BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216J20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 80,199,454 - 80,288,775
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG629734
Upstream gene1300010F03Rik, LOC629709, LOC100043765, AU017455, 1190002H23Rik, Narg1l, Mtrf1, Kbtbd7, EG432879, Wbp4, Elf1, LOC668560, Sugt1, Lect1, Pcdh8
Downstream geneOlfm4, LOC672828
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216J20.bB6Ng01-216J20.g
ACCGA033260GA033261
length1,130812
definitionB6Ng01-216J20.b B6Ng01-216J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,287,644 - 80,288,775)(80,199,454 - 80,200,265)
sequence
gaattcttcctctggagaactctgcttctcctgatttcttcctattgagt
tggcaatcacaatctttctccaaagactttcagctttgaagagcaagaga
gccaactacttcaagctgctgtcttatagtcataccccagaaagcacaca
gagctaagatgctgagacctgccctgcttctgccctacagggaattagtt
gttcactaagcctcatgaggcattctgaaaccttccattaatgggctctt
gcttttgttagtcaaagtctggtgtttatagccaaattattctaatattc
attgttgaagaaaatgagggactaataagaatgttccaagtggaaggtag
ggaggtggtttgacaggtaaaagtacttaccatgcaaatctgaagaccca
agttcaatgcccaaaacccatgtggaatgttggatgtagtggcacatatc
tgcaatcccagcacaccaacagtattgattgagtatcatagcctgggatg
tgtattgctgcagaaataatagatacactgcctcaacaaggaggaaggca
aggacagattctgaaaattgtcctctgatgccatgtatgcactatgccat
acatgtacacatacacacacacataatttaaaaatattttcagtatgatc
ttgggcttctcaagtcttgaacagtcagtattatacagctggttccgcca
gattgaagcattatctccttttcctcctagaaggaagaaaagagattgtg
aggttcatgaaaaccacaagtttgcagaattcccaagactgcaagattga
caagggtcttccctgaggttctataaacagtaaatgggagaaagactctt
ctctaatgctgcctccaagtcacaaaagagactccagtgacacagctgtt
aagagtcaccacccatgcttgcattagcttctcagtgatgcaattaccct
gaaatcacccaagaatcccaccagacatccctgtaccatattttcttgga
agtagccttgattataccttaatgctcaccagcctggacttgaataagaa
tcctttttttcactttgttgattttggcttgagtccttaatgcgtttatc
ttggtgataaaagacctcccaggaaaatcc
gaattctccttcgcctaggacgtgtcactccctgattggctgcagcccat
cggccgagttgacgtcacggggaaggcagagcacatggagtagagaacca
ccctcggcatatgcgcagattatttgtttaccacttagaacacagctgtc
agcgccatcttgtaacggcgaatgtgggcgcggctcccaacactagcatg
gtatgtcagagcacctggagggaagggaccatattttattcatcttggct
tctctggctgctagcacaaagcctaccatgtagtaggagctttcacagta
tgtgaatggatgtgtcttcacaaagtgcatacctaacttcaggatcagtg
gggtcatcttcccagatcaaggagaactttattcttccagtgtgtggttc
tgcttttgaaatggagaccagacagaaaagaatggtttgtcagttcccca
tggatgcatccaaactggaaatggcatggactaactcagggcacagacct
gttctgcattatgcagaatgctgtggataagataaacacccttgcaaaag
gtagggtatgcagggagtggctgtgttaagagatagattagaaacttggg
tgccaaaacaatgtacctgagtcacttctacacatctcctcattgaactg
acattgtgttaattcagcaaatgacacatggaatttggggttaggtatta
cagatgtaattgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcaggaaaaattct
ttatcaagataaaactgacagatgctatggacataataaattagggaagg
tggttacaaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_80287644_80288775
seq2: B6Ng01-216J20.b_42_1171 (reverse)

seq1  GGATTTTCCTGGGGAGTCTTTTTATTCACCCAAGATAAAAGGTTAATAAA  50
      |||||||||||||  |||||||   ||| |||||||||| |   | ||| 
seq2  GGATTTTCCTGGGAGGTCTTTT--ATCA-CCAAGATAAACG--CATTAAG  45

seq1  GACTCAAACCAAAATCAACAAAGGTTAAAAAAAAAGATTC-TATTCAAGT  99
      ||||||| |||||||||||||||  | ||||||| ||||| |||||||||
seq2  GACTCAAGCCAAAATCAACAAAG--TGAAAAAAAGGATTCTTATTCAAGT  93

seq1  CCAGCTTGGTGAACCAATTAA-GTAT-ATCAAGGCTACTTCCA--GAAAT  145
      ||||  |||||| |  ||||| |||| ||||||||||||||||   ||||
seq2  CCAGGCTGGTGAGC--ATTAAGGTATAATCAAGGCTACTTCCAAGAAAAT  141

seq1  ATGGTACA-GGATGTCTGGTGGGA-TCTTGGGTGATTTCAGGGTAATTGC  193
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTACAGGGATGTCTGGTGGGATTCTTGGGTGATTTCAGGGTAATTGC  191

seq1  ATCACTGAGAAGCTAATGCAAGCATGGGTGGTGACTCTTAACAGCTGTGT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGAGAAGCTAATGCAAGCATGGGTGGTGACTCTTAACAGCTGTGT  241

seq1  CACTGGAGTCTCTTTTGTGACTTGGAGGCAGCATTAGAGAAGAGTCTTTC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAGTCTCTTTTGTGACTTGGAGGCAGCATTAGAGAAGAGTCTTTC  291

seq1  TCCCATTTACTGTTTATAGAACCTCAGGGAAGACCCTTGTCAATCTTGCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTTACTGTTTATAGAACCTCAGGGAAGACCCTTGTCAATCTTGCA  341

seq1  GTCTTGGGAATTCTGCAAACTTGTGGTTTTCATGAACCTCACAATCTCTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGGAATTCTGCAAACTTGTGGTTTTCATGAACCTCACAATCTCTT  391

seq1  TTCTTCCTTCTAGGAGGAAAAGGAGATAATGCTTCAATCTGGCGGAACCA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTTCTAGGAGGAAAAGGAGATAATGCTTCAATCTGGCGGAACCA  441

seq1  GCTGTATAATACTGACTGTTCAAGACTTGAGAAGCCCAAGATCATACTGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATAATACTGACTGTTCAAGACTTGAGAAGCCCAAGATCATACTGA  491

seq1  AAATATTTTTAAATTATGTGTGTGTGTATGTGTACATGTATGGCATAGTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTTAAATTATGTGTGTGTGTATGTGTACATGTATGGCATAGTG  541

seq1  CATACATGGCATCAGAGGACAATTTTCAGAATCTGTCCTTGCCTTCCTCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGGCATCAGAGGACAATTTTCAGAATCTGTCCTTGCCTTCCTCC  591

seq1  TTGTTGAGGCAGTGTATCTATTATTTCTGCAGCAATACACATCCCAGGCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAGGCAGTGTATCTATTATTTCTGCAGCAATACACATCCCAGGCT  641

seq1  ATGATACTCAATCAATACTGTTGGTGTGCTGGGATTGCAGATATGTGCCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATACTCAATCAATACTGTTGGTGTGCTGGGATTGCAGATATGTGCCA  691

seq1  CTACATCCAACATTCCACATGGGTTTTGGGCATTGAACTTGGGTCTTCAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATCCAACATTCCACATGGGTTTTGGGCATTGAACTTGGGTCTTCAG  741

seq1  ATTTGCATGGTAAGTACTTTTACCTGTCAAACCACCTCCCTACCTTCCAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCATGGTAAGTACTTTTACCTGTCAAACCACCTCCCTACCTTCCAC  791

seq1  TTGGAACATTCTTATTAGTCCCTCATTTTCTTCAACAATGAATATTAGAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACATTCTTATTAGTCCCTCATTTTCTTCAACAATGAATATTAGAA  841

seq1  TAATTTGGCTATAAACACCAGACTTTGACTAACAAAAGCAAGAGCCCATT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGGCTATAAACACCAGACTTTGACTAACAAAAGCAAGAGCCCATT  891

seq1  AATGGAAGGTTTCAGAATGCCTCATGAGGCTTAGTGAACAACTAATTCCC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAGGTTTCAGAATGCCTCATGAGGCTTAGTGAACAACTAATTCCC  941

seq1  TGTAGGGCAGAAGCAGGGCAGGTCTCAGCATCTTAGCTCTGTGTGCTTTC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGCAGAAGCAGGGCAGGTCTCAGCATCTTAGCTCTGTGTGCTTTC  991

seq1  TGGGGTATGACTATAAGACAGCAGCTTGAAGTAGTTGGCTCTCTTGCTCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTATGACTATAAGACAGCAGCTTGAAGTAGTTGGCTCTCTTGCTCT  1041

seq1  TCAAAGCTGAAAGTCTTTGGAGAAAGATTGTGATTGCCAACTCAATAGGA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCTGAAAGTCTTTGGAGAAAGATTGTGATTGCCAACTCAATAGGA  1091

seq1  AGAAATCAGGAGAAGCAGAGTTCTCCAGAGGAAGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCAGGAGAAGCAGAGTTCTCCAGAGGAAGAATTC  1130

seq1: chr14_80199454_80200265
seq2: B6Ng01-216J20.g_67_878

seq1  GAATTCTCCTTCGCCTAGGACGTGTCACTCCCTGATTGGCTGCAGCCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTTCGCCTAGGACGTGTCACTCCCTGATTGGCTGCAGCCCAT  50

seq1  CGGCCGAGTTGACGTCACGGGGAAGGCAGAGCACATGGAGTAGAGAACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCGAGTTGACGTCACGGGGAAGGCAGAGCACATGGAGTAGAGAACCA  100

seq1  CCCTCGGCATATGCGCAGATTATTTGTTTACCACTTAGAACACAGCTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGGCATATGCGCAGATTATTTGTTTACCACTTAGAACACAGCTGTC  150

seq1  AGCGCCATCTTGTAACGGCGAATGTGGGCGCGGCTCCCAACACTAGCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCCATCTTGTAACGGCGAATGTGGGCGCGGCTCCCAACACTAGCATG  200

seq1  GTATGTCAGAGCACCTGGAGGGAAGGGACCATATTTTATTCATCTTGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTCAGAGCACCTGGAGGGAAGGGACCATATTTTATTCATCTTGGCT  250

seq1  TCTCTGGCTGCTAGCACAAAGCCTACCATGTAGTAGGAGCTTTCACAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCTGCTAGCACAAAGCCTACCATGTAGTAGGAGCTTTCACAGTA  300

seq1  TGTGAATGGATGTGTCTTCACAAAGTGCATACCTAACTTCAGGATCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATGGATGTGTCTTCACAAAGTGCATACCTAACTTCAGGATCAGTG  350

seq1  GGGTCATCTTCCCAGATCAAGGAGAACTTTATTCTTCCAGTGTGTGGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATCTTCCCAGATCAAGGAGAACTTTATTCTTCCAGTGTGTGGTTC  400

seq1  TGCTTTTGAAATGGAGACCAGACAGAAAAGAATGGTTTGTCAGTTCCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTGAAATGGAGACCAGACAGAAAAGAATGGTTTGTCAGTTCCCCA  450

seq1  TGGATGCATCCAAACTGGAAATGGCATGGACTAACTCAGGGCACAGACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCATCCAAACTGGAAATGGCATGGACTAACTCAGGGCACAGACCT  500

seq1  GTTCTGCATTATGCAGAATGCTGTGGATAAGATAAACACCCTTGCAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCATTATGCAGAATGCTGTGGATAAGATAAACACCCTTGCAAAAG  550

seq1  GTAGGGTATGCAGGGAGTGGCTGTGTTAAGAGATAGATTAGAAACTTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGTATGCAGGGAGTGGCTGTGTTAAGAGATAGATTAGAAACTTGGG  600

seq1  TGCCAAAACAATGTACCTGAGTCACTTCTACACATCTCCTCATTGAACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAAACAATGTACCTGAGTCACTTCTACACATCTCCTCATTGAACTG  650

seq1  ACATTGTGTTAATTCAGCAAATGACACATGGAATTTGGGGTTAGGTATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTGTTAATTCAGCAAATGACACATGGAATTTGGGGTTAGGTATTA  700

seq1  CAGATGTAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCAGTAAAAAATC  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||
seq2  CAGATGTAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TCAGGAAAAATTC  749

seq1  TTTACCAAG-TAGAACTGACAGATGCTATGGACATAATAAATTAGGGAAG  799
      |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCAAGATAAAACTGACAGATGCTATGGACATAATAAATTAGGGAAG  799

seq1  GTGGTATCAAGGG  812
      |||||  ||||||
seq2  GTGGTTACAAGGG  812