BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235F24
Chromosome14 (Build37)
Map Location 83,253,453 - 83,386,156
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043773, LOC100043279, LOC100043775, LOC100043776
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235F24.bB6Ng01-235F24.g
ACCGA046866GA046867
length1,0711,132
definitionB6Ng01-235F24.b B6Ng01-235F24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,253,453 - 83,254,523)(83,385,021 - 83,386,156)
sequence
gaattcctcatatgtttgagaacaagtataatgctatgtattcatagcca
acatcaaacttctgattatcctgtatcaaactgccaattgctgatagttt
aaatatatgctacacagtcagttatactttatattataaatagaatattt
tatcaaaggtgccatgctgatttacttactgtaaatcacaatttgacctt
aatagaaaggactggtaaaatacaattttgctagaatggtttgatagtat
gtagaaattccaaaatgtcttaattctccaagctctgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgcacgcgcgtgtgtgtgtaattacattaatctataatgatattg
tatattatgtatattattgaaatatatgtgtaaaatacaaacattttcat
gtgaagtgatgacagaaagtgtaaatgctgcttttatttcttcagatcaa
tatttagatgagagccatacctaaactttacaaatatatgatttgggtga
gcctagagcagttccaactacctatagccttatgcttggaagcttctagc
ctctgtaggctttgaatgctttggcctgtaagactaattgctgagtaaac
ttaccatttctagttttttgggttgttttgttttgttttgttgttttctt
tttctgagctctggctgacctgatcaacctagctgttctggctcaaaact
cctcctcaagctgactgatttttacagtcccttcattaaggagtttagca
gtctttgagggggaaatcaaggattaaggataggaaaggcagaaaaaaga
tggagagacaagagatagattttgggaggactcagttcatactgcgacag
ccctaagtttattttgcatagccctttttatcccacagtgccatgggtag
taaagtcatagctagcagaaacagtggtttgacatacacataatcttttt
ccatccagaggcctacaaattccctttcttcatgatatagcacattcagc
catgcctgaatcctcaccctatctcctctaattgttccctctgtcagcag
gccaggaagtctggccaacaa

gaattccaatatgagaatcttgtataccttcctgctatcttctcaataat
tgaagtgttgtatgcggcttacgaactttttcaacagaattctgtgatcc
atttgtactgtgaaggtgaatgtttgaaggttttctattttttaaggatt
tattgtatctttttgtgacaaaaaaagaagcacaattaatccatattaat
tatagcctatcacatatgctataaacatagttatacctccctataatttt
attgtattaaatacatgtgaatatggttgttatgtatagacatatatatg
cactttataaacaagaatatttcattatgcatttactgtcacattccttt
tataccatggttactattgggaagttccctgaaattcataacatgcactt
acacattctttttcctgttttctttcttcctcactctgcttttcttctcc
cctccttccattctctttccttttaacttttgacatgacttaaaaaattc
actcaactcccaagctttataacaacatgcaaaaatataacattttaatt
tactatttgagaatttcatacatgcatacaatatattttgaacatattca
gcgcccatttctctgactcactctcccacaatcaacataccacattctct
ccgaaatttatatcatttttaaaatttttttgaattatccactgagttca
acttatgttgccatataatatactggctgttattatcaagcccatatcat
gtaagttagtaatcatatacattgaaacatgtatataacaactacatgca
tattcacccatatgtatatattaataatccacattaaataaaattatata
ccttataaattatatacattgagtgtgattatatatgttaatatatatta
tatacagtaaatggctaggctgatcattgacagtgttgctgctctcttac
cgcttaatagctagtgctagtacttcaggactagctttaggccaaggagt
aaaaatgggctagttttgctaatcattattgcagaaaaatgtatcaatgc
cctagatacaaaataaatggatagaatggttaccactaaggatgatcctt
tattacctataggcgaattcatgggagataag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_83253453_83254523
seq2: B6Ng01-235F24.b_46_1116

seq1  GAATTCCTCATATGTTTGAGAACAAGTATAATGCTATGTATTCATAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATATGTTTGAGAACAAGTATAATGCTATGTATTCATAGCCA  50

seq1  ACATCAAACTTCTGATTATCCTGTATCAAACTGCCAATTGCTGATAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAAACTTCTGATTATCCTGTATCAAACTGCCAATTGCTGATAGTTT  100

seq1  AAATATATGCTACACAGTCAGTTATACTTTATATTATAAATAGAATATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATGCTACACAGTCAGTTATACTTTATATTATAAATAGAATATTT  150

seq1  TATCAAAGGTGCCATGCTGATTTACTTACTGTAAATCACAATTTGACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAAGGTGCCATGCTGATTTACTTACTGTAAATCACAATTTGACCTT  200

seq1  AATAGAAAGGACTGGTAAAATACAATTTTGCTAGAATGGTTTGATAGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAAGGACTGGTAAAATACAATTTTGCTAGAATGGTTTGATAGTAT  250

seq1  GTAGAAATTCCAAAATGTCTTAATTCTCCAAGCTCTGTGTGTGTGTGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAATTCCAAAATGTCTTAATTCTCCAAGCTCTGTGTGTGTGTGTGT  300

seq1  GTGTGTGCACGCGCGTGTGTGTGTAATTACATTAATCTATAATGATATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCACGCGCGTGTGTGTGTAATTACATTAATCTATAATGATATTG  350

seq1  TATATTATGTATATTATTGAAATATATGTGTAAAATACAAACATTTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTATGTATATTATTGAAATATATGTGTAAAATACAAACATTTTCAT  400

seq1  GTGAAGTGATGACAGAAAGTGTAAATGCTGCTTTTATTTCTTCAGATCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTGATGACAGAAAGTGTAAATGCTGCTTTTATTTCTTCAGATCAA  450

seq1  TATTTAGATGAGAGCCATACCTAAACTTTACAAATATATGATTTGGGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGATGAGAGCCATACCTAAACTTTACAAATATATGATTTGGGTGA  500

seq1  GCCTAGAGCAGTTCCAACTACCTATAGCCTTATGCTTGGAAGCTTCTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGAGCAGTTCCAACTACCTATAGCCTTATGCTTGGAAGCTTCTAGC  550

seq1  CTCTGTAGGCTTTGAATGCTTTGGCCTGTAAGACTAATTGCTGAGTAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAGGCTTTGAATGCTTTGGCCTGTAAGACTAATTGCTGAGTAAAC  600

seq1  TTACCATTTCTAGTTTTTTGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGTTTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATTTCTAGTTTTTTGGGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGTTTTCTT  650

seq1  TTTCTGAGCTCTGGCTGACCTGATCAACCTAGCTGTTCTGGCTCAAAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGCTCTGGCTGACCTGATCAACCTAGCTGTTCTGGCTCAAAACT  700

seq1  CCTCCTCAAGCTGACTGATTTTTACAGTCCCTTCATTAAGGAGTTTAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCAAGCTGACTGATTTTTACAGTCCCTTCATTAAGGAGTTTAGCA  750

seq1  GTCTTTGAGGGGGAAATCAAGGATTAAGGATAGGAAAGGCAGAAAAAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGAGGGGGAAATCAAGGATTAAGGATAGGAAAGGCAGAAAAAAGA  800

seq1  TGGAGAGACAAGAGATAGATTTTGGGAGGACTCAGTTCATACTGCGACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGACAAGAGATAGATTTTGGGAGGACTCAGTTCATACTGCGACAG  850

seq1  CCCTAAGTTTATTTTGCATAG-CCTTTTTATCCCACAGTGCCATGGGAAG  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCCTAAGTTTATTTTGCATAGCCCTTTTTATCCCACAGTGCCATGGGTAG  900

seq1  TAAAGTCATAGGCTAGCAGAAACAGTGG-TTGACAATACACAT-ATCTTT  947
      |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||
seq2  TAAAGTCATA-GCTAGCAGAAACAGTGGTTTGAC-ATACACATAATCTTT  948

seq1  TCCCATCCAGAGGCCTACAAATT-CCTTCCTTCATGATTAATAGCACATT  996
      | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||
seq2  TTCCATCCAGAGGCCTACAAATTCCCTTTCTTCATGAT--ATAGCACATT  996

seq1  CAGCCCATTGCCTTGAAT-CTCA-CCTATCTCCTCTTATTGTTCCCTCTG  1044
      |||||   |||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAGCC--ATGCC-TGAATCCTCACCCTATCTCCTCTAATTGTTCCCTCTG  1043

seq1  TCAGCAGGCCAGGAAGTCT-GCCAACAA  1071
      ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCAGCAGGCCAGGAAGTCTGGCCAACAA  1071


seq1: chr14_83385021_83386156
seq2: B6Ng01-235F24.g_64_1195 (reverse)

seq1  CTTATCTCCCATGATCTGCACTATAGTATATAATGTATCAATTCTTTGTT  50
      ||||||||||||||  |   ||||||   |||| | ||| || ||| || 
seq2  CTTATCTCCCATGAATTCGCCTATAGGTAATAAAGGATC-ATCCTTAGTG  49

seq1  GTAACCA-TCTATCCAATTTTTTTTTTGTATCTTTAGGGCATTGATTACA  99
      ||||||| ||||||||   ||| |||||||||  ||||||||||| ||||
seq2  GTAACCATTCTATCCA---TTTATTTTGTATC--TAGGGCATTGA-TACA  93

seq1  TTTTTCTGCAAT-ATGATTAGCAAAACTAG-CCATTTGTACCTCCTTGG-  146
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || |||||||| 
seq2  TTTTTCTGCAATAATGATTAGCAAAACTAGCCCATTTTTA-CTCCTTGGC  142

seq1  CTAAAGCTAGTTCTGAAGTACTAGCACTAGCTATTAAGCGGTAAGAGAGC  196
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCTAGTCCTGAAGTACTAGCACTAGCTATTAAGCGGTAAGAGAGC  192

seq1  AGCAACACTGTCAATGATCAGCCTAGCCATTTACTGTATATAATATATAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACACTGTCAATGATCAGCCTAGCCATTTACTGTATATAATATATAT  242

seq1  TAACATATATAATCACACTCAATGTATATAATTTATAAGGTATATAATTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATATATAATCACACTCAATGTATATAATTTATAAGGTATATAATTT  292

seq1  TATTTAATGTGGATTATTAATATATACATATGGGTGAATATGCATGTAGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAATGTGGATTATTAATATATACATATGGGTGAATATGCATGTAGT  342

seq1  TGTTATATACATGTTTCAATGTATATGATTACTAACTTACATGATATGGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATATACATGTTTCAATGTATATGATTACTAACTTACATGATATGGG  392

seq1  CTTGATAATAACAGCCAGTATATTATATGGCAACATAAGTTGAACTCAGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATAATAACAGCCAGTATATTATATGGCAACATAAGTTGAACTCAGT  442

seq1  GGATAATTCAAAAAAATTTTAAAAATGATATAAATTTCGGAGAGAATGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAATTCAAAAAAATTTTAAAAATGATATAAATTTCGGAGAGAATGTG  492

seq1  GTATGTTGATTGTGGGAGAGTGAGTCAGAGAAATGGGCGCTGAATATGTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTTGATTGTGGGAGAGTGAGTCAGAGAAATGGGCGCTGAATATGTT  542

seq1  CAAAATATATTGTATGCATGTATGAAATTCTCAAATAGTAAATTAAAATG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATATTGTATGCATGTATGAAATTCTCAAATAGTAAATTAAAATG  592

seq1  TTATATTTTTGCATGTTGTTATAAAGCTTGGGAGTTGAGTGAATTTTTTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTTTGCATGTTGTTATAAAGCTTGGGAGTTGAGTGAATTTTTTA  642

seq1  AGTCATGTCAAAAGTTAAAAGGAAAGAGAATGGAAGGAGGGGAGAAGAAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGTCAAAAGTTAAAAGGAAAGAGAATGGAAGGAGGGGAGAAGAAA  692

seq1  AGCAGAGTGAGGAAGAAAGAAAACAGGAAAAAGAATGTGTAAGTGCATGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGTGAGGAAGAAAGAAAACAGGAAAAAGAATGTGTAAGTGCATGT  742

seq1  TATGAATTTCAGGGAACTTCCCAATAGTAACCATGGTATAAAAGGAATGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATTTCAGGGAACTTCCCAATAGTAACCATGGTATAAAAGGAATGT  792

seq1  GACAGTAAATGCATAATGAAATATTCTTGTTTATAAAGTGCATATATATG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTAAATGCATAATGAAATATTCTTGTTTATAAAGTGCATATATATG  842

seq1  TCTATACATAACAACCATATTCACATGTATTTAATACAATAAAATTATAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATACATAACAACCATATTCACATGTATTTAATACAATAAAATTATAG  892

seq1  GGAGGTATAACTATGTTTATAGCATATGTGATAGGCTATAATTAATATGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTATAACTATGTTTATAGCATATGTGATAGGCTATAATTAATATGG  942

seq1  ATTAATTGTGCTTCTTTTTTTGTCACAAAAAGATACAATAAATCCTTAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTGTGCTTCTTTTTTTGTCACAAAAAGATACAATAAATCCTTAAA  992

seq1  AAATAGAAAACCTTCAAACATTCACCTTCACAGTACAAATGGATCACAGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAAAACCTTCAAACATTCACCTTCACAGTACAAATGGATCACAGA  1042

seq1  ATTCTGTTGAAAAAGTTCGTAAGCCGCATACAACACTTCAATTATTGAGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTTGAAAAAGTTCGTAAGCCGCATACAACACTTCAATTATTGAGA  1092

seq1  AGATAGCAGGAAGGTATACAAGATTCTCATATTGGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCAGGAAGGTATACAAGATTCTCATATTGGAATTC  1132


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |