCATGA  799

seq1  AAAACAGACACTTCTATCATTGGGCAATTGTAAGACTTAAAAGATTTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGACACTTCTATCATTGGGCAATTGTAAGACTTAAAAGATTTCTT  849

seq1  CTGAAACACCGAGATAGAAGCCACACCTCGCCTTTGGTGTGGTGAATTC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACACCGAGATAGAAGCCACACCTCGCCTTTGGTGTGGTGAATTC  898