BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240J21
Chromosome14 (Build37)
Map Location 99,278,784 - 99,424,528
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043787
Upstream geneDach1, LOC635593, LOC619716
Downstream gene2410129H14Rik, 6720463M24Rik, Dis3, D14Ertd581e, LOC100043395, LOC100043397, Klf5, LOC100043400, LOC100043789, LOC668671, LOC668672, EG546623, Klf12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240J21.bB6Ng01-240J21.g
ACCGA050742GA050743
length5221,151
definitionB6Ng01-240J21.b B6Ng01-240J21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,424,001 - 99,424,528)(99,278,784 - 99,279,953)
sequence
caagccagcctggtctacatagcaagttccaagccatccaggcatacata
gtaatatattgtctcaatatatatcataggtatacatatatcatatgaaa
tgatatatgtgtgacatatcacaatatgatacataataaatcacaatgtg
atatatatgtagtatataacaattattttttttaaaagaacatgaattag
agacagggaagtggtagagaagtcactgaaagagttagagaagtgggaaa
agtcacaataaacaccaaccaaagagcatacatgggctgtagtagatgtg
cagcttgaccttcatgtgggtcccgaacaactggagtggtggatatcccc
caaactattgcctgtatgtgggatatgttcttctagctgggctgctttgc
ctggcctcagtgggagaggatgggcctagcctagcaaagacttgtgccag
ggtttgtgggggggggggcatacccaggggaacccgcctgctcagaggag
aaggggagaggggatgggggaa

gaattccttaaaagtttcatcttttaagaaaaaaacaaacaaacaacaac
aacaataacaacaaaaacatgctttggtcctctgttatcgcctcagtaaa
taagaacaaatgtagttttccgtactgtagtgcagttatcagcacacatt
tattcactagctttacttaatccttcattaatgaacaattaaaacatcct
aatgaagttatcttacacaatgttataatcatctccctctaattgaaaac
tatgtaaaaatattttaataaatgagagtaaactgcagcagtaatttgaa
caattaatgttacatataacaattatttaaatattttttcctgaaagtat
ataggtgaatgaatatgtaaccctattaaaagaaaacttgacttagaaac
ttctctctatatcaatacagcatatagtacaatcccatttaaaacaccag
aacattttaaatgctctattatatgttatataaataatactatgtaagaa
tattaagggtcatcaagactattctgtataagggaaggcaaaaaatacat
tctaagatattccctgtgttatgtaatttttatactcaaaacaatggggt
gcaaacaccagaaaatgtcatgagattaatgaaccagaatacacgttcca
agaagtaccaaactggcatgtctcatgattaggatacatttcaaatcaaa
ttggaactactcagtaaaaagcatcaaaattgtcattatttttaaaaaat
aagataagatcctactaccttcaatccttataacaaaattcaaataaatc
aaatagtacaagtttacaatctcaaagctagaagaatataactatcatca
gctgaaatgtgatagttttacatgaaagacatctttaaaaacatgtttta
atgggaatataaaatgaataaatatatttgccatgtaaaatttagcttct
gtgttactttcaaataatttatatatatagatatatattgtatttaaagt
caaaccacagaggggggctttgatgtgtgtgtactagctgagtatatcac
acacacacagaactcacaccacacactacacacgcaccactacagcctat
atctatcactagaatgctgagcagaggatgaattccatcagcaggataca
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_99424001_99424528
seq2: B6Ng01-240J21.b_46_573 (reverse)

seq1  TTCCCCCATCCCCTCTCCCCTTCTCCTCTGAGCAGGCGGGTTCCCCTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCATCCCCTCTCCCCTTCTCCTCTGAGCAGGCGGGTTCCCCTGGG  50

seq1  TATGCCCCCCCCCCCACAAACCCTGGCACAAGTCTTTGCTAGGCTAGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCCCCCCCCCCACAAACCCTGGCACAAGTCTTTGCTAGGCTAGGCC  100

seq1  CATCCTCTCCCACTGAGGCCAGGCAAAGCAGCCCAGCTAGAAGAACATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTCCCACTGAGGCCAGGCAAAGCAGCCCAGCTAGAAGAACATAT  150

seq1  CCCACATACAGGCAATAGTTTGGGGGATATCCACCACTCCAGTTGTTCGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATACAGGCAATAGTTTGGGGGATATCCACCACTCCAGTTGTTCGG  200

seq1  GACCCACATGAAGGTCAAGCTGCACATCTACTACAGCCCATGTATGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCACATGAAGGTCAAGCTGCACATCTACTACAGCCCATGTATGCTCT  250

seq1  TTGGTTGGTGTTTATTGTGACTTTTCCCACTTCTCTAACTCTTTCAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGGTGTTTATTGTGACTTTTCCCACTTCTCTAACTCTTTCAGTGA  300

seq1  CTTCTCTACCACTTCCCTGTCTCTAATTCATGTTCTTTTAAAAAAAATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTACCACTTCCCTGTCTCTAATTCATGTTCTTTTAAAAAAAATAA  350

seq1  TTGTTATATACTACATATATATCACATTGTGATTTATTATGTATCATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATATACTACATATATATCACATTGTGATTTATTATGTATCATATT  400

seq1  GTGATATGTCACACATATATCATTTCATATGATATATGTATACCTATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATGTCACACATATATCATTTCATATGATATATGTATACCTATGAT  450

seq1  ATATATTGAGACAATATATTACTATGTATGCCTGGATGGCTTGGAACTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTGAGACAATATATTACTATGTATGCCTGGATGGCTTGGAACTTG  500

seq1  CTATGTAGACCAGGCTGGCTTGGAATTC  528
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAGACCAGGCTGGCTTGGAATTC  528


seq1: chr14_99278784_99279953
seq2: B6Ng01-240J21.g_64_1214

seq1  GAATTCCTTAAAAGTTTCATCTTTTAAGAAAAAAACAAACAAACAACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAAAAGTTTCATCTTTTAAGAAAAAAACAAACAAACAACAAC  50

seq1  AACAATAACAACAAAAACATGCTTTGGTCCTCTGTTATCGCCTCAGTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAACAACAAAAACATGCTTTGGTCCTCTGTTATCGCCTCAGTAAA  100

seq1  TAAGAACAAATGTAGTTTTCCGTACTGTAGTGCAGTTATCAGCACACATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACAAATGTAGTTTTCCGTACTGTAGTGCAGTTATCAGCACACATT  150

seq1  TATTCACTAGCTTTACTTAATCCTTCATTAATGAACAATTAAAACATCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACTAGCTTTACTTAATCCTTCATTAATGAACAATTAAAACATCCT  200

seq1  AATGAAGTTATCTTACACAATGTTATAATCATCTCCCTCTAATTGAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGTTATCTTACACAATGTTATAATCATCTCCCTCTAATTGAAAAC  250

seq1  TATGTAAAAATATTTTAATAAATGAGAGTAAACTGCAGCAGTAATTTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAAAATATTTTAATAAATGAGAGTAAACTGCAGCAGTAATTTGAA  300

seq1  CAATTAATGTTACATATAACAATTATTTAAATATTTTTTCCTGAAAGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAATGTTACATATAACAATTATTTAAATATTTTTTCCTGAAAGTAT  350

seq1  ATAGGTGAATGAATATGTAACCCTATTAAAAGAAAACTTGACTTAGAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGAATGAATATGTAACCCTATTAAAAGAAAACTTGACTTAGAAAC  400

seq1  TTCTCTCTATATCAATACAGCATATAGTACAATCCCATTTAAAACACCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTATATCAATACAGCATATAGTACAATCCCATTTAAAACACCAG  450

seq1  AACATTTTAAATGCTCTATTATATGTTATATAAATAATACTATGTAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTAAATGCTCTATTATATGTTATATAAATAATACTATGTAAGAA  500

seq1  TATTAAGGGTCATCAAGACTATTCTGTATAAGGGAAGGCAAAAAATACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGGGTCATCAAGACTATTCTGTATAAGGGAAGGCAAAAAATACAT  550

seq1  TCTAAGATATTCCCTGTGTTATGTAATTTTTATACTCAAAACAATGGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGATATTCCCTGTGTTATGTAATTTTTATACTCAAAACAATGGGGT  600

seq1  GCAAACACCAGAAAATGTCATGAGATTAATGAACCAGAATACACGTTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACACCAGAAAATGTCATGAGATTAATGAACCAGAATACACGTTCCA  650

seq1  AGAAGTACCAAACTGGCATGTCTCATGATTAGGATACATTTCAAATCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTACCAAACTGGCATGTCTCATGATTAGGATACATTTCAAATCAAA  700

seq1  TTGGAACTACTCAGTAAAAAGCATCAAAATTGTCATTATTTTTAAAAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACTACTCAGTAAAAAGCATCAAAATTGTCATTATTTTTAAAAAAT  750

seq1  AAGATAAGATCCTACTACCTTCAATCCTTATAACAAAATTCAAATAAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAAGATCCTACTACCTTCAATCCTTATAACAAAATTCAAATAAATC  800

seq1  AAATAGTACAAGTTTACAATCTCAAAGCTAGAAGAATATAACTATCATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTACAAGTTTACAATCTCAAAGCTAGAAGAATATAACTATCATCA  850

seq1  GCTGAAATGTGATAGTTTTACATGAAAGACATCTTTAAAAACATGTTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAATGTGATAGTTTTACATGAAAGACATCTTTAAAAACATGTTTTA  900

seq1  ATGGGAATATAAAATGAATAAATATATTTGCCATGTAAAATTTAGCTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAATATAAAATGAATAAATATATTTGCCATGTAAAATTTAGCTTCT  950

seq1  GTGTTACTTTCAAATAATTTATATATAATAGATTATATATTGTATTTAAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  GTGTTACTTTCAAATAATTTATATAT-ATAGA-TATATATTGTATTTAAA  998

seq1  GTCAAACCACAGAAGGGGGGGCTTTTGATGTGTGTGTTACTAGCTGAGTA  1050
      |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTCAAACCACAGA--GGGGGGC-TTTGATGTGTGTG-TACTAGCTGAGTA  1044

seq1  TAATCACACACACACAGACACACACACACACACAC-ACACACACACACAC  1099
      | |||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||| ||| |||
seq2  T-ATCACACACACACAGA-ACTCACAC-CACACACTACACACGCAC-CAC  1090

seq1  -ACACACCTATAATCCTATCACTAGGAATGCTGAGGCAGGAGGATGAAAT  1148
       |||  ||||||   ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |
seq2  TACA-GCCTATA--TCTATCACTA-GAATGCTGA-GCA-GAGGATGAATT  1134

seq1  CCAAAACCAGCCAGGGATACAG  1170
      |||  | ||     ||||||||
seq2  CCATCAGCA-----GGATACAG  1151


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |