BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-199M20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,270,830 - 23,366,547
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik
Upstream geneMyst4, EG435391, Dusp13, Samd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075
Downstream geneEG435392, LOC665068, Kcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-199M20.bB6Ng01-199M20.g
ACCGA021039GA021040
length1,0411,106
definitionB6Ng01-199M20.b B6Ng01-199M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,270,830 - 23,271,862)(23,365,453 - 23,366,547)
sequence
gaattccatcatttaatatgttgtctgtgaatctcattagcctttttagc
ctaagggttaggaaggaaaacagagtgttggttgtgtgttgaagactaag
tactaaatccacttttcatcagggggcttgttgaccttatgttaagttgc
ttctttgtgagtctttctgtgctaaggctctggtttccatggcatttaca
caaacctagcaaccgttctctatgcagaagctgtggcaaggcctccgatc
tcttctgccaaggagtgggaatcactccttaaacagggaatatcttttcc
caggtgagttgtagtggatgtgagaatggggctggtggccatgtcagcca
catcttggtggtcgcatccagccagtgtctcccttatccgtatgtgacag
agacaacttcggtgttcttagttcttgaaactgagccacatgcagtgagg
agtattgctcacccactcagggtacaatattggtaaattgaggcactgta
catgaagacagtaggcaaagatgaaaaccagactacatcctagataattc
gggtttgagagaggccagtataagagagccacacagttggtgtggaacat
cttccttgcagagcaattgcctggctgagccatggttcttcctgttcttc
atgttttccacaccttccatgttcttgaggaccctaggaaacaggtcatt
gcaatgttcattgaggggaagagctttagtagcttgacagagccaggata
tacaactgtgcatcctgccctcccagccgttcttggccctttacccttca
cttcatgatttctaaagcgttgctgatcccagatcctagcttaggagatt
ggactttgataaagaagcaggcggctgaggctccaggttcattttccaac
tggtctgtgtagccttggctcttggagggtcttggacctccctaaaggtt
tgtctaatttagagccaccggagccttccttcactgccgcttcttctgcc
agcacattatgactcaaacagaggtctggtaactcagcagg

gaattccctggctctaagtcttgttgctctgtttgtccactgtggtccag
agacatggtagtggggaccacaggagtatctgctcacttgcccaggtatg
acacaagccatctagatgtaccattcctctatgtcctgtggtcggtcctt
tacattaggcaatgctacctatgtgtgtagaaccacataagagacagaag
ccagcttggctttgaaggcaaaggtgtttctgtttcctttttatttatct
ttctcaaaaatgagtttgtatgctttaaggtcaactggagaactggtatt
ccaggcaaaaagaagatgaaaaaagtatttaaactgctatggttggaaag
cttaaccagtaaagtcagtccctccaggctttagtcaatgggaatgagag
cgacggtttccagctagtctattcagtctacagaagggattgctagactg
agggggaccctcccccaccccatttccaaagtgcaatccattccccactt
ctaagaagcattttgacagagcctattgtgcagctttctcaggacattag
ccaccccagcacaaacactctatggcgataagagctctttcccagggtgt
tcttcaccccctccatctctcctccaccatccctgcaacctcacatcccg
gaggctatgctgcccaaacccataagcagagaggatctctaacacccgcc
acttgcttaaaattgattttcagatgagagctgggtgagagccaagtacc
tccatagtttagaacactcatcatctctgaagatgaagtcatttgctgtc
ataagcagaacaggggttaatgacccaaaatcgaataaattactggattc
agatccatcataagcatcgggtttaagccatgtgaaggcaaggagtacag
actccaaagacagacctctcccctttgcttgttgaacaataatcaggagc
tgtgcaaagtatcttcccataataaattagtctggagattgcctttatgt
gctacttggagatgtcctccccaggtgggggacgaggactaggagctttc
cttccctgattcattctctcaatttgggaccgaggtggaagggcaaacat
caaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23270830_23271862
seq2: B6Ng01-199M20.b_46_1086

seq1  GAATTCCATCATTTAATATGTTGTCTGTGAATCTCATTAGCCTTTTTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCATTTAATATGTTGTCTGTGAATCTCATTAGCCTTTTTAGC  50

seq1  CTAAGGGTTAGGAAGGAAAACAGAGTGTTGGTTGTGTGTTGAAGACTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGGTTAGGAAGGAAAACAGAGTGTTGGTTGTGTGTTGAAGACTAAG  100

seq1  TACTAAATCCACTTTTCATCAGGGGGCTTGTTGACCTTATGTTAAGTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAATCCACTTTTCATCAGGGGGCTTGTTGACCTTATGTTAAGTTGC  150

seq1  TTCTTTGTGAGTCTTTCTGTGCTAAGGCTCTGGTTTCCATGGCATTTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTGAGTCTTTCTGTGCTAAGGCTCTGGTTTCCATGGCATTTACA  200

seq1  CAAACCTAGCAACCGTTCTCTATGCAGAAGCTGTGGCAAGGCCTCCGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTAGCAACCGTTCTCTATGCAGAAGCTGTGGCAAGGCCTCCGATC  250

seq1  TCTTCTGCCAAGGAGTGGGAATCACTCCTTAAACAGGGAATATCTTTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGCCAAGGAGTGGGAATCACTCCTTAAACAGGGAATATCTTTTCC  300

seq1  CAGGTGAGTTGTAGTGGATGTGAGAATGGGGCTGGTGGCCATGTCAGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAGTTGTAGTGGATGTGAGAATGGGGCTGGTGGCCATGTCAGCCA  350

seq1  CATCTTGGTGGTCGCATCCAGCCAGTGTCTCCCTTATCCGTATGTGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTGGTGGTCGCATCCAGCCAGTGTCTCCCTTATCCGTATGTGACAG  400

seq1  AGACAACTTCGGTGTTCTTAGTTCTTGAAACTGAGCCACATGCAGTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACTTCGGTGTTCTTAGTTCTTGAAACTGAGCCACATGCAGTGAGG  450

seq1  AGTATTGCTCACCCACTCAGGGTACAATATTGGTAAATTGAGGCACTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGCTCACCCACTCAGGGTACAATATTGGTAAATTGAGGCACTGTA  500

seq1  CATGAAGACAGTAGGCAAAGATGAAAACCAGACTACATCCTAGATAATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGACAGTAGGCAAAGATGAAAACCAGACTACATCCTAGATAATTC  550

seq1  GGGTTTGAGAGAGGCCAGTATAAGAGAGCCACACAGTTGGTGTGGAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGAGAGAGGCCAGTATAAGAGAGCCACACAGTTGGTGTGGAACAT  600

seq1  CTTCCTTGCAGAGCAATTGCCTGGCTGAGCCATGGTTCTTCCTGTTCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTGCAGAGCAATTGCCTGGCTGAGCCATGGTTCTTCCTGTTCTTC  650

seq1  ATG-TTTCCACACCTTCCATGTTCTTGAGGACCCTAGGAAACAGGTCATT  699
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCCACACCTTCCATGTTCTTGAGGACCCTAGGAAACAGGTCATT  700

seq1  GCAATGTTCATTGAGGGGAAGAGCTTTAGTAGCTTGACAGAGCCAGGATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGTTCATTGAGGGGAAGAGCTTTAGTAGCTTGACAGAGCCAGGATA  750

seq1  TACAACTGTGCATCCTGCCCTCCCAGCCGTTCTTGGCCCTTTACCCTTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTGTGCATCCTGCCCTCCCAGCCGTTCTTGGCCCTTTACCCTTCA  800

seq1  CTTCATGA-TTCTAAAGCGTTGCTGATCCCAGATCCTAGCTTAGGAGATT  848
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGATTTCTAAAGCGTTGCTGATCCCAGATCCTAGCTTAGGAGATT  850

seq1  GGACTTTGATAAAGAAGCAGGCGGCTGAGGCTCCAGGTTCATTTTCCAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTTGATAAAGAAGCAGGCGGCTGAGGCTCCAGGTTCATTTTCCAAC  900

seq1  TGGTCTGTGTAGCC-TGGCTCTTGGAGGGTCTTGGACCTCCTTAAAGGTT  947
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  TGGTCTGTGTAGCCTTGGCTCTTGGAGGGTCTTGGACCTCCCTAAAGG-T  949

seq1  TTGTCTATTTCAGAGCCACCGGAGCCT--CTTCACTGCCGCT--CTCTGC  993
      ||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||   |||||
seq2  TTGTCTAATTTAGAGCCACCGGAGCCTTCCTTCACTGCCGCTTCTTCTGC  999

seq1  CAGCACA-TATGACTC-AACAGAGGTCTGGAAACTCAGCAGG  1033
      ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGCACATTATGACTCAAACAGAGGTCTGGTAACTCAGCAGG  1041


seq1: chr14_23365453_23366547
seq2: B6Ng01-199M20.g_65_1170 (reverse)

seq1  GCCTTG-TGTTTGCCC-TCCACCTC-GTCCCAAA-TGAGAGAATGATTCA  46
      |||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||
seq2  GCCTTGATGTTTGCCCTTCCACCTCGGTCCCAAATTGAGAGAATGAATCA  50

seq1  GGG-AGGAAAGCTTCCTTAGTCCCTCGT-CCCCACCT-GGGAGGACATCT  93
      ||| |||||||||  | |||| |||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  GGGAAGGAAAGCT--CCTAGT-CCTCGTCCCCCACCTGGGGAGGACATCT  97

seq1  CCAAGTAGCACAATTAAGGCAATCTCCAGACTAATTTATTATGG--AGAT  141
      ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  CCAAGTAGCAC-ATAAAGGCAATCTCCAGACTAATTTATTATGGGAAGAT  146

seq1  ACTTTGCACAGCTCCTGATTTATTGT--CACAAGC-AAGGGGAGA-GTCT  187
      |||||||||||||||||| |||||||   |||||| ||||||||| ||||
seq2  ACTTTGCACAGCTCCTGA-TTATTGTTCAACAAGCAAAGGGGAGAGGTCT  195

seq1  GTCTTTGGAGTCTGTACTCCTTG-CTTCACATGGCTTAAA-CCGATGCTT  235
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTCTTTGGAGTCTGTACTCCTTGCCTTCACATGGCTTAAACCCGATGCTT  245

seq1  ATGATGGATCTGAATCCAGTAATTTATTCGATTTTGGGTCATTAACCCCT  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGATCTGAATCCAGTAATTTATTCGATTTTGGGTCATTAACCCCT  295

seq1  GTTCTGCTTATGACAGCAAATGACTTCATCTTCAGAGATGATGAGTGTTC  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCTTATGACAGCAAATGACTTCATCTTCAGAGATGATGAGTGTTC  345

seq1  TAAACTATGGAGGTACTTGGCTCTCA-CCAGCTCTCATCTGAAAATCAAT  384
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTATGGAGGTACTTGGCTCTCACCCAGCTCTCATCTGAAAATCAAT  395

seq1  TTTAAGCAAGTGGCGGGTGTTAGAGATCCTCTCTGCTTATGGGTTTGGGC  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCAAGTGGCGGGTGTTAGAGATCCTCTCTGCTTATGGGTTTGGGC  445

seq1  AGCATAGCCTCCGGGATGTGAGGTTGCAGGGATGGTGGAGGAGAGATGGA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGCCTCCGGGATGTGAGGTTGCAGGGATGGTGGAGGAGAGATGGA  495

seq1  GGGGGTGAAGAACACCCTGGGAAAGAGCTCTTATCGCCATAGAGTGTTTG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGAAGAACACCCTGGGAAAGAGCTCTTATCGCCATAGAGTGTTTG  545

seq1  TGCTGGGGTGGCTAATGTCCTGAGAAAGCTGCACAATAGGCTCTGTCAAA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGGTGGCTAATGTCCTGAGAAAGCTGCACAATAGGCTCTGTCAAA  595

seq1  ATGCTTCTTAGAAGTGGGGAATGGATTGCACTTTGGAAATGGGGTGGGGG  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCTTAGAAGTGGGGAATGGATTGCACTTTGGAAATGGGGTGGGGG  645

seq1  AGGGTCCCCCTCAGTCTAGCAATCCCTTCTGTAGACTGAATAGACTAGCT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCCCCCTCAGTCTAGCAATCCCTTCTGTAGACTGAATAGACTAGCT  695

seq1  GGAAACCGTCGCTCTCATTCCCATTGACTAAAGCCTGGAGGGACTGACTT  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACCGTCGCTCTCATTCCCATTGACTAAAGCCTGGAGGGACTGACTT  745

seq1  TACTGGTTAAGCTTTCCAACCATAGCAGTTTAAATACTTTTTTCATCTTC  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGTTAAGCTTTCCAACCATAGCAGTTTAAATACTTTTTTCATCTTC  795

seq1  TTTTTGCCTGGAATACCAGTTCTCCAGTTGACCTTAAAGCATACAAACTC  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCCTGGAATACCAGTTCTCCAGTTGACCTTAAAGCATACAAACTC  845

seq1  ATTTTTGAGAAAGATAAATAAAAAGGAAACAGAAACACCTTTGCCTTCAA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGAGAAAGATAAATAAAAAGGAAACAGAAACACCTTTGCCTTCAA  895

seq1  AGCCAAGCTGGCTTCTGTCTCTTATGTGGTTCTACACACATAGGTAGCAT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGCTGGCTTCTGTCTCTTATGTGGTTCTACACACATAGGTAGCAT  945

seq1  TGCCTAATGTAAAGGACCGACCACAGGACATAGAGGAATGGTACATCTAG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAATGTAAAGGACCGACCACAGGACATAGAGGAATGGTACATCTAG  995

seq1  ATGGCTTGTGTCATACCTGGGCAAGTGAGCAGATACTCCTGTGGTCCCCA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTGTGTCATACCTGGGCAAGTGAGCAGATACTCCTGTGGTCCCCA  1045

seq1  CTACCATGTCTCTGGACCACAGTGGACAAACAGAGCAACAAGACTTAGAG  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCATGTCTCTGGACCACAGTGGACAAACAGAGCAACAAGACTTAGAG  1095

seq1  CCAGGGAATTC  1095
      |||||||||||
seq2  CCAGGGAATTC  1106


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |