BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236B16
Chromosome14 (Build37)
Map Location 80,018,445 - 80,085,657
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSugt1, Lect1
Upstream geneDgkh, LOC673649, 1300010F03Rik, LOC629709, LOC100043765, AU017455, 1190002H23Rik, Narg1l, Mtrf1, Kbtbd7, EG432879, Wbp4, Elf1, LOC668560
Downstream genePcdh8, EG629734, Olfm4, LOC672828
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236B16.bB6Ng01-236B16.g
ACCGA047404GA047405
length1,1291,097
definitionB6Ng01-236B16.b B6Ng01-236B16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,084,530 - 80,085,657)(80,018,445 - 80,019,546)
sequence
gaattcttcccacagagatcaaaaggaccaaagagcctaagggaaaccag
agtgagacatgatttcagaacctttcgaaatgctgagaggaaggcctggt
gaggtggcttacggggtacgaacacttgccaccatgtctggttacccgag
ttccttccctgtggtccactcagcagagagagaactgactttataaaagt
gtctcctgacctctgtgcagcatcaacacacaaataaatgtaaaacagaa
ataatcatagtgctgaggtaagtgtggttgtaggttttgcatgctacatt
taaattcaagtaaacgggatttttttgaaatgtcttggaaggactctggt
tgttgctgtgggacactgaacagataaggacacaggctgtattggtttca
ttttttatggttacccagcacctctcccttcattggaaaacaagcctttc
tctgtcctctactgagagcctcccttaaaaggcccatccatgccctgttc
ttctctctaagatggaaaactgtcactgttctataaaatcccaactcacc
taccaccagtggccaagggattaaaaacccggacagtggcaggagttcag
aatctgcccggcactgctcatacctgagtggagactcagcagtgtggaag
gaagacccttgccctccagctgtgaatctaagaaggacagttgaatctat
ctgacagtggaaatggccccaagccctaatgaagcctaacactcccagga
agaattggtgggccccaggaggcccatgtggtgatgctctctgctaactt
tacacagccaacaacaagcggtttggttgtctgcagttgaacacatcctt
tgctgcagtaccagtgacagggagcacacctaatataaacgctttcgcct
cctgctgtttcccctgctgagctcctggcaagctggagaaaagttgagat
cattcaaagccacactctgctggggttcagggtgtgcttgcctgctagct
tcctgagaagactttaagatgtagaagtgggggagattctcatccagctc
tgataagagatccagatatctgcatatctgcatatccacattaagagtcc
tgttgggttgggtttctgaatgaaataaa

gaattctcttacacacagagtcctcagaggtgggctggtggtattataat
actgagaactggtgagccagcacaaaactggttcttacagatggcttata
gctacttctctgatatatgatcatctcttaaaagcattttctgtgtactt
gagagtaatatttaaattaccaaagttttaagataattgtgtgttggggg
atgcatgcatacgcatgtgagtgaacgtgtgtgaaggcaggtcaacatct
ggtgtcttccccatttccctttttgagacctggtctctccctgaacctgg
agctcagtgattggccggcaaacctgagggatccccttgctcgcacccca
acccaccccatctctatcttcttcgctttggggttgcaagcttccgtgcc
cagctttgtacatgggtactgagggtctgaacccggtccttaggcctgcg
gggcaagctctttaccaactgagccatcttctcaaacacttaaggaagtt
tcacttaaacacaaataagtttgcttattgatggttacaatgaaaacatt
tctgaaactgggcagataattctagaagtatctaccagagtcctcaagac
ttaaatttaaatttaaattttaagagcatgtatgaattgaaaattaagaa
taaaaaggaattcatacttctccccatcttttgaacttctacgaggttgc
ctttcatggtttatggtgtgcatgctactgtcttagtgagtggattaagt
agaacttcaagttggatcagcttgtgctaagagataaaggcctctttgtt
caaagtgcacaaatgcccaggttacagtggctttcaataaatgtaagtgc
tagtatatggtgctcttcagtgaaacaaaggatcttttttaataagagta
aaatttttataatttcttcagatctaactttgtattatgtaggcaaacta
tcaagacacttaaatctttaaaaactttgattagttatgaaaattgcatt
ttttgctggtttatgtatctagtgagttatgggtttttttcttatacttt
tttttgctgtttcctttcagatgaatttaaatgaaaagccgaggcgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_80084530_80085657
seq2: B6Ng01-236B16.b_44_1172 (reverse)

seq1  TTTATTTCA-TCAGAAACCCA--CCCACA-GACTCTTAATGTGGATATGC  46
      ||||||||| |||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCATTCAGAAACCCAACCCAACAGGACTCTTAATGTGGATATGC  50

seq1  AGATATGCAGATATCTGGATCTCTTATTCAGGAGCCTGGGATGAGAATCT  96
      |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||   ||||||||||||
seq2  AGATATGCAGATATCTGGATCTCTTA-TCA-GAGC--TGGATGAGAATCT  96

seq1  -CCCCACTTCTACATCTTAAAGTCTTCTCAGGAAGCTAGCAGGCAAGCAC  145
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACTTCTACATCTTAAAGTCTTCTCAGGAAGCTAGCAGGCAAGCAC  146

seq1  ACCCCTGACCCCAGCAGAGTGTGGCTTTGAATGATCTCAACTTTTCTCCA  195
      ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGAACCCCAGCAGAGTGTGGCTTTGAATGATCTCAACTTTTCTCCA  196

seq1  GCTTGCCAGGAGCTCAGCAGGGGAAACAGCAGGAGGCGAAAGCGTTTATA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCAGGAGCTCAGCAGGGGAAACAGCAGGAGGCGAAAGCGTTTATA  246

seq1  TTAGGTGTGCTCCCTGTCACTGGTACTGCAGCAAAGGATGTGTTCAACTG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGTGCTCCCTGTCACTGGTACTGCAGCAAAGGATGTGTTCAACTG  296

seq1  CAGACAACCAAACCGCTTGTTGTTGGCTGTGTAAAGTTAGCAGAGAGCAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAACCAAACCGCTTGTTGTTGGCTGTGTAAAGTTAGCAGAGAGCAT  346

seq1  CACCACATGGGCCTCCTGGGGCCCACCAATTCTTCCTGGGAGTGTTAGGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACATGGGCCTCCTGGGGCCCACCAATTCTTCCTGGGAGTGTTAGGC  396

seq1  TTCATTAGGGCTTGGGGCCATTTCCACTGTCAGATAGATTCAACTGTCCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAGGGCTTGGGGCCATTTCCACTGTCAGATAGATTCAACTGTCCT  446

seq1  TCTTAGATTCACAGCTGGAGGGCAAGGGTCTTCCTTCCACACTGCTGAGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGATTCACAGCTGGAGGGCAAGGGTCTTCCTTCCACACTGCTGAGT  496

seq1  CTCCACTCAGGTATGAGCAGTGCCGGGCAGATTCTGAACTCCTGCCACTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACTCAGGTATGAGCAGTGCCGGGCAGATTCTGAACTCCTGCCACTG  546

seq1  TCCGGGTTTTTAATCCCTTGGCCACTGGTGGTAGGTGAGTTGGGATTTTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGGTTTTTAATCCCTTGGCCACTGGTGGTAGGTGAGTTGGGATTTTA  596

seq1  TAGAACAGTGACAGTTTTCCATCTTAGAGAGAAGAACAGGGCATGGATGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAGTGACAGTTTTCCATCTTAGAGAGAAGAACAGGGCATGGATGG  646

seq1  GCCTTTTAAGGGAGGCTCTCAGTAGAGGACAGAGAAAGGCTTGTTTTCCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTAAGGGAGGCTCTCAGTAGAGGACAGAGAAAGGCTTGTTTTCCA  696

seq1  ATGAAGGGAGAGGTGCTGGGTAACCATAAAAAATGAAACCAATACAGCCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGGAGAGGTGCTGGGTAACCATAAAAAATGAAACCAATACAGCCT  746

seq1  GTGTCCTTATCTGTTCAGTGTCCCACAGCAACAACCAGAGTCCTTCCAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTTATCTGTTCAGTGTCCCACAGCAACAACCAGAGTCCTTCCAAG  796

seq1  ACATTTCAAAAAAATCCCGTTTACTTGAATTTAAATGTAGCATGCAAAAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCAAAAAAATCCCGTTTACTTGAATTTAAATGTAGCATGCAAAAC  846

seq1  CTACAACCACACTTACCTCAGCACTATGATTATTTCTGTTTTACATTTAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAACCACACTTACCTCAGCACTATGATTATTTCTGTTTTACATTTAT  896

seq1  TTGTGTGTTGATGCTGCACAGAGGTCAGGAGACACTTTTATAAAGTCAGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTTGATGCTGCACAGAGGTCAGGAGACACTTTTATAAAGTCAGT  946

seq1  TCTCTCTCTGCTGAGTGGACCACAGGGAAGGAACTCGGGTAACCAGACAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTGCTGAGTGGACCACAGGGAAGGAACTCGGGTAACCAGACAT  996

seq1  GGTGGCAAGTGTTCGTACCCCGTAAGCCACCTCACCAGGCCTTCCTCTCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCAAGTGTTCGTACCCCGTAAGCCACCTCACCAGGCCTTCCTCTCA  1046

seq1  GCATTTCGAAAGGTTCTGAAATCATGTCTCACTCTGGTTTCCCTTAGGCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCGAAAGGTTCTGAAATCATGTCTCACTCTGGTTTCCCTTAGGCT  1096

seq1  CTTTGGTCCTTTTGATCTCTGTGGGAAGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTCCTTTTGATCTCTGTGGGAAGAATTC  1129


seq1: chr14_80018445_80019546
seq2: B6Ng01-236B16.g_64_1160

seq1  GAATTCTCTTACACACAGAGTCCTCAGAGGTGGGCTGGTGGTATTATAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTACACACAGAGTCCTCAGAGGTGGGCTGGTGGTATTATAAT  50

seq1  ACTGAGAACTGGTGAGCCAGCACAAAACTGGTTCTTACAGATGGCTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGAACTGGTGAGCCAGCACAAAACTGGTTCTTACAGATGGCTTATA  100

seq1  GCTACTTCTCTGATATATGATCATCTCTTAAAAGCATTTTCTGTGTACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTCTCTGATATATGATCATCTCTTAAAAGCATTTTCTGTGTACTT  150

seq1  GAGAGTAATATTTAAATTACCAAAGTTTTAAGATAATTGTGTGTTGGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTAATATTTAAATTACCAAAGTTTTAAGATAATTGTGTGTTGGGGG  200

seq1  ATGCATGCATACGCATGTGAGTGAACGTGTGTGAAGGCAGGTCAACATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGCATACGCATGTGAGTGAACGTGTGTGAAGGCAGGTCAACATCT  250

seq1  GGTGTCTTCCCCATTTCCCTTTTTGAGACCTGGTCTCTCCCTGAACCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTTCCCCATTTCCCTTTTTGAGACCTGGTCTCTCCCTGAACCTGG  300

seq1  AGCTCAGTGATTGGCCGGCAAACCTGAGGGATCCCCTTGCTCGCACCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGTGATTGGCCGGCAAACCTGAGGGATCCCCTTGCTCGCACCCCA  350

seq1  ACCCACCCCATCTCTATCTTCTTCGCTTTGGGGTTGCAAGCTTCCGTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCCCATCTCTATCTTCTTCGCTTTGGGGTTGCAAGCTTCCGTGCC  400

seq1  CAGCTTTGTACATGGGTACTGAGGGTCTGAACCCGGTCCTTAGGCCTGCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTGTACATGGGTACTGAGGGTCTGAACCCGGTCCTTAGGCCTGCG  450

seq1  GGGCAAGCTCTTTACCAACTGAGCCATCTTCTCAAACACTTAAGGAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAGCTCTTTACCAACTGAGCCATCTTCTCAAACACTTAAGGAAGTT  500

seq1  TCACTTAAACACAAATAAGTTTGCTTATTGATGGTTACAATGAAAACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTAAACACAAATAAGTTTGCTTATTGATGGTTACAATGAAAACATT  550

seq1  TCTGAAACTGGGCAGATAATTCTAGAAGTATCTACCAGAGTCCTCAAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAACTGGGCAGATAATTCTAGAAGTATCTACCAGAGTCCTCAAGAC  600

seq1  TTAAATTTAAATTTAAATTTTAAGAGCATGTATGAATTGAAAATTAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTAAATTTAAATTTTAAGAGCATGTATGAATTGAAAATTAAGAA  650

seq1  TAAAAAGGAATTCATACTTCTCCCCATCTTTTGAACTTCTACGAGGTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGGAATTCATACTTCTCCCCATCTTTTGAACTTCTACGAGGTTGC  700

seq1  CTTTCATGGTTTATGGTGTGCATGCTACTGTCTTAGTGAGTGGATTAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATGGTTTATGGTGTGCATGCTACTGTCTTAGTGAGTGGATTAAGT  750

seq1  AGAACTTCAAGTTGGATCAGCTTGTGCTAAGAGATAAAGGCCTCTTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTCAAGTTGGATCAGCTTGTGCTAAGAGATAAAGGCCTCTTTGTT  800

seq1  CAAAGTGCACAAATGCCCAGGTTACAGTGGCTTTCAATAAATGTAAGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGCACAAATGCCCAGGTTACAGTGGCTTTCAATAAATGTAAGTGC  850

seq1  TAGTATATGGTGCTCTTCAGGTGAAAC-AAGGATC-TTTTTAATAAGAGT  898
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  TAGTATATGGTGCTCTTCA-GTGAAACAAAGGATCTTTTTTAATAAGAGT  899

seq1  AAAATTTTTATAA-TTCTTCAGATCTAACTTTGTATAATGTAGGCAAACT  947
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAAATTTTTATAATTTCTTCAGATCTAACTTTGTATTATGTAGGCAAACT  949

seq1  ATCAAAGACACTTAATTC-TTAAAAACTTTGATTAGTTATGAAAATTGCA  996
      ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATC-AAGACACTTAAATCTTTAAAAACTTTGATTAGTTATGAAAATTGCA  998

seq1  -TTTTTGCTGTTTTATGTATCTTAGGTTGAGTAATGGGTTTTTTTTTTTT  1045
       ||||||||| |||||||||| |||  ||||| |||||  ||||||| ||
seq2  TTTTTTGCTGGTTTATGTATC-TAG--TGAGTTATGGG--TTTTTTTCTT  1043

seq1  TTTTTTTTTTTTGCTGTTT-CTTTCAGATTGAAATTAAAATGAAAAAGCC  1094
       |  ||||||||||||||| |||||||||   |||| ||||| |||||||
seq2  ATACTTTTTTTTGCTGTTTCCTTTCAGAT--GAATTTAAATG-AAAAGCC  1090

seq1  AGAGGCGG  1102
       |||||||
seq2  -GAGGCGG  1097


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |