BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247H08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 39,797,937 - 39,926,116
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrg3
Upstream geneLOC100041521
Downstream geneLOC100040439
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247H08.bB6Ng01-247H08.g
ACCGA055789GA055790
length1,1191,137
definitionB6Ng01-247H08.b B6Ng01-247H08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,797,937 - 39,799,055)(39,924,977 - 39,926,116)
sequence
gaattccctctgtaaaagaagccagccttgaacttagggagtcctcctac
ctctacctcctgctcgcctggcttgagattcaatatttaacagagttcct
tggcacacattagacccaaaagaattctcagagcatatgagagactgtca
gaggagaggacacttgagaaagactccatgggtacagatattggtacagg
tttaccttctgttgggaatttatgaagtcatcatgactcctgagctaaat
cttgcattctttttgctcaatgaaaatgaaaatcatttattcttttagaa
agcacacaagtaaaaatctattatcctactaaaaccatgcactttatagc
taatgttatatcttttatcttctcacataaaaggtttattattaaggaac
catgctgaaaataatggggctgatctctagggacgataagcctttgtgcc
taaggaccacatcactgaagctgccgtgcttacaagagttagtaatggaa
accttttctttccatctacatattcagaacacttaaaaaatactcccata
ttaaccctgttctaaacagaaggggctgattaatggtataaacaaaccag
tgtgcttaaacagtttaacaattaatactggaaattaaagctccgaggaa
aaagttttgctaatttcccccttttttttttgaaccaaaccttgctgcta
ttttttgactcatatcaaatttacttattcaggaatttagggggaaaacc
ttgtgatcgcaaagtcagatgtttatgcctgagaatcaaaagtgcaacat
cctaagtgttactttggacatttatattttgcattttgtctttcatgttt
gtggttctctgtatcccacgtcctttgttttgtatccttctgtctgcatc
ttttaccattttataatcctcactggaacaatgcagctaataaacttgtc
ttgttgaacattttgaaggaaaaaaaaaatcgcagtcttatttgctcaga
attcacagcactttaaagttgtaccagcactactgctgcttggatgctgt
ttctccacgtatcactaccaccactggtggcaggcccactctacttccca
attgattgagtctcattta

gaattcatttcctccaggaagcactcggtgatgaataatttagccagata
actattcactaaagagaaaacacaagggagaagaaacagaaaattcaaac
aaggtttttgttttgttggtttttcccctcttcctacagataactaggga
ccctattcttttgtcaagcaagacaactattacttatttcccttgttacc
ctggaagctggagtatgctaaccctttgacaagtaaacacaattctcagt
agttcatatgagaacaagagagggttaaatatcattgagaggtcaaacac
atttacatcagaaaaggtggaatagtgttttaattggagtcatttaatag
catgcttttgctttcactgtaaaggatcaagaattgtttgttaggactca
gcttctatagccatgttctctaccaaggacttacctcctgacatcaccct
gttagaatacaaaatttccacacactagttaaaaaaaagaagaaaaaaat
taagactctaacatttagagcattaaaggtggccaagtgacaccaggagc
tccaagcttccagaaaaaaataccagaaaccaaatgtatcattttatagc
agatattttatatgtagcccaagcttgtagagaagttccaataaactcac
accagttagagtccatttacatgtacccagatacatcttcaaaacaactg
aagtatgttccctgtctagggctacattttggtgactttctccttgacaa
agatgcttcactttgaaaaactgacaacatagaaatcagaaaatcagtag
caatcctagctgtagtgataatgtcaatgttaccatttactgagatccaa
cagcattccctacactttttctggtttcatgacttaacagagtctgacag
ataatgttattatattctctttatttataaattttaccccttgcactctc
tactcctatccctgtaccaaaactattgacccaagatacaccagaaaccc
cttaaacccagtttcacccaattgtttcagactgtgttctgtcctcatat
ctctgcagcatcattctactgaactggctccctttttctgacactcattt
gcttgacataaagtggttcatcacttgctacctattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_39797937_39799055
seq2: B6Ng01-247H08.b_45_1163

seq1  GAATTCCCTCTGTAAAAGAAGCCAGCCTTGAACTTAGGGAGTCCTCCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCTGTAAAAGAAGCCAGCCTTGAACTTAGGGAGTCCTCCTAC  50

seq1  CTCTACCTCCTGCTCGCCTGGCTTGAGATTCAATATTTAACAGAGTTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCTCCTGCTCGCCTGGCTTGAGATTCAATATTTAACAGAGTTCCT  100

seq1  TGGCACACATTAGACCCAAAAGAATTCTCAGAGCATATGAGAGACTGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACACATTAGACCCAAAAGAATTCTCAGAGCATATGAGAGACTGTCA  150

seq1  GAGGAGAGGACACTTGAGAAAGACTCCATGGGTACAGATATTGGTACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGGACACTTGAGAAAGACTCCATGGGTACAGATATTGGTACAGG  200

seq1  TTTACCTTCTGTTGGGAATTTATGAAGTCATCATGACTCCTGAGCTAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTTCTGTTGGGAATTTATGAAGTCATCATGACTCCTGAGCTAAAT  250

seq1  CTTGCATTCTTTTTGCTCAATGAAAATGAAAATCATTTATTCTTTTAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATTCTTTTTGCTCAATGAAAATGAAAATCATTTATTCTTTTAGAA  300

seq1  AGCACACAAGTAAAAATCTATTATCCTACTAAAACCATGCACTTTATAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACAAGTAAAAATCTATTATCCTACTAAAACCATGCACTTTATAGC  350

seq1  TAATGTTATATCTTTTATCTTCTCACATAAAAGGTTTATTATTAAGGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTATATCTTTTATCTTCTCACATAAAAGGTTTATTATTAAGGAAC  400

seq1  CATGCTGAAAATAATGGGGCTGATCTCTAGGGACGATAAGCCTTTGTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGAAAATAATGGGGCTGATCTCTAGGGACGATAAGCCTTTGTGCC  450

seq1  TAAGGACCACATCACTGAAGCTGCCGTGCTTACAAGAGTTAGTAATGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGACCACATCACTGAAGCTGCCGTGCTTACAAGAGTTAGTAATGGAA  500

seq1  ACCTTTTCTTTCCATCTACATATTCAGAACACTTAAAAAATACTCCCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTCTTTCCATCTACATATTCAGAACACTTAAAAAATACTCCCATA  550

seq1  TTAACCCTGTTCTAAACAGAAGGGGCTGATTAATGGTATAAACAAACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCCTGTTCTAAACAGAAGGGGCTGATTAATGGTATAAACAAACCAG  600

seq1  TGTGCTTAAACAGTTTAACAATTAATACTGGAAATTAAAGCTCCGAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTAAACAGTTTAACAATTAATACTGGAAATTAAAGCTCCGAGGAA  650

seq1  AAAGTTTTGCTAATTTCCCCCTTTTTTTTTTGAACCAAACCTTGCTGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTTGCTAATTTCCCCCTTTTTTTTTTGAACCAAACCTTGCTGCTA  700

seq1  TTTTTTGACTCATATCAAATTTACTTATTCAGGAATTTAGGGGGAAAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGACTCATATCAAATTTACTTATTCAGGAATTTAGGGGGAAAACC  750

seq1  TTGTGATCGCAAAGTCAGATGTTTATGCCTGAGAATCAAAAGTGCAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATCGCAAAGTCAGATGTTTATGCCTGAGAATCAAAAGTGCAACAT  800

seq1  CCTAAGTGTTACTTTGGACATTTATATTTTGCATTTTGTCTTTCATGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTGTTACTTTGGACATTTATATTTTGCATTTTGTCTTTCATGTTT  850

seq1  GTGGTTCTCTGTATCCCACGTCCTTTGTTTTGTATCCTTCTGTCTGCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTCTCTGTATCCCACGTCCTTTGTTTTGTATCCTTCTGTCTGCATC  900

seq1  TTTTACCATTTTATAATCCTCACTGGAACAATGCAGCTAATAAACTTGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCATTTTATAATCCTCACTGGAACAATGCAGCTAATAAACTTGTC  950

seq1  TTGTTGAACATTTTGAAGG-AAAAAAAAATCGCAGTCTTAATTGCTCAGG  999
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  TTGTTGAACATTTTGAAGGAAAAAAAAAATCGCAGTCTTATTTGCTCA-G  999

seq1  AATTCACAGCAACTTAAAGTTTGTACCAGCACTAACTGCTGCTTGGATGC  1049
      |||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATTCACAGCACTTTAAAG-TTGTACCAGCACT-ACTGCTGCTTGGATGC  1047

seq1  TGTTTCT-CACGTATCACTAACA-CACT-GTTGCA-GCCCACTCTACTTT  1095
      ||||||| |||||||||||| || |||| || ||| ||||||||||||| 
seq2  TGTTTCTCCACGTATCACTACCACCACTGGTGGCAGGCCCACTCTACTT-  1096

seq1  CCCCATTTAAATGAGTCTCATTTA  1119
       |||| || | |||||||||||||
seq2  -CCCAATTGATTGAGTCTCATTTA  1119


seq1: chr14_39924977_39926116
seq2: B6Ng01-247H08.g_64_1200 (reverse)

seq1  CAATAGGGTAGC-AGTGATGACACCACCTTTATGTCAAGCAAATGAGTGT  49
      ||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAATA-GGTAGCAAGTGATGA-ACCA-CTTTATGTCAAGCAAATGAGTGT  47

seq1  CAG-AAAAGGGAGCCAGTTCAGGTAGAATGATGCTGCAGAGATATGAGGA  98
      ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAAGGGAGCCAGTTCA-GTAGAATGATGCTGCAGAGATATGAGGA  96

seq1  CAGAACACAGTTCTGAAACAATTGGGTG-AACTGGTTTTAAGGGGTTTCT  147
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  CAGAACACAG-TCTGAAACAATTGGGTGAAACTGGGTTTAAGGGGTTTCT  145

seq1  GGTGTATCTTGGGTCAATAGTTTTTGGTACAGGGATAGGAGTAGAGAGTG  197
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATCTTGGGTCAATAG-TTTTGGTACAGGGATAGGAGTAGAGAGTG  194

seq1  CAAGGGGTAAAATTTATAAATAAAGAGAATATAATAACATTATCTGTCAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGGTAAAATTTATAAATAAAGAGAATATAATAACATTATCTGTCAG  244

seq1  ACTCTGTTAAGTCATGAAACCAGAAAAAGTGTAGGGAATGCTGTTGGATC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTTAAGTCATGAAACCAGAAAAAGTGTAGGGAATGCTGTTGGATC  294

seq1  TCAGTAAATGGTAACATTGACATTATCACTACAGCTAGGATTGCTACTGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAATGGTAACATTGACATTATCACTACAGCTAGGATTGCTACTGA  344

seq1  TTTTCTGATTTCTATGTTGTCAGTTTTTCAAAGTGAAGCATCTTTGTCAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGATTTCTATGTTGTCAGTTTTTCAAAGTGAAGCATCTTTGTCAA  394

seq1  GGAGAAAGTCACCAAAATGTAGCCCTAGACAGGGAACATACTTCAGTTGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAGTCACCAAAATGTAGCCCTAGACAGGGAACATACTTCAGTTGT  444

seq1  TTTGAAGATGTATCTGGGTACATGTAAATGGACTCTAACTGGTGTGAGTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGATGTATCTGGGTACATGTAAATGGACTCTAACTGGTGTGAGTT  494

seq1  TATTGGAACTTCTCTACAAGCTTGGGCTACATATAAAATATCTGCTATAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGAACTTCTCTACAAGCTTGGGCTACATATAAAATATCTGCTATAA  544

seq1  AATGATACATTTGGTTTCTGGTATTTTTTTCTGGAAGCTTGGAGCTCCTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATACATTTGGTTTCTGGTATTTTTTTCTGGAAGCTTGGAGCTCCTG  594

seq1  GTGTCACTTGGCCACCTTTAATGCTCTAAATGTTAGAGTCTTAATTTTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACTTGGCCACCTTTAATGCTCTAAATGTTAGAGTCTTAATTTTTT  644

seq1  TCTTCTTTTTTTTAACTAGTGTGTGGAAATTTTGTATTCTAACAGGGTGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTTTTTTAACTAGTGTGTGGAAATTTTGTATTCTAACAGGGTGA  694

seq1  TGTCAGGAGGTAAGTCCTTGGTAGAGAACATGGCTATAGAAGCTGAGTCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGAGGTAAGTCCTTGGTAGAGAACATGGCTATAGAAGCTGAGTCC  744

seq1  TAACAAACAATTCTTGATCCTTTACAGTGAAAGCAAAAGCATGCTATTAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAACAATTCTTGATCCTTTACAGTGAAAGCAAAAGCATGCTATTAA  794

seq1  ATGACTCCAATTAAAACACTATTCCACCTTTTCTGATGTAAATGTGTTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCCAATTAAAACACTATTCCACCTTTTCTGATGTAAATGTGTTTG  844

seq1  ACCTCTCAATGATATTTAACCCTCTCTTGTTCTCATATGAACTACTGAGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCAATGATATTTAACCCTCTCTTGTTCTCATATGAACTACTGAGA  894

seq1  ATTGTGTTTACTTGTCAAAGGGTTAGCATACTCCAGCTTCCAGGGTAACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTTTACTTGTCAAAGGGTTAGCATACTCCAGCTTCCAGGGTAACA  944

seq1  AGGGAAATAAGTAATAGTTGTCTTGCTTGACAAAAGAATAGGGTCCCTAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATAAGTAATAGTTGTCTTGCTTGACAAAAGAATAGGGTCCCTAG  994

seq1  TTATCTGTAGGAAGAGGGGAAAAACCAACAAAACAAAAACCTTGTTTGAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGTAGGAAGAGGGGAAAAACCAACAAAACAAAAACCTTGTTTGAA  1044

seq1  TTTTCTGTTTCTTCTCCCTTGTGTTTTCTCTTTAGTGAATAGTTATCTGG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTTTCTTCTCCCTTGTGTTTTCTCTTTAGTGAATAGTTATCTGG  1094

seq1  CTAAATTATTCATCACCGAGTGCTTCCTGGAGGAAATGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTATTCATCACCGAGTGCTTCCTGGAGGAAATGAATTC  1137


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |