BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225L14
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,572,822 - 23,742,362
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik, LOC665068
Upstream geneSamd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075, EG435392
Downstream geneKcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225L14.bB6Ng01-225L14.g
ACCGA039845GA039846
length1,2051,143
definitionB6Ng01-225L14.b B6Ng01-225L14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,741,160 - 23,742,362)(23,572,822 - 23,573,971)
sequence
gaattctgtaatcatagttcaatgctaggtcttcaggtcttcccctcacg
atggctaaggttcctgaagctcactgtttatctgacttggtgagaaaatg
tcagtgtcaccacgtctgtatctgataggcaaatgtgaccttgataccac
agtgtgatagagaagagaggcctcacagaacccatctcaccaagtatcga
ggagctgactagacgctggatcctgtcttcctctgcacaaagccagactg
tataggatttgcaactggaatgagtattcctcaaggagctgccacaggga
acaagcaacagagtcagccttcatgaagcctgtgtcagcgcatctcctgc
acactgggacatgtggtatgctgtgctgtgctgtgctgtgcaataaagga
taggcaggctgacaaagtatgggaaccatatggcaggggtggggtccaaa
gctacgtcaggaatgcacacacatatggtaaaaatgatgtgcatgggata
gtacccttaatttttctcagtaaggtttatacatgcatgcatatcccaac
caaagattagaggaagttaatatggaaatcacctagtcaaatgtccactc
ccattttatggaaggaataggagcttgacaaatatacggcaaaacatatt
ctaggcatacaaatacagcaatgaagtagaattcaagacttttttatttc
taacccttagttgtatttttcaatatggcaacacctgggtttaatcccat
ctctgcaagtagattcaaagtttttctagacaggagactcctatggcaag
ctgtgaactacaggtaaaaaggtttcagactctgggccgctttcatgtcc
acttcagacctcagactcaaattgagacttggacatttctgcaaaggggc
agatatcagttaccctgggaaaacacaaaggccccagaccaagttcttga
aaacatcagcaattgatccctccagcagaggccaggttactacaaggcca
agacacatggagacattgtgctttccttctaacaggctccccaggaaagg
aatggaatttgggcagaagagaagctggttgattgccacatgctgatatc
ttcagaacactctgccaagaatgaaagaacttacagaagcctagaatcca
tgctctcgcctgcctgcagttcttcatggtgcccggccttggaccctcat
atctc

gaattccctttgaaatgacagggccactagaagttattttggggggcata
tcttctggtgggaagcagagcttgaaactggggatgcagggagagtcttt
ctaatctacagctctttgtggaccagggatgggatctgaggctgttgggt
cctgcagcctttcccagagaccacataggaacgagcacagctgactcatg
gccttgtatcctccaagctgccattaatttttcaaagaagaaccctgcca
actttactgaccctgaaaaaggtatatgcaactgaagcaagaaggcttga
tggaagaggtgatgctgttcttttctggtcgtgtaggcacccatgatcct
tatgattagagactgaatgactttggagtaataagtgagtgtaaagttgg
gatatgatgggaaacacagagggacaggccacaaacagcagagctgagaa
aggcttagaagcaatctggtcacagattgcagttgggtctggtggctgcg
tagtttaaacaagatgatgaatgtcaaaatccctgacaagggcatgcatt
ctgcaggttacccgttcagcatgggaatagttttaactcctcaagtctgc
agataagaaaactgaactcgagaaaacagacccaagtgatttatgtaaat
ggcagttctcagagtacgaacaccaaaacacattttctgatttctaattt
gatatctcagcactaagatgtgctaaaagccagattaccctatctttaaa
gagaagaaaatagaatcttaggacttccctgatttgaatttgggattaaa
gcagttttcagtaacattggaggagctgcttggcttataatcatgaaatc
tatggggtgggggcttggctcattgggtttaagggtggcttttcagatcc
cagagccattgtgacaacagcaacaacaaccacaaccacaccacacacag
caattacaacaacaacaacaaatttgtgtttggaaagtagctctatatcc
ttctggactattaggatgaacaaaacctagatttgctagctagaaaaaac
atgctaggatcattcgttaacatgactgacctatttaataaagaaccatt
catcttgagtacattgcaaggttcttgaattggaccataacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23741160_23742362
seq2: B6Ng01-225L14.b_45_1249 (reverse)

seq1  GAGA-ATGAGG--CCAAGG-CAGGCA-CATGAAGACATGCA-GCAGGCCG  44
      |||| ||||||  |||||| | |||| ||||||||  |||| ||||| ||
seq2  GAGATATGAGGGTCCAAGGCCGGGCACCATGAAGAACTGCAGGCAGG-CG  49

seq1  AGAAGCATGGATTCTAGGC-TCTGTAAGT--CTTCATTTCTTTGGCAGAG  91
      || |||||||||||||||| |||||||||   ||||||   |||||||||
seq2  AG-AGCATGGATTCTAGGCTTCTGTAAGTTCTTTCATT--CTTGGCAGAG  96

seq1  TG-TCTGAAGGATTCCTTCAAGCCATGT-GCAATCCACCAGC-TCTC-TC  137
      || |||||||   ||     || ||||| |||||| |||||| |||| ||
seq2  TGTTCTGAAGATATC-----AG-CATGTGGCAATCAACCAGCTTCTCTTC  140

seq1  TGCCCAAA-TCCATTCCTTTCCTGGGGAGCCTGTTAGAAGGAAAGCACAA  186
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGCCCAAATTCCATTCCTTTCCTGGGGAGCCTGTTAGAAGGAAAGCAC-A  189

seq1  ATGTCTCCATGTGTCTTGGCCTTTGTAGTAACCTGGCCTCTGCTGGAGGG  236
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCCATGTGTCTTGGCC-TTGTAGTAACCTGGCCTCTGCTGGAGGG  238

seq1  ATCAATTGCTGATGTTTTCAAGAACTTGGTCTGGGGCCTTTGTGTTTTCC  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTGCTGATGTTTTCAAGAACTTGGTCTGGGGCCTTTGTGTTTTCC  288

seq1  CAGGGTAACTGATATCTGCCCCTTTGCAGAATTGTCCAAGTCTCAATTTG  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTAACTGATATCTGCCCCTTTGCAGAAATGTCCAAGTCTCAATTTG  338

seq1  AGTCTGAGGTCTGAAGTGGACATGAAAGCGGCCCAGAGTCTGAAACCTTT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGAGGTCTGAAGTGGACATGAAAGCGGCCCAGAGTCTGAAACCTTT  388

seq1  TTACCTGTAGTTCACAGCTTGCCATAGGAGTCTCCTGTCTAGAAAAACTT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGTAGTTCACAGCTTGCCATAGGAGTCTCCTGTCTAGAAAAACTT  438

seq1  TGAATCTACTTGCAGAGATGGGATTAAACCCAGGTGTTGCCATATTGAAA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTACTTGCAGAGATGGGATTAAACCCAGGTGTTGCCATATTGAAA  488

seq1  AATACAACTAAGGGTTAGAAATAAAAAAGTCTTGAATTCTACTTCATTGC  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAACTAAGGGTTAGAAATAAAAAAGTCTTGAATTCTACTTCATTGC  538

seq1  TGTATTTGTATGCCTAGAATATGTTTTGCCGTATATTTGTCAAGCTCCTA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTGTATGCCTAGAATATGTTTTGCCGTATATTTGTCAAGCTCCTA  588

seq1  TTCCTTCCATAAAATGGGAGTGGACATTTGACTAGGTGATTTCCATATTA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCATAAAATGGGAGTGGACATTTGACTAGGTGATTTCCATATTA  638

seq1  ACTTCCTCTAATCTTTGGTTGGGATATGCATGCATGTATAAACCTTACTG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTCTAATCTTTGGTTGGGATATGCATGCATGTATAAACCTTACTG  688

seq1  AGAAAAATTAAGGGTACTATCCCATGCACATCATTTTTACCATATGTGTG  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATTAAGGGTACTATCCCATGCACATCATTTTTACCATATGTGTG  738

seq1  TGCATTCCTGACGTAGCTTTGGACCCCACCCCTGCCATATGGTTCCCATA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCCTGACGTAGCTTTGGACCCCACCCCTGCCATATGGTTCCCATA  788

seq1  CTTTGTCAGCCTGCCTATCCTTTATTGCACAGCACAGCACAGCACAGCAT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCAGCCTGCCTATCCTTTATTGCACAGCACAGCACAGCACAGCAT  838

seq1  ACCACATGTCCCAGTGTGCAGGAGATGCGCTGACACAGGCTTCATGAAGG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATGTCCCAGTGTGCAGGAGATGCGCTGACACAGGCTTCATGAAGG  888

seq1  CTGACTCTGTTGCTTGTTCCCTGTGGCAGCTCCTTGAGGAATACTCATTC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCTGTTGCTTGTTCCCTGTGGCAGCTCCTTGAGGAATACTCATTC  938

seq1  CAGTTGCAAATCCTATACAGTCTGGCTTTGTGCAGAGGAAGACAGGATCC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCAAATCCTATACAGTCTGGCTTTGTGCAGAGGAAGACAGGATCC  988

seq1  AGCGTCTAGTCAGCTCCTCGATACTTGGTGAGATGGGTTCTGTGAGGCCT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTCTAGTCAGCTCCTCGATACTTGGTGAGATGGGTTCTGTGAGGCCT  1038

seq1  CTCTTCTCTATCACACTGTGGTATCAAGGTCACATTTGCCTATCAGATAC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTCTATCACACTGTGGTATCAAGGTCACATTTGCCTATCAGATAC  1088

seq1  AGACGTGGTGACACTGACATTTTCTCACCAAGTCAGATAAACAGTGAGCT  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTGGTGACACTGACATTTTCTCACCAAGTCAGATAAACAGTGAGCT  1138

seq1  TCAGGAACCTTAGCCATCGTGAGGGGAAGACCTGAAGACCTAGCATTGAA  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAACCTTAGCCATCGTGAGGGGAAGACCTGAAGACCTAGCATTGAA  1188

seq1  CTATGATTACAGAATTC  1203
      |||||||||||||||||
seq2  CTATGATTACAGAATTC  1205


seq1: chr14_23572822_23573971
seq2: B6Ng01-225L14.g_65_1207

seq1  GAATTCCCTTTGAAATGACAGGGCCACTAGAAGTTATTTTGGGGGGCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTTGAAATGACAGGGCCACTAGAAGTTATTTTGGGGGGCATA  50

seq1  TCTTCTGGTGGGAAGCAGAGCTTGAAACTGGGGATGCAGGGAGAGTCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGTGGGAAGCAGAGCTTGAAACTGGGGATGCAGGGAGAGTCTTT  100

seq1  CTAATCTACAGCTCTTTGTGGACCAGGGATGGGATCTGAGGCTGTTGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCTACAGCTCTTTGTGGACCAGGGATGGGATCTGAGGCTGTTGGGT  150

seq1  CCTGCAGCCTTTCCCAGAGACCACATAGGAACGAGCACAGCTGACTCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGCCTTTCCCAGAGACCACATAGGAACGAGCACAGCTGACTCATG  200

seq1  GCCTTGTATCCTCCAAGCTGCCATTAATTTTTCAAAGAAGAACCCTGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTATCCTCCAAGCTGCCATTAATTTTTCAAAGAAGAACCCTGCCA  250

seq1  ACTTTACTGACCCTGAAAAAGGTATATGCAACTGAAGCAAGAAGGCTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTACTGACCCTGAAAAAGGTATATGCAACTGAAGCAAGAAGGCTTGA  300

seq1  TGGAAGAGGTGATGCTGTTCTTTTCTGGTCGTGTAGGCACCCATGATCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAGGTGATGCTGTTCTTTTCTGGTCGTGTAGGCACCCATGATCCT  350

seq1  TATGATTAGAGACTGAATGACTTTGGAGTAATAAGTGAGTGTAAAGTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTAGAGACTGAATGACTTTGGAGTAATAAGTGAGTGTAAAGTTGG  400

seq1  GATATGATGGGAAACACAGAGGGACAGGCCACAAACAGCAGAGCTGAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGATGGGAAACACAGAGGGACAGGCCACAAACAGCAGAGCTGAGAA  450

seq1  AGGCTTAGAAGCAATCTGGTCACAGATTGCAGTTGGGTCTGGTGGCTGCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTAGAAGCAATCTGGTCACAGATTGCAGTTGGGTCTGGTGGCTGCG  500

seq1  TAGTTTAAACAAGATGATGAATGTCAAAATCCCTGACAAGGGCATGCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTAAACAAGATGATGAATGTCAAAATCCCTGACAAGGGCATGCATT  550

seq1  CTGCAGGTTACCCGTTCAGCATGGGAATAGTTTTAACTCCTCAAGTCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGTTACCCGTTCAGCATGGGAATAGTTTTAACTCCTCAAGTCTGC  600

seq1  AGATAAGAAAACTGAACTCGAGAAAACAGACCCAAGTGATTTATGTAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGAAAACTGAACTCGAGAAAACAGACCCAAGTGATTTATGTAAAT  650

seq1  GGCAGTTCTCAGAGTACGAACACCAAAACACATTTTCTGATTTCTAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTTCTCAGAGTACGAACACCAAAACACATTTTCTGATTTCTAATTT  700

seq1  GATATCTCAGCACTAAGATGTGCTAAAAGCCAGATTACCCTATCTTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCTCAGCACTAAGATGTGCTAAAAGCCAGATTACCCTATCTTTAAA  750

seq1  GAGAAGAAAATAGAATCTTAGGACTTCCCTGATTTGAATTTGGGATTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAAAATAGAATCTTAGGACTTCCCTGATTTGAATTTGGGATTAAA  800

seq1  GCAG-TTTCAGTAACATTGGAGGAGCTGCTTGGCTTATAATCATGAAATC  849
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTTCAGTAACATTGGAGGAGCTGCTTGGCTTATAATCATGAAATC  850

seq1  TATGGGGTGGGGGCTTGGCTCATTGGGTTTAAGGGTGGCTTTTCAGATCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGGTGGGGGCTTGGCTCATTGGGTTTAAGGGTGGCTTTTCAGATCC  900

seq1  CAGAGCCATTGTGACAACAGCAACAACAACCACAACCACCACCACAACAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |
seq2  CAGAGCCATTGTGACAACAGCAACAACAACCACAACCA-CACCACA--CA  947

seq1  CAGCAATAACAACAACAACAACAAAATTTGTTGTTTGGAAAGTAGCTCTA  999
      ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATTACAACAACAACAAC-AAATTTG-TGTTTGGAAAGTAGCTCTA  995

seq1  TATCCTTCTGGACTATTTAGGAATGAACAAAACCTAGATTTGCTAGCTAG  1049
      ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTCTGGACTA-TTAGG-ATGAACAAAACCTAGATTTGCTAGCTAG  1043

seq1  AAAAAACATGCTAGGAATTCATTCG-TAACATGACTGA-CTATTTAATAT  1097
      ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||| 
seq2  AAAAAACATGCTAGGA--TCATTCGTTAACATGACTGACCTATTTAATAA  1091

seq1  AGACACATTCCATC-TGAGTACA-TGCATGTCTCTTTGAAATATGACCAT  1145
      |||  |||| |||| |||||||| |||| |  ||||   |||  ||||||
seq2  AGAACCATT-CATCTTGAGTACATTGCAAGGTTCTT--GAATTGGACCAT  1138

seq1  AACAT  1150
      |||||
seq2  AACAT  1143


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |