BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-199K03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 10,428,805 - 10,599,275
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFhit
Upstream gene4930452B06Rik, LOC100041948
Downstream geneLOC100042415
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-199K03.bB6Ng01-199K03.g
ACCGA020915GA020916
length1,1911,117
definitionB6Ng01-199K03.b B6Ng01-199K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,428,805 - 10,429,990)(10,598,177 - 10,599,275)
sequence
gaattccttaagaattgccatatacatgggagcgtctccctattcattgg
ctactcttatgctacggcaagtgtgtagttacaagagctatccatacaca
tttcactgttttcttacgtcctgacttactgcaggagaccagaagcccca
gaactgtgacactcttcctgttccagggactaaattgggcatagattcta
tcccactgctgagattcagtaaatacttgttaaaagaatgaacaagcaga
aagtcattttccagaggctacaacactagagagaggacttcagtttagtc
tagtccccaagttcgtgacattttctgtctatagacctacagtatggcct
cacctgagagcttgttagaaatgctgcccctagccctacaccagatctac
tggggtgagacaattacttaacaccatctccaagaggttcccaggcatgt
ttaagcttaagcagtgctaatccagggtaacactgcaacacctagctgct
gactcatttaccacgtcccactgccccttctgtgtgccctgtgtctgatt
gcgtagctggttatttccatccaccaggagaagagtctacagcaaatatc
atgtgctgagttcttaccaaattcaaccctatatggaaacctgcctcata
tttcacccacctctagggatcaggccataggctcctgccaatgcagaata
tctgctcatcaataacttccctcttggtgcctccccacccccatgagctg
gttttactgtatcttatacccaatgaaatttacagttctacatcataaca
taatttaatacctctggaaacttctaatttgattatacaaatgagagcca
actatgtcctaatattacaaagcaattaaaattctccccacactcacact
ggtttcctatctcttctttttttttcctcttttttcttttaaatgttacc
tggcttaaagatcctttccattcttgactgctttcttagaaatatccctt
atgtggccacttcaggagatgacagttgtttaaaatagaacaaagcctcc
acaatgggttttccattgtccacagccagaagccttccaaattggtgtct
atcagatgaaacaccgttaatggagaaaggactggaattagccatatttc
tagtctgactctctaacctcacagattggccctctggaaga

gaattcttccttttctagggttctggaacttgccatctcttggtttatac
acatatcatgttggtaggttgagccatccttctttacaagaactgagttg
gctctgtcatgatttctctgtcctgggagactgagcggattgtcagaatc
ctgtaattaggctgtcacttaagaggttatatcactgtatcgtgtatcag
gaagagctgagatcatgcccttagggaaaaatcacctagacagtgagttg
tttactgtctttggtgtcatagcaagtttcaaatggttgccaatgatcaa
gagcgtcatttccagaactgaatagtaacagcatatagaaatagctctga
tgagtgaactcaggagagcaagatatagaacaggaatcagagacaaatcc
agatccgaagtcactggcatcgtcttaagtacagacataaagcagttcag
gaagcctgggcaacttatggaaataggtgtctacataacactacagggca
gtccaaacaaagtgttaaactcagtgttcaacataagtgcctttcatagg
ggtaggccttagtcaatgtctctcaaagtatgaccctagaccagcattac
ttgggaatctattagaaagtaagttaggaggctcttaatttttagcacga
gctagctttttaatgcagtttgagaaacacttgtcagagcatcagaaaca
cattctggcagaaagagatgctttaactgcacaccagttaaggagcttgg
gaagtataattcttgcaaatataagaaccagtcattgaatgtgacctctg
gtcttcagattgcaagttttttaacaataaagacactctcactgtgtcta
gatatattcaggacaccgtgctaagcagcataacaaacttatgacaaaca
tgtgcttagaatgacttggtacttttagacctgtgaagatgggaatactg
caagtcctccttataaaagaagaactaggtaactgctgtggagaaggtaa
cacagctagcacatggggaggtccaagctgtatggacattactgtacctt
ctagggtaaagctgttacctttatatattccataatcctcctgcacgtgg
agtacagaacccactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_10428805_10429990
seq2: B6Ng01-199K03.b_46_1236

seq1  GAATTCCTTAAGAATTGCCATATACATGGGAGCGTCTCCCTATTCATTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAAGAATTGCCATATACATGGGAGCGTCTCCCTATTCATTGG  50

seq1  CTACTCTTATGCTACGGCAAGTGTGTAGTTACAAGAGCTATCCATACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCTTATGCTACGGCAAGTGTGTAGTTACAAGAGCTATCCATACACA  100

seq1  TTTCACTGTTTTCTTACGTCCTGACTTACTGCAGGAGACCAGAAGCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGTTTTCTTACGTCCTGACTTACTGCAGGAGACCAGAAGCCCCA  150

seq1  GAACTGTGACACTCTTCCTGTTCCAGGGACTAAATTGGGCATAGATTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTGACACTCTTCCTGTTCCAGGGACTAAATTGGGCATAGATTCTA  200

seq1  TCCCACTGCTGAGATTCAGTAAATACTTGTTAAAAGAATGAACAAGCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGCTGAGATTCAGTAAATACTTGTTAAAAGAATGAACAAGCAGA  250

seq1  AAGTCATTTTCCAGAGGCTACAACACTAGAGAGAGGACTTCAGTTTAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATTTTCCAGAGGCTACAACACTAGAGAGAGGACTTCAGTTTAGTC  300

seq1  TAGTCCCCAAGTTCGTGACATTTTCTGTCTATAGACCTACAGTATGGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCCCAAGTTCGTGACATTTTCTGTCTATAGACCTACAGTATGGCCT  350

seq1  CACCTGAGAGCTTGTTAGAAATGCTGCCCCTAGCCCTACACCAGATCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGAGAGCTTGTTAGAAATGCTGCCCCTAGCCCTACACCAGATCTAC  400

seq1  TGGGGTGAGACAATTACTTAACACCATCTCCAAGAGGTTCCCAGGCATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGAGACAATTACTTAACACCATCTCCAAGAGGTTCCCAGGCATGT  450

seq1  TTAAGCTTAAGCAGTGCTAATCCAGGGTAACACTGCAACACCTAGCTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCTTAAGCAGTGCTAATCCAGGGTAACACTGCAACACCTAGCTGCT  500

seq1  GACTCATTTACCACGTCCCACTGCCCCTTCTGTGTGCCCTGTGTCTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATTTACCACGTCCCACTGCCCCTTCTGTGTGCCCTGTGTCTGATT  550

seq1  GCGTAGCTGGTTATTTCCATCCACCAGGAGAAGAGTCTACAGCAAATATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAGCTGGTTATTTCCATCCACCAGGAGAAGAGTCTACAGCAAATATC  600

seq1  ATGTGCTGAGTTCTTACCAAATTCAACCCTATATGGAAACCTGCCTCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTGAGTTCTTACCAAATTCAACCCTATATGGAAACCTGCCTCATA  650

seq1  TTTCACCCACCTCTAGGGATCAGGCCATAGGCTCCTGCCAATGCAGAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCCACCTCTAGGGATCAGGCCATAGGCTCCTGCCAATGCAGAATA  700

seq1  TCTGCTCATCAATAACTTCCCTCTTGGTGCCTCCCCACCCCCATGAGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCATCAATAACTTCCCTCTTGGTGCCTCCCCACCCCCATGAGCTG  750

seq1  GTTTTACTGTATCTTATACCCAATGAAATTTACAGTTCTACATCATAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTACTGTATCTTATACCCAATGAAATTTACAGTTCTACATCATAACA  800

seq1  TAATTTAATACCTCTGGAAACTTCTAATTTGATTATACAAATGAGAGCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAATACCTCTGGAAACTTCTAATTTGATTATACAAATGAGAGCCA  850

seq1  ACTATGTCCTAATATTACAAAGCAATTAAAATTCTCCCCACACTCACACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTCCTAATATTACAAAGCAATTAAAATTCTCCCCACACTCACACT  900

seq1  GGTTTCCTATCTCTTCTTTTTTTTTTCCTTCTTTTTTTCTTTTTAAATGT  950
      |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||   ||||||||||
seq2  GGTTTCCTATCTCTTCTTTTTTTTT--CCTCTTTTTT--CTTTTAAATGT  946

seq1  TACCTGGCTTAAAGATCC-TTCCATTCTTGACTGCTTTCTTAGAAATTAT  999
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TACCTGGCTTAAAGATCCTTTCCATTCTTGACTGCTTTCTTAGAAA-TAT  995

seq1  CCCTTATGTGG-CACTTCAGGAAGATGACAG-TGTTTAAAATTAGAACAA  1047
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  CCCTTATGTGGCCACTTCAGG-AGATGACAGTTGTTTAAAA-TAGAACAA  1043

seq1  AAGCT-CACAAT-GGTTTCCCATTTGTCACAGCCAGAAGC--TTCAAATT  1093
      |  || |||||| ||||| |||||   |||||||||||||  | ||||||
seq2  AGCCTCCACAATGGGTTTTCCATTGTCCACAGCCAGAAGCCTTCCAAATT  1093

seq1  GTGGTC-ATCAGATG-AACA-CGTTAAATTGGAGAAA-GACTG--ATTAG  1137
      |  ||| |||||||| |||| ||||||  |||||||| |||||  |||||
seq2  GGTGTCTATCAGATGAAACACCGTTAA--TGGAGAAAGGACTGGAATTAG  1141

seq1  -CATAATTCTTAAAGGTCTGA-ACTCTAAACTCACAGAT--GGCCTCT-G  1182
       |||| ||||     ||||||  |||||| |||||||||  | ||||| |
seq2  CCATATTTCT----AGTCTGACTCTCTAACCTCACAGATTGGCCCTCTGG  1187

seq1  AAGA  1186
      ||||
seq2  AAGA  1191


seq1: chr14_10598177_10599275
seq2: B6Ng01-199K03.g_65_1181 (reverse)

seq1  TCAGTGG--TCTGTACTCAACGTGCAAGAGGA-TATGG---ATATAAAAG  44
      |||||||  ||||||||| ||||||| ||||| |||||   ||||||| |
seq2  TCAGTGGGTTCTGTACTCCACGTGCAGGAGGATTATGGAATATATAAAGG  50

seq1  TAACAGCTTTA-CCTAGA--GTACAGT-ATGTCCAATACAGC-TGGACCT  89
      ||||||||||| ||||||  ||||||| |||||| ||||||| |||||||
seq2  TAACAGCTTTACCCTAGAAGGTACAGTAATGTCC-ATACAGCTTGGACCT  99

seq1  -CCCATGTGCTAGCTGTGTTACC-TCTCCACAGCAGTTACCTAG-TCTTC  136
       |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCCCATGTGCTAGCTGTGTTACCTTCTCCACAGCAGTTACCTAGTTCTTC  149

seq1  -TTTATAAGGAGGAC-TGCAGTATTCCCATC-TCACAGGTCT-AAAGTAC  182
       |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  TTTTATAAGGAGGACTTGCAGTATTCCCATCTTCACAGGTCTAAAAGTAC  199

seq1  CAAGTCA-TCTAAGCACATGTTTGTCATAAGTTTGTTATGCTGCTTAGCA  231
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCATTCTAAGCACATGTTTGTCATAAGTTTGTTATGCTGCTTAGCA  249

seq1  CGGTGTCCTGAATATATCTAGACACAGTGAGAGTGTCTTTATTGTTAAAA  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGTCCTGAATATATCTAGACACAGTGAGAGTGTCTTTATTGTTAAAA  299

seq1  AACTTGCAATCTGAAGACCAGAGGTCACATTCAATGACTGGTTCTTATAT  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCAATCTGAAGACCAGAGGTCACATTCAATGACTGGTTCTTATAT  349

seq1  TTGCAAGAATTATACTTCCCAAGCTCCTTAACTGGTGTGCAGTTAAAGCA  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGAATTATACTTCCCAAGCTCCTTAACTGGTGTGCAGTTAAAGCA  399

seq1  TCTCTTTCTGCCAGAATGTGTTTCTGATGCTCTGACAAGTGTTTCTCAAA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCTGCCAGAATGTGTTTCTGATGCTCTGACAAGTGTTTCTCAAA  449

seq1  CTGCATTAAAAAGCTAGCTCGTGCTAAAAATTAAGAGCCTCCTAACTTAC  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTAAAAAGCTAGCTCGTGCTAAAAATTAAGAGCCTCCTAACTTAC  499

seq1  TTTCTAATAGATTCCCAAGTAATGCTGGTCTAGGGTCATACTTTGAGAGA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAATAGATTCCCAAGTAATGCTGGTCTAGGGTCATACTTTGAGAGA  549

seq1  CATTGACTAAGGCCTACCCCTATGAAAGGCACTTATGTTGAACACTGAGT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACTAAGGCCTACCCCTATGAAAGGCACTTATGTTGAACACTGAGT  599

seq1  TTAACACTTTGTTTGGACTGCCCTGTAGTGTTATGTAGACACCTATTTCC  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACTTTGTTTGGACTGCCCTGTAGTGTTATGTAGACACCTATTTCC  649

seq1  ATAAGTTGCCCAGGCTTCCTGAACTGCTTTATGTCTGTACTTAAGACGAT  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTGCCCAGGCTTCCTGAACTGCTTTATGTCTGTACTTAAGACGAT  699

seq1  GCCAGTGACTTCGGATCTGGATTTGTCTCTGATTCCTGTTCTATATCTTG  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGACTTCGGATCTGGATTTGTCTCTGATTCCTGTTCTATATCTTG  749

seq1  CTCTCCTGAGTTCACTCATCAGAGCTATTTCTATATGCTGTTACTATTCA  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTGAGTTCACTCATCAGAGCTATTTCTATATGCTGTTACTATTCA  799

seq1  GTTCTGGAAATGACGCTCTTGATCATTGGCAACCATTTGAAACTTGCTAT  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGAAATGACGCTCTTGATCATTGGCAACCATTTGAAACTTGCTAT  849

seq1  GACACCAAAGACAGTAAACAACTCACTGTCTAGGTGATTTTTCCCTAAGG  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCAAAGACAGTAAACAACTCACTGTCTAGGTGATTTTTCCCTAAGG  899

seq1  GCATGATCTCAGCTCTTCCTGATACACGATACAGTGATATAACCTCTTAA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATCTCAGCTCTTCCTGATACACGATACAGTGATATAACCTCTTAA  949

seq1  GTGACAGCCTAATTACAGGATTCTGACAATCCGCTCAGTCTCCCAGGACA  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGCCTAATTACAGGATTCTGACAATCCGCTCAGTCTCCCAGGACA  999

seq1  GAGAAATCATGACAGAGCCAACTCAGTTCTTGTAAAGAAGGATGGCTCAA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATCATGACAGAGCCAACTCAGTTCTTGTAAAGAAGGATGGCTCAA  1049

seq1  CCTACCAACATGATATGTGTATAAACCAAGAGATGGCAAGTTCCAGAACC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCAACATGATATGTGTATAAACCAAGAGATGGCAAGTTCCAGAACC  1099

seq1  CTAGAAAAGGAAGAATTC  1099
      ||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAAGGAAGAATTC  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |