BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222K09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 79,766,694 - 79,897,817
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNarg1l, Mtrf1, Kbtbd7, EG432879, Wbp4, Elf1, LOC668560
Upstream geneLOC219180, Akap11, Dgkh, LOC673649, 1300010F03Rik, LOC629709, LOC100043765, AU017455, 1190002H23Rik
Downstream geneSugt1, Lect1, Pcdh8, EG629734, Olfm4, LOC672828
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222K09.bB6Ng01-222K09.g
ACCGA037611GA037612
length1,1771,163
definitionB6Ng01-222K09.b B6Ng01-222K09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,766,694 - 79,767,879)(79,896,674 - 79,897,817)
sequence
gaattcaaactcaggtccttcactttaattcctaactgatgtcactcctg
gaagacaacagcaattttaggaaggagctatgtgggaggaaaggtctctg
gcaatgtatgtctttcatagtctactgagattccagccctttccttcccc
ttttccgttcctgctggcctacaactctgcttccttacacactcccttca
ccaagatgttcagttttgccagagccaagaaaccacagaccaaaccttaa
aactgaacccaaataagcctttccttatctgaagctatttatcactggta
ttttctcagtgatggaaaccaacacaatgtttcaaacttttcacaaactt
taaaccttctaattctaaccatcctctcctgttaagtattttctccaagc
agttatatttgattaggactaaagaagctctattaaatttattattatta
aattaaaagaaactctactaaagcttcattaaaatccagcctgggaaagt
atgtgtgcctgttgcagagataacttcctaaagcatggcctttgacctat
ggtctttatgacttaagctcaaacagatgagtgacagagtcagaattccc
aacaagctataattccactaaaccagaacctgcctacaaatggaacttga
gacgactgttgttcagtggggacctcaaggcttcatgagccaatcagatg
ttctaatcactgatcttatttgcaacattttattactcacaagtattact
tttaaaaatacgggtgaaacctaaataacctgatagaggtttgatgaaaa
cctcaatgtccaacagtgccttttaaaatgtttgactataaaaaagacca
gccacaagatttcagaccttagtaagtaagaaacaatgcttaggaataaa
gtctaactttcttcctattagtcctttccccttttcagtggggagggtct
atgttccatgagttaagtctcagatcctgagctaaagtgatcctcctgct
tgtcctcccaagcaacagaactgcagtgtgtgcttgcacccgctttccta
tcagagtctaagtatcatttatctttcaaattgaacagctcagactagtg
caagcagttcttacatacttactgatgccagagtaaccaagggaggggga
agagagattgaatgaagtgtgtgtgtg
gaattcactaccttctctgcttttgctatcatcatgtctgcactaccttc
aagcttctgctcaagtccagcagaagaacaagtacagaaatacagaagtc
tttaaaaaacagagagagagagaaaaaaaaataaggtcaggtcaaccagg
gctatcgagcaagaccccgtgtcaagaaatcaaacttttaacagagatca
gagctaggccacgggcttagtagcccttccctgtaacccagcactcagag
gcggggcacagggatggtaaggtcaaacacaggctacttagcagttccag
accagtctgagatgagaatccgtgtctcaaaaacaaaacaggaacaagaa
aagagattcaacaggatgtacaaacttaagattattattaaaatggcatt
gatgaaaatatttctattctattttgcctgaaaggaaatatctgtcacta
attggcattagccaacaatttcacactcctgctaatctttttaaaaattt
ctgcatcacaatcagatctaaatgttataaacaaaagcaccagaagacaa
cacaaatcaacatctatacagcaattagtaggaaatctctttctcttcct
agatataatactaaaggcagggaaaaaaggtaaaggaaggaatgatattt
gacctataaaatcttacaaacatcttatcctaagataaaccaaaggacct
aagaaataaacaatgccatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatacatatatatatatatacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatgcatagtagcaaatttttgtactttcaaaaagataaaaacc
aggtgttgggagatatgggctctacagttgagtacttcctgctcttacag
aaggaactcagggttcagtacccaaagcacacggtggctcataccccagc
tctaacttcagtttcaggagatcttcttgacctctgcaggcaccaggtta
tgcatacatgcaaagaacacacacatttaagttttttttttaaaagaaaa
ttcttgttttaaaaacaaataaaaattgaagacttgaagggggtagttcc
tttaaatgataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_79766694_79767879
seq2: B6Ng01-222K09.b_42_1218

seq1  GAATTCAAACTCAGGTCCTTCACTTTAATTCCTAACTGATGTCACTCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTCAGGTCCTTCACTTTAATTCCTAACTGATGTCACTCCTG  50

seq1  GAAGACAACAGCAATTTTAGGAAGGAGCTATGTGGGAGGAAAGGTCTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAACAGCAATTTTAGGAAGGAGCTATGTGGGAGGAAAGGTCTCTG  100

seq1  GCAATGTATGTCTTTCATAGTCTACTGAGATTCCAGCCCTTTCCTTCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGTATGTCTTTCATAGTCTACTGAGATTCCAGCCCTTTCCTTCCCC  150

seq1  TTTTCCGTTCCTGCTGGCCTACAACTCTGCTTCCTTACACACTCCCTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCGTTCCTGCTGGCCTACAACTCTGCTTCCTTACACACTCCCTTCA  200

seq1  CCAAGATGTTCAGTTTTGCCAGAGCCAAGAAACCACAGACCAAACCTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATGTTCAGTTTTGCCAGAGCCAAGAAACCACAGACCAAACCTTAA  250

seq1  AACTGAACCCAAATAAGCCTTTCCTTATCTGAAGCTATTTATCACTGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAACCCAAATAAGCCTTTCCTTATCTGAAGCTATTTATCACTGGTA  300

seq1  TTTTCTCAGTGATGGAAACCAACACAATGTTTCAAACTTTTCACAAACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCAGTGATGGAAACCAACACAATGTTTCAAACTTTTCACAAACTT  350

seq1  TAAACCTTCTAATTCTAACCATCCTCTCCTGTTAAGTATTTTCTCCAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTTCTAATTCTAACCATCCTCTCCTGTTAAGTATTTTCTCCAAGC  400

seq1  AGTTATATTTGATTAGGACTAAAGAAGCTCTATTAAATTTATTATTATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATATTTGATTAGGACTAAAGAAGCTCTATTAAATTTATTATTATTA  450

seq1  AATTAAAAGAAACTCTACTAAAGCTTCATTAAAATCCAGCCTGGGAAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAAGAAACTCTACTAAAGCTTCATTAAAATCCAGCCTGGGAAAGT  500

seq1  ATGTGTGCCTGTTGCAGAGATAACTTCCTAAAGCATGGCCTTTGACCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGCCTGTTGCAGAGATAACTTCCTAAAGCATGGCCTTTGACCTAT  550

seq1  GGTCTTTATGACTTAAGCTCAAACAGATGAGTGACAGAGTCAGAATTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTATGACTTAAGCTCAAACAGATGAGTGACAGAGTCAGAATTCCC  600

seq1  AACAAGCTATAATTCCACTAAACCAGAACCTGCCTACAAATGGAACTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCTATAATTCCACTAAACCAGAACCTGCCTACAAATGGAACTTGA  650

seq1  GACGACTGTTGTTCAGTGGGGACCTCAAGGCTTCATGAGCCAATCAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGACTGTTGTTCAGTGGGGACCTCAAGGCTTCATGAGCCAATCAGATG  700

seq1  TTCTAATCACTGATCTTATTTGCAACATTTTATTACTCACAAGTATTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATCACTGATCTTATTTGCAACATTTTATTACTCACAAGTATTACT  750

seq1  TTTAAAAATACGGGTGAAACCTAAATAACCTGATAGAGGTTTGATGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAATACGGGTGAAACCTAAATAACCTGATAGAGGTTTGATGAAAA  800

seq1  CCTCAATGTCCAACAGTGCCTTTTAAAATGTTTGACTATAAAAAAGACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATGTCCAACAGTGCCTTTTAAAATGTTTGACTATAAAAAAGACCA  850

seq1  GCCACAAGATTTCAGACCTTAGTAAGTAAGAAACAATGCTTAGGAATAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAAGATTTCAGACCTTAGTAAGTAAGAAACAATGCTTAGGAATAAA  900

seq1  GTCTAACTTTCTTCCTATTAGTCCTTTCCCCTTTTCAGTGGGGAGGGTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAACTTTCTTCCTATTAGTCCTTTCCCCTTTTCAGTGGGGAGGGTCT  950

seq1  ATGTTCCATGAGTTAAGTCTCAGATCCTGAGCTAAAGTGATCCTCCTGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCATGAGTTAAGTCTCAGATCCTGAGCTAAAGTGATCCTCCTGCT  1000

seq1  TTGTCTCCCAAGCAACAGGAACTGCAAGTGTGTGCTTGCACCCGGCTTTC  1050
      |   ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGTCCTCCCAAGCAACA-GAACTGC-AGTGTGTGCTTGCACCC-GCTTTC  1047

seq1  CTATCAGAGTCTAAGTATCCATTTATCTTTCAAATTG-ACAGCTCAGACT  1099
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTATCAGAGTCTAAGTAT-CATTTATCTTTCAAATTGAACAGCTCAGACT  1096

seq1  TAGGTGCAGAGGCAGTTTCTTTACCATACTTACTGTATG-CAGAGGTACA  1148
         ||||  | |||| |||||   ||||||||||| ||| |||| |||  
seq2  --AGTGC--AAGCAG-TTCTT--ACATACTTACTG-ATGCCAGA-GTAAC  1137

seq1  CAAGGG-GAGGGGAGAGAGAATGAATG-AGTGTGTGTGTG  1186
      |||||| | ||| ||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  CAAGGGAGGGGGAAGAGAGATTGAATGAAGTGTGTGTGTG  1177

seq1: chr14_79896674_79897817
seq2: B6Ng01-222K09.g_63_1225 (reverse)

seq1  TTTATCATTTAAGCCAACTACCCCCTTC-AGTCCTCAA-TTTTATTTGTT  48
      ||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||
seq2  TTTATCATTTAAAGGAACTACCCCCTTCAAGTCTTCAATTTTTATTTGTT  50

seq1  TTTAAAACA--GATTTTCTTTT-TTAAAAAAACTT-AATGTGTGTG-TCT  93
      |||||||||   ||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||
seq2  TTTAAAACAAGAATTTTCTTTTAAAAAAAAAACTTAAATGTGTGTGTTCT  100

seq1  TTGCATGTATGCAT-ACCTGGTGCCTGCAGAGGTCA--GAGATCTCC-GG  139
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| | 
seq2  TTGCATGTATGCATAACCTGGTGCCTGCAGAGGTCAAGAAGATCTCCTGA  150

seq1  AACTGGAGTTAGAGCT-GGGTATGAGCCACCGTGTGGCTTTGGGTACTG-  187
      ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  AACTGAAGTTAGAGCTGGGGTATGAGCCACCGTGT-GCTTTGGGTACTGA  199

seq1  ACCCTGAGT--CCTCTGTAAGAGCAGGAAGTACTCAACTGTAGAG-CCAT  234
      |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCCTGAGTTCCTTCTGTAAGAGCAGGAAGTACTCAACTGTAGAGCCCAT  249

seq1  ATCT-CCAACACCTGGTTTTTATCTTTT--GAAGTAC-AAAATTTGCTAC  280
      |||| |||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||
seq2  ATCTCCCAACACCTGGTTTTTATCTTTTTGAAAGTACAAAAATTTGCTAC  299

seq1  TATGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTG  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTG  349

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATA  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATA  399

seq1  TGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGGC  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGGC  449

seq1  ATTGTTTATTTCTTAGGTCCTTTGGTTTATCTTAGGATAAGATGTTTGTA  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTATTTCTTAGGTCCTTTGGTTTATCTTAGGATAAGATGTTTGTA  499

seq1  AGATTTTATAGGTCAAATATCATTCCTTCCTTTACCTTTTTTCCCTGCCT  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTATAGGTCAAATATCATTCCTTCCTTTACCTTTTTTCCCTGCCT  549

seq1  TTAGTATTATATCTAGGAAGAGAAAGAGATTTCCTACTAATTGCTGTATA  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATTATATCTAGGAAGAGAAAGAGATTTCCTACTAATTGCTGTATA  599

seq1  GATGTTGATTTGTGTTGTCTTCTGGTGCTTTTGTTTATAACATTTAGATC  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTGATTTGTGTTGTCTTCTGGTGCTTTTGTTTATAACATTTAGATC  649

seq1  TGATTGTGATGCAGAAATTTTTAAAAAGATTAGCAGGAGTGTGAAATTGT  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTGATGCAGAAATTTTTAAAAAGATTAGCAGGAGTGTGAAATTGT  699

seq1  TGGCTAATGCCAATTAGTGACAGATATTTCCTTTCAGGCAAAATAGAATA  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAATGCCAATTAGTGACAGATATTTCCTTTCAGGCAAAATAGAATA  749

seq1  GAAATATTTTCATCAATGCCATTTTAATAATAATCTTAAGTTTGTACATC  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTTTCATCAATGCCATTTTAATAATAATCTTAAGTTTGTACATC  799

seq1  CTGTTGAATCTCTTTTCTTGTTCCTGTTTTGTTTTTGAGACACGGATTCT  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAATCTCTTTTCTTGTTCCTGTTTTGTTTTTGAGACACGGATTCT  849

seq1  CATCTCAGACTGGTCTGGAACTGCTAAGTAGCCTGTGTTTGACCTTACCA  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCAGACTGGTCTGGAACTGCTAAGTAGCCTGTGTTTGACCTTACCA  899

seq1  TCCCTGTGCCCCGCCTCTGAGTGCTGGGTTACAGGGAAGGGCTACTAAGC  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTGCCCCGCCTCTGAGTGCTGGGTTACAGGGAAGGGCTACTAAGC  949

seq1  CCGTGGCCTAGCTCTGATCTCTGTTAAAAGTTTGATTTCTTGACACGGGG  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGCCTAGCTCTGATCTCTGTTAAAAGTTTGATTTCTTGACACGGGG  999

seq1  TCTTGCTCGATAGCCCTGGTTGACCTGACCTTATTTTTTTTTCTCTCTCT  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTCGATAGCCCTGGTTGACCTGACCTTATTTTTTTTTCTCTCTCT  1049

seq1  CTCTGTTTTTTAAAGACTTCTGTATTTCTGTACTTGTTCTTCTGCTGGAC  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTTTTTAAAGACTTCTGTATTTCTGTACTTGTTCTTCTGCTGGAC  1099

seq1  TTGAGCAGAAGCTTGAAGGTAGTGCAGACATGATGATAGCAAAAGCAGAG  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCAGAAGCTTGAAGGTAGTGCAGACATGATGATAGCAAAAGCAGAG  1149

seq1  AAGGTAGTGAATTC  1144
      ||||||||||||||
seq2  AAGGTAGTGAATTC  1163