BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218M18
Chromosome14 (Build37)
Map Location 24,673,387 - 24,843,738
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnma1
Upstream gene1700112E06Rik
Downstream geneLOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik, LOC669325, Polr3a, Rps24, LOC669315
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218M18.bB6Ng01-218M18.g
ACCGA034832GA034833
length1,1981,131
definitionB6Ng01-218M18.b B6Ng01-218M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,673,387 - 24,674,602)(24,842,617 - 24,843,738)
sequence
gaattccagagaacctgtaggctggagatgtagtcccaccactgagggca
cacttcacaatcctactccaaagtactttgctcacagattcataagaccc
agactcacagacatgcacatacatgtttttacatagttgtatgacaaatg
tgcagctgcaaccacaaatgtgcacacacacacatacatgcacacagtca
cacagtcatctaggcacacaaactcatataagcacaagcacacacattta
cacaagcacacaggcaggcacatgtatgcactaacacataagtacatgca
tatacacatgttcataacacataagcacatgcatgcataatagggcacaa
acatgtatcatataaacataaatatgtgcacatgtacatgcatatgcaca
cagaagcatgtaaatacatatatgttcatatacatatatatatatatata
catatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtaacaaactcatagagacccatgcat
actattcatacatatacacacatatacagatacgcacacactcaattact
gcctaatgcttttagcttttcccttgcagacagatacatcatgcttttct
agaaagaaatataagggccccaaggaagaaactggatcctgcttactctc
caaggccttgtaccacccacagcatcctagttggtatcatgagctcatct
ggtactcaaaactaaatcagcggggctgtcacctccttggccttaggtct
atggaaagcatgtagttaagatgtctgggattccaagcaagtatcctggg
cccttcccatgagggccttctcctgcacagcctagcttgggaacctcagt
ctcttggcagagggttgctcactaacacctctaccggaagtgggagaacc
atgatgaaattcaaaccaagtcatttggccatttgcctggagctagagtc
aaaaggtctcctgggctggcagagcatggcaaaaactaccggctatatgg
ccctgggcccagcatactgcatttctcacaaataaaaccacagcctggtc
ctcacttctatctgagagtgacacagtcatgctcctaacacccagctccc
ttcagagcacatcttgcctaacgtgatctatgtggtcagagaactctagt
actgactcccacctcagcagaaaggtgcggccttcggagaccttgatg

gaattcaagtttcccaacgctgtttcaaacaagtccggagtccctttaaa
aaatgtgttacattcttttaattatttttagttagggttttacatcatcc
atccagaaaaggatgaaggtcctatgtatgtctaccaaacacagcatatt
aagttgcagtaagacttggcacctccccttgtattaaggtgaaaagggta
gcccagtacgaggacaaaggtccccaaagctgacagaagagtcagagaca
gcccctgctcctacaacaagtctgagctgagcaactgtagacatcaaggc
agaggatccacgtcagacccatgcagacactctgattatcagttcagtct
ttgtgagcccctatgagccccaggctagttggttctgtggggtttcttgt
ggtgtccttgggaagagggggtccttttggttttgaatattgtttagcag
cttcttcatgcaagatcccagcagcatcaataacatggcaagcaaaaata
tctccacaggtggccaggtcggaacccggctgagaaccactgctctgacg
ctctgacaggatgctcacatccgttgtggacaggagtttagctttttctc
ttggtccttccaccacacatgctttcttcctcctgtccttgatcagaaaa
gtatcaccttccttccactgagaccttctctcctggaacccctctctctc
atgtcctcgcttgctgatgtcccctccggacctttgcttcactctacctc
agcatccacaagaaaggttgacctgaagcctcaactgatgattctgtttt
gagcttccaaggatccaggacaaaacttcattctagcaagcatccccagg
gaccaattcagtacatggcatatagctacacccaggtggcatttcttaat
tggtcctgaacaggagacctacatagctaaaagcagactatgcaacgagt
gctctctgaaggctgcacatcctggccctgatggttgactgtgaatgggc
ctcaattcttttcttgaactgagaagaacaagccttggggctaaggaaga
atgcctcagtaggtaagtgcatactgcacacacacagggaggctgaagcc
tggattccctgggcatccatgtggaaagctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_24673387_24674602
seq2: B6Ng01-218M18.b_45_1242

seq1  GAATTCCAGAGAACCTGTAGGCTGGAGATGTAGTCCCACCACTGAGGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGAACCTGTAGGCTGGAGATGTAGTCCCACCACTGAGGGCA  50

seq1  CACTTCACAATCCTACTCCAAAGTACTTTGCTCACAGATTCATAAGACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCACAATCCTACTCCAAAGTACTTTGCTCACAGATTCATAAGACCC  100

seq1  AGACTCACAGACATGCACATACATGTTTTTACATAGTTGTATGACAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCACAGACATGCACATACATGTTTTTACATAGTTGTATGACAAATG  150

seq1  TGCAGCTGCAACCACAAATGTGCACACACACACATACATGCACACAGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTGCAACCACAAATGTGCACACACACACATACATGCACACAGTCA  200

seq1  CACAGTCATCTAGGCACACAAACTCATATAAGCACAAGCACACACATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCATCTAGGCACACAAACTCATATAAGCACAAGCACACACATTTA  250

seq1  CACAAGCACACAGGCAGGCACATGTATGCACTAACACATAAGTACATGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCACACAGGCAGGCACATGTATGCACTAACACATAAGTACATGCA  300

seq1  TATACACATGTTCATAACACATAAGCACATGCATGCATAATAGGGCACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACATGTTCATAACACATAAGCACATGCATGCATAATAGGGCACAA  350

seq1  ACATGTATCATATAAACATAAATATGTGCACATGTACATGCATATGCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTATCATATAAACATAAATATGTGCACATGTACATGCATATGCACA  400

seq1  CAGAAGCATGTAAATACATATATGTTCATATACATATATATATATATATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCATGTAAATACATATATGTTCATATACATATATATATATATATA  450

seq1  CATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACAAACTCATAGAGACCCATGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACAAACTCATAGAGACCCATGCAT  500

seq1  ACTATTCATACATATACACACATATACAGATACGCACACACTCAATTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCATACATATACACACATATACAGATACGCACACACTCAATTACT  550

seq1  GCCTAATGCTTTTAGCTTTTCCCTTGCAGACAGATACATCATGCTTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAATGCTTTTAGCTTTTCCCTTGCAGACAGATACATCATGCTTTTCT  600

seq1  AGAAAGAAATATAAGGGCCCCAAGGAAGAAACTGGATCCTGCTTACTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAATATAAGGGCCCCAAGGAAGAAACTGGATCCTGCTTACTCTC  650

seq1  CAAGGCCTTGTACCACCCACAGCATCCTAGTTGGTATCATGAGCTCATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCTTGTACCACCCACAGCATCCTAGTTGGTATCATGAGCTCATCT  700

seq1  GGTACTCAAAACTAAATCAGCGGGGCTGTCACCTCCTTGGCCTTAGGTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTCAAAACTAAATCAGCGGGGCTGTCACCTCCTTGGCCTTAGGTCT  750

seq1  ATGGAAAGCATGTAGTTAAGATGTCTGGGATTCCAAGCAAGTATCCTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAGCATGTAGTTAAGATGTCTGGGATTCCAAGCAAGTATCCTGGG  800

seq1  CCCTTCCCATGAGGGCCTTCTCCTGCACAGCCTAGCTTGGGAACCTCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCCATGAGGGCCTTCTCCTGCACAGCCTAGCTTGGGAACCTCAGT  850

seq1  CTCTTGGCAGAGGGTTGCTCACTAACACCTCTACCGGAAGTGGGAGAACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGCAGAGGGTTGCTCACTAACACCTCTACCGGAAGTGGGAGAACC  900

seq1  ATGATGAAATTCAAACCAAGTCATTTGGCCATTTGCCTGGAGCTAGAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAAATTCAAACCAAGTCATTTGGCCATTTGCCTGGAGCTAGAGTC  950

seq1  AAAAGGTCTCCTGGGCTGGCAAGAGCATGGCAAAAACTACCGGCTAATAT  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAAAGGTCTCCTGGGCTGGC-AGAGCATGGCAAAAACTACCGGCT-ATAT  998

seq1  GGCCCT-GGCCCAGCATACTGCATTTCTCCACAAATAAAAACCACAAGCC  1049
      |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||
seq2  GGCCCTGGGCCCAGCATACTGCATTTCT-CACAAAT-AAAACCAC-AGCC  1045

seq1  TGGCCCTCACTTCTATCTGAGAGTGACACAGGTCATGCTCCTAACACCCA  1099
      ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTCACTTCTATCTGAGAGTGACACA-GTCATGCTCCTAACACCCA  1094

seq1  GCTTCCCTTCAGAGCACCATCTTGCCCAACAGTGAATCCTATGTGGCCAG  1149
      || ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||   |||||||| |||
seq2  GC-TCCCTTCAGAGCA-CATCTTGCCTAAC-GTGA--TCTATGTGGTCAG  1139

seq1  AGGAGACTCTTAATTTCACTGACTCCCCCAACTCAGCAGAGAGGTGCGGG  1199
      ||   |||||  | |  |||||||  |||| ||||||||| |||||| ||
seq2  AG--AACTCT--AGT--ACTGACT--CCCACCTCAGCAGAAAGGTGC-GG  1180

seq1  CCTTCGGA-AACTTGATG  1216
      |||||||| | |||||||
seq2  CCTTCGGAGACCTTGATG  1198


seq1: chr14_24842617_24843738
seq2: B6Ng01-218M18.g_64_1194 (reverse)

seq1  CAGC-TTCCACATGAATG-CCAGGG-ATCCA-GCTTCAGGCCCTCC---T  43
      |||| ||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||  |||||   |
seq2  CAGCTTTCCACATGGATGCCCAGGGAATCCAGGCTTCAG--CCTCCCTGT  48

seq1  GTGTGTGCAGTATGCACTTTCCCTACTGAGGCA-TCTTCC-TAGCCCC-A  90
      ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||||| |
seq2  GTGTGTGCAGTATGCAC-TTACCTACTGAGGCATTCTTCCTTAGCCCCAA  97

seq1  GGCTTGTTCTTCTCAGTTC-AGAAA--GATTGAGGCCCATTCACAGTCAA  137
      ||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGTTCTTCTCAGTTCAAGAAAAGAATTGAGGCCCATTCACAGTCAA  147

seq1  CCATCCAGGCCAGGATGTGCCAGCCCTTCAGAGAGCACTCGTTGCATAGT  187
      |||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGGGCCAGGATGTG-CAG-CCTTCAGAGAGCACTCGTTGCATAGT  195

seq1  CTGCTTTTAGCTATGTAGGTCTCCTGTTCAGGACCAATTAAGAAATGCCA  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTTAGCTATGTAGGTCTCCTGTTCAGGACCAATTAAGAAATGCCA  245

seq1  CCTGGGTGTAGCTATATGCCATGTACTGAATTGGTCCCTGGGGATGCTTG  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTGTAGCTATATGCCATGTACTGAATTGGTCCCTGGGGATGCTTG  295

seq1  CTAGAATGAAGTTTTGTCCTGGATCCTTGGAAGCTCAAAACAGAATCATC  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAATGAAGTTTTGTCCTGGATCCTTGGAAGCTCAAAACAGAATCATC  345

seq1  AGTTGAGGCTTCAGGTCAACC-TTCTTGTGGATGCTGAGGTAGAGTGAAG  386
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGGCTTCAGGTCAACCTTTCTTGTGGATGCTGAGGTAGAGTGAAG  395

seq1  CAAAGGTCCGGAGGGGACATCAGCAAGCGAGGACATGAGAGAGAGGGGTT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTCCGGAGGGGACATCAGCAAGCGAGGACATGAGAGAGAGGGGTT  445

seq1  CCAGGAGAGAAGGTCTCAGTGGAAGGAAGGTGATACTTTTCTGATCAAGG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGAGAAGGTCTCAGTGGAAGGAAGGTGATACTTTTCTGATCAAGG  495

seq1  ACAGGAGGAAGAAAGCATGTGTGGTGGAAGGACCAAGAGAAAAAGCTAAA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGGAAGAAAGCATGTGTGGTGGAAGGACCAAGAGAAAAAGCTAAA  545

seq1  CTCCTGTCCACAACGGATGTGAGCATCCTGTCAGAGCGTCAGAGCAGTGG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTCCACAACGGATGTGAGCATCCTGTCAGAGCGTCAGAGCAGTGG  595

seq1  TTCTCAGCCGGGTTCCGACCTGGCCACCTGTGGAGATATTTTTGCTTGCC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGCCGGGTTCCGACCTGGCCACCTGTGGAGATATTTTTGCTTGCC  645

seq1  ATGTTATTGATGCTGCTGGGATCTTGCATGAAGAAGCTGCTAAACAATAT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATTGATGCTGCTGGGATCTTGCATGAAGAAGCTGCTAAACAATAT  695

seq1  TCAAAACCAAAAGGACCCCCTCTTCCCAAGGACACCACAAGAAACCCCAC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACCAAAAGGACCCCCTCTTCCCAAGGACACCACAAGAAACCCCAC  745

seq1  AGAACCAACTAGCCTGGGGCTCATAGGGGCTCACAAAGACTGAACTGATA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAACTAGCCTGGGGCTCATAGGGGCTCACAAAGACTGAACTGATA  795

seq1  ATCAGAGTGTCTGCATGGGTCTGACGTGGATCCTCTGCCTTGATGTCTAC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGTGTCTGCATGGGTCTGACGTGGATCCTCTGCCTTGATGTCTAC  845

seq1  AGTTGCTCAGCTCAGACTTGTTGTAGGAGCAGGGGCTGTCTCTGACTCTT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTCAGCTCAGACTTGTTGTAGGAGCAGGGGCTGTCTCTGACTCTT  895

seq1  CTGTCAGCTTTGGGGACCTTTGTCCTCGTACTGGGCTACCCTTTTCACCT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGCTTTGGGGACCTTTGTCCTCGTACTGGGCTACCCTTTTCACCT  945

seq1  TAATACAAGGGGAGGTGCCAAGTCTTACTGCAACTTAATATGCTGTGTTT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAAGGGGAGGTGCCAAGTCTTACTGCAACTTAATATGCTGTGTTT  995

seq1  GGTAGACATACATAGGACCTTCATCCTTTTCTGGATGGATGATGTAAAAC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACATACATAGGACCTTCATCCTTTTCTGGATGGATGATGTAAAAC  1045

seq1  CCTAACTAAAAATAATTAAAAGAATGTAACACATTTTTTAAAGGGACTCC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACTAAAAATAATTAAAAGAATGTAACACATTTTTTAAAGGGACTCC  1095

seq1  GGACTTGTTTGAAACAGCGTTGGGAAACTTGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGTTTGAAACAGCGTTGGGAAACTTGAATTC  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |