BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194K04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 49,172,809 - 49,376,310
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930572G02Rik, Otx2, LOC100041864
Upstream geneD14Ertd436e, EG625730, LOC100042787, Ktn1, 4930447J18Rik, Map1lc3-ps2, Peli2, EG624367, LOC100041831, 6720456H20Rik
Downstream geneLOC666972, Exoc5, 4932432K03Rik, LOC218997, Nat12, 1700011H14Rik, Slc35f4, 3632451O06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194K04.bB6Ng01-194K04.g
ACCGA017274GA017275
length1,1261,156
definitionB6Ng01-194K04.b B6Ng01-194K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,375,183 - 49,376,310)(49,172,809 - 49,173,949)
sequence
gaattctctacgtatactaggtttagaactcacagaaattcttctgcctg
actctgatgtgctgggattaaaggctacttaaatgacattttcctcacta
tgaaccattagtctcttaagtggagtttgtcttactcacataatatacat
attatgtgagtaatatatatattacaaaatatattcaggggttttaaagt
tactgaggaggtcctttatacagttaaatatagtttgtgagctctcaacg
atattcacttcacagtgattatttggaggcagtgaggtgataaatggatg
tcctagctagggttactattgccatagtgaaacatggagaccaaaaagca
agttggagagaaaagagtttatttggattacacttccacaggggacaggg
ctgatgcagaggttatgaagggtgctgcttactggttcacttttcatgac
ctgctcaacctgctttcttatagaacccagggccactagcccagggatgc
caccacccacagtgggctgtactaattgatcactaattaagaaactgccc
tacaggcttgcttaaaccagatcttatgcagacactttctcagctgaggt
gtcctcctctttgaccaggttgacatagaactatccagaacagccagaaa
gggcacttgtcctgaagccagacctcctgagttctcagaatccacacggt
aaaaaggagagactggacttccacatgtctcatgcgtgtgtgcgcacgcg
cacacgcacacacacacacacacactaaaaattaattaaaacgcatttgt
tttgacatctttataaagattgacttcttttacaaattagcattcacttt
cttcttgttctctgcagccgccatgtgcgtcagcctatacaatctcaaac
ctgagaaccttccttccaccttagtagagttggttagtgggcaccgtcat
ttcactcgagatgaaatgcaccaggatgcaaccattcataaaaactgttc
acacaatttctaacttacgacatgtgtgttatacttttgaaataggaaga
aatcttagagttatcagaccctgccaagtattcctgtcacaagtgagcaa
aagccgagactttcctcctttttttg
gaattcttatcactgggcccaaggtgtaattgattttctgcacaatggct
cacaggtgttacatttaacaccccaagtaggtggagggcggaaatgtacc
ccaaggtgcagctattactttaaatatctatgaagtcagcccttccctga
ggagggccttgtatcctgagagggtgtaggggcggagcttcacccagttg
tgggagtgtgctgacagatagattctcctgctccttggcattaggatttt
ctatggccaggagccaaaagcgcctcttttccaacctgcaacccaaggtg
aggggagaagccagggcagacccaccaagaaatacatattaacattgtaa
caaccctctcagaatccactgttgctatgtcaacaaagcagctggggaaa
ttggaaaatgaggttggctttgacaatatggccggtgtttcctcctcaca
gaacaatcaactgtgagcctgggtggtcttttcttaccttcactttcctt
tgcttgtttatttgaacattgagcacacacctgatggctctccacatttg
ggggttagggagcttctgtgtcatgtgtaagaagaaacaaaccaaaggac
cccgcctccccagcctctctttacctgcttaagtggatttcttggtcccg
ctctggatctgccggaaccagtacctgcctctcctgagactttaaaagca
gcatgtacttcatctcagcaacagttcgctctttgtctaaggcaagagta
tgtatgttcatggggccaaccacagatttgtgggagccagtaaaacatga
agaagggcggggccccaaaagcagaagctgcggatcctcgtggagagcag
cagctctaggagccctgcgcaagcccaagcagtccagcctctaaattcag
acgctgggatcacaaagtaaggcaaggcacccttggcagcggtacttgtt
attgaatggtgaccatttcatgttgaaacaaaagtagagagaagagagtt
tgctgatgatgagtcttagcctgtgtgcatctagttgcattcggacatca
cgagacagagcgctcaagcagctctgttctggcccctgtgctcttctcaa
cctttcaacttcagggaatggaagagcccagcatcttccgagaggccgcg
ctcatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_49375183_49376310
seq2: B6Ng01-194K04.b_42_1167 (reverse)

seq1  CAAAAAAAG--AGAAAGT-TCTGCTTTTGCTCACTTTGTGGACAGAATTA  47
      |||||||||   |||||| || |||||||||||| |||| ||||| | ||
seq2  CAAAAAAAGGAGGAAAGTCTCGGCTTTTGCTCAC-TTGT-GACAGGAATA  48

seq1  CTTTGCAGGGTCTGATAAACTCTAAGATTTCTTTCCTAATTCAAAAGTAT  97
      ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  CTTGGCAGGGTCTGAT-AACTCTAAGATTTC-TTCCTATTTCAAAAGTAT  96

seq1  AACACACATGTCGTAAAGTTAGAAATTGTGTTGAACAGTTTTTATGAATG  147
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AACACACATGTCGT-AAGTTAGAAATTGTG-TGAACAGTTTTTATGAATG  144

seq1  GTTGCATCCTGGTGCATTTCATCTCGAGGTGAAATGACGGTGCCCACTAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATCCTGGTGCATTTCATCTCGA-GTGAAATGACGGTGCCCACTAA  193

seq1  CCAACTCTACTAAGGTGGAAGGAAGGTTCTCAGGTTTGAGATTGTATAGG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCTACTAAGGTGGAAGGAAGGTTCTCAGGTTTGAGATTGTATAGG  243

seq1  CTGACGCACATGGCGGCTGCAGAGAACAAGAAG-AAGTGAATGCTAATTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGACGCACATGGCGGCTGCAGAGAACAAGAAGAAAGTGAATGCTAATTT  293

seq1  GTAAAAGAAGTCAATCTTTATAAAGATGTCAAAACAAATGCGTTTTAATT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGAAGTCAATCTTTATAAAGATGTCAAAACAAATGCGTTTTAATT  343

seq1  AATTTTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGCGTGCGCACACACGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGCGTGCGCACACACGC  393

seq1  ATGAGACATGTGGAAGTCCAGTCTCTCC-TTTTACCGTGTGGATTCTGAG  445
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACATGTGGAAGTCCAGTCTCTCCTTTTTACCGTGTGGATTCTGAG  443

seq1  AACTCAGGAGGTCTGGCTTCAGGACAAGTGCCCTTTCTGGCTGTTCTGGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGAGGTCTGGCTTCAGGACAAGTGCCCTTTCTGGCTGTTCTGGA  493

seq1  TAGTTCTATGTCAACCTGGTCAAAGAGGAGGACACCTCAGCTGAGAAAGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTATGTCAACCTGGTCAAAGAGGAGGACACCTCAGCTGAGAAAGT  543

seq1  GTCTGCATAAGATCTGGTTTAAGCAAGCCTGTAGGGCAGTTTCTTAATTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCATAAGATCTGGTTTAAGCAAGCCTGTAGGGCAGTTTCTTAATTA  593

seq1  GTGATCAATTAGTACAGCCCACTGTGGGTGGTGGCATCCCTGGGCTAGTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCAATTAGTACAGCCCACTGTGGGTGGTGGCATCCCTGGGCTAGTG  643

seq1  GCCCTGGGTTCTATAAGAAAGCAGGTTGAGCAGGTCATGAAAAGTGAACC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGGTTCTATAAGAAAGCAGGTTGAGCAGGTCATGAAAAGTGAACC  693

seq1  AGTAAGCAGCACCCTTCATAACCTCTGCATCAGCCCTGTCCCCTGTGGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGCAGCACCCTTCATAACCTCTGCATCAGCCCTGTCCCCTGTGGAA  743

seq1  GTGTAATCCAAATAAACTCTTTTCTCTCCAACTTGCTTTTTGGTCTCCAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATCCAAATAAACTCTTTTCTCTCCAACTTGCTTTTTGGTCTCCAT  793

seq1  GTTTCACTATGGCAATAGTAACCCTAGCTAGGACATCCATTTATCACCTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACTATGGCAATAGTAACCCTAGCTAGGACATCCATTTATCACCTC  843

seq1  ACTGCCTCCAAATAATCACTGTGAAGTGAATATCGTTGAGAGCTCACAAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTCCAAATAATCACTGTGAAGTGAATATCGTTGAGAGCTCACAAA  893

seq1  CTATATTTAACTGTATAAAGGACCTCCTCAGTAACTTTAAAACCCCTGAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTTAACTGTATAAAGGACCTCCTCAGTAACTTTAAAACCCCTGAA  943

seq1  TATATTTTGTAATATATATATTACTCACATAATATGTATATTATGTGAGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTGTAATATATATATTACTCACATAATATGTATATTATGTGAGT  993

seq1  AAGACAAACTCCACTTAAGAGACTAATGGTTCATAGTGAGGAAAATGTCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAACTCCACTTAAGAGACTAATGGTTCATAGTGAGGAAAATGTCA  1043

seq1  TTTAAGTAGCCTTTAATCCCAGCACATCAGAGTCAGGCAGAAGAATTTCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTAGCCTTTAATCCCAGCACATCAGAGTCAGGCAGAAGAATTTCT  1093

seq1  GTGAGTTCTAAACCTAGTATACGTAGAGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTCTAAACCTAGTATACGTAGAGAATTC  1126

seq1: chr14_49172809_49173949
seq2: B6Ng01-194K04.g_64_1219

seq1  GAATTCTTATCACTGGGCCCAAGGTGTAATTGATTTTCTGCACAATGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATCACTGGGCCCAAGGTGTAATTGATTTTCTGCACAATGGCT  50

seq1  CACAGGTGTTACATTTAACACCCCAAGTAGGTGGAGGGCGGAAATGTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTGTTACATTTAACACCCCAAGTAGGTGGAGGGCGGAAATGTACC  100

seq1  CCAAGGTGCAGCTATTACTTTAAATATCTATGAAGTCAGCCCTTCCCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTGCAGCTATTACTTTAAATATCTATGAAGTCAGCCCTTCCCTGA  150

seq1  GGAGGGCCTTGTATCCTGAGAGGGTGTAGGGGCGGAGCTTCACCCAGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGCCTTGTATCCTGAGAGGGTGTAGGGGCGGAGCTTCACCCAGTTG  200

seq1  TGGGAGTGTGCTGACAGATAGATTCTCCTGCTCCTTGGCATTAGGATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTGTGCTGACAGATAGATTCTCCTGCTCCTTGGCATTAGGATTTT  250

seq1  CTATGGCCAGGAGCCAAAAGCGCCTCTTTTCCAACCTGCAACCCAAGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGCCAGGAGCCAAAAGCGCCTCTTTTCCAACCTGCAACCCAAGGTG  300

seq1  AGGGGAGAAGCCAGGGCAGACCCACCAAGAAATACATATTAACATTGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGAAGCCAGGGCAGACCCACCAAGAAATACATATTAACATTGTAA  350

seq1  CAACCCTCTCAGAATCCACTGTTGCTATGTCAACAAAGCAGCTGGGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTCTCAGAATCCACTGTTGCTATGTCAACAAAGCAGCTGGGGAAA  400

seq1  TTGGAAAATGAGGTTGGCTTTGACAATATGGCCGGTGTTTCCTCCTCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAATGAGGTTGGCTTTGACAATATGGCCGGTGTTTCCTCCTCACA  450

seq1  GAACAATCAACTGTGAGCCTGGGTGGTCTTTTCTTACCTTCACTTTCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATCAACTGTGAGCCTGGGTGGTCTTTTCTTACCTTCACTTTCCTT  500

seq1  TGCTTGTTTATTTGAACATTGAGCACACACCTGATGGCTCTCCACATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTTTATTTGAACATTGAGCACACACCTGATGGCTCTCCACATTTG  550

seq1  GGGGTTAGGGAGCTTCTGTGTCATGTGTAAGAAGAAACAAACCAAAGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTAGGGAGCTTCTGTGTCATGTGTAAGAAGAAACAAACCAAAGGAC  600

seq1  CCCGCCTCCCCAGCCTCTCTTTACCTGCTTAAGTGGATTTCTTGGTCCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCCTCCCCAGCCTCTCTTTACCTGCTTAAGTGGATTTCTTGGTCCCG  650

seq1  CTCTGGATCTGCCGGAACCAGTACCTGCCTCTCCTGAGACTTTAAAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGATCTGCCGGAACCAGTACCTGCCTCTCCTGAGACTTTAAAAGCA  700

seq1  GCATGTACTTCATCTCAGCAACAGTTCGCTCTTTGTCTAAGGCAAGAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTACTTCATCTCAGCAACAGTTCGCTCTTTGTCTAAGGCAAGAGTA  750

seq1  TGTATGTTCATGGGGCCAACCACAGATTTGTGGGAGCCAGTAAAACATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTCATGGGGCCAACCACAGATTTGTGGGAGCCAGTAAAACATGA  800

seq1  AGAA-GGCGGGGCCCCAAAAGCAGAAGCTGCGGATCCTCGTGGAGAGCAG  849
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGCGGGGCCCCAAAAGCAGAAGCTGCGGATCCTCGTGGAGAGCAG  850

seq1  CAGCTCTAGGAGCCCTGCGCAAGCCCAAGCAGTCCAGCCTCTAAA-TCAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGCTCTAGGAGCCCTGCGCAAGCCCAAGCAGTCCAGCCTCTAAATTCAG  900

seq1  ACGCTGGGATCACAAAG-AAGGCAAGGCACACTTGGCAGCGGTACT--GT  945
      ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||   |
seq2  ACGCTGGGATCACAAAGTAAGGCAAGGCACCCTTGGCAGCGGTACTTGTT  950

seq1  ATTGAATGGTGACCATTTCATG-TGAAACAAAAGTAGAGAGGAAGAGAG-  993
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  ATTGAATGGTGACCATTTCATGTTGAAACAAAAGTAGAGA-GAAGAGAGT  999

seq1  TTGCTGAATGATGAGTC-TAGCCTGTGTGCATC-AG-TGCA-TCGGACAT  1039
      |||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||
seq2  TTGCTG-ATGATGAGTCTTAGCCTGTGTGCATCTAGTTGCATTCGGACAT  1048

seq1  CACGAGACAGAAGCGCTC-AGCAGCTCTGTTCTGCCCC---TGCTCTCCT  1085
      |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||   |||||| ||
seq2  CACGAGACAG-AGCGCTCAAGCAGCTCTGTTCTGGCCCCTGTGCTCTTCT  1097

seq1  CAACC-TTCAGACTCAAAGGATGGAAGAAGCCCAGGCATCT--CCAGAGG  1132
      ||||| ||||   |||  | ||||||| |||||| ||||||  | |||||
seq2  CAACCTTTCAACTTCAGGGAATGGAAG-AGCCCA-GCATCTTCCGAGAGG  1145

seq1  C--CGCTCATC  1141
      |  ||||||||
seq2  CCGCGCTCATC  1156