BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-207C09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 17,600,627 - 17,817,970
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTpi-rs9
Upstream geneLOC667205, 1700062C10Rik, LOC667209, EG435389, Oxsm, Ngly1, Top2b, Rarb
Downstream geneThrb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-207C09.bB6Ng01-207C09.g
ACCGA026379GA026380
length1,068783
definitionB6Ng01-207C09.b B6Ng01-207C09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,600,627 - 17,601,688)(17,817,200 - 17,817,970)
sequence
gaattcataatgatgctcacagtgtgaggggtactgtctccctcacaggg
cactctctgatctcaactgctgctcactttcagatgtcatatattcaaga
accttcatatccccagactaaatgcccaggttgcactgagttcagatgct
gtatctaagcccctactctgtattctccatgccagctaagcacccatgtt
ctaaactgcagagaaaacctgtatttgtctttactattgtatgcatgagg
gtagtgggaattttatctgagaaaactcactaggcttgtctcctttctgg
gcacaaagtaggaattcctaaaaggatgaattaaattacaatacagtcag
cagatttgtcttcttagtcaatccctctagattagatagaaaagtccagg
aggccagtgtttattgaaaacatcctatgtgacaggaattactggatggt
tcttaaaattctatctactgatttcagacatgatggacacagcttgcttc
cttcaacgatgagaataacacatggctacagcatgcaagtaatcaaagag
tagcttagaactcttgatcctggtggccctgatgaacaaaggagagactc
agatgtcactgagtaagagatgcttgtgagcctccatgctggtggcttcc
tcaacaatgatggctgtggaaactactaagacaagcagagcaaagacaca
gcccttcttcgagatatcagaagggtacagaaaatgcaaaagaaatcaga
ggattagagcaagtgtccagtatcccccagtctggcaatacttatgttag
gcagcacaaaaagaacattagcaatgagatagaaagggtcatagaacctc
ccccacttcactgttgcttgctatctaggctctggaatgctaatgtatga
gagctctgtgcttgacataggtacattgtatcagaactattagaacaggg
agaaagggatgatttgcacagcttatattagaagcacacgtcacttctca
atgacttgagcctcttgttagactgtgatgtctgcagagttgtcagtcct
cagtattgcagccatttg
gaattcttagttcctctagagggtcatgaaccatgggaccttcagtcatt
tctgtgctgactaccctcgtgagtataaagtagtatcctggtagatttaa
ctgtgttttgaaagtagaagattaggaaagtgtcccctaaaggactgata
cttaaaagaaacaaagtactctgaaagagaagagggaatcctacagacct
cttgacagcagctggagtaacatgaggcccatgtgcagatccaggggagc
tatgagcctttccttcatctcaggacaagaaagaaacattggataccaag
aacaagagcagatctgagttccacaggctaatggagggatgggagatggg
aatggtcaggaggtccgattgctccatatcttaggtaaataggcttccct
tccaggctgtctgtctgcctgtctttctgggcctggatatctataataac
ctatttctgaagacttgaggtatataatggacactgtatctacacacagg
aagcatggccaccatctcagccatgcacccaagaaaggtaactcagcatt
accaagaattcggatgggacagggtttcactgctgcacaatatttaagct
catgactttctatatttgctttctgtaattgcttgaagattgaataaaag
cttgactttgtccttcctgttgattaaatgaggacctggatctaaaaagc
atttgcctcctgagaaacacttaggtcccattaatgcagctgaaaaatca
tgtcttataaagggcatgaggatactggactct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_17600627_17601688
seq2: B6Ng01-207C09.b_48_1115

seq1  GAATTCATAATGATGCTCACAGTGTGAGGGGTACTGTCTCCCTCACAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAATGATGCTCACAGTGTGAGGGGTACTGTCTCCCTCACAGGG  50

seq1  CACTCTCTGATCTCAACTGCTGCTCACTTTCAGATGTCATATATTCAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCTGATCTCAACTGCTGCTCACTTTCAGATGTCATATATTCAAGA  100

seq1  ACCTTCATATCCCCAGACTAAATGCCCAGGTTGCACTGAGTTCAGATGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCATATCCCCAGACTAAATGCCCAGGTTGCACTGAGTTCAGATGCT  150

seq1  GTATCTAAGCCCCTACTCTGTATTCTCCATGCCAGCTAAGCACCCATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTAAGCCCCTACTCTGTATTCTCCATGCCAGCTAAGCACCCATGTT  200

seq1  CTAAACTGCAGAGAAAACCTGTATTTGTCTTTACTATTGTATGCATGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTGCAGAGAAAACCTGTATTTGTCTTTACTATTGTATGCATGAGG  250

seq1  GTAGTGGGAATTTTATCTGAGAAAACTCACTAGGCTTGTCTCCTTTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGGAATTTTATCTGAGAAAACTCACTAGGCTTGTCTCCTTTCTGG  300

seq1  GCACAAAGTAGGAATTCCTAAAAGGATGAATTAAATTACAATACAGTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAGTAGGAATTCCTAAAAGGATGAATTAAATTACAATACAGTCAG  350

seq1  CAGATTTGTCTTCTTAGTCAATCCCTCTAGATTAGATAGAAAAGTCCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTGTCTTCTTAGTCAATCCCTCTAGATTAGATAGAAAAGTCCAGG  400

seq1  AGGCCAGTGTTTATTGAAAACATCCTATGTGACAGGAATTACTGGATGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGTGTTTATTGAAAACATCCTATGTGACAGGAATTACTGGATGGT  450

seq1  TCTTAAAATTCTATCTACTGATTTCAGACATGATGGACACAGCTTGCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAATTCTATCTACTGATTTCAGACATGATGGACACAGCTTGCTTC  500

seq1  CTTCAACGATGAGAATAACACATGGCTACAGCATGCAAGTAATCAAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACGATGAGAATAACACATGGCTACAGCATGCAAGTAATCAAAGAG  550

seq1  TAGCTTAGAACTCTTGATCCTGGTGGCCCTGATGAACAAAGGAGAGACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTAGAACTCTTGATCCTGGTGGCCCTGATGAACAAAGGAGAGACTC  600

seq1  AGATGTCACTGAGTAAGAGATGCTTGTGAGCCTCCATGCTGGTGGCTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCACTGAGTAAGAGATGCTTGTGAGCCTCCATGCTGGTGGCTTCC  650

seq1  TCAACAATGATGGCTGTGGAAACTACTAAGACAAGCAGAGCAAAGACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAATGATGGCTGTGGAAACTACTAAGACAAGCAGAGCAAAGACACA  700

seq1  GCCCTTCTTCGAGATATCAGAAGGGTACAGAAAATGCAAAAGAAATCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTCTTCGAGATATCAGAAGGGTACAGAAAATGCAAAAGAAATCAGA  750

seq1  GGATTAGAGCAAGTGTCCAGTATCCCCCAGTCTGGCAATACTTATGTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGAGCAAGTGTCCAGTATCCCCCAGTCTGGCAATACTTATGTTAG  800

seq1  GCAGCACAAAAAGAACATTAGCAATGAGATAGAAAGGGTCATAGAACCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCACAAAAAGAACATTAGCAATGAGATAGAAAGGGTCATAGAACCTC  850

seq1  CCCCACTTCACTGTTGCTTGCTATCTAGGCTCTGGAATGCTAATGTATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTTCACTGTTGCTTGCTATCTAGGCTCTGGAATGCTAATGTATGA  900

seq1  GAGCTCTGTGCTTGACATAGGTACATTGTATCAGAACTATTAGAACAGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTGTGCTTGACATAGGTACATTGTATCAGAACTATTAGAACAGGG  950

seq1  AGAAA-GGATGATTTGCACAGCTTATA-TAGAAGCAACACGTCACTTCTC  998
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  AGAAAGGGATGATTTGCACAGCTTATATTAGAAGC-ACACGTCACTTCTC  999

seq1  AATGGAACTTGAGCCTCT--GTAGACTGTGATGTCTGCAGAG-TGTCAGT  1045
      ||||  ||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AATG--ACTTGAGCCTCTTGTTAGACTGTGATGTCTGCAGAGTTGTCAGT  1047

seq1  -CTCAG--ATGCAG-CATTTG  1062
       |||||   ||||| ||||||
seq2  CCTCAGTATTGCAGCCATTTG  1068

seq1: chr14_17817200_17817970
seq2: B6Ng01-207C09.g_63_845 (reverse)

seq1  AGAGTCCTGTCTCCTCATGCCC-TTCTATGACATGACTCTTCAGCTGCAT  49
      ||||||| || ||||||||||| || || ||||||| | |||||||||||
seq2  AGAGTCCAGTATCCTCATGCCCTTTATAAGACATGATTTTTCAGCTGCAT  50

seq1  TAATGGGACCTAAGTG-TTCTCAGGA-GCAAATGC-TTTTAGATCCAGGT  96
      |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  TAATGGGACCTAAGTGTTTCTCAGGAGGCAAATGCTTTTTAGATCCAGGT  100

seq1  CCTCATTTAATCAACAGGAA-GACAAAGTC-AGCTTTTATTCAATCTTC-  143
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  CCTCATTTAATCAACAGGAAGGACAAAGTCAAGCTTTTATTCAATCTTCA  150

seq1  AGCAATTACAG-AAGCAAATATAG-AAGTCATGAGCTT-AATATTGTGCA  190
      ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGCAATTACAGAAAGCAAATATAGAAAGTCATGAGCTTAAATATTGTGCA  200

seq1  GCAGTG-AACCCTGTCCCATCCGAATTCTTGGTAATGCTGAGTTACCTTT  239
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAAACCCTGTCCCATCCGAATTCTTGGTAATGCTGAGTTACCTTT  250

seq1  CTT-GGTGCATGGCTGAGATGGTGGCCATGCTTCCTGTGTGTAGATACAG  288
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTGCATGGCTGAGATGGTGGCCATGCTTCCTGTGTGTAGATACAG  300

seq1  TGTCCATTATATACCTCAAGTCTTCAGAAATAGGTTATTATAGATATCCA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATTATATACCTCAAGTCTTCAGAAATAGGTTATTATAGATATCCA  350

seq1  GGCCCAGAAAGACAGGCAGACAGACAGCCTGGAAGGGAAGCCTATTTACC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGAAAGACAGGCAGACAGACAGCCTGGAAGGGAAGCCTATTTACC  400

seq1  TAAGATATGGAGCAATCGGACCTCCTGACCATTCCCATCTCCCATCCCTC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATATGGAGCAATCGGACCTCCTGACCATTCCCATCTCCCATCCCTC  450

seq1  CATTAGCCTGTGGAACTCAGATCTGCTCTTGTTCTTGGTATCCAATGTTT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCCTGTGGAACTCAGATCTGCTCTTGTTCTTGGTATCCAATGTTT  500

seq1  CTTTCTTGTCCTGAGATGAAGGAAAGGCTCATAGCTCCCCTGGATCTGCA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTGTCCTGAGATGAAGGAAAGGCTCATAGCTCCCCTGGATCTGCA  550

seq1  CATGGGCCTCATGTTACTCCAGCTGCTGTCAAGAGGTCTGTAGGATTCCC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCCTCATGTTACTCCAGCTGCTGTCAAGAGGTCTGTAGGATTCCC  600

seq1  TCTTCTCTTTCAGAGTACTTTGTTTCTTTTAAGTATCAGTCCTTTAGGGG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTTTCAGAGTACTTTGTTTCTTTTAAGTATCAGTCCTTTAGGGG  650

seq1  ACACTTTCCTAATCTTCTACTTTCAAAACACAGTTAAATCTACCAGGATA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTCCTAATCTTCTACTTTCAAAACACAGTTAAATCTACCAGGATA  700

seq1  CTACTTTATACTCACGAGGGTAGTCAGCACAGAAATGACTGAAGGTCCCA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTATACTCACGAGGGTAGTCAGCACAGAAATGACTGAAGGTCCCA  750

seq1  TGGTTCATGACCCTCTAGAGGAACTAAGAATTC  771
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCATGACCCTCTAGAGGAACTAAGAATTC  783