BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247B07
Chromosome14 (Build37)
Map Location 9,871,479 - 9,993,892
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041948
Upstream geneAbhd6, Rpp14, Pxk, Pdhb, Kctd6, Acox2, BC055107, Oit1, LOC667005, 4930452B06Rik
Downstream geneFhit, LOC100042415
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247B07.bB6Ng01-247B07.g
ACCGA055517GA055518
length1,161449
definitionB6Ng01-247B07.b B6Ng01-247B07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,992,730 - 9,993,892)(9,871,479 - 9,871,934)
sequence
gaattctagtagcatagctgatgtctggaattacgcagtgacagcaacag
ctaatgcagaagatggcatcctttttgaaatatctccataagactaagaa
gaaaaaaaaagttctgagaaagcttctccttttatctcatttgctcaaac
taggtaacaattgatcacagcagagatgttggacttattcttaggaaaga
tgaacagcaatagtcatgtggtatggtgatcgtttgaacaggattagccc
tcaaaagttcatatatttaaatgctttgttcattaaggagtgttggagta
ggtgtggccatgttggacgaaatgtgtccctgggggtagctttggggttt
cagaagctcaagctaggcccagtggctcactcatttcctgctggctgtgg
atccagacagagaagtctcagctacctctccagcatcttgtctgcctgca
tgcagccatgcttcctttcatgatgataaaagacttaacctctgaaagtg
taagccagccctaattaaaagtttttcttcataagagttgccttcctgag
ttccatgcaaaagggcaaccttgtctcaaaaaagaagatggacagatagc
acctgaagagtgaccttaggtctttgcatgctcacatgtatgtacctgta
tgaggacaaacataccaatatgcattaactcttctcttccttcccccccc
ccacatgcacacaccacaaacacacacatgcacatgtacatgtacatgca
cacacacacacacaattgggcttctgagagaacccatttctgaaagctgg
ggaattataaaccaaccatgcctatggatatcgggtcaaggcattattat
gtattgagaggaaacattttccccccttcttcattccctaagctcatttc
aagtcctgggtcatatatgaaaactgccagagctctctagcctctgattg
ctcttacctgtggagtcccacctggatgatctctcgctactgacatgact
gttcagcttattcttagtagatcaacaccaagacaaaggagttttttatt
gtaacgcaaaatgtactgtatgttggaatcttgagctatggacatgactc
ctagaatctagcctttataatgtaatttcgttcctaaggaatgctcaata
cttagtaatta

ttctgtgatagatggccatccttgatggatgaagcttttaaagttccctc
tcttcctcaaccctccctgttccccttgaagccccaagtacattcactag
ggccaaggacggtgtgccttctagctctgtgtcagccactgcacccacca
gaaatagctgagaaggaggggaagaagtagatggctctgatcttttgctc
ttgacaagcttccttgtgcatgatgaaatataaatagaataagccacaat
tcactattaaacctggaagagaaatgacaccgagattcgtaaattaccgt
taaatatattttctgcagtgattgcaggattggggaaggggttggggtgg
aggggtgctcacccccccacagtttacttctataaatgacctcagaagaa
tcatgtctttcagtgtttagtgacaacccatgataaatcattaaaaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_9992730_9993892
seq2: B6Ng01-247B07.b_48_1208 (reverse)

seq1  TAATTACTAAGGTAATGAGCATTCCTTAAGAAGGAA--TACATTATAAAA  48
      |||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||  ||||||||||| 
seq2  TAATTACTAA-GTATTGAGCATTCCTTAGGAACGAAATTACATTATAAAG  49

seq1  GCTAAGATCTAGGAGTCATGT-CATAGCTCAAGATTTCAAACATACAGTT  97
      ||||   |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |
seq2  GCTAGATTCTAGGAGTCATGTCCATAGCTCAAGA-TTCCAACATACAG-T  97

seq1  ACA-TTTGCGTTAACAT-AAAAACTCCTTTGTCTTGGTGTTGATTCTAAC  145
      ||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  ACATTTTGCGTTACAATAAAAAACTCCTTTGTCTTGGTGTTGA-TCT-AC  145

seq1  TAAGAAATAAGCTGAAACAGTCATGTCAGTAGCGAGAGATCATCCAGGTG  195
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAG-AATAAGCTG-AACAGTCATGTCAGTAGCGAGAGATCATCCAGGTG  193

seq1  GGACTCCACAGGTAAGAGCAATCAGAGGCTAGAGAGCTCTGGCAGTTTTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCCACAGGTAAGAGCAATCAGAGGCTAGAGAGCTCTGGCAGTTTTC  243

seq1  ATATATGACCCAGGACTTGAAATGAGCTTAGGGAATGAAGAAGGGGGGAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGACCCAGGACTTGAAATGAGCTTAGGGAATGAAGAAGGGGGGAA  293

seq1  AATGTTTCCTCTCAATACATAATAATGCCTTGACCCGATATCCATAGGCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTCCTCTCAATACATAATAATGCCTTGACCCGATATCCATAGGCA  343

seq1  TGGTTGGTTTATAATTCCCCAGCTTTCAGAAATGGGTTCTCTCAGAAGCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTTTATAATTCCCCAGCTTTCAGAAATGGGTTCTCTCAGAAGCC  393

seq1  CAATTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTACATGTACATGTGCATGTGTGTGTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTACATGTACATGTGCATGTGTGTGTT  443

seq1  TGTGGTGTGTGCATGTGGGGGGGGGGAAGGAAGAGAAGAGTTAATGCATA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGTGTGCATGTGGGGGGGGGGAAGGAAGAGAAGAGTTAATGCATA  493

seq1  TTGGTATGTTTGTCCTCATACAGGTACATACATGTGAGCATGCAAAGACC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATGTTTGTCCTCATACAGGTACATACATGTGAGCATGCAAAGACC  543

seq1  TAAGGTCACTCTTCAGGTGCTATCTGTCCATCTTCTTTTTTGAGACAAGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTCACTCTTCAGGTGCTATCTGTCCATCTTCTTTTTTGAGACAAGG  593

seq1  TTGCCCTTTTGCATGGAACTCAGGAAGGCAACTCTTATGAAGAAAAACTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTTTTGCATGGAACTCAGGAAGGCAACTCTTATGAAGAAAAACTT  643

seq1  TTAATTAGGGCTGGCTTACACTTTCAGAGGTTAAGTCTTTTATCATCATG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAGGGCTGGCTTACACTTTCAGAGGTTAAGTCTTTTATCATCATG  693

seq1  AAAGGAAGCATGGCTGCATGCAGGCAGACAAGATGCTGGAGAGGTAGCTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAGCATGGCTGCATGCAGGCAGACAAGATGCTGGAGAGGTAGCTG  743

seq1  AGACTTCTCTGTCTGGATCCACAGCCAGCAGGAAATGAGTGAGCCACTGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCTCTGTCTGGATCCACAGCCAGCAGGAAATGAGTGAGCCACTGG  793

seq1  GCCTAGCTTGAGCTTCTGAAACCCCAAAGCTACCCCCAGGGACACATTTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGCTTGAGCTTCTGAAACCCCAAAGCTACCCCCAGGGACACATTTC  843

seq1  GTCCAACATGGCCACACCTACTCCAACACTCCTTAATGAACAAAGCATTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAACATGGCCACACCTACTCCAACACTCCTTAATGAACAAAGCATTT  893

seq1  AAATATATGAACTTTTGAGGGCTAATCCTGTTCAAACGATCACCATACCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATGAACTTTTGAGGGCTAATCCTGTTCAAACGATCACCATACCA  943

seq1  CATGACTATTGCTGTTCATCTTTCCTAAGAATAAGTCCAACATCTCTGCT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTATTGCTGTTCATCTTTCCTAAGAATAAGTCCAACATCTCTGCT  993

seq1  GTGATCAATTGTTACCTAGTTTGAGCAAATGAGATAAAAGGAGAAGCTTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCAATTGTTACCTAGTTTGAGCAAATGAGATAAAAGGAGAAGCTTT  1043

seq1  CTCAGAACTTTTTTTTTCTTCTTAGTCTTATGGAGATATTTCAAAAAGGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAACTTTTTTTTTCTTCTTAGTCTTATGGAGATATTTCAAAAAGGA  1093

seq1  TGCCATCTTCTGCATTAGCTGTTGCTGTCACTGCGTAATTCCAGACATCA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATCTTCTGCATTAGCTGTTGCTGTCACTGCGTAATTCCAGACATCA  1143

seq1  GCTATGCTACTAGAATTC  1163
      ||||||||||||||||||
seq2  GCTATGCTACTAGAATTC  1161


seq1: chr14_9871479_9871934
seq2: B6Ng01-247B07.g_68_522

seq1  GAATTCTTCTGTGATAGATGGCCATCCTTGATGGATGAAGCTTTTAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGTGATAGATGGCCATCCTTGATGGATGAAGCTTTTAAAGT  50

seq1  TCCCTCTCTTCCTCAACCCTCCCTGTTCCCCTTGAAGCCCCAAGTACATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCTTCCTCAACCCTCCCTGTTCCCCTTGAAGCCCCAAGTACATT  100

seq1  CACTAGGGCCAAGGACGGTGTGCCTTCTAGCTCTGTGTCAGCCACTGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGGGCCAAGGACGGTGTGCCTTCTAGCTCTGTGTCAGCCACTGCAC  150

seq1  CCACCAGAAATAGCTGAGAAGGAGGGGAAGAAGTAGATGGCTCTGATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGAAATAGCTGAGAAGGAGGGGAAGAAGTAGATGGCTCTGATCTT  200

seq1  TTGCTCTTGACAAGCTTCCTTGTGCATGATGAAATATAAATAGAATAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTTGACAAGCTTCCTTGTGCATGATGAAATATAAATAGAATAAGC  250

seq1  CACAATTCACTATTAAACCTGGAAGAGAAATGACACCGAGATTCGTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTCACTATTAAACCTGGAAGAGAAATGACACCGAGATTCGTAAAT  300

seq1  TACCGTTAAATATATTTTCTGCAGTGATTGCAGGATTGGGGAAGGGGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCGTTAAATATATTTTCTGCAGTGATTGCAGGATTGGGGAAGGGGTTG  350

seq1  GGGTGGAGGGGTGCTCACTCACCTAGAGTTAACAGTGACAAATGATCTCA  400
      |||||||||||||||||| | || | |||| ||    | |||||| ||||
seq2  GGGTGGAGGGGTGCTCACCCCCCCACAGTTTACTTCTATAAATGACCTCA  400

seq1  GAAGAATCATGTCATCCAGTGTTCAGTGACAACACTAAGAAAAAACATTA  450
      ||||||||||||| | ||||||| ||||||||| | | || ||| |||||
seq2  GAAGAATCATGTCTTTCAGTGTTTAGTGACAAC-CCATGATAAATCATTA  449

seq1  AAAACA  456
      ||||||
seq2  AAAACA  455


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |