BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243G11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 78,129,627 - 78,320,237
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1587, Dnajc15, Epsti1
Upstream geneLOC100043753, LOC100043201, 9030625A04Rik, Ccdc122, D230005D02Rik, LOC100043755, LOC676171, EG629678
Downstream geneAU021034, Tnfsf11, LOC219180, Akap11, Dgkh, LOC673649, 1300010F03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243G11.bB6Ng01-243G11.g
ACCGA052795GA052796
length1,1711,157
definitionB6Ng01-243G11.b B6Ng01-243G11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,319,067 - 78,320,237)(78,129,627 - 78,130,761)
sequence
gaattcaacccaggctctctggaagggcagccagtgctcttaatggctga
ggcatctctctggaccataaagcttattatttctaaccagtatcactcca
agtttttgaggcatttaaagttgttagagctcccttttcaaacagtctaa
attctcaatccaaaacccaaacgagatagtgctggctggatctcccttga
ccctgtggctttctatgagacctgatccacattccacactctgctgtaga
tgtgctcacggaggtgatttcagcagtgttcccccctggcttctgttgga
aaggagaatgagaacacattaggttcaaagaagcaacagcccagggcttt
ctgtgtatagaaagcctttatgcacaatagaaaaaagatatgtgtgcatg
cacataaattcatggcctaggcataccctgtcttgataagatatgaccag
tttacacagattagaaaaacataccctactagagattcatagcttgatac
atattttatgcctatattactaatttaactgaggcaagatgggcagataa
aatgcacagctacagagtatagacaagagatattatgcagcttcacttaa
aaatatatgcagtaaacactatatacatacaaaaaaagaaagctatcaag
agcaattaactctaaagatagaaagaatatctgcggaaaaaaataatgct
atagagaactgccatctttgagattgacaccaattgctatcaatttataa
aatgtattaaattgcttcctccagaaaaattagaaacaatcttgtgtttt
cagaccatgcgtcaggtgtgagattttgatgtgactattacaagctaata
aactcgcctgtggctacttcctggatactgacagaagactggaggttcct
ggtcagagagagaaaagactccactcctctgaacacagcccacagcatgg
ctggcagctacttcacaccagctctgaccctaggtctgatgggggcacct
ggcatgcctgccttgctgctaggaaaagcatacttatgcttccctttgtt
ctattgaatccgggatctcagatgcagctcagctggactggcctcctcca
attctgctgctagaagcgtctatgggagctggagttcaaggatatgacat
catgcaactaatctacaatct
gaattcaggtaagtgactctggtggccgttccccattgtgcccagggtag
cagagatgaaatctagattttaaaagatgttaactcaggagtatcggaga
ggagtgttagctagcaggggaaggtttagaagtgcccagacattaagcta
gtcatgacataacaaaactaactgatgtgcatatgtgtgtttccttcatg
aatccagagggctctggcaggtggctgagaaggcagagtggttaactacc
acaacaactgatttgtcaggtcaagtacagtggtgtggttttatttttgt
tttgttttgttttgttttaattaagtaggaaataatactcgtggatgttg
agatgtgagcaatagcacctccaggcagaatgttgtaaatatctggtttt
gccagccatatgtttatagggttctagtaggaagaaagaatggctataaa
aataaccacccagggcataagaaaatgtggaggtactattgaggggtcag
actacttagttagaaaagtaagtatttctcagctctagtgtctcctgcca
gcaagaaataccaaaagtagactacagctagaacaggaaaccaatcaagt
gtctgtctctaagatgctctataatgatgtgcaggtatgggggtcaagat
aggggaaaagaggaatgcttatgtgctgctgctggggaatgtatgctgac
tcagtgttgagatccaggtgtgccttgttctaaacgcccctagagtgtgt
gaaacaaaggttttcagggcttcattttattagcagcctttgactccatt
tttgagaaaaaaaaaaagatgactaggtggactcacaaactatgccacct
ctcagacaccttcagagactgacaaatgagttatttcataagttatggga
aggtgttgtaataaaccttctcaagggtgaattggagccctataggggat
acatgggtatattaaaatcatgtcagggtaaaccatgcctaagagcgtat
caaacaaccagacccaggaaaaggaccccataaggatattgacacttacc
tcttgtgataactttgtttccccattaagtttatgtctgaatacctgggt
ggtaacggtgttgcccaggaactgtataagccagacctcctgactgtgac
ctagctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_78319067_78320237
seq2: B6Ng01-243G11.b_48_1218 (reverse)

seq1  AGATGGTAGATTAGTTGGGCATGATGTCATATACCTGAAACTCAAGCT-C  49
      |||| |||||||||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||| |
seq2  AGATTGTAGATTAGTT--GCATGATGTCATAT-CCTTGAACTCCAGCTCC  47

seq1  CATAGACGC-TCTAGCAGCAGAA-TGGA-GAGGCCAGGGCCAGGCTGAGC  96
      ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| | ||| |||||||
seq2  CATAGACGCTTCTAGCAGCAGAATTGGAGGAGGCCA-GTCCA-GCTGAGC  95

seq1  TGCATCCTGAGATCCC-GATTC-ATAGAACAAAGGG-AGCATAAGTATTG  143
      ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  TGCAT-CTGAGATCCCGGATTCAATAGAACAAAGGGAAGCATAAGTA-TG  143

seq1  CTTTTCCTAGCAGCAAGGCAGGCATGCCAGGTGCCCCCATCAGACCTAGG  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTAGCAGCAAGGCAGGCATGCCAGGTGCCCCCATCAGACCTAGG  193

seq1  GTCAGAGCTGGTGTGAAGTAGCTGCCAGCCATGCTGTGGGCTGTGTTCAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGCTGGTGTGAAGTAGCTGCCAGCCATGCTGTGGGCTGTGTTCAG  243

seq1  AGGAGTGGAGTCTTTTCTCTCTCTGACCAGGAACCTCCAGTCTTCTGTCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGGAGTCTTTTCTCTCTCTGACCAGGAACCTCCAGTCTTCTGTCA  293

seq1  GTATCCAGGAAGTAGCCACAGGCGAGTTTATTAGCTTGTAATAGTCACAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCAGGAAGTAGCCACAGGCGAGTTTATTAGCTTGTAATAGTCACAT  343

seq1  CAAAATCTCACACCTGACGCATGGTCTGAAAACACAAGATTGTTTCTAAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCTCACACCTGACGCATGGTCTGAAAACACAAGATTGTTTCTAAT  393

seq1  TTTTCTGGAGGAAGCAATTTAATACATTTTATAAATTGATAGCAATTGGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGGAGGAAGCAATTTAATACATTTTATAAATTGATAGCAATTGGT  443

seq1  GTCAATCTCAAAGATGGCAGTTCTCTATAGCATTATTTTTTTCCGCAGAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATCTCAAAGATGGCAGTTCTCTATAGCATTATTTTTTTCCGCAGAT  493

seq1  ATTCTTTCTATCTTTAGAGTTAATTGCTCTTGATAGCTTTCTTTTTTTGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTCTATCTTTAGAGTTAATTGCTCTTGATAGCTTTCTTTTTTTGT  543

seq1  ATGTATATAGTGTTTACTGCATATATTTTTAAGTGAAGCTGCATAATATC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATAGTGTTTACTGCATATATTTTTAAGTGAAGCTGCATAATATC  593

seq1  TCTTGTCTATACTCTGTAGCTGTGCATTTTATCTGCCCATCTTGCCTCAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCTATACTCTGTAGCTGTGCATTTTATCTGCCCATCTTGCCTCAG  643

seq1  TTAAATTAGTAATATAGGCATAAAATATGTATCAAGCTATGAATCTCTAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTAGTAATATAGGCATAAAATATGTATCAAGCTATGAATCTCTAG  693

seq1  TAGGGTATGTTTTTCTAATCTGTGTAAACTGGTCATATCTTATCAAGACA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTATGTTTTTCTAATCTGTGTAAACTGGTCATATCTTATCAAGACA  743

seq1  GGGTATGCCTAGGCCATGAATTTATGTGCATGCACACATATCTTTTTTCT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGCCTAGGCCATGAATTTATGTGCATGCACACATATCTTTTTTCT  793

seq1  ATTGTGCATAAAGGCTTTCTATACACAGAAAGCCCTGGGCTGTTGCTTCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGCATAAAGGCTTTCTATACACAGAAAGCCCTGGGCTGTTGCTTCT  843

seq1  TTGAACCTAATGTGTTCTCATTCTCCTTTCCAACAGAAGCCAGGGGGGAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCTAATGTGTTCTCATTCTCCTTTCCAACAGAAGCCAGGGGGGAA  893

seq1  CACTGCTGAAATCACCTCCGTGAGCACATCTACAGCAGAGTGTGGAATGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTGAAATCACCTCCGTGAGCACATCTACAGCAGAGTGTGGAATGT  943

seq1  GGATCAGGTCTCATAGAAAGCCACAGGGTCAAGGGAGATCCAGCCAGCAC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAGGTCTCATAGAAAGCCACAGGGTCAAGGGAGATCCAGCCAGCAC  993

seq1  TATCTCGTTTGGGTTTTGGATTGAGAATTTAGACTGTTTGAAAAGGGAGC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCGTTTGGGTTTTGGATTGAGAATTTAGACTGTTTGAAAAGGGAGC  1043

seq1  TCTAACAACTTTAAATGCCTCAAAAACTTGGAGTGATACTGGTTAGAAAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACAACTTTAAATGCCTCAAAAACTTGGAGTGATACTGGTTAGAAAT  1093

seq1  AATAAGCTTTATGGTCCAGAGAGATGCCTCAGCCATTAAGAGCACTGGCT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGCTTTATGGTCCAGAGAGATGCCTCAGCCATTAAGAGCACTGGCT  1143

seq1  GCCCTTCCAGAGAGCCTGGGTTGAATTC  1171
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTCCAGAGAGCCTGGGTTGAATTC  1171

seq1: chr14_78129627_78130761
seq2: B6Ng01-243G11.g_68_1224

seq1  GAATTCAGGTAAGTGACTCTGGTGGCCGTTCCCCATTGTGCCCAGGGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTAAGTGACTCTGGTGGCCGTTCCCCATTGTGCCCAGGGTAG  50

seq1  CAGAGATGAAATCTAGATTTTAAAAGATGTTAACTCAGGAGTATCGGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATGAAATCTAGATTTTAAAAGATGTTAACTCAGGAGTATCGGAGA  100

seq1  GGAGTGTTAGCTAGCAGGGGAAGGTTTAGAAGTGCCCAGACATTAAGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGTTAGCTAGCAGGGGAAGGTTTAGAAGTGCCCAGACATTAAGCTA  150

seq1  GTCATGACATAACAAAACTAACTGATGTGCATATGTGTGTTTCCTTCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGACATAACAAAACTAACTGATGTGCATATGTGTGTTTCCTTCATG  200

seq1  AATCCAGAGGGCTCTGGCAGGTGGCTGAGAAGGCAGAGTGGTTAACTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGAGGGCTCTGGCAGGTGGCTGAGAAGGCAGAGTGGTTAACTACC  250

seq1  ACAACAACTGATTTGTCAGGTCAAGTACAGTGGTGTGGTTTTATTTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACTGATTTGTCAGGTCAAGTACAGTGGTGTGGTTTTATTTTTGT  300

seq1  TTTGTTTTGTTTTGTTTTAATTAAGTAGGAAATAATACTCGTGGATGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTTTGTTTTAATTAAGTAGGAAATAATACTCGTGGATGTTG  350

seq1  AGATGTGAGCAATAGCACCTCCAGGCAGAATGTTGTAAATATCTGGTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGAGCAATAGCACCTCCAGGCAGAATGTTGTAAATATCTGGTTTT  400

seq1  GCCAGCCATATGTTTATAGGGTTCTAGTAGGAAGAAAGAATGGCTATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCATATGTTTATAGGGTTCTAGTAGGAAGAAAGAATGGCTATAAA  450

seq1  AATAACCACCCAGGGCATAAGAAAATGTGGAGGTACTATTGAGGGGTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACCACCCAGGGCATAAGAAAATGTGGAGGTACTATTGAGGGGTCAG  500

seq1  ACTACTTAGTTAGAAAAGTAAGTATTTCTCAGCTCTAGTGTCTCCTGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTAGTTAGAAAAGTAAGTATTTCTCAGCTCTAGTGTCTCCTGCCA  550

seq1  GCAAGAAATACCAAAAGTAGACTACAGCTAGAACAGGAAACCAATCAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAAATACCAAAAGTAGACTACAGCTAGAACAGGAAACCAATCAAGT  600

seq1  GTCTGTCTCTAAGATGCTCTATAATGATGTGCAGGTATGGGGGTCAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTCTCTAAGATGCTCTATAATGATGTGCAGGTATGGGGGTCAAGAT  650

seq1  AGGGGAAAAGAGGAATGCTTATGTGCTGCTGCTGGGGAATGTATGCTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAAAGAGGAATGCTTATGTGCTGCTGCTGGGGAATGTATGCTGAC  700

seq1  TCAGTGTTGAGATCCAGGTGTGCCTTGTTCTAAACGCCCCTAGAGTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTTGAGATCCAGGTGTGCCTTGTTCTAAACGCCCCTAGAGTGTGT  750

seq1  GAAACAAAGGTTTTCA-GGCTTCATTTTATTAGCAGCCTTTGACTCCA-T  798
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAAACAAAGGTTTTCAGGGCTTCATTTTATTAGCAGCCTTTGACTCCATT  800

seq1  TTTGAG-AAAAAAAAAAGATGACTAGGTGGACTCACAAACTATGCCACCT  847
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAAAAAAAAAAAGATGACTAGGTGGACTCACAAACTATGCCACCT  850

seq1  CTCAGACACCTTCAGAGACTGACAAATGAGTTA-TTCATAAG-TAT-GGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||
seq2  CTCAGACACCTTCAGAGACTGACAAATGAGTTATTTCATAAGTTATGGGA  900

seq1  AGGTGTTGT-ATAAA-CTTCTC-AGGGTGAATT-GAG-CCTATAGGGGAT  939
      ||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  AGGTGTTGTAATAAACCTTCTCAAGGGTGAATTGGAGCCCTATAGGGGAT  950

seq1  ACATGGGTATATTAAAATCATGTCAGGG-AAACCATGCCTAAGAGCGTAT  988
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGTATATTAAAATCATGTCAGGGTAAACCATGCCTAAGAGCGTAT  1000

seq1  CAGACAAACCAGA-CCAAGAAAAGGACCCCATAA-GATAATGACACTTAC  1036
      || || ||||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  CAAAC-AACCAGACCCAGGAAAAGGACCCCATAAGGATATTGACACTTAC  1049

seq1  CTC-TGTGATAACATTG-TTCCACATT-AGTTTATTGTCTG-ATACCTGG  1082
      ||| ||||||||| ||| |||| |||| |||||| |||||| ||||||||
seq2  CTCTTGTGATAACTTTGTTTCCCCATTAAGTTTA-TGTCTGAATACCTGG  1098

seq1  --TGTA--CGTG-TGCCCAGGACTGGTAAAAGGCAGA-CTCCTGACTGTG  1126
         |||   ||| |||||||||   ||| ||| |||| ||||||||||||
seq2  GTGGTAACGGTGTTGCCCAGGAACTGTATAAGCCAGACCTCCTGACTGTG  1148

seq1  CCCTAGCTC  1135
       ||||||||
seq2  ACCTAGCTC  1157