BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231B04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,285,814 - 23,388,209
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik, EG435392
Upstream geneMyst4, EG435391, Dusp13, Samd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075
Downstream geneLOC665068, Kcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231B04.bB6Ng01-231B04.g
ACCGA043771GA043772
length1,196931
definitionB6Ng01-231B04.b B6Ng01-231B04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,285,814 - 23,287,006)(23,387,284 - 23,388,209)
sequence
gaattcagtgatagacacatgtgcactgcttatcttagcaataacacagt
ccatgaaactgaccttactcattattgtgagccctgagaaattgttaact
gtctctttaaacaactgttaccccttctgccaacagcatgtttctctgag
ctcttacttgtgacctggattttgttagtgtatacatacataatgccctt
tgttcacaggatgagtggacttgcttatgagcctggaagactactgagca
gtggtgttctctgggcaccgatctcatttctgactttgatggaatgcttt
gtgatcatgggaccttgctgatccacccacatggtgtaaatgacttgtct
tggaccccaattccatttggctgtgatcaaaggactgagatagagacact
aagggaagaactcaactattcctagcaaccagctggagtaaattatcttg
cccaccaaaccaaacaaaacctttaaaaaaatgtcatttattttcagtca
tatatgtcacttcttcctggccattccacatgcaacagtttggtaaattt
tatgcattaagcgactgactaaagtgacattcaggagtccagcatggatt
ataatgttgcagagtgttaaggatgaataaacctaccacatgactggggt
atggaaaacatgttgtgtaaactacaatgttgcttgagcaaaactcttgt
caagaaccagtttgaattccactcaacactccagacagagattctttttg
aaaacaattcaaggtgctctcagacactctagcttttggctttctgaaat
aatcacaggtactttcggcacatggcctgccagatgctatcatttctgac
agtgggtctgaatttaaggaagtcgtggacaggaaccttatctgagctgt
caccatcctgcagcatcacttttcaagcaaatggccaggctgaaaggatt
attggatgtcccaaggaaggatgctagaggagattgtctggtgagaattt
gccagaactcttcattcctcaactgtcaactccaagttgaaccatggaaa
atggctctgatacataactaatgggaagaatggcttaaggcttcctgaat
actacacccatgcttggaatggggacttaaagagcaaacagaatttctag
tagactctggtaccgggtgagtcatgccataaaatgaaaattaaga

gaattccattaatgcagcccaccatatctgaataattaaatactacatgg
caattaaaaatattacagacagatatctaatgagccagtagaatttcatg
ctatatatttatgtacctaaaattaaattacaagaactgtggtacacaca
ccaatagctcatgcatggaaattaaaagctattcataggctctcctccat
tctccacacaaatgatatctgtgccaagtttctgtggatattttcttcca
tgtgaatgttaagaatcatcaaagtagtgcttgttaactgtttctttttt
tcttattgctgttaatatacaatttaacatagagagacttgttaattcag
aatatatatgtatactcaattaaaatcatatattagtgtatgcacacata
taatatatatgcatatatgtgtgtgcgtgtttgtgtgtgtgtgtgtatgt
gtgtgtgtgtacatcattgtctatgactatatccttcaaatacacatctt
aagccttatggtaattttcatttcacagtcttctccagttactatgtttt
ctattatgagtaagtacttcataatgaggaaaatctttagtaaatattac
tttgattttcattgcttgcttgcttgtttttgtgctggggacaaatttga
agcttttgtgtattttaggcaagcaaagctttcttagcccttttaaaatt
cttatttttagacaggatttcattaagttaccccggctgcctgtgacctc
actatttagcacaggctggtctataacttcaggtcctcctccctcagact
cgcatatagctgagatcatagccaagtgccacgatatcagcattaactct
aaagcacggtgcctaatgaatagagcgcagtacaatctactgggccctta
agtactctgccagcatttgttttttcggttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23285814_23287006
seq2: B6Ng01-231B04.b_43_1238

seq1  GAATTCAGTGATAGACACATGTGCACTGCTTATCTTAGCAATAACACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGATAGACACATGTGCACTGCTTATCTTAGCAATAACACAGT  50

seq1  CCATGAAACTGACCTTACTCATTATTGTGAGCCCTGAGAAATTGTTAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAACTGACCTTACTCATTATTGTGAGCCCTGAGAAATTGTTAACT  100

seq1  GTCTCTTTAAACAACTGTTACCCCTTCTGCCAACAGCATGTTTCTCTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTTAAACAACTGTTACCCCTTCTGCCAACAGCATGTTTCTCTGAG  150

seq1  CTCTTACTTGTGACCTGGATTTTGTTAGTGTATACATACATAATGCCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTACTTGTGACCTGGATTTTGTTAGTGTATACATACATAATGCCCTT  200

seq1  TGTTCACAGGATGAGTGGACTTGCTTATGAGCCTGGAAGACTACTGAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACAGGATGAGTGGACTTGCTTATGAGCCTGGAAGACTACTGAGCA  250

seq1  GTGGTGTTCTCTGGGCACCGATCTCATTTCTGACTTTGATGGAATGCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGTTCTCTGGGCACCGATCTCATTTCTGACTTTGATGGAATGCTTT  300

seq1  GTGATCATGGGACCTTGCTGATCCACCCACATGGTGTAAATGACTTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCATGGGACCTTGCTGATCCACCCACATGGTGTAAATGACTTGTCT  350

seq1  TGGACCCCAATTCCATTTGGCTGTGATCAAAGGACTGAGATAGAGACACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCCCAATTCCATTTGGCTGTGATCAAAGGACTGAGATAGAGACACT  400

seq1  AAGGGAAGAACTCAACTATTCCTAGCAACCAGCTGGAGTAAATTATCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAGAACTCAACTATTCCTAGCAACCAGCTGGAGTAAATTATCTTG  450

seq1  CCCACCAAACCAAACAAAACCTTTAAAAAAATGTCATTTATTTTCAGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAAACCAAACAAAACCTTTAAAAAAATGTCATTTATTTTCAGTCA  500

seq1  TATATGTCACTTCTTCCTGGCCATTCCACATGCAACAGTTTGGTAAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTCACTTCTTCCTGGCCATTCCACATGCAACAGTTTGGTAAATTT  550

seq1  TATGCATTAAGCGACTGACTAAAGTGACATTCAGGAGTCCAGCATGGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATTAAGCGACTGACTAAAGTGACATTCAGGAGTCCAGCATGGATT  600

seq1  ATAATGTTGCAGAGTGTTAAGGATGAATAAACCTACCACATGACTGGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTTGCAGAGTGTTAAGGATGAATAAACCTACCACATGACTGGGGT  650

seq1  ATGGAAAACATGTTGTGTAAACTACAATGTTGCTTGAGCAAAACTCTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAACATGTTGTGTAAACTACAATGTTGCTTGAGCAAAACTCTTGT  700

seq1  CAAGAACCAGTTTGAATTCCACTCAACACTCCAGACAGAGATTCTTTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACCAGTTTGAATTCCACTCAACACTCCAGACAGAGATTCTTTTTG  750

seq1  AAAACAATTCAAGGTGCTCTCAGACACTCTAGCTTTTGGCTTTCTGAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATTCAAGGTGCTCTCAGACACTCTAGCTTTTGGCTTTCTGAAAT  800

seq1  AATCACAGGTACTTTCGGCACATGGCCTGCCAGATGCTATCATTTCTGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACAGGTACTTTCGGCACATGGCCTGCCAGATGCTATCATTTCTGAC  850

seq1  AGTGGGTCTGAATTTAAGGAAGTCGTGGACAGGAACCTTATCTGAGCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTCTGAATTTAAGGAAGTCGTGGACAGGAACCTTATCTGAGCTGT  900

seq1  CACCATCCTGCAGCATCAC-TTTCAAGCAAATGGCCAGGCTGAAAGGATA  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CACCATCCTGCAGCATCACTTTTCAAGCAAATGGCCAGGCTGAAAGGATT  950

seq1  TTGGGATGTCCCA--GGAGGATGCTAGAGGAGATTGTCTGGTGAG-ATTT  996
       | ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATTGGATGTCCCAAGGAAGGATGCTAGAGGAGATTGTCTGGTGAGAATTT  1000

seq1  GCCAG-ACTCTTCATCCCTCAACCTGTC-ACTCCAAGTTGAACCATGGAA  1044
      ||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAACTCTTCATTCCTCAA-CTGTCAACTCCAAGTTGAACCATGGAA  1049

seq1  ATTGGCTCTGATACATTACTAATGGGAAG-ATGGCTTAAGGCTTCCCTGG  1093
      | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||   |
seq2  AATGGCTCTGATACATAACTAATGGGAAGAATGGCTTAAGGCTTCC--TG  1097

seq1  AATACCTACACCCATGCTTGG-ATGGGGACTTTAAGAGCAAACAGGTATT  1142
      |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||   ||
seq2  AATA-CTACACCCATGCTTGGAATGGGGACTTAAAGAGCAAACAGAATTT  1146

seq1  CTAGGTAGACTTCTGGTAACGGTGTAGTCATGCCATAAAAT-AGAAATAA  1191
      ||| |||||| ||||||| |||   |||||||||||||||| | || |||
seq2  CTA-GTAGAC-TCTGGTACCGGGTGAGTCATGCCATAAAATGAAAATTAA  1194

seq1  GA  1193
      ||
seq2  GA  1196


seq1: chr14_23387284_23388209
seq2: B6Ng01-231B04.g_69_999 (reverse)

seq1  GAACCG-AAAAACAATTGCTGGCAGAGTTACTT-AGGGGCCAGTAGATTG  48
      |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||
seq2  GAACCGAAAAAACAAATGCTGGCAGAG-TACTTAAGGGCCCAGTAGATTG  49

seq1  TACTGCGCTCTATTCA-TAGGCACCGTGCTTTAGAGTTAATGCTGAATAT  97
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TACTGCGCTCTATTCATTAGGCACCGTGCTTTAGAGTTAATGCTG-ATAT  98

seq1  CGTGGCACTTGGCTATGATCTCAGCTATATGCGAGTCTGAGGGAGGAGGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCACTTGGCTATGATCTCAGCTATATGCGAGTCTGAGGGAGGAGGA  148

seq1  CCTGAAGTTATAGACCAGCCTGTGCTAAATAGTGAGGTCACAGGCAGCCG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGTTATAGACCAGCCTGTGCTAAATAGTGAGGTCACAGGCAGCCG  198

seq1  GGGTAACTTAATGAAATCCTGTCTAAAAATAAGAATTTT-AAAGGGCTAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGGTAACTTAATGAAATCCTGTCTAAAAATAAGAATTTTAAAAGGGCTAA  248

seq1  G-AAGC-TTGCTTGCCTAAAATACAC-AAAGCTTCAAATTTGTCCCCAGC  293
      | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTTTGCTTGCCTAAAATACACAAAAGCTTCAAATTTGTCCCCAGC  298

seq1  ACAAAAACAAGCAAGCAAGCAATGAAAATCAAAGTAATATTTACTAAAGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAACAAGCAAGCAAGCAATGAAAATCAAAGTAATATTTACTAAAGA  348

seq1  TTTTCCTCATTATGAAGTACTTACTCATAATAGAAAACATAGTAACTGGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTCATTATGAAGTACTTACTCATAATAGAAAACATAGTAACTGGA  398

seq1  GAAGACTGTGAAATGAAAATTACCATAAGGCTTAAGATGTGTATTTGAAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTGTGAAATGAAAATTACCATAAGGCTTAAGATGTGTATTTGAAG  448

seq1  GATATAGTCATAGACAATGATGTACACACACACACATACACACACACACA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAGTCATAGACAATGATGTACACACACACACATACACACACACACA  498

seq1  CAAACACGCACACACATATATGCATATATATTATATGTGTGCATACACTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACGCACACACATATATGCATATATATTATATGTGTGCATACACTA  548

seq1  ATATATGATTTTAATTGAGTATACATATATATTCTGAATTAACAAGTCTC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGATTTTAATTGAGTATACATATATATTCTGAATTAACAAGTCTC  598

seq1  TCTATGTTAAATTGTATATTAACAGCAATAAGAAAAAAAGAAACAGTTAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTTAAATTGTATATTAACAGCAATAAGAAAAAAAGAAACAGTTAA  648

seq1  CAAGCACTACTTTGATGATTCTTAACATTCACATGGAAGAAAATATCCAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACTACTTTGATGATTCTTAACATTCACATGGAAGAAAATATCCAC  698

seq1  AGAAACTTGGCACAGATATCATTTGTGTGGAGAATGGAGGAGAGCCTATG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTTGGCACAGATATCATTTGTGTGGAGAATGGAGGAGAGCCTATG  748

seq1  AATAGCTTTTAATTTCCATGCATGAGCTATTGGTGTGTGTACCACAGTTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTTTTAATTTCCATGCATGAGCTATTGGTGTGTGTACCACAGTTC  798

seq1  TTGTAATTTAATTTTAGGTACATAAATATATAGCATGAAATTCTACTGGC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATTTAATTTTAGGTACATAAATATATAGCATGAAATTCTACTGGC  848

seq1  TCATTAGATATCTGTCTGTAATATTTTTAATTGCCATGTAGTATTTAATT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGATATCTGTCTGTAATATTTTTAATTGCCATGTAGTATTTAATT  898

seq1  ATTCAGATATGGTGGGCTGCATTAATGGAATTC  926
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGATATGGTGGGCTGCATTAATGGAATTC  931


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |