BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222F20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 124,744,386 - 124,911,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFgf14
Upstream geneVgcnl1, Itgbl1, LOC668700
Downstream geneGA_x5J8B7W4W3R-189177-188236
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222F20.bB6Ng01-222F20.g
ACCGA037404GA037405
length9701,075
definitionB6Ng01-222F20.b B6Ng01-222F20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,744,386 - 124,745,306)(124,910,027 - 124,911,107)
sequence
gaattcaactgtactccactctgaactgaactgcagaaagctgaactgca
tctctcttcctctatctgtactgttctcttaagtcacctctttttcttgt
gctgttcttgtgtgacttggccatatcctatctctgacttactctgtgaa
atctttctctgattcatcattttgtctggccctcaaatagatattatttt
caaatatggctgcttcctcctataaactaaccttacctatattgtttggg
actgaagatgtgtactaagggcatgtctgtattccagccaaaggaattaa
aagtgtgtgacatgtctgtattccagccagattacacagatctagatctt
tggatgtaataccttgccagagcaaccatgttgctggattacagttcccc
tacagacacccaggtgagtagcaattaaaaaaaaatccatatttatcatc
ctgaaaaaaagtcaagtccaagtgaagcaaagacctcaatgtaaaactag
ataggctaaatctaatagagcagaaagtgaggatatccttgaatgcacta
gtacatgagacaacttcctgtatagaacaccaatggctcaggaactaagg
ataataattaataaatgggacctcataaaactgaaaaacttttgtaaggc
aaaggacactgtgaataggacaaatagactacagattagaaaaagatctt
caccaaccctatatctggcaaagagctactattaaaaaatatataaagaa
cataaggtgttaaacaccaactaatgaaataacccaattaaaaaatgggt
tacagagctacacagagaatttacaacagaaggatctctaatggccgaga
aacacttaagaaatattcaacatccttattcatcaggaaaatgtaaatca
aaacaactctgagattctaccttacacccatcagaatggcctaagatcaa
aaactcaagcaacagcacat

gaattctgtggttgatcagtctacaaggctagttgtctcagtttggtcct
tagtatactttggaatcctgaacaggtaggctctaatgccagtgaaggaa
tagacttgccagcaaggtgagaacaagaagacagagagcaaaagaaaatg
cttctttctttcatgtaggcttcacacaggtgtgtctttctgcttcaagg
tccagattagaaatgagtcttcctacttcaaatgaagcaaaaatctctca
cagatgtgtccaccactttgaaatttttagttaattcagatgtaaaaatt
ttagttaactccagatgtagtcaagttaagaaccaagaatagctatcact
ggcaggaaaaatagataagccactgttggcatgggctgatgttgccattg
ctttcccagctgtagatataccgggccgaggaattgtgacatggaaggac
attggttatctcagcttgaaaaatttgaagcaaaagacagaagagagctc
attcatttgaaatgaaagtagatcctacagaaacactgcataacagagag
ccttgtaaaactcttcagttcttagagagcatttgcttatcatctggctt
ggtggaagcaataggtgtatttataacgttaaaaaaaatcctggcattgg
gttactacctgtcttaatagtttatgttcccaaatgaaagacacacacag
cctttatatcttaatatgcattaggcagcacaatagctgggcaactgcct
aatttctatgttgttagaatctacctcccactgataactctgagttacta
cttagtaatttttatgttccatcttggctgctcttgatccagttgaacag
cccaatgggcctcggtctcttggttcctttacatgatagctctgtttctc
cctcctgtatgttattcttgcttctggcactccttctttcctctcccaca
ctgctcctaaggcatggatactctctctttctgcttcatctgcagttcag
ctcagaaactaaagttcacttaaaatctgctctagctgcatattgtatca
aagatggctagtcaggcaatcactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_124744386_124745306
seq2: B6Ng01-222F20.b_44_964

seq1  GAATTCAACTGTACTCCACTCTGAACTGAACTGCAGAAAGCTGAACTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTGTACTCCACTCTGAACTGAACTGCAGAAAGCTGAACTGCA  50

seq1  TCTCTCTTCCTCTATCTGTACTGTTCTCTTAAGTCACCTCTTTTTCTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTCCTCTATCTGTACTGTTCTCTTAAGTCACCTCTTTTTCTTGT  100

seq1  GCTGTTCTTGTGTGACTTGGCCATATCCTATCTCTGACTTACTCTGTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCTTGTGTGACTTGGCCATATCCTATCTCTGACTTACTCTGTGAA  150

seq1  ATCTTTCTCTGATTCATCATTTTGTCTGGCCCTCAAATAGATATTATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCTCTGATTCATCATTTTGTCTGGCCCTCAAATAGATATTATTTT  200

seq1  CAAATATGGCTGCTTCCTCCTATAAACTAACCTTACCTATATTGTTTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATGGCTGCTTCCTCCTATAAACTAACCTTACCTATATTGTTTGGG  250

seq1  ACTGAAGATGTGTACTAAGGGCATGTCTGTATTCCAGCCAAAGGAATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGATGTGTACTAAGGGCATGTCTGTATTCCAGCCAAAGGAATTAA  300

seq1  AAGTGTGTGACATGTCTGTATTCCAGCCAGATTACACAGATCTAGATCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGTGACATGTCTGTATTCCAGCCAGATTACACAGATCTAGATCTT  350

seq1  TGGATGTAATACCTTGCCAGAGCAACCATGTTGCTGGATTACAGTTCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTAATACCTTGCCAGAGCAACCATGTTGCTGGATTACAGTTCCCC  400

seq1  TACAGACACCCAGGTGAGTAGCAATTAAAAAAAAATCCATATTTATCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACACCCAGGTGAGTAGCAATTAAAAAAAAATCCATATTTATCATC  450

seq1  CTGAAAAAAAGTCAAGTCCAAGTGAAGCAAAGACCTCAATGTAAAACTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAAAAGTCAAGTCCAAGTGAAGCAAAGACCTCAATGTAAAACTAG  500

seq1  ATAGGCTAAATCTAATAGAGCAGAAAGTGAGGATATCCTTGAATGCACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTAAATCTAATAGAGCAGAAAGTGAGGATATCCTTGAATGCACTA  550

seq1  GTACATGAGACAACTTCCTGTATAGAACACCAATGGCTCAGGAACTAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGAGACAACTTCCTGTATAGAACACCAATGGCTCAGGAACTAAGG  600

seq1  ATAATAATTAATAAATGGGACCTCATAAAACTGAAAAACTTTTGTAAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAATTAATAAATGGGACCTCATAAAACTGAAAAACTTTTGTAAGGC  650

seq1  AAAGGACACTGTGAATAGGACAAATAGACTACAGATTAGAAAAAGATCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACACTGTGAATAGGACAAATAGACTACAGATTAGAAAAAGATCTT  700

seq1  CACCAACCCTATATCTGGCAAAGAGCTACTATTAAAAAATATATAAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACCCTATATCTGGCAAAGAGCTACTATTAAAAAATATATAAAGAA  750

seq1  CATAAGGTGTTAAACACCAACTAATGAAATAACCCAATTAAAAAATGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGGTGTTAAACACCAACTAATGAAATAACCCAATTAAAAAATGGGT  800

seq1  TACAGAGCTACACAGAGAATTTACAACAGAAGGATCTCTAATGGCCGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGCTACACAGAGAATTTACAACAGAAGGATCTCTAATGGCCGAGA  850

seq1  AACACTTAAGAAATATTCAACATCCTTATTCATCAGGAAAATGTAAATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTAAGAAATATTCAACATCCTTATTCATCAGGAAAATGTAAATCA  900

seq1  AAACAACTCTGAGATTCTACC  921
      |||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTCTGAGATTCTACC  921


seq1: chr14_124910027_124911107
seq2: B6Ng01-222F20.g_68_1142 (reverse)

seq1  CAGTGA-TGGCTGACTAGGCCATCTTTTGATAC-ATATGCAGCTAGAGCA  48
      |||||| || ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGTGATTGCCTGACTA-GCCATC-TTTGATACAATATGCAGCTAGAGCA  48

seq1  GATTTTTAAGTGGACTTTTAGGTTTCCTGAGCTTGGAACTGCAGGTGAAG  98
      || ||||||||| || |||||  || |||||||  ||||||||| |||||
seq2  GA-TTTTAAGTGAAC-TTTAG--TTTCTGAGCT--GAACTGCAGATGAAG  92

seq1  CAGGAAGGAGAGAGTATCCATGCCTTAGGAGCAGTGTGGGAGAGGAAAG-  147
      || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CA-GAAAGAGAGAGTATCCATGCCTTAGGAGCAGTGTGGGAGAGGAAAGA  141

seq1  AGGAGTGCCAGAAGCAAGAATAACATACAGGAGGGAGAAACAGAGCTATC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGCCAGAAGCAAGAATAACATACAGGAGGGAGAAACAGAGCTATC  191

seq1  ATGTAAAGGAACCAAGAGACCGAGGCCCATTGGGCTGTTCAACTGGATCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAGGAACCAAGAGACCGAGGCCCATTGGGCTGTTCAACTGGATCA  241

seq1  AGAGCAGCCAAGATGGAACATAAAAATTACTAAGTAGTAACTCAGAGTTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGCCAAGATGGAACATAAAAATTACTAAGTAGTAACTCAGAGTTA  291

seq1  TCAGTGGGAGGTAGATTCTAACAACATAGAAATTAGGCAGTTGCCCAGCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGGAGGTAGATTCTAACAACATAGAAATTAGGCAGTTGCCCAGCT  341

seq1  ATTGTGCTGCCTAATGCATATTAAGATATAAAGGCTGTGTGTGTCTTTCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGCTGCCTAATGCATATTAAGATATAAAGGCTGTGTGTGTCTTTCA  391

seq1  TTTGGGAACATAAACTATTAAGACAGGTAGTAACCCAATGCCAGGATTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAACATAAACTATTAAGACAGGTAGTAACCCAATGCCAGGATTTT  441

seq1  TTTTAACGTTATAAATACACCTATTGCTTCCACCAAGCCAGATGATAAGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACGTTATAAATACACCTATTGCTTCCACCAAGCCAGATGATAAGC  491

seq1  AAATGCTCTCTAAGAACTGAAGAGTTTTACAAGGCTCTCTGTTATGCAGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTCTCTAAGAACTGAAGAGTTTTACAAGGCTCTCTGTTATGCAGT  541

seq1  GTTTCTGTAGGATCTACTTTCATTTCAAATGAATGAGCTCTCTTCTGTCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTAGGATCTACTTTCATTTCAAATGAATGAGCTCTCTTCTGTCT  591

seq1  TTTGCTTCAAATTTTTCAAGCTGAGATAACCAATGTCCTTCCATGTCACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTCAAATTTTTCAAGCTGAGATAACCAATGTCCTTCCATGTCACA  641

seq1  ATTCCTCGGCCCGGTATATCTACAGCTGGGAAAGCAATGGCAACATCAGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCGGCCCGGTATATCTACAGCTGGGAAAGCAATGGCAACATCAGC  691

seq1  CCATGCCAACAGTGGCTTATCTATTTTTCCTGCCAGTGATAGCTATTCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCAACAGTGGCTTATCTATTTTTCCTGCCAGTGATAGCTATTCTT  741

seq1  GGTTCTTAACTTGACTACATCTGGAGTTAACTAAAATTTTTACATCTGAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTAACTTGACTACATCTGGAGTTAACTAAAATTTTTACATCTGAA  791

seq1  TTAACTAAAAATTTCAAAGTGGTGGACACATCTGTGAGAGATTTTTGCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAAAAATTTCAAAGTGGTGGACACATCTGTGAGAGATTTTTGCTT  841

seq1  CATTTGAAGTAGGAAGACTCATTTCTAATCTGGACCTTGAAGCAGAAAGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAAGTAGGAAGACTCATTTCTAATCTGGACCTTGAAGCAGAAAGA  891

seq1  CACACCTGTGTGAAGCCTACATGAAAGAAAGAAGCATTTTCTTTTGCTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTGTGTGAAGCCTACATGAAAGAAAGAAGCATTTTCTTTTGCTCT  941

seq1  CTGTCTTCTTGTTCTCACCTTGCTGGCAAGTCTATTCCTTCACTGGCATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTCTTGTTCTCACCTTGCTGGCAAGTCTATTCCTTCACTGGCATT  991

seq1  AGAGCCTACCTGTTCAGGATTCCAAAGTATACTAAGGACCAAACTGAGAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTACCTGTTCAGGATTCCAAAGTATACTAAGGACCAAACTGAGAC  1041

seq1  AACTAGCCTTGTAGACTGATCAACCACAGAATTC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGCCTTGTAGACTGATCAACCACAGAATTC  1075


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |