BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238M16
Chromosome14 (Build37)
Map Location 89,951,893 - 90,099,747
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneEG328451, LOC100043336
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238M16.bB6Ng01-238M16.g
ACCGA049394GA049395
length1,1261,169
definitionB6Ng01-238M16.b B6Ng01-238M16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,951,893 - 89,953,011)(90,098,568 - 90,099,747)
sequence
gaattctccataaactataaataagtatgggttgacatcagcaagagggg
cttattcaaattagtatgtaagcaagagcagtgaggcagtttacaatttt
tggattggtctgttaaaagttgtacctcagaactgtgcactaagccttta
tttgataacctgtagtatctaataggtctgcctcctcttatagtgcaatt
catatatacacatatatatatatacatacatatatgcatattcatatatg
tgcacacatatatatatatacataatatatatctacactcacatatattt
gtgtttctatacttatatattcacatatatgcatatatgtatgtgtgtgt
gtttctacaatagtaggtttctacatggatgtgtataatgtatatattgt
tattcattcctctgtatcctccttttactactgtgccttccaatcccaca
gccaatttacataagcccatttttcaaataacctgtgttcaaaccattct
attttgaaatgcacacccttaaaccatatggatttaatgcattcatgaat
ggataatgacaatgtgctatacataaacactgattaatcattcagttata
aaaacaattgaaattataaatttttcaggtaaatgagtgaacaggagata
atctttcttgagcagtaagcagcatacagaaagacaaaggacactctttc
atgtttacagtagattttagtcttagatgtgtatttattttttttaaaaa
atatttattttatttgtatgtgtgagtctcctgggaaaatactttgtatc
ccctgaaagatgtgttgtagacctctatgtagatgttagaaactaatatc
agatcctcgtaaactatagaaagtccttttaaattgtaaaccatttcttt
ggcccatatccccatgcttaaataaagtattcataaagcagtttttgttc
aagaacataacaaaaaaccaagtaggtaaaagttattctaccaggctctt
atagtatagaaatggtataaaataatcagtttacaggagcacattttatt
tttatgtatgatgtgccagaacaggccttctgaattaaagcctgttgttt
cattgttgatattatattcacatttg

gaattcatcttttaaccaaaatcatagcctcattcagtgggagaagagag
acaggttccatgtatcttaaaattttaagacactcagctagactttaaaa
taattatatgtataaatttggtattatagttttcaagaatataagtaaaa
tagacatttattcacttatcaagatcatcaccattttaaaggttgaaaat
caagggttgtttaatgatgtttttcaaaaagtatatagtcaactagaggt
gtatttgtatgaaggaggggcattctgttttcaatggaagatatttatac
aaattatgaattatagttattgactaaataattgaggctatgatatattg
tataattccacagcacttggagatctccttttagattggagaagtaaatc
aattccatgtgttcatcatagaaataaaggagataaccatggccatttat
ttttgttacttttatctcccaagtattttcacttaaattgcttaggctgt
gctgaaaacaagtatatcactaaattgttttgtagataaagaaataagag
cagtataatgcaatatgacttccaaggacacaggatgcaagagatgcact
cagtcttggtgcctgggtcacatctgaaataagactatgagatatgagtt
ttaaaggacttggaaatataagtgagaagtataatcaagttttaattttc
aaatcagaaaactctatggtggagctgttaaaagaaggccaaaggcattc
aacccagaggtaggagacactgatatcaatcccagagtctgaagcccttg
caatctgaggactagaatccaaaaacagaaaatgcctttcaattgtaaac
aaaaaagcagtttcagcatcctcttcctttctgttttattggaggcctca
gttgcttagatatcaatcattataaagtgacggagggtattatctgtaat
cttagtttactcattccaaatcatatacttcagagtatttttgaatagca
gaaacattccatgtgtcttaaatttttcagaacatcaaactaagatattt
atgtgaatacatgtattagtctggcattaagtctcaagatacaagtaaaa
taagtcatgcattcacttatagagatcatcccaattagttggaacaatat
taaggacacttaccatggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_89951893_89953011
seq2: B6Ng01-238M16.b_51_1176

seq1  GAATTCTCCATAAACTATAAATAAGTATGGGTTGACATCAGCAAGAGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATAAACTATAAATAAGTATGGGTTGACATCAGCAAGAGGGG  50

seq1  CTTATTCAAATTAGTATGTAAGCAAGAGCAGTGAGGCAGTTTACAATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCAAATTAGTATGTAAGCAAGAGCAGTGAGGCAGTTTACAATTTT  100

seq1  TGGATTGGTCTGTTAAAAGTTGTACCTCAGAACTGTGCACTAAGCCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGGTCTGTTAAAAGTTGTACCTCAGAACTGTGCACTAAGCCTTTA  150

seq1  TTTGATAACCTGTAGTATCTAATAGGTCTGCCTCCTCTTATAGTGCAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAACCTGTAGTATCTAATAGGTCTGCCTCCTCTTATAGTGCAATT  200

seq1  CATATATACACATATATATATATACATACATATATGCATATTCATATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATACACATATATATATATACATACATATATGCATATTCATATATG  250

seq1  TGCACACATATATATATATACATAATATATATCTACACTCACATATATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACATATATATATATACATAATATATATCTACACTCACATATATTT  300

seq1  GTGTTTCTATACTTATATATTCACATATATGCATATATGTATGTGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCTATACTTATATATTCACATATATGCATATATGTATGTGTGTGT  350

seq1  GTTTCTACAATAGTAGGTTTCTACATGGATGTGTATAATGTATATATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTACAATAGTAGGTTTCTACATGGATGTGTATAATGTATATATTGT  400

seq1  TATTCATTCCTCTGTATCCTCCTTTTACTACTGTGCCTTCCAATCCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATTCCTCTGTATCCTCCTTTTACTACTGTGCCTTCCAATCCCACA  450

seq1  GCCAATTTACATAAGCCCATTTTTCAAATAACCTGTGTTCAAACCATTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTTACATAAGCCCATTTTTCAAATAACCTGTGTTCAAACCATTCT  500

seq1  ATTTTGAAATGCACACCCTTAAACCATATGGATTTAATGCATTCATGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAAATGCACACCCTTAAACCATATGGATTTAATGCATTCATGAAT  550

seq1  GGATAATGACAATGTGCTATACATAAACACTGATTAATCATTCAGTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAATGACAATGTGCTATACATAAACACTGATTAATCATTCAGTTATA  600

seq1  AAAACAATTGAAATTATAAATTTTTCAGGTAAATGAGTGAACAGGAGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATTGAAATTATAAATTTTTCAGGTAAATGAGTGAACAGGAGATA  650

seq1  ATCTTTCTTGAGCAGTAAGCAGCATACAGAAAGACAAAGGACACTCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCTTGAGCAGTAAGCAGCATACAGAAAGACAAAGGACACTCTTTC  700

seq1  ATGTTTACAGTAGATTTTAGTCTTAGATGTGTATTTA-TTTTTTTAAAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATGTTTACAGTAGATTTTAGTCTTAGATGTGTATTTATTTTTTTTAAAAA  750

seq1  ATATTTATTTTATTTGTATGTGTGAGTCTCCTGGGAAAATACTTTGTATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATTTTATTTGTATGTGTGAGTCTCCTGGGAAAATACTTTGTATC  800

seq1  CCCTGAAAGATGTGTTGTAGACCTCTATGTAGATGTTAGAAACTAATATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAAGATGTGTTGTAGACCTCTATGTAGATGTTAGAAACTAATATC  850

seq1  AGATCCTCGTAAACTATAGAAAGTCC-TTTAAATTGTAAACCATTTCTTT  898
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTCGTAAACTATAGAAAGTCCTTTTAAATTGTAAACCATTTCTTT  900

seq1  GGCCCATATCCCCATGCTTAAATAAAGTATTCAT-AAGCAGTTTTTGTTC  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGCCCATATCCCCATGCTTAAATAAAGTATTCATAAAGCAGTTTTTGTTC  950

seq1  AAGAACATAAC-AAAAACCAAGTAGGTAAAAAGTTA-TCTACACAGGCTC  995
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||
seq2  AAGAACATAACAAAAAACCAAGTAGGT-AAAAGTTATTCTAC-CAGGCTC  998

seq1  -TATAGTATAGAAATGGTATAAAATAATTAAGTTAACAGGAGCACATT--  1042
       |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||  
seq2  TTATAGTATAGAAATGGTATAAAATAA-TCAGTTTACAGGAGCACATTTT  1047

seq1  -TATTTATGTATGATGTGCACAG-ACAGG-CTTCTG-ATTAAAAGCTGTT  1088
       | |||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||  |||||
seq2  ATTTTTATGTATGATGTGC-CAGAACAGGCCTTCTGAATTAAAGCCTGTT  1096

seq1  GTTTCATTGTTGATAATATAATCACAATTTG  1119
      ||||||||||||||| |||| |||| |||||
seq2  GTTTCATTGTTGATATTATATTCAC-ATTTG  1126


seq1: chr14_90098568_90099747
seq2: B6Ng01-238M16.g_67_1235 (reverse)

seq1  ACCATGGTAATGTGTCCTTAAATATGTTTCAAACTTTAAAATGGGGATGA  50
      |||||||||| |||||||| |||||  ||| ||||    ||| |||||||
seq2  ACCATGGTAA-GTGTCCTT-AATATTGTTCCAACT----AATTGGGATGA  44

seq1  TCTCTATAAGTGAATGCATGAC-TATTTTACTTGTATCCTTGAAGACTAT  99
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| |
seq2  TCTCTATAAGTGAATGCATGACTTATTTTACTTGTAT-CTTG-AGACT-T  91

seq1  AATGCCAGACTAATACATGTATTCACATAAATATC-TAGTTTGATG-TCT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  AATGCCAGACTAATACATGTATTCACATAAATATCTTAGTTTGATGTTCT  141

seq1  GAAAAATTTAAGACACATGGAATGTTTCTGGCTATTTAAAAAATAACTCT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   |||||
seq2  GAAAAATTTAAGACACATGGAATGTTTCT-GCTATTCAAAAA--TACTCT  188

seq1  GAAGTAATATGATTTGGAATGAGTAAACTAAGATTACAAGAT-ATACCCT  246
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  GAAGT-ATATGATTTGGAATGAGTAAACTAAGATTAC-AGATAATACCCT  236

seq1  CCGTCACTTTATAATGATTGATATCTTAAGCAACTGAGGCCTCCAATAAA  296
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCACTTTATAATGATTGATATC-TAAGCAACTGAGGCCTCCAATAAA  285

seq1  ACAGAAAGGAAGAGGATGCTGAAACTGCTTTTTTGTTTACAATTGAAAGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAGGAAGAGGATGCTGAAACTGCTTTTTTGTTTACAATTGAAAGG  335

seq1  CATTTTCTGTTTTTGGATTCTAGTCCTCAGATTGCAAGGGCTTCAGACTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTGTTTTTGGATTCTAGTCCTCAGATTGCAAGGGCTTCAGACTC  385

seq1  TGGGATTGATATCAGTGTCTCCTACCTCTGGGTTGAATGCCTTTGGCCTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTGATATCAGTGTCTCCTACCTCTGGGTTGAATGCCTTTGGCCTT  435

seq1  CTTTTAACAGCTCCACCATAGAGTTTTCTGATTTGAAAATTAAAACTTGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAACAGCTCCACCATAGAGTTTTCTGATTTGAAAATTAAAACTTGA  485

seq1  TTATACTTCTCACTTATATTTCCAAGTCCTTTAAAACTCATATCTCATAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTTCTCACTTATATTTCCAAGTCCTTTAAAACTCATATCTCATAG  535

seq1  TCTTATTTCAGATGTGACCCAGGCACCAAGACTGAGTGCATCTCTTGCAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTTCAGATGTGACCCAGGCACCAAGACTGAGTGCATCTCTTGCAT  585

seq1  CCTGTGTCCTTGGAAGTCATATTGCATTATACTGCTCTTATTTCTTTATC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCCTTGGAAGTCATATTGCATTATACTGCTCTTATTTCTTTATC  635

seq1  TACAAAACAATTTAGTGATATACTTGTTTTCAGCACAGCCTAAGCAATTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAACAATTTAGTGATATACTTGTTTTCAGCACAGCCTAAGCAATTT  685

seq1  AAGTGAAAATACTTGGGAGATAAAAGTAACAAAAATAAATGGCCATGGTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAAAATACTTGGGAGATAAAAGTAACAAAAATAAATGGCCATGGTT  735

seq1  ATCTCCTTTATTTCTATGATGAACACATGGAATTGATTTACTTCTCCAAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTTATTTCTATGATGAACACATGGAATTGATTTACTTCTCCAAT  785

seq1  CTAAAAGGAGATCTCCAAGTGCTGTGGAATTATACAATATATCATAGCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGGAGATCTCCAAGTGCTGTGGAATTATACAATATATCATAGCCT  835

seq1  CAATTATTTAGTCAATAACTATAATTCATAATTTGTATAAATATCTTCCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATTTAGTCAATAACTATAATTCATAATTTGTATAAATATCTTCCA  885

seq1  TTGAAAACAGAATGCCCCTCCTTCATACAAATACACCTCTAGTTGACTAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAACAGAATGCCCCTCCTTCATACAAATACACCTCTAGTTGACTAT  935

seq1  ATACTTTTTGAAAAACATCATTAAACAACCCTTGATTTTCAACCTTTAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTTGAAAAACATCATTAAACAACCCTTGATTTTCAACCTTTAAA  985

seq1  ATGGTGATGATCTTGATAAGTGAATAAATGTCTATTTTACTTATATTCTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGATGATCTTGATAAGTGAATAAATGTCTATTTTACTTATATTCTT  1035

seq1  GAAAACTATAATACCAAATTTATACATATAATTATTTTAAAGTCTAGCTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTATAATACCAAATTTATACATATAATTATTTTAAAGTCTAGCTG  1085

seq1  AGTGTCTTAAAATTTTAAGATACATGGAACCTGTCTCTCTTCTCCCACTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTTAAAATTTTAAGATACATGGAACCTGTCTCTCTTCTCCCACTG  1135

seq1  AATGAGGCTATGATTTTGGTTAAAAGATGAATTC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGCTATGATTTTGGTTAAAAGATGAATTC  1169


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |