BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229C09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 24,598,381 - 24,754,063
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnma1
Upstream gene1700112E06Rik
Downstream geneLOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik, LOC669325, Polr3a, Rps24, LOC669315
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229C09.bB6Ng01-229C09.g
ACCGA042376GA042377
length1,195865
definitionB6Ng01-229C09.b B6Ng01-229C09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,598,381 - 24,599,598)(24,753,202 - 24,754,063)
sequence
gaattctagaccttcccaccgcttcaagaaacattgtccagtgggcaatc
agaaggtttttaactaagcaaaatgatggcttggtgtcagcagactttca
agtcattacctgttttaacttgaagtctaaaatagtcctctatccagtaa
gtacagaagagctcacttacatgaacagtttcaaagcactaacaggtatg
gagaggaaagaggaaaaaaataaaggaaaagaaaataagtcagacatggt
gatgtatgcatgttgtccacagttttgggaaatggaggcaggaagatcag
gatttcaaggccagcccttgctacttagcaagtgtgagaccagcctgggt
tatatgaaaccctgtctcagaagatctaacatgccaacacaggcatgtac
acacacatgcacataggtgtggtcatgctgagaagtctgtagataagtat
gaggaaaagggagcagaagacacagagaaaggcatgtagagaagctgtaa
tgagtaaaccatgcatgcacatgtgaaggaaaacacacaacagaaaaaga
gccatgaggaaactctcctgaaggatgttcagattttgaaagcttatcag
taaaagtccctgtggagacttttcatctccaactgtagagcacgactggc
caactgcctccttaatgaggtcaaatcttgttgaggctgtgtccagctca
tggctggtggtgcctcgcctgtgtctcatcttgtaatgctgggccatttt
taacaggaagcatccagtgcccacttggtctagcattgccaccaggatcg
tcagtactaaggcaagtaggctaatcacccacactggctgcctcagctgt
agatacagtagactggagagggacatgggaccttctctccctgtagtgca
gggactacagggacagctcagtggttaaaacatttgcctggcaagcatga
actctagagtttggattcctcagaatccacttaagtgatgggtaggcata
gcagcctataatataattgcagccaaatcaattaataattaaatgatact
aataaataatagagagagacgcgatccttgggatcagcctagcagcaaga
ttggccaggtggtgtagtcctgggttgaatggaagaacaccacacctccc
gacagtagtgacattgaacatgaatccggacattaacctctaggt

gaattctatttcttagggagtttggcttttatgtgtggacattgcgatgt
ggctgttgcacatagatggatggtggttgcctgtagttggatgtgaggtc
cctgattgggagtcttcatgacctggatgcccatgttcatctttgtcccc
agacctcagtggttcatagttccttccacggtccaagtttctacctgatg
cagtgtagtcactgtattgagtcaaaggtgtcctggatgctcagcgttgt
gtctctgtcttcaccatcagcccactatggagagcacgctagaggtgtta
gcactctgtcacataagttagaacttttaatgccccataaccacttccag
aactatccttgcattctcaagtgtgtgtgcatgtgtgtgtgtgtgtgtgt
ctgtgtatgtgtctgtaggccagagattgacactgggcatcttcctctat
cattctccaccttattattttttaatctgactatttatatataaatattt
atttttgatatctattttgtgggtgaggaagaggggcacaccctgacaaa
accctgactgacggcgcaggagttggttctttccttctactatgtggctt
tggggaagttggacccacattgtcagcctcggtggcaggcaccttttccc
acctgaaccagcttgctcggtccctccaccttgtgcatcaaaggtcctta
cagctgggctatttcctactgatgatctcctttgggcagagtgggtggga
aggctcaggagaccctcacctgagtatacagcttggatgcagttctgctc
tatttgcatgtggcttttgggatctcctgagagaggctagaagacatggg
ggtggggtaaggatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_24598381_24599598
seq2: B6Ng01-229C09.b_44_1238

seq1  GAATTCTAGACCTTCCCACCGCTTCAAGAAACATTGTCCAGTGGGCAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGACCTTCCCACCGCTTCAAGAAACATTGTCCAGTGGGCAATC  50

seq1  AGAAGGTTTTTAACTAAGCAAAATGATGGCTTGGTGTCAGCAGACTTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTTTTTAACTAAGCAAAATGATGGCTTGGTGTCAGCAGACTTTCA  100

seq1  AGTCATTACCTGTTTTAACTTGAAGTCTAAAATAGTCCTCTATCCAGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTACCTGTTTTAACTTGAAGTCTAAAATAGTCCTCTATCCAGTAA  150

seq1  GTACAGAAGAGCTCACTTACATGAACAGTTTCAAAGCACTAACAGGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAAGAGCTCACTTACATGAACAGTTTCAAAGCACTAACAGGTATG  200

seq1  GAGAGGAAAGAGGAAAAAAATAAAGGAAAAGAAAATAAGTCAGACATGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAAAGAGGAAAAAAATAAAGGAAAAGAAAATAAGTCAGACATGGT  250

seq1  GATGTATGCATGTTGTCCACAGTTTTGGGAAATGGAGGCAGGAAGATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATGCATGTTGTCCACAGTTTTGGGAAATGGAGGCAGGAAGATCAG  300

seq1  GATTTCAAGGCCAGCCCTTGCTACTTAGCAAGTGTGAGACCAGCCTGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCAAGGCCAGCCCTTGCTACTTAGCAAGTGTGAGACCAGCCTGGGT  350

seq1  TATATGAAACCCTGTCTCAGAAGATCTAACATGCCAACACAGGCATGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAAACCCTGTCTCAGAAGATCTAACATGCCAACACAGGCATGTAC  400

seq1  ACACACATGCACATAGGTGTGGTCATGCTGAGAAGTCTGTAGATAAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATGCACATAGGTGTGGTCATGCTGAGAAGTCTGTAGATAAGTAT  450

seq1  GAGGAAAAGGGAGCAGAAGACACAGAGAAAGGCATGTAGAGAAGCTGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAAAGGGAGCAGAAGACACAGAGAAAGGCATGTAGAGAAGCTGTAA  500

seq1  TGAGTAAACCATGCATGCACATGTGAAGGAAAACACACAACAGAAAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAAACCATGCATGCACATGTGAAGGAAAACACACAACAGAAAAAGA  550

seq1  GCCATGAGGAAACTCTCCTGAAGGATGTTCAGATTTTGAAAGCTTATCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGAGGAAACTCTCCTGAAGGATGTTCAGATTTTGAAAGCTTATCAG  600

seq1  TAAAAGTCCCTGTGGAGACTTTTCATCTCCAACTGTAGAGCACGACTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTCCCTGTGGAGACTTTTCATCTCCAACTGTAGAGCACGACTGGC  650

seq1  CAACTGCCTCCTTAATGAGGTCAAATCTTGTTGAGGCTGTGTCCAGCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCCTCCTTAATGAGGTCAAATCTTGTTGAGGCTGTGTCCAGCTCA  700

seq1  TGGCTGGTGGTGCCTCGCCTGTGTCTCATCTTGTAATGCTGGGCCATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGTGGTGCCTCGCCTGTGTCTCATCTTGTAATGCTGGGCCATTTT  750

seq1  TAACAGGAAGCATCCAGTGCCCACTTGGTCTAGCATTGCCACCAGGATCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGGAAGCATCCAGTGCCCACTTGGTCTAGCATTGCCACCAGGATCG  800

seq1  TCAGTACTAAGGCAAGTAGGCTAATCACCCACACTGGCTGCCTCAGCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTACTAAGGCAAGTAGGCTAATCACCCACACTGGCTGCCTCAGCTGT  850

seq1  AGATACAGTAGACTGGAGAGGGACATGGGACCTTCTCTCCCTGTAGTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGTAGACTGGAGAGGGACATGGGACCTTCTCTCCCTGTAGTGCA  900

seq1  GGGACTACAGGGACAGCTCAGTGGTTAAAACATTTGCCTGGCAAGCATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTACAGGGACAGCTCAGTGGTTAAAACATTTGCCTGGCAAGCATGA  950

seq1  ACTCTAGAGTTTGGATTCCTCAGAATCCACTTAAGTGATGGGTAGGCATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGAGTTTGGATTCCTCAGAATCCACTTAAGTGATGGGTAGGCATA  1000

seq1  GCAGCCTAT-ATATAATTGCAGCCAAAAAATAAAATAAAATAAAATAAAA  1049
      ||||||||| ||||||||||||||        |||| || |||    || 
seq2  GCAGCCTATAATATAATTGCAGCC--------AAATCAATTAA---TAAT  1039

seq1  TAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAGAGGAGAGACAGCGAATCCCT-  1098
      ||||  | | ||| | | |||| |       ||||||| ||| |||| | 
seq2  TAAATGATACTAATAAATAATAGA-------GAGAGAC-GCG-ATCCTTG  1080

seq1  GGATCAAGCTAGCCAGCAAGATTGGGCAAGGTGGTG-AGTTCTGGGTTTG  1147
      ||||||  |||| |||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||  
seq2  GGATCAGCCTAG-CAGCAAGATT-GGCCAGGTGGTGTAGTCCTGGGTTGA  1128

seq1  ATTGA--GAGACCACAACTCACAGAACAAAGTAAGTGAACAATTGAACAT  1195
      || ||   | |||||| ||| |     | ||| |||||   |||||||||
seq2  ATGGAAGAACACCACACCTCCC----GACAGT-AGTGA--CATTGAACAT  1171

seq1  GATTCCAGACATTAACCTC-AGGT  1218
      || ||| |||||||||||| ||||
seq2  GAATCCGGACATTAACCTCTAGGT  1195


seq1: chr14_24753202_24754063
seq2: B6Ng01-229C09.g_65_929 (reverse)

seq1  AGTCCTTACCCCACCCCCATGTCTTCTAGCCTCTCTCA-GAGATCCC-AA  48
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  AATCCTTACCCCACCCCCATGTCTTCTAGCCTCTCTCAGGAGATCCCAAA  50

seq1  AGCCACATGCAAATAGAGCAGAACTGCATCC-AGCTGTATACTCAGGTGA  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGCCACATGCAAATAGAGCAGAACTGCATCCAAGCTGTATACTCAGGTGA  100

seq1  GGGTCTCCTGAGCCTTCCCACCCACTCTGCCCAAAGGAGATCATCAGTAG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCCTGAGCCTTCCCACCCACTCTGCCCAAAGGAGATCATCAGTAG  150

seq1  GAAATAGCCCAGCTGTAAGGACCTTTGATGCACAAGGTGGAGGGACCGAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGCCCAGCTGTAAGGACCTTTGATGCACAAGGTGGAGGGACCGAG  200

seq1  CAAGCTGGTTCAGGTGGGAAAAGGTGCCTGCCACCGAGGCTGACAATGTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGGTTCAGGTGGGAAAAGGTGCCTGCCACCGAGGCTGACAATGTG  250

seq1  GGTCCAACTTCCCCAAAGCCACATAGTAGAAGGAAAGAACCAACTCCTGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAACTTCCCCAAAGCCACATAGTAGAAGGAAAGAACCAACTCCTGC  300

seq1  GCCGTCAGTCAGGGTTTTGTCAGGGTGTGCCCCTCTTCCTCACCCACAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTCAGTCAGGGTTTTGTCAGGGTGTGCCCCTCTTCCTCACCCACAAA  350

seq1  ATAGATATCAAAAATAAATATTTATATATAAATAGTCAGATTAAAAAATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATATCAAAAATAAATATTTATATATAAATAGTCAGATTAAAAAATA  400

seq1  ATAAGGTGGAGAATGATAGAGGAAGATGCCCAGTGTCAATCTCTGGCCTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTGGAGAATGATAGAGGAAGATGCCCAGTGTCAATCTCTGGCCTA  450

seq1  CAGACACATACACAGACACACACACACACACACATGCACACACACTTGAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACATACACAGACACACACACACACACACATGCACACACACTTGAG  500

seq1  AATGCAAGGATAGTTCTGGAAGTGGTTATGGGGCATTAAAAGTTCTAACT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAGGATAGTTCTGGAAGTGGTTATGGGGCATTAAAAGTTCTAACT  550

seq1  TATGTGACAGAGTGCTAACACCTCTAGCGTGCTCTCCATAGTGGGCTGAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGACAGAGTGCTAACACCTCTAGCGTGCTCTCCATAGTGGGCTGAT  600

seq1  GGTGAAGACAGAGACACAACGCTGAGCATCCAGGACACCTTTGACTCAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAGACAGAGACACAACGCTGAGCATCCAGGACACCTTTGACTCAAT  650

seq1  ACAGTGACTACACTGCATCAGGTAGAAACTTGGACCGTGGAAGGAACTAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGACTACACTGCATCAGGTAGAAACTTGGACCGTGGAAGGAACTAT  700

seq1  GAACCACTGAGGTCTGGGGACAAAGATGAACATGGGCATCCAGGTCATGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTGAGGTCTGGGGACAAAGATGAACATGGGCATCCAGGTCATGA  750

seq1  AGACTCCCAATCAGGGACCTCACATCCAACTACAGGCAACCACCATCCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCCAATCAGGGACCTCACATCCAACTACAGGCAACCACCATCCAT  800

seq1  CTATGTGCAACAGCCACATCGCAATGTCCACACATAAAAGCCAAACTCCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGCAACAGCCACATCGCAATGTCCACACATAAAAGCCAAACTCCC  850

seq1  TAAGAAATAGAATTC  862
      |||||||||||||||
seq2  TAAGAAATAGAATTC  865


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |