BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237B05
Chromosome14 (Build37)
Map Location 104,482,524 - 104,612,456
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFbxl3, LOC100043441, Phr1, LOC100043797, Scel, LOC100043448, Slain1, Ednrb
Downstream genePou4f1, 2610206B13Rik, D130009I18Rik, LOC435420, Rbm26, LOC621103
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237B05.bB6Ng01-237B05.g
ACCGA048133GA048134
length1,169925
definitionB6Ng01-237B05.b B6Ng01-237B05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,611,298 - 104,612,456)(104,482,524 - 104,483,445)
sequence
gaattcaacgtgagccgcagagcagaagtcctagggtacaaggtttaatc
ataggccaatggcaaagtttagggaatgcagatatgtttatcttagcatc
taatcatctgcctgttccatggcagggaacataacggataaatgaatatg
ctttgtatgtgattatgcaggggagggtaaagagagaaatgattccaggg
agcagattggctggctgacattcccactctataccttggcagttagaaat
tgccatctttacctgtgtgctggatgggactttgcacgcatgggactcag
ctttccctttcttgtccggtcatctttgcaaatctgatttcctcatagtg
aggttctgagggtaatttaataatttagcatataggaaggtactttggac
attttgaaagaaatatcttagaggatgaatagtacagcattaacaagtct
gtgcatggttgttcctgtgcacatttcgtctcaagaacccaactggttct
ttaaccattgggtctgaacacatacaagcagatgcacatgcgcatgcaca
ctattggactcacagggtaagtccaataaacatatttgagagagggagat
gaacataatttcagggagagtgcctcctctccaacttcatagtttgtttc
ttcaaacaagacctccctatgcagctcagcctggaactcactatgtatac
ctgactctgatcatgcatacaagagttctcctgtttctttctttctatat
gggattacaggtgtataccaacataagagcgagttcttaactcttttact
cttcatgaagccctttctatgagttcataggataccagaggatccatgtt
tttcttgtgagacctgtcccatccctacattagtttttaatatgcactat
gaatgctttgcttgccatttatttttaacttgtaattgtatgtttatttg
tcgatgtgtgggcatgttcctgtgaatacagttgtgtagggaagcaagga
gaggcttttcagtccctggggagctggagttaacagcagctgtgaacttc
ccaggtgagaactggaaattgtatactccaaagaaagccaagtgtttctc
aatcacaaggccaccttactcttagccctgaacaacacctcgtaaagaat
aaatcctgtttctttgaac

gaattccctctctatactgtgaatcatagagagctgttggtaagtgtatc
ctgctcagcagagatcaggttgtgggggctttctgcaatggtagagatgg
atatatctctagctcatatacattactgttactgtatttgcaactaagag
gatgagagaagaaatcaaagtgcattacccttttaaacacactatactgt
ttctacttaatgtaaattactgggtggtcagctgttaataaactcaacct
ggcaaatgtatctcttttccttagtgcttctgtgggtgattaactagctg
ggtgtgcctcagtgtgctgccagggttgtgggagaaatgcccattgatga
agggaatttggaataggaaagaggctgctggtcaactccacccctgctgt
ggattgattacaagctcaaagccactttgggctatatgtgtcttacatgc
caccagaattgtaccattgaggggcaaaagggtttctttctagtcattga
gatattttattataattaaaataaagtacatagaaactgttaatatgaga
tgaatgactataatctctaaaacatgtcttattgtagtaaagtttgtaga
gcatagcagactaagaatcatacatttattattttcttttaaattgtata
tacatatatatatgtatacacaattatagagatagatagatagatagata
gatagatagatagatagtttggcatcctactatctttgaaaattataact
ccaacttttctcaccacatgggattactttactgtgctattttacttaag
cttttctgacagttatcctggagtatatatttggtatttctatctcataa
gtgaatactttgaatctgagtgagtttcatgtaacatcagcatgctatta
atatttgggttacaaagaaaatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_104611298_104612456
seq2: B6Ng01-237B05.b_49_1217 (reverse)

seq1  GTTCAAAGAAACAGATTTTATCTTTTACGA---GTTGTTCAGGGGCTAGA  47
      ||||||||||||||  |||||  |||||||   |||||||||||   |||
seq2  GTTCAAAGAAACAGGATTTATTCTTTACGAGGTGTTGTTCAGGGCTAAGA  50

seq1  GTA--GTGGCTTGGTGATTGAG-AACACTTGCTTTTCTTTGGAGTATACA  94
      |||  ||||| | ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTGGCCTTGTGATTGAGAAACACTTGGCTTTCTTTGGAGTATACA  100

seq1  ATTT-CAGTTCTCA-CTGGGAAGTTCACAGCTGCTG-TAACTCCAGCT-C  140
      |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  ATTTCCAGTTCTCACCTGGGAAGTTCACAGCTGCTGTTAACTCCAGCTCC  150

seq1  CCAGGGACTGAAAAGCCTCTCCTTGCTTCCCTACACAACTGTATTCACAG  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGACTGAAAAGCCTCTCCTTGCTTCCCTACACAACTGTATTCACAG  200

seq1  GAACATGCCCACACATCGACAAATAAACATACAATTACAAGTTAAAAATA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGCCCACACATCGACAAATAAACATACAATTACAAGTTAAAAATA  250

seq1  AATGGCAAGCAAAGCATTCATAGTGCATATTAAAAACTAATGTAGGGATG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCAAGCAAAGCATTCATAGTGCATATTAAAAACTAATGTAGGGATG  300

seq1  GGACAGGTCTCACAAGAAAAACATGGATCCTCTGGTATCCTATGAACTCA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGTCTCACAAGAAAAACATGGATCCTCTGGTATCCTATGAACTCA  350

seq1  TAGAAAGGGCTTCATGAAGAGTAAAAGAGTTAAGAACTCGCTCTTATGTT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGGGCTTCATGAAGAGTAAAAGAGTTAAGAACTCGCTCTTATGTT  400

seq1  GGTATACACCTGTAATCCCATATAGAAAGAAAGAAACAGGAGAACTCTTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATACACCTGTAATCCCATATAGAAAGAAAGAAACAGGAGAACTCTTG  450

seq1  TATGCATGATCAGAGTCAGGTATACATAGTGAGTTCCAGGCTGAGCTGCA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGATCAGAGTCAGGTATACATAGTGAGTTCCAGGCTGAGCTGCA  500

seq1  TAGGGAGGTCTTGTTTGAAGAAACAAACTATGAAGTTGGAGAGGAGGCAC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGGTCTTGTTTGAAGAAACAAACTATGAAGTTGGAGAGGAGGCAC  550

seq1  TCTCCCTGAAATTATGTTCATCTCCCTCTCTCAAATATGTTTATTGGACT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTGAAATTATGTTCATCTCCCTCTCTCAAATATGTTTATTGGACT  600

seq1  TACCCTGTGAGTCCAATAGTGTGCATGCGCATGTGCATCTGCTTGTATGT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTGTGAGTCCAATAGTGTGCATGCGCATGTGCATCTGCTTGTATGT  650

seq1  GTTCAGACCCAATGGTTAAAGAACCAGTTGGGTTCTTGAGACGAAATGTG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGACCCAATGGTTAAAGAACCAGTTGGGTTCTTGAGACGAAATGTG  700

seq1  CACAGGAACAACCATGCACAGACTTGTTAATGCTGTACTATTCATCCTCT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAACAACCATGCACAGACTTGTTAATGCTGTACTATTCATCCTCT  750

seq1  AAGATATTTCTTTCAAAATGTCCAAAGTACCTTCCTATATGCTAAATTAT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATTTCTTTCAAAATGTCCAAAGTACCTTCCTATATGCTAAATTAT  800

seq1  TAAATTACCCTCAGAACCTCACTATGAGGAAATCAGATTTGCAAAGATGA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTACCCTCAGAACCTCACTATGAGGAAATCAGATTTGCAAAGATGA  850

seq1  CCGGACAAGAAAGGGAAAGCTGAGTCCCATGCGTGCAAAGTCCCATCCAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGACAAGAAAGGGAAAGCTGAGTCCCATGCGTGCAAAGTCCCATCCAG  900

seq1  CACACAGGTAAAGATGGCAATTTCTAACTGCCAAGGTATAGAGTGGGAAT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGGTAAAGATGGCAATTTCTAACTGCCAAGGTATAGAGTGGGAAT  950

seq1  GTCAGCCAGCCAATCTGCTCCCTGGAATCATTTCTCTCTTTACCCTCCCC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCCAGCCAATCTGCTCCCTGGAATCATTTCTCTCTTTACCCTCCCC  1000

seq1  TGCATAATCACATACAAAGCATATTCATTTATCCGTTATGTTCCCTGCCA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAATCACATACAAAGCATATTCATTTATCCGTTATGTTCCCTGCCA  1050

seq1  TGGAACAGGCAGATGATTAGATGCTAAGATAAACATATCTGCATTCCCTA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAGGCAGATGATTAGATGCTAAGATAAACATATCTGCATTCCCTA  1100

seq1  AACTTTGCCATTGGCCTATGATTAAACCTTGTACCCTAGGACTTCTGCTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGCCATTGGCCTATGATTAAACCTTGTACCCTAGGACTTCTGCTC  1150

seq1  TGCGGCTCACGTTGAATTC  1159
      |||||||||||||||||||
seq2  TGCGGCTCACGTTGAATTC  1169


seq1: chr14_104482524_104483445
seq2: B6Ng01-237B05.g_63_987

seq1  GAATTCCCTCTCTATACTGTGAATCATAGAGAGCTGTTGGTAAGTGTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCTCTATACTGTGAATCATAGAGAGCTGTTGGTAAGTGTATC  50

seq1  CTGCTCAGCAGAGATCAGGTTGTGGGGGCTTTCTGCAATGGTAGAGATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGCAGAGATCAGGTTGTGGGGGCTTTCTGCAATGGTAGAGATGG  100

seq1  ATATATCTCTAGCTCATATACATTACTGTTACTGTATTTGCAACTAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCTCTAGCTCATATACATTACTGTTACTGTATTTGCAACTAAGAG  150

seq1  GATGAGAGAAGAAATCAAAGTGCATTACCCTTTTAAACACACTATACTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGAGAAGAAATCAAAGTGCATTACCCTTTTAAACACACTATACTGT  200

seq1  TTCTACTTAATGTAAATTACTGGGTGGTCAGCTGTTAATAAACTCAACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTTAATGTAAATTACTGGGTGGTCAGCTGTTAATAAACTCAACCT  250

seq1  GGCAAATGTATCTCTTTTCCTTAGTGCTTCTGTGGGTGATTAACTAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATGTATCTCTTTTCCTTAGTGCTTCTGTGGGTGATTAACTAGCTG  300

seq1  GGTGTGCCTCAGTGTGCTGCCAGGGTTGTGGGAGAAATGCCCATTGATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGCCTCAGTGTGCTGCCAGGGTTGTGGGAGAAATGCCCATTGATGA  350

seq1  AGGGAATTTGGAATAGGAAAGAGGCTGCTGGTCAACTCCACCCCTGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATTTGGAATAGGAAAGAGGCTGCTGGTCAACTCCACCCCTGCTGT  400

seq1  GGATTGATTACAAGCTCAAAGCCACTTTGGGCTATATGTGTCTTACATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGATTACAAGCTCAAAGCCACTTTGGGCTATATGTGTCTTACATGC  450

seq1  CACCAGAATTGTACCATTGAGGGGCAAAAGGGTTTCTTTCTAGTCATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAATTGTACCATTGAGGGGCAAAAGGGTTTCTTTCTAGTCATTGA  500

seq1  GATATTTTATTATAATTAAAATAAAGTACATAGAAACTGTTAATATGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTTATTATAATTAAAATAAAGTACATAGAAACTGTTAATATGAGA  550

seq1  TGAATGACTATAATCTCTAAAACATGTCTTATTGTAGTAAAGTTTGTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGACTATAATCTCTAAAACATGTCTTATTGTAGTAAAGTTTGTAGA  600

seq1  GCATAGCAGACTAAGAATCATACATTTATTATTTTCTTTTAAATTGTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCAGACTAAGAATCATACATTTATTATTTTCTTTTAAATTGTATA  650

seq1  TACATATATATATGTATACACAATTATAGAGATAGATAGATAGATAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATATATATGTATACACAATTATAGAGATAGATAGATAGATAGATA  700

seq1  GATAGATAGATAGATAGTTTGGCATCCTACTATCTTTGAAAATTATTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGTTTGGCATCCTACTATCTTTGAAAATTA-TAAC  749

seq1  TCCAAC-TTTCTCACCACATGGGATTACTTTACTGTGCTATTTTACTTAA  799
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTTTTCTCACCACATGGGATTACTTTACTGTGCTATTTTACTTAA  799

seq1  GC-TTTCTGACAG-TATCCTGGAGTATATA-TTGGTATTTCTATCTCATA  846
      || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCTGACAGTTATCCTGGAGTATATATTTGGTATTTCTATCTCATA  849

seq1  AGTGAATACTTTGAATCTGAGTGAGTTT-ATGTAACATCAGCATTGCTAT  895
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  AGTGAATACTTTGAATCTGAGTGAGTTTCATGTAACATCAGCA-TGCTAT  898

seq1  TAATATTTGGTTTACAAAGAAAATATA  922
      |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAATATTTGGGTTACAAAGAAAATATA  925


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |