BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195D22
Chromosome14 (Build37)
Map Location 25,148,984 - 25,311,996
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC669325, Polr3a, Rps24
Upstream geneKcnma1, LOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik
Downstream geneLOC669315, LOC100039411, Zmiz1, I920194n01, LOC100039007
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195D22.bB6Ng01-195D22.g
ACCGA017718GA017719
length1,0471,134
definitionB6Ng01-195D22.b B6Ng01-195D22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,148,984 - 25,149,726)(25,310,861 - 25,311,996)
sequence
gaattccaagttgtgcacacctacctgcagtgagccaggtctaagcccaa
gtaggccaggacacagtgctgcttatccactcctcagttatgcaggatgt
tttcccagatgtactcatgtacatcatgaaccagtacattcatgatgtac
tgttacctcattaccgtcactggtcacctcttactgagagcagtagttgt
gtttctacactaagtctgataataaatctggccatggggtagtatactgc
cgcagaccctctgggcccctttgtctgcgtggaacgggtctctagtctcg
ggtggacaaagcgtcggatgaattgacagacagatgcacacaggagaggt
tgtgttggatctgaatgtaatttgtcaaatcgagcatcagactctttatg
cagaagacaataaggaagttgggtgacacaccagcaaggtacaaagagtt
tactagattcttacataaaacagaggaatgcaaacacagaaggtctaatg
ggaaccacctgggatagaattcatccgtctaatgggaaccacctgggata
gaattcattaacaactgggatcaacaagggctccacctaagattcgctta
atcttagaagccagggtcaagggtttcatgcccttgccatagttcctatt
ttagtctattgtatagtcgaccttctccttaggccattgtaaatacatgt
gtatgggtgtaactcagctatagtcttagaagccaggtgtgaggtcttta
ctctcctagggcaagggctttcacacccaagtcatggttctaactaggga
gttctgttctagctaaccatctcatgaataatgcaatacttctaaaccca
cagcccgatctactttcctaaaccattgtaaatttcttgtatatgggaag
cgacttggctttttattctaagtgaatagtgtagtaccaggaggctattc
tgaatgtcactgtcttagctcaaggacgttctaggactgttgagcactga
ctttaagcttatgtcagaattcagtccttaaaggcacttattaatag

gaattcatcataccaaggagtaaatggactaaagaactcatgaaactggg
taaagtaactcccagtttgtggctagcctgtgctaaaggccatgcctcaa
ataaacaacccaatgaaacaaacaagaaaataactcagggtgggcaaccc
atgcctgtaatctcaccacgctggagacagaggaggtcagcctgggcgac
agtgagaagtcacctaaaagaatgaaataagccagccaggtgcatcctga
ccatcaaccaagcttgttacccattttggactacatgaagtttgtacatt
tttaaaggtaccatgtgtgcattgtatattgtatatggtaactttcccat
taaatgataccaacttttcctaggcatggacggcagcacggctcatacaa
aacagtgaggtatggcagtgcacacctgcaattccactacttagaaatag
aaagcccagtaaagactgctaagttccagttcagaaggccagagaaactg
catggagatgggctagtgggtaggtagaacaccacaagtttggcccaaac
tgcttattgtatcccaatatacactggaaaacaaaatctaacttgccatc
ctaactcagtccaggctgggattacaggcatgtatccattaaagaataag
atacctactcttgccagtctgtgtttaggctcattcttctttgcataatc
taaagaatcatagatcatgccaaagccagtggtcttgccaccaccgaagt
gggttctgaatccaaatacaaagatgacatctggtgtggttttgtacatt
ttggccagcttttcccgaatttctgtctttggtactgttgccttcccagg
atgaaggacatcaatgacctataaagaggtgtaagagtcagtactccttt
acaagttaactacatctttcaaaagcagacacaagaccacattttgactc
tgatccttaccatctgtttcctctgaagcagacggttggtcatgaacttc
ctggtccgatggttactgtgttcattctgcaagttaccacacagtcagta
agaatgttaaatctcgtctggcattgctcttgccttcagcaattactagc
aatgccagtctagaagaggcaggcactggggaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_25148984_25149726
seq2: B6Ng01-195D22.b_32_774

seq1  GAATTCCAAGTTGTGCACACCTACCTGCAGTGAGCCAGGTCTAAGCCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTTGTGCACACCTACCTGCAGTGAGCCAGGTCTAAGCCCAA  50

seq1  GTAGGCCAGGACACAGTGCTGCTTATCCACTCCTCAGTTATGCAGGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCCAGGACACAGTGCTGCTTATCCACTCCTCAGTTATGCAGGATGT  100

seq1  TTTCCCAGATGTACTCATGTACATCATGAACCAGTACATTCATGATGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGATGTACTCATGTACATCATGAACCAGTACATTCATGATGTAC  150

seq1  TGTTACCTCATTACCGTCACTGGTCACCTCTTACTGAGAGCAGTAGTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCTCATTACCGTCACTGGTCACCTCTTACTGAGAGCAGTAGTTGT  200

seq1  GTTTCTACACTAAGTCTGATAATAAATCTGGCCATGGGGTAGTATACTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTACACTAAGTCTGATAATAAATCTGGCCATGGGGTAGTATACTGC  250

seq1  CGCAGACCCTCTGGGCCCCTTTGTCTGCGTGGAACGGGTCTCTAGTCTCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGACCCTCTGGGCCCCTTTGTCTGCGTGGAACGGGTCTCTAGTCTCG  300

seq1  GGTGGACAAAGCGTCGGATGAATTGACAGACAGATGCACACAGGAGAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGACAAAGCGTCGGATGAATTGACAGACAGATGCACACAGGAGAGGT  350

seq1  TGTGTTGGATCTGAATGTAATTTGTCAAATCGAGCATCAGACTCTTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGGATCTGAATGTAATTTGTCAAATCGAGCATCAGACTCTTTATG  400

seq1  CAGAAGACAATAAGGAAGTTGGGTGACACACCAGCAAGGTACAAAGAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGACAATAAGGAAGTTGGGTGACACACCAGCAAGGTACAAAGAGTT  450

seq1  TACTAGATTCTTACATAAAACAGAGGAATGCAAACACAGAAGGTCTAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGATTCTTACATAAAACAGAGGAATGCAAACACAGAAGGTCTAATG  500

seq1  GGAACCACCTGGGATAGAATTCATCCGTCTAATGGGAACCACCTGGGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCACCTGGGATAGAATTCATCCGTCTAATGGGAACCACCTGGGATA  550

seq1  GAATTCATTAACAACTGGGATCAACAAGGGCTCCACCTAAGATTCGCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAACAACTGGGATCAACAAGGGCTCCACCTAAGATTCGCTTA  600

seq1  ATCTTAGAAGCCAGGGTCAAGGGTTTCATGCCCTTGCCATAGTTCCTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGAAGCCAGGGTCAAGGGTTTCATGCCCTTGCCATAGTTCCTATT  650

seq1  TTAGTCTATTGTATAGTCGACCTTCTCCTTAGGCCATTGTAAATACATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCTATTGTATAGTCGACCTTCTCCTTAGGCCATTGTAAATACATGT  700

seq1  GTATGGGTGTAACTCAGCTATAGTCTTAGAAGCCAGGTGTGAG  743
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGGTGTAACTCAGCTATAGTCTTAGAAGCCAGGTGTGAG  743


seq1: chr14_25310861_25311996
seq2: B6Ng01-195D22.g_68_1201 (reverse)

seq1  TGTCCCCAATTCCTGCCTCTTTCTAGACT-GCATTGCTAGTAATTGCTGA  49
      |||||||| | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  TGTCCCCAGTGCCTGCCTC-TTCTAGACTGGCATTGCTAGTAATTGCTG-  48

seq1  AAGGCCAGAGCAAAGGCAAGACGAGATTTTTAACA-TCTTACTGACTTGT  98
      ||||| ||||| || || ||||||||  ||||||| |||||||||| |||
seq2  AAGGCAAGAGC-AATGCCAGACGAGA--TTTAACATTCTTACTGAC-TGT  94

seq1  GT-GTTACCTGCAGAATG-ACACAGTAACCATCCGGACCAGGAAGTTCAT  146
      || || || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTGGTAACTTGCAGAATGAACACAGTAACCAT-CGGACCAGGAAGTTCAT  143

seq1  GACCAACCGTCTGCTTCAGAGGAAACAGATGGTAAGGATCAGAGTCAAAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACCGTCTGCTTCAGAGGAAACAGATGGTAAGGATCAGAGTCAAAA  193

seq1  TGTGGTCTTTGTGTCTGCTTTTG-AAGATGTAGTTAACTTGT-AAGGAGT  244
      ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTGGTC-TTGTGTCTGCTTTTGAAAGATGTAGTTAACTTGTAAAGGAGT  242

seq1  ACTGACTCTTACACCTCTTTATAGGTCATTGATGTCCTTCATCCTGGGAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTCTTACACCTCTTTATAGGTCATTGATGTCCTTCATCCTGGGAA  292

seq1  GGCAACAGTACCAAAGACAGAAATTCGGGAAAAGCTGGCCAAAATGTACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACAGTACCAAAGACAGAAATTCGGGAAAAGCTGGCCAAAATGTACA  342

seq1  AAACCACACCAGATGTCATCTTTGTATTTGGATTCAGAACCCACTTCGGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACACCAGATGTCATCTTTGTATTTGGATTCAGAACCCACTTCGGT  392

seq1  GGTGGCAAGACCACTGGCTTTGGCATGATCTATGATTCTTTAGATTATGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCAAGACCACTGGCTTTGGCATGATCTATGATTCTTTAGATTATGC  442

seq1  AAAGAAGAATGAGCCTAAACACAGACTGGCAAGAGTAGGTATCTTATTCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGAATGAGCCTAAACACAGACTGGCAAGAGTAGGTATCTTATTCT  492

seq1  TTAATGGATACATGCCTGTAATCCCAGCCTGGACTGAGTTAGGATGGCAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGATACATGCCTGTAATCCCAGCCTGGACTGAGTTAGGATGGCAA  542

seq1  GTTAGATTTTGTTTTCCAGTGTATATTGGGATACAATAAGCAGTTTGGGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGATTTTGTTTTCCAGTGTATATTGGGATACAATAAGCAGTTTGGGC  592

seq1  CAAACTTGTGGTGTTCTACCTACCCACTAGCCCATCTCCATGCAGTTTCT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTGTGGTGTTCTACCTACCCACTAGCCCATCTCCATGCAGTTTCT  642

seq1  CTGGCCTTCTGAACTGGAACTTAGCAGTCTTTACTGGGCTTTCTATTTCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTTCTGAACTGGAACTTAGCAGTCTTTACTGGGCTTTCTATTTCT  692

seq1  AAGTAGTGGAATTGCAGGTGTGCACTGCCATACCTCACTGTTTTGTATGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTGGAATTGCAGGTGTGCACTGCCATACCTCACTGTTTTGTATGA  742

seq1  GCCGTGCTGCCGTCCATGCCTAGGAAAAGTTGGTATCATTTAATGGGAAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGCTGCCGTCCATGCCTAGGAAAAGTTGGTATCATTTAATGGGAAA  792

seq1  GTTACCATATACAATATACAATGCACACATGGTACCTTTAAAAATGTACA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCATATACAATATACAATGCACACATGGTACCTTTAAAAATGTACA  842

seq1  AACTTCATGTAGTCCAAAATGGGTAACAAGCTTGGTTGATGGTCAGGATG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCATGTAGTCCAAAATGGGTAACAAGCTTGGTTGATGGTCAGGATG  892

seq1  CACCTGGCTGGCTTATTTCATTCTTTTAGGTGACTTCTCACTGTCGCCCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGCTGGCTTATTTCATTCTTTTAGGTGACTTCTCACTGTCGCCCA  942

seq1  GGCTGACCTCCTCTGTCTCCAGCGTGGTGAGATTACAGGCATGGGTTGCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGACCTCCTCTGTCTCCAGCGTGGTGAGATTACAGGCATGGGTTGCC  992

seq1  CACCCTGAGTTATTTTCTTGTTTGTTTCATTGGGTTGTTTATTTGAGGCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGAGTTATTTTCTTGTTTGTTTCATTGGGTTGTTTATTTGAGGCA  1042

seq1  TGGCCTTTAGCACAGGCTAGCCACAAACTGGGAGTTACTTTACCCAGTTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTTAGCACAGGCTAGCCACAAACTGGGAGTTACTTTACCCAGTTT  1092

seq1  CATGAGTTCTTTAGTCCATTTACTCCTTGGTATGATGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTTCTTTAGTCCATTTACTCCTTGGTATGATGAATTC  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |