BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219K18
Chromosome14 (Build37)
Map Location 63,293,697 - 63,444,330
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE130113E03Rik, Ints6, LOC100042969, LOC668263
Upstream geneLOC668253, Dleu7, Rnaseh2b, Gucy1b2, LOC100042960, Ppia-ps14_723.1, LOC545062, EG629059
Downstream geneWdfy2, LOC668268, EG432867, EG654465, EG654458, 2410125J01Rik, Defb42, LOC100042978, Ctsb, Fdft1, Neil2, Gata4, LOC100042988, LOC432868, Blk, LOC668293, BC065085, Tdh, Mtmr9, Xkr6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219K18.bB6Ng01-219K18.g
ACCGA035440GA035441
length1,116560
definitionB6Ng01-219K18.b B6Ng01-219K18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,293,697 - 63,294,817)(63,443,771 - 63,444,330)
sequence
gaattctagtcagaagccaaaagaagacacaacaattcaaaactttccta
ggcatggggtggtacagctgtaagtacagataatcaggatgatggcaaat
tcaaagccagcctgggctaccgagtcattctgaccagcctgagcaactta
gtaagaccttgtctctattcgctcgtaaattcaagactttgggtatctgt
gttgaagatacatttgttctgggtggagatattcctctgttgaagaaaat
gcaataggcataaatataaaattttttttaaatctaatgacagtgctaga
tcttgttttccaaagcaaagatgttagttaaattcattgtttacagaatg
gttctgtctaaacttttctagataatgagcttgtcaggcaacttggaatc
agcatagctttgtagattggcactaaggagcttgtttgcagcatatgaat
tctttacctacctgtccacttgagacgttggcacactctaaggccagggc
tctcagtgaataaagacaaaggccttggtagtgctccctcaggcagttaa
aaataagcccatctcgtagaataaaaacatacaaggataaacccaaggtg
tcagggcctaggtctaaaatgaggtcatgccaaaggtgaactcaaaccca
agacaaaaccccatctctcaaagtaagtgctcagcctctatcaaagcctc
tctctagtctagttgctcttgggtataattagtgcaggagggaagggagc
tcttgcagtatggaaagtgtagtgcaagtgaagaacttgctatctcatgt
gaagatgagtagcttggcctgaagtagctgatgtaaggaagactcccaag
gaaatgatcaactccacagagagaggagaatgtcagatgttctcccaaac
ccttagcagtgacccccccccccccaaaaaaaaaccacaggacagaggag
aaggaggaggtagaggaagagtagggaatgaggaagagaaacaaagaaga
tcttgagaccttagcatgacttaaacaactgtttctgattaatacatcac
tcaaagtatcaagctctaattcagactgtggtgtttaaattatgctgggc
cagggagtggcactat
gaattctgcagatcaaactcaggtccttctgcttgcaaggcaaacatttc
actgactgagctgtctctcagcctcccagctgattctagttttctcttta
tatctgtcatctgtggtccaggacaatagagacaatgatttagtcttctc
tgaattaccctggcttgacattatctggccaatcacaacactacacaggc
tcgttgttgaacaacacccagaatattgttttggggagaaaagaggcatg
actataagatgatagatttaacaattcacacactaagccagggtttttaa
ttattcattaatctgtaatataataactgatgtgtttgagtttcttaggt
cctttggggaggattttaactcaccttatactgaaaggttgtgcatcaac
agatgcaataaagtaattagaattctttgcgagatgttgcttctctgtaa
ccaaagtaatgaggccactatggaagagggagtgactagaggcttgttat
cacaggccaactagcaggcttggttgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_63293697_63294817
seq2: B6Ng01-219K18.b_43_1158

seq1  GAATTCTAGTCAGAAGCCAAAAGAAGACACAACAATTCAAAACTTTCCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTCAGAAGCCAAAAGAAGACACAACAATTCAAAACTTTCCTA  50

seq1  GGCATGGGGTGGTACAGCTGTAAGTACAGATAATCAGGATGATGGCAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGGGTGGTACAGCTGTAAGTACAGATAATCAGGATGATGGCAAAT  100

seq1  TCAAAGCCAGCCTGGGCTACCGAGTCATTCTGACCAGCCTGAGCAACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCCAGCCTGGGCTACCGAGTCATTCTGACCAGCCTGAGCAACTTA  150

seq1  GTAAGACCTTGTCTCTATTCGCTCGTAAATTCAAGACTTTGGGTATCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGACCTTGTCTCTATTCGCTCGTAAATTCAAGACTTTGGGTATCTGT  200

seq1  GTTGAAGATACATTTGTTCTGGGTGGAGATATTCCTCTGTTGAAGAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGATACATTTGTTCTGGGTGGAGATATTCCTCTGTTGAAGAAAAT  250

seq1  GCAATAGGCATAAATATAAAATTTTTTTTAAATCTAATGACAGTGCTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGGCATAAATATAAAATTTTTTTTAAATCTAATGACAGTGCTAGA  300

seq1  TCTTGTTTTCCAAAGCAAAGATGTTAGTTAAATTCATTGTTTACAGAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTTCCAAAGCAAAGATGTTAGTTAAATTCATTGTTTACAGAATG  350

seq1  GTTCTGTCTAAACTTTTCTAGATAATGAGCTTGTCAGGCAACTTGGAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTCTAAACTTTTCTAGATAATGAGCTTGTCAGGCAACTTGGAATC  400

seq1  AGCATAGCTTTGTAGATTGGCACTAAGGAGCTTGTTTGCAGCATATGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGCTTTGTAGATTGGCACTAAGGAGCTTGTTTGCAGCATATGAAT  450

seq1  TCTTTACCTACCTGTCCACTTGAGACGTTGGCACACTCTAAGGCCAGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACCTACCTGTCCACTTGAGACGTTGGCACACTCTAAGGCCAGGGC  500

seq1  TCTCAGTGAATAAAGACAAAGGCCTTGGTAGTGCTCCCTCAGGCAGTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGAATAAAGACAAAGGCCTTGGTAGTGCTCCCTCAGGCAGTTAA  550

seq1  AAATAAGCCCATCTCGTAGAATAAAAACATACAAGGATAAACCCAAGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGCCCATCTCGTAGAATAAAAACATACAAGGATAAACCCAAGGTG  600

seq1  TCAGGGCCTAGGTCTAAAATGAGGTCATGCCAAAGGTGAACTCAAACCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGCCTAGGTCTAAAATGAGGTCATGCCAAAGGTGAACTCAAACCCA  650

seq1  AGACAAAACCCCATCTCTCAAAGTAAGTGCTCAGCCTCTATCAAAGCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAACCCCATCTCTCAAAGTAAGTGCTCAGCCTCTATCAAAGCCTC  700

seq1  TCTCTAGTCTAGTTGCTCTTGGGTATAATTAGTGCAGGAGGGAAGGGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGTCTAGTTGCTCTTGGGTATAATTAGTGCAGGAGGGAAGGGAGC  750

seq1  TCTTGCAGTATGGAAAGTGTAGTGCAAGTGAAGAACTTGCTATCTCATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCAGTATGGAAAGTGTAGTGCAAGTGAAGAACTTGCTATCTCATGT  800

seq1  GAAGATGAGTAGCTTGGCCTGAAGTAGCTGATGTAAGGAAGACTCCCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGAGTAGCTTGGCCTGAAGTAGCTGATGTAAGGAAGACTCCCAAG  850

seq1  GAAATGATCAACTCCACAGAGAGAGGAGAATGTCAGATGTTCTCCCAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGATCAACTCCACAGAGAGAGGAGAATGTCAGATGTTCTCCCAAAC  900

seq1  CCTTAGCAGTGA-CCCCCCCCCCCCAAAAAAAAACCACAGGACAGAGGAG  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCAGTGACCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAACCACAGGACAGAGGAG  950

seq1  AAGGAGGAGGTAGAGGAAGAGAAGG--AAGAGGAAGAGAAACAAAGAAGA  997
      ||||||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGAGGTAGAGGAAGAGTAGGGAATGAGGAAGAGAAACAAAGAAGA  1000

seq1  TCTGAGGACCTTAGCAATGACTTAAACAACCTTGTTCTGATTAATACAAT  1047
      |||   ||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||
seq2  TCTTGAGACCTTAGC-ATGACTTAAACAA-CTGTTTCTGATTAATAC-AT  1047

seq1  CACCTCAAAAGTATCAAGCCTCTAATTCAAGACTGTGGTGTTTTAAATAT  1097
      || ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||
seq2  CA-CTC-AAAGTATCAAG-CTCTAATTC-AGACTGTGGTGTTTAAATTAT  1093

seq1  GCTTGGCCCAGGGAGTGGCACTAT  1121
      || ||| |||||||||||||||||
seq2  GC-TGGGCCAGGGAGTGGCACTAT  1116

seq1: chr14_63443771_63444330
seq2: B6Ng01-219K18.g_68_627 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACAGAGACAACCAAGCCTGCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACAGAGACAACCAAGCCTGCTAG  50

seq1  TTGGCCTGTGATAACAAGCCTCTAGTCACTCCCTCTTCCATAGTGGCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTGTGATAACAAGCCTCTAGTCACTCCCTCTTCCATAGTGGCCTC  100

seq1  ATTACTTTGGTTACAGAGAAGCAACATCTCGCAAAGAATTCTAATTACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTTGGTTACAGAGAAGCAACATCTCGCAAAGAATTCTAATTACTT  150

seq1  TATTGCATCTGTTGATGCACAACCTTTCAGTATAAGGTGAGTTAAAATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCATCTGTTGATGCACAACCTTTCAGTATAAGGTGAGTTAAAATCC  200

seq1  TCCCCAAAGGACCTAAGAAACTCAAACACATCAGTTATTATATTACAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAAGGACCTAAGAAACTCAAACACATCAGTTATTATATTACAGAT  250

seq1  TAATGAATAATTAAAAACCCTGGCTTAGTGTGTGAATTGTTAAATCTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAATAATTAAAAACCCTGGCTTAGTGTGTGAATTGTTAAATCTATC  300

seq1  ATCTTATAGTCATGCCTCTTTTCTCCCCAAAACAATATTCTGGGTGTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATAGTCATGCCTCTTTTCTCCCCAAAACAATATTCTGGGTGTTGT  350

seq1  TCAACAACGAGCCTGTGTAGTGTTGTGATTGGCCAGATAATGTCAAGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAACGAGCCTGTGTAGTGTTGTGATTGGCCAGATAATGTCAAGCCA  400

seq1  GGGTAATTCAGAGAAGACTAAATCATTGTCTCTATTGTCCTGGACCACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAATTCAGAGAAGACTAAATCATTGTCTCTATTGTCCTGGACCACAG  450

seq1  ATGACAGATATAAAGAGAAAACTAGAATCAGCTGGGAGGCTGAGAGACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGATATAAAGAGAAAACTAGAATCAGCTGGGAGGCTGAGAGACAG  500

seq1  CTCAGTCAGTGAAATGTTTGCCTTGCAAGCAGAAGGACCTGAGTTTGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCAGTGAAATGTTTGCCTTGCAAGCAGAAGGACCTGAGTTTGATC  550

seq1  TGCAGAATTC  560
      ||||||||||
seq2  TGCAGAATTC  560