BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220E01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 80,199,454 - 80,401,293
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG629734, Olfm4
Upstream gene1300010F03Rik, LOC629709, LOC100043765, AU017455, 1190002H23Rik, Narg1l, Mtrf1, Kbtbd7, EG432879, Wbp4, Elf1, LOC668560, Sugt1, Lect1, Pcdh8
Downstream geneLOC672828
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220E01.bB6Ng01-220E01.g
ACCGA035861GA035862
length1,105738
definitionB6Ng01-220E01.b B6Ng01-220E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,400,183 - 80,401,293)(80,199,454 - 80,200,190)
sequence
gaattctcttgggaaatgaacacatacagtgttgttttcccaagattaat
aattcctcttcttataactgacatatgtattatgaatgaatgtacgtatg
tatgcatgtatgtgtacatatgtgcttgtgtgtgtatgcatatgtgtgca
tgcatatgtgtatgtatgtgtgtgtagagatagtatatgtctttctctac
tacttgtcacttaatttttcttgagataagatctatcactgaatacagag
atcaccaatttgctagaatggttggcaagtaagccctagggatcctcctg
tgtctgcctcctccaaccagtgctggggttgcagatgagtgcctcctcgc
ctggcttcctaagtgggtgctagaaacacagacattggtcctcgtgctgg
tgtggaaggtgctttactgaccattccatgacctcggtcccatcacccat
cttccttataaactaggtgcagaggaactgtcaaggctccagatgttgcc
tggagagtctcactccctcagagtgtgctacctctgagcagcaaatccat
tggagtgactggagtggcaactctgggcatccctctcctgactctctcat
cccagacagcgtattaaagtcaactggacactttttaaatgcccgagtta
taaactcatatgctgggtagaaacaaggattctgattttaagattctcct
caccactgatcctgcaagtcaccctgggtcgagaacctctttagaacata
cctttccccaaacacattagctagaaaactgggctgttgtctctcctgct
aacaatttaattacttcactcgggttttaattcattttccccggcatctc
cagtgaacagaaagagtcataaatcctttaaagtgcccaggtctagtcaa
ccatgaaattgtattcagtcccccaaaaagtgagcagaagaaattgaaca
gagctcacccagtctcagcaactccctcacctgagacacagtcccacctt
tctgccaagaagtgcctccggagcaccaggcagctgtagcctgggtgatg
tttggaggatgtgtcaattcccgtgatagtggtcaaggtcagattgtccg
gaggc
gaattctccttcgcctaggacgtgtcactccctgattggctgcagcccat
cggccgagttgacgtcacggggaaggcagagcacatggagtagagaacca
ccctcggcatatgcgcagattatttgtttaccacttagaacacagctgtc
agcgccatcttgtaacggcgaatgtgggcgcggctcccaacactagcatg
gtatgtcagagcacctggagggaagggaccatattttattcatcttggct
tctctggctgctagcacaaagcctaccatgtagtaggagctttcacagta
tgtgaatggatgtgtcttcacaaagtgcatacctaacttcaggatcagtg
gggtcatcttcccagatcaaggagaactttattcttccagtgtgtggttc
tgcttttgaaatggagaccagacagaaaagaatggtttgtcagttcccca
tggatgcatccaaactggaaatggcatggactaactcagggcacagacct
gttctgcattatgcagaatgctgtggataagataaacacccttgcaaaag
gtagggtatgcagggagtggctgtgttaagagatagattagaaacttggg
tgccaaaacaatgtacctgagtcacttctacacatctcctcattgaactg
acattgtgttaattcagcaaatgacacatggaatttggggttaggtatta
cagatgtaattgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_80400183_80401293
seq2: B6Ng01-220E01.b_40_1144 (reverse)

seq1  GCCTCCCGGACAACTCTGACCTCTG--CACATTCCCGGGAATTGACCACA  48
      |||| |||||||| |||||||| ||  |||  || |||||||||| ||||
seq2  GCCT-CCGGACAA-TCTGACCT-TGACCACTATCACGGGAATTGA-CACA  46

seq1  -CCTCC-AACATCACCCCAGGCTACAGCTGCCTGGTTGCCTCCGGGAGGC  96
       ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||   |||| ||||||
seq2  TCCTCCAAACATCA-CCCAGGCTACAGCTGCCTGGT--GCTCC-GGAGGC  92

seq1  ACTTCTTGGGCAG-AAGGTGGGACTGTGTCTCAGGTGAGGGAGTTGCTGA  145
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTT-GGCAGAAAGGTGGGACTGTGTCTCAGGTGAGGGAGTTGCTGA  141

seq1  GACTGGGTGAGCTCTGTTCAATTTCCTTCTGCTCACTTTTTGGGGGACCT  195
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACTGGGTGAGCTCTGTTCAATTT-CTTCTGCTCACTTTTTGGGGGA-CT  189

seq1  GAATACAATTTCATGGTTGACTAGACCTGGGCACTTTAAAGGATTTATGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAATTTCATGGTTGACTAGACCTGGGCACTTTAAAGGATTTATGA  239

seq1  CTCTTTCTGTTCACTGGAGATGCCGGGGAAAATGAATTAAAACCCGAGTG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTGTTCACTGGAGATGCCGGGGAAAATGAATTAAAACCCGAGTG  289

seq1  AAGTAATTAAATTGTTAGCAGGAGAGACAACAGCCCAGTTTTCTAGCTAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTAAATTGTTAGCAGGAGAGACAACAGCCCAGTTTTCTAGCTAA  339

seq1  TGTGTTTGGGGAAAGGTATGTTCTAAAGAGGTTCTCGACCCAGGGTGACT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGGGGAAAGGTATGTTCTAAAGAGGTTCTCGACCCAGGGTGACT  389

seq1  TGCAGGATCAGTGGTGAGGAGAATCTTAAAATCAGAATCCTTGTTTCTAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGATCAGTGGTGAGGAGAATCTTAAAATCAGAATCCTTGTTTCTAC  439

seq1  CCAGCATATGAGTTTATAACTCGGGCATTTAAAAAGTGTCCAGTTGACTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATATGAGTTTATAACTCGGGCATTTAAAAAGTGTCCAGTTGACTT  489

seq1  TAATACGCTGTCTGGGATGAGAGAGTCAGGAGAGGGATGCCCAGAGTTGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACGCTGTCTGGGATGAGAGAGTCAGGAGAGGGATGCCCAGAGTTGC  539

seq1  CACTCCAGTCACTCCAATGGATTTGCTGCTCAGAGGTAGCACACTCTGAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAGTCACTCCAATGGATTTGCTGCTCAGAGGTAGCACACTCTGAG  589

seq1  GGAGTGAGACTCTCCAGGCAACATCTGGAGCCTTGACAGTTCCTCTGCAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGAGACTCTCCAGGCAACATCTGGAGCCTTGACAGTTCCTCTGCAC  639

seq1  CTAGTTTATAAGGAAGATGGGTGATGGGACCGAGGTCATGGAATGGTCAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTTATAAGGAAGATGGGTGATGGGACCGAGGTCATGGAATGGTCAG  689

seq1  TAAAGCACCTTCCACACCAGCACGAGGACCAATGTCTGTGTTTCTAGCAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCACCTTCCACACCAGCACGAGGACCAATGTCTGTGTTTCTAGCAC  739

seq1  CCACTTAGGAAGCCAGGCGAGGAGGCACTCATCTGCAACCCCAGCACTGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTAGGAAGCCAGGCGAGGAGGCACTCATCTGCAACCCCAGCACTGG  789

seq1  TTGGAGGAGGCAGACACAGGAGGATCCCTAGGGCTTACTTGCCAACCATT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGAGGCAGACACAGGAGGATCCCTAGGGCTTACTTGCCAACCATT  839

seq1  CTAGCAAATTGGTGATCTCTGTATTCAGTGATAGATCTTATCTCAAGAAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAAATTGGTGATCTCTGTATTCAGTGATAGATCTTATCTCAAGAAA  889

seq1  AATTAAGTGACAAGTAGTAGAGAAAGACATATACTATCTCTACACACACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTGACAAGTAGTAGAGAAAGACATATACTATCTCTACACACACA  939

seq1  TACATACACATATGCATGCACACATATGCATACACACACAAGCACATATG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACACATATGCATGCACACATATGCATACACACACAAGCACATATG  989

seq1  TACACATACATGCATACATACGTACATTCATTCATAATACATATGTCAGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATACATGCATACATACGTACATTCATTCATAATACATATGTCAGT  1039

seq1  TATAAGAAGAGGAATTATTAATCTTGGGAAAACAACACTGTATGTGTTCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAAGAGGAATTATTAATCTTGGGAAAACAACACTGTATGTGTTCA  1089

seq1  TTTCCCAAGAGAATTC  1111
      ||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAAGAGAATTC  1105

seq1: chr14_80199454_80200190
seq2: B6Ng01-220E01.g_68_804

seq1  GAATTCTCCTTCGCCTAGGACGTGTCACTCCCTGATTGGCTGCAGCCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTTCGCCTAGGACGTGTCACTCCCTGATTGGCTGCAGCCCAT  50

seq1  CGGCCGAGTTGACGTCACGGGGAAGGCAGAGCACATGGAGTAGAGAACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCGAGTTGACGTCACGGGGAAGGCAGAGCACATGGAGTAGAGAACCA  100

seq1  CCCTCGGCATATGCGCAGATTATTTGTTTACCACTTAGAACACAGCTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGGCATATGCGCAGATTATTTGTTTACCACTTAGAACACAGCTGTC  150

seq1  AGCGCCATCTTGTAACGGCGAATGTGGGCGCGGCTCCCAACACTAGCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCCATCTTGTAACGGCGAATGTGGGCGCGGCTCCCAACACTAGCATG  200

seq1  GTATGTCAGAGCACCTGGAGGGAAGGGACCATATTTTATTCATCTTGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTCAGAGCACCTGGAGGGAAGGGACCATATTTTATTCATCTTGGCT  250

seq1  TCTCTGGCTGCTAGCACAAAGCCTACCATGTAGTAGGAGCTTTCACAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCTGCTAGCACAAAGCCTACCATGTAGTAGGAGCTTTCACAGTA  300

seq1  TGTGAATGGATGTGTCTTCACAAAGTGCATACCTAACTTCAGGATCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATGGATGTGTCTTCACAAAGTGCATACCTAACTTCAGGATCAGTG  350

seq1  GGGTCATCTTCCCAGATCAAGGAGAACTTTATTCTTCCAGTGTGTGGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATCTTCCCAGATCAAGGAGAACTTTATTCTTCCAGTGTGTGGTTC  400

seq1  TGCTTTTGAAATGGAGACCAGACAGAAAAGAATGGTTTGTCAGTTCCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTGAAATGGAGACCAGACAGAAAAGAATGGTTTGTCAGTTCCCCA  450

seq1  TGGATGCATCCAAACTGGAAATGGCATGGACTAACTCAGGGCACAGACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCATCCAAACTGGAAATGGCATGGACTAACTCAGGGCACAGACCT  500

seq1  GTTCTGCATTATGCAGAATGCTGTGGATAAGATAAACACCCTTGCAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCATTATGCAGAATGCTGTGGATAAGATAAACACCCTTGCAAAAG  550

seq1  GTAGGGTATGCAGGGAGTGGCTGTGTTAAGAGATAGATTAGAAACTTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGTATGCAGGGAGTGGCTGTGTTAAGAGATAGATTAGAAACTTGGG  600

seq1  TGCCAAAACAATGTACCTGAGTCACTTCTACACATCTCCTCATTGAACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAAACAATGTACCTGAGTCACTTCTACACATCTCCTCATTGAACTG  650

seq1  ACATTGTGTTAATTCAGCAAATGACACATGGAATTTGGGGTTAGGTATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTGTTAATTCAGCAAATGACACATGGAATTTGGGGTTAGGTATTA  700

seq1  CAGATGTAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  737
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  737