BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208A01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 114,974,744 - 115,024,818
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043521
Upstream geneLOC382947, LOC668791, LOC100043821
Downstream geneGpc5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208A01.bB6Ng01-208A01.g
ACCGA026999GA027000
length1,1311,059
definitionB6Ng01-208A01.b B6Ng01-208A01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,974,744 - 114,975,879)(115,023,768 - 115,024,818)
sequence
gaattccgagaagtcgtaaggactctattgattttctgtaacacttgtat
catcctaatcattacggcatagaaccaggtaacagtcggagtctacaatt
actgaaaatccctgtaatctaggttactgtgacaaccttcgcattgtcat
gtctaaaactacactcctacaaaatgattactttaaccttctgcttaaat
cacccctgtacctttgtctcctttgtgtaacatctcatgtctttgttttt
atactcgactcactttaccctctcagtgatgcgaatcctctcatgcctta
gagggatggcccatgccagccttagcttccttttaaaatttttttcctat
gttatgttttgattatgtttttctcctctccctactgtcagcttttgtta
cctgggttatgtaagccttttcattacacaccagtttcctttacaaatga
caggaaatgaagaataatgaatgtattgtgtcactgggtaacagttcatt
aatataattatattccccccaagactctagctgactgcagaatacactta
tttcacatacactctcttcttattttaaaatagatacaaaaattttttaa
aagtcaatgaattctctctttatctccattcctctcattctttctatgtc
actaccatgtcacttatgattgcttgtggaattaacagcacaggtgttta
taactttccaaggagtccttggaggttattcctatctctgtccatccatt
cctagggattctgggatgcagtattgttcagaaacctcatgtccagaagt
caaatgctggctgtctaggttaactaacagactaactaccattaaaagat
cttcaagactaattctacgttccctcataaccatgtacatcttccttccc
taaaaccaaaattcccagaacatctatagcatctataatttactatatta
ctcttctatccacctgtactctgagttctgacaaaccttgcaaggctttg
tcagattctttgaagactgacagtcctttagtccactgattgcaatacct
tttctacaaactaatacttgattagggtgtctatgatattctgctttcct
tcagcccacagtaaggtacacatgcctctac

gaattcagatttgagtcccatcacccaaataacgaatgtaacttcaaaac
tgtctttaacttctgtttcagggattctgatgtcctcttctggtctttct
gggtatctgacaaacatgtggttcagagacatatatgtaggcaacatacc
catatccattaaaaaaaaaagcacaaaaccattgacagaaaattcattaa
atgtctctgagatatgcttcatatagcatggcaacggtataaataaagcc
ctgtgtgcacatgatttaagttgtggctgttgctcagttaatattagagt
gagatacagagtgagatacgagtgtaaaccaccaaagccaacatgccact
tagcagagccggagattatccaacatatgatgtccctctgccctcctctc
attggatgcctcctacttcttgcttttgctgttttctaccgttgttctgg
ctcaaaaagttttaactgcatgttgtttcaaaattcagtttttaggtaga
gatgtttatgccctagatgtctatgtctataaagatgtatattatatgta
agtatttattgctcatagctttctctttctatttcagttcacaactgctt
ttgactgacatatataatgtggaaactataggaagtaatctttcaagaat
gtctttcttccagttccttggacccctgcaaacacttctgagctcttagg
aattttttgatgctttttaaacttgccttaacattagtgaacatgaccca
tgctaaataagtctctaatattgctcaaacatttctcctttctttatggc
catttctttgtgtcttcagttgtaacaagtgaagaaagcattttaaagtc
tgtttgtgtagctttggttatgtcttctgagccttttcattaacagtatt
gtagagatatattctacaggtggtttcatatgaacagagtacaaatcaga
agaagttatcttaaacccatcagtctgtttgacttaattcttaggtagtc
accagtagccatggcttgaattttcctggtggagaataatagagtatgga
ttatatttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_114974744_114975879
seq2: B6Ng01-208A01.b_48_1178

seq1  GAATTCCGAGAAGTCGTAAGGACTCTATTGATTTTCTGTAACACTTGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGAGAAGTCGTAAGGACTCTATTGATTTTCTGTAACACTTGTAT  50

seq1  CATCCTAATCATTACGGCATAGAACCAGGTAACAGTCGGAGTCTACAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAATCATTACGGCATAGAACCAGGTAACAGTCGGAGTCTACAATT  100

seq1  ACTGAAAATCCCTGTAATCTAGGTTACTGTGACAACCTTCGCATTGTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAATCCCTGTAATCTAGGTTACTGTGACAACCTTCGCATTGTCAT  150

seq1  GTCTAAAACTACACTCCTACAAAATGATTACTTTAACCTTCTGCTTAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAAACTACACTCCTACAAAATGATTACTTTAACCTTCTGCTTAAAT  200

seq1  CACCCCTGTACCTTTGTCTCCTTTGTGTAACATCTCATGTCTTTGTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCTGTACCTTTGTCTCCTTTGTGTAACATCTCATGTCTTTGTTTTT  250

seq1  ATACTCGACTCACTTTACCCTCTCAGTGATGCGAATCCTCTCATGCCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCGACTCACTTTACCCTCTCAGTGATGCGAATCCTCTCATGCCTTA  300

seq1  GAGGGATGGCCCATGCCAGCCTTAGCTTCCTTTTAAAATTTTTTTCCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGATGGCCCATGCCAGCCTTAGCTTCCTTTTAAAATTTTTTTCCTAT  350

seq1  GTTATGTTTTGATTATGTTTTTCTCCTCTCCCTACTGTCAGCTTTTGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTTTTGATTATGTTTTTCTCCTCTCCCTACTGTCAGCTTTTGTTA  400

seq1  CCTGGGTTATGTAAGCCTTTTCATTACACACCAGTTTCCTTTACAAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTATGTAAGCCTTTTCATTACACACCAGTTTCCTTTACAAATGA  450

seq1  CAGGAAATGAAGAATAATGAATGTATTGTGTCACTGGGTAACAGTTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAATGAAGAATAATGAATGTATTGTGTCACTGGGTAACAGTTCATT  500

seq1  AATATAATTATATTCCCCCCAAGACTCTAGCTGACTGCAGAATACACTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAATTATATTCCCCCCAAGACTCTAGCTGACTGCAGAATACACTTA  550

seq1  TTTCACATACACTCTCTTCTTATTTTAAAATAGATACAAAAATTTTTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACATACACTCTCTTCTTATTTTAAAATAGATACAAAAATTTTTTAA  600

seq1  AAGTCAATGAATTCTCTCTTTATCTCCATTCCTCTCATTCTTTCTATGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAATGAATTCTCTCTTTATCTCCATTCCTCTCATTCTTTCTATGTC  650

seq1  ACTACCATGTCACTTATGATTGCTTGTGGAATTAACAGCACAGGTGTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCATGTCACTTATGATTGCTTGTGGAATTAACAGCACAGGTGTTTA  700

seq1  TAACTTTCCAAGGAGTCCTTGGAGGTTATTCCTATCTCTGTCCATCCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTCCAAGGAGTCCTTGGAGGTTATTCCTATCTCTGTCCATCCATT  750

seq1  CCTAGGGATTCTGGGATGCAGTATTGTTCAGAAACCTCATGTCCAGAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGATTCTGGGATGCAGTATTGTTCAGAAACCTCATGTCCAGAAGT  800

seq1  CAAATGCTGGCTGTCTAGGTTAACTAACAGACTAACTACCATTAAAAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCTGGCTGTCTAGGTTAACTAACAGACTAACTACCATTAAAAGAT  850

seq1  CTTCAAGACTAATTCTACGTTCCCTCATAACCATGTACATCTTCCTTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGACTAATTCTACGTTCCCTCATAACCATGTACATCTTCCTTCCC  900

seq1  TAAAACCAAAATTCCCAGAACATCTATAGCATCTATAATTTACTATATTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCAAAATTCCCAGAACATCTATAGCATCTATAATTTACTATATTA  950

seq1  CTCTTCTATCCACCTGTACTCTGAGTTCTGACAAACCTTGC-AGGCTTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCTTCTATCCACCTGTACTCTGAGTTCTGACAAACCTTGCAAGGCTTTG  1000

seq1  TCAGATTCTTTTGGAAGGACTGACAGTCCTTTAGTCCACTGATTTGCAAT  1049
      |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAGATTCTTT--GAA-GACTGACAGTCCTTTAGTCCACTGA-TTGCAAT  1046

seq1  ACCTTTTCTACAAACTTATTACTTGGATAGGGTGTCTATGATAATTCTGG  1099
      ||||||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||| |||||| 
seq2  ACCTTTTCTACAAAC-TAATACTTGATTAGGGTGTCTATGAT-ATTCTGC  1094

seq1  TTTCCCTCAGCCTCACAGTAAAGGACACATG-CTCTAC  1136
      ||||| |||||| |||||||| | ||||||| ||||||
seq2  TTTCCTTCAGCC-CACAGTAAGGTACACATGCCTCTAC  1131


seq1: chr14_115023768_115024818
seq2: B6Ng01-208A01.g_63_1121 (reverse)

seq1  GAAATAT-ATACATAACTCTATTAATCTC--ACAGG-AAATTCAAACCAT  46
      ||||||| || ||| ||||||||| ||||   |||| |||||||| ||||
seq2  GAAATATAATCCAT-ACTCTATTATTCTCCACCAGGAAAATTCAAGCCAT  49

seq1  GGCTACT-GTGACTAC--TAGAA-TAAGTCAAACAGACTGATGGGTTT-A  91
      ||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGCTACTGGTGACTACCTAAGAATTAAGTCAAACAGACTGATGGGTTTAA  99

seq1  GATAACTTCTTCCTGATTTGTACTCTGTTCATATGAAACCACCTGTAGAA  141
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTTCTT-CTGATTTGTACTCTGTTCATATGAAACCACCTGTAGAA  148

seq1  TATATCTCTACAATACTGTTAATGAAAAGGCTCAGAAGACATAACCAAAG  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTCTACAATACTGTTAATGAAAAGGCTCAGAAGACATAACCAAAG  198

seq1  CTACACAAACAGAC-TTAAAATGCTTTCTTCACTTGTTACAACTGAAGAC  240
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAAACAGACTTTAAAATGCTTTCTTCACTTGTTACAACTGAAGAC  248

seq1  ACAAAGAAATGGCCATAAAGAAAGGAGAAATGTTTGAGCAATATTAGAGA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAAATGGCCATAAAGAAAGGAGAAATGTTTGAGCAATATTAGAGA  298

seq1  CTTATTTAGCATGGGTCATGTTCACTAATGTTAAGGCAAGTTTAAAAAGC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTAGCATGGGTCATGTTCACTAATGTTAAGGCAAGTTTAAAAAGC  348

seq1  ATCAAAAAATTCCTAAGAGCTCAGAAGTGTTTGCAGGGGTCCAAGGAACT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAAATTCCTAAGAGCTCAGAAGTGTTTGCAGGGGTCCAAGGAACT  398

seq1  GGAAGAAAGACATTCTTGAAAGATTACTTCCTATAGTTTCCACATTATAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAAGACATTCTTGAAAGATTACTTCCTATAGTTTCCACATTATAT  448

seq1  ATGTCAGTCAAAAGCAGTTGTGAACTGAAATAGAAAGAGAAAGCTATGAG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGTCAAAAGCAGTTGTGAACTGAAATAGAAAGAGAAAGCTATGAG  498

seq1  CAATAAATACTTACATATAATATACATCTTTATAGACATAGACATCTAGG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAATACTTACATATAATATACATCTTTATAGACATAGACATCTAGG  548

seq1  GCATAAACATCTCTACCTAAAAACTGAATTTTGAAACAACATGCAGTTAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAACATCTCTACCTAAAAACTGAATTTTGAAACAACATGCAGTTAA  598

seq1  AACTTTTTGAGCCAGAACAACGGTAGAAAACAGCAAAAGCAAGAAGTAGG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTTGAGCCAGAACAACGGTAGAAAACAGCAAAAGCAAGAAGTAGG  648

seq1  AGGCATCCAATGAGAGGAGGGCAGAGGGACATCATATGTTGGATAATCTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCCAATGAGAGGAGGGCAGAGGGACATCATATGTTGGATAATCTC  698

seq1  CGGCTCTGCTAAGTGGCATGTTGGCTTTGGTGGTTTACACTCGTATCTCA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTCTGCTAAGTGGCATGTTGGCTTTGGTGGTTTACACTCGTATCTCA  748

seq1  CTCTGTATCTCACTCTAATATTAACTGAGCAACAGCCACAACTTAAATCA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTATCTCACTCTAATATTAACTGAGCAACAGCCACAACTTAAATCA  798

seq1  TGTGCACACAGGGCTTTATTTATACCGTTGCCATGCTATATGAAGCATAT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACACAGGGCTTTATTTATACCGTTGCCATGCTATATGAAGCATAT  848

seq1  CTCAGAGACATTTAATGAATTTTCTGTCAATGGTTTTGTGCTTTTTTTTT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGACATTTAATGAATTTTCTGTCAATGGTTTTGTGCTTTTTTTTT  898

seq1  TAATGGATATGGGTATGTTGCCTACATATATGTCTCTGAACCACATGTTT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGATATGGGTATGTTGCCTACATATATGTCTCTGAACCACATGTTT  948

seq1  GTCAGATACCCAGAAAGACCAGAAGAGGACATCAGAATCCCTGAAACAGA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATACCCAGAAAGACCAGAAGAGGACATCAGAATCCCTGAAACAGA  998

seq1  AGTTAAAGACAGTTTTGAAGTTACATTCGTTATTTGGGTGATGGGACTCA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAGACAGTTTTGAAGTTACATTCGTTATTTGGGTGATGGGACTCA  1048

seq1  AATCTGAATTC  1051
      |||||||||||
seq2  AATCTGAATTC  1059


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |