BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248D08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 123,498,736 - 123,653,487
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTm9sf2, LOC621710, Clybl, 1700108J01Rik, EG328479, EG432907, Zic5, Zic2, ENSMUSG00000075465, LOC668847, Pcca, BC006662, 4930594M22Rik, Tmtc4
Downstream geneVgcnl1, Itgbl1, LOC668700, Fgf14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248D08.bB6Ng01-248D08.g
ACCGA056342GA056343
length1,1711,152
definitionB6Ng01-248D08.b B6Ng01-248D08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,652,317 - 123,653,487)(123,498,736 - 123,499,889)
sequence
gaattcaggacaccgaattaaggtgctacaagaacaaagagtggttggaa
cagaaattccaaaatctaacgggataacagactccagagaagattacata
cacagagcttgctttagatggaggtgcataaaagtttaaattaagcaaaa
ggaaaagcaaagatagatttggaaaaatgcacctgtaatgaacagctaat
aatgttggtgatgtgataatggtttctttaatttatttacttttaattac
tggaaaatcaattaagaaaagaactacagatccaaagagaaatttcacca
agaccagaattttaaggagacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacatcaacaaaccagaaagttggctatcctttggccagatagcat
aagactatggagattagctttttgagcacagtcaagttttgtttaatttt
agtttggaagacttctgaggtagagagaagaatatgtggataatcgatcc
aacctcaagatcatgccaggttttacattccaagtgggtatctgctcctg
cagagagagcagaacatgtggatcaaattaacctccatacatgaattcag
ccacaacatagctcctcacagctgctaagagatggaaacattcccactca
tatcctgtttcatctgaacttttagttggtctttttgcaattcatgtcct
ggtcctgctcaaaggtaccagttacctgaggtcactgaagagtcacttag
atggaagagctgcagcccacctgttttcattatgtgtcaccgagttgaat
taagtaaagctaaattttcatgatcacacaaggattttcttgatccttct
cagtgacaattgccatacccatataccacctttcctgtcctgagacagat
tgcttaaaaacagcaagtatttctcattttaaattcagtgtaagcccttc
acaggcactttaatatatagaagcagtagagctttaatataatattttcc
catgcattttcattttattaatccatatgaaaagcagtaatttatctggt
gtttcattctctgcttttgacccacctagtcttgtacctagttagatgct
cacaagaacaaacctgcctgtcaacctgagttgagccatgatgtgtgtcc
aggttacataatatccatatg
gaattcaaaacagaacagaaagtctggtctgagaaattgctgaattaagc
aatgggaaggctgaacatgcatcaagcaccaggcatgctttcagttgctg
cacaaggtagtacaagaaagtgaaattgcttttctgagttgctcaccaca
tcagggccagagtgcaatgtgctgggaagttattatgggtcaagttgtgc
acctcacagattcttatctggaaatcataactaaactcaagttcccaaga
aggtgagctggtttgcaaaaggagttgttaatgatctaacaagttaagag
aggtccttggggcaggatcctgtcccatgtaattggggatttggtgatag
acatatgttcagacgaaagtcttgtaaagacagggtcaaagcagtcatat
gtctatactaaggagaataagaaagttagccatccctagaaaccagagga
agggcctggaatgacttcttcccattgctgttagaaggaacctatcctga
tgataccctgaccccagacttccatccctgagaactttgagacagcacat
ctgtgtggcttgagattctctgttggtggtgctttcataaagcagcccca
gcaagtcaacactgagtgtaagatcaagccttggtgcatagacctctgtg
cacacatgtgggtcttatcagcagtttcagtggccttcaagaggctcata
cttccagtggtagagataggccctaacttaggtatcaagactgacaagtg
tccaccttgctggccccaagactttgttatattctgtgtgctggaaagga
gggtggagaagtgcctctagagccagttggctgcactgtccttccatcat
gaactttgtagtgatttgtctttagagggatagatttttatcctagattt
tgggtttgttcttgcagcctatctgcacgggttcaaatattcactgttac
ttatgctgtgctgagaagttacaacatcttttccatgccctgtctcctgt
tttcagaatgagaataaaaatggtatctgtttattgtttcccaacacatt
gatacattgcataatcaatgactcagccacaccatgatttatttttccac
tggtggcagaaatctggaattccagtttggcaggtcatagtcctctgaaa
aa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_123652317_123653487
seq2: B6Ng01-248D08.b_47_1217 (reverse)

seq1  CATATGGATATTATGTAAAACTGTGGCCACACATTTCATTTGCTCAACAC  50
      ||||||||||||||||||     ||| ||||||  ||| | ||||||| |
seq2  CATATGGATATTATGTAA---CCTGGACACACA--TCA-TGGCTCAACTC  44

seq1  AGTGTGACCAGCA-GTTTG-TCTTGTGAGCATCTTAAAACTAGTTAC-AG  97
      ||  ||||  ||| ||||| ||||||||||||||   |||||| ||| ||
seq2  AGGTTGACAGGCAGGTTTGTTCTTGTGAGCATCT---AACTAGGTACAAG  91

seq1  ACTA-GTGGGTC-AAAGCAGAGAATGAAACAACAGATAAATTACTGCTTT  145
      |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGTGGGTCAAAAGCAGAGAATGAAACACCAGATAAATTACTGCTTT  141

seq1  TCATTATGGA-TAAT-AAATGAAAATGCATGGGAAAATATTATATT-AAG  192
      ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCA-TATGGATTAATAAAATGAAAATGCATGGGAAAATATTATATTAAAG  190

seq1  CTCTACTGCTTCTATATATTTAAGTGCCTGTGAA-GGCTTACACTGAATT  241
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCTACTGCTTCTATATATTAAAGTGCCTGTGAAGGGCTTACACTGAATT  240

seq1  TAAAATGAGAAATACTTGCTGTTTTTAAGCAATCTGTCTCAGGACAGG-A  290
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAAAATGAGAAATACTTGCTGTTTTTAAGCAATCTGTCTCAGGACAGGAA  290

seq1  AGGTGGTATATGGGTATGGCAATTGTCACTGAGAAGGATCAAGAAAATCC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTATATGGGTATGGCAATTGTCACTGAGAAGGATCAAGAAAATCC  340

seq1  TTGTGTGATCATGAAAATTTAGCTTTACTTAATTCAACTCGGTGACACAT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGATCATGAAAATTTAGCTTTACTTAATTCAACTCGGTGACACAT  390

seq1  AATGAAAACAGGTGGGCTGCAGCTCTTCCATCTAAGTGACTCTTCAGTGA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAACAGGTGGGCTGCAGCTCTTCCATCTAAGTGACTCTTCAGTGA  440

seq1  CCTCAGGTAACTGGTACCTTTGAGCAGGACCAGGACATGAATTGCAAAAA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGTAACTGGTACCTTTGAGCAGGACCAGGACATGAATTGCAAAAA  490

seq1  GACCAACTAAAAGTTCAGATGAAACAGGATATGAGTGGGAATGTTTCCAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACTAAAAGTTCAGATGAAACAGGATATGAGTGGGAATGTTTCCAT  540

seq1  CTCTTAGCAGCTGTGAGGAGCTATGTTGTGGCTGAATTCATGTATGGAGG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGCAGCTGTGAGGAGCTATGTTGTGGCTGAATTCATGTATGGAGG  590

seq1  TTAATTTGATCCACATGTTCTGCTCTCTCTGCAGGAGCAGATACCCACTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTGATCCACATGTTCTGCTCTCTCTGCAGGAGCAGATACCCACTT  640

seq1  GGAATGTAAAACCTGGCATGATCTTGAGGTTGGATCGATTATCCACATAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTAAAACCTGGCATGATCTTGAGGTTGGATCGATTATCCACATAT  690

seq1  TCTTCTCTCTACCTCAGAAGTCTTCCAAACTAAAATTAAACAAAACTTGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTCTACCTCAGAAGTCTTCCAAACTAAAATTAAACAAAACTTGA  740

seq1  CTGTGCTCAAAAAGCTAATCTCCATAGTCTTATGCTATCTGGCCAAAGGA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTCAAAAAGCTAATCTCCATAGTCTTATGCTATCTGGCCAAAGGA  790

seq1  TAGCCAACTTTCTGGTTTGTTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAACTTTCTGGTTTGTTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  840

seq1  GTGTGTGTGTGTCTCCTTAAAATTCTGGTCTTGGTGAAATTTCTCTTTGG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTCTCCTTAAAATTCTGGTCTTGGTGAAATTTCTCTTTGG  890

seq1  ATCTGTAGTTCTTTTCTTAATTGATTTTCCAGTAATTAAAAGTAAATAAA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAGTTCTTTTCTTAATTGATTTTCCAGTAATTAAAAGTAAATAAA  940

seq1  TTAAAGAAACCATTATCACATCACCAACATTATTAGCTGTTCATTACAGG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAACCATTATCACATCACCAACATTATTAGCTGTTCATTACAGG  990

seq1  TGCATTTTTCCAAATCTATCTTTGCTTTTCCTTTTGCTTAATTTAAACTT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTTTCCAAATCTATCTTTGCTTTTCCTTTTGCTTAATTTAAACTT  1040

seq1  TTATGCACCTCCATCTAAAGCAAGCTCTGTGTATGTAATCTTCTCTGGAG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCACCTCCATCTAAAGCAAGCTCTGTGTATGTAATCTTCTCTGGAG  1090

seq1  TCTGTTATCCCGTTAGATTTTGGAATTTCTGTTCCAACCACTCTTTGTTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTATCCCGTTAGATTTTGGAATTTCTGTTCCAACCACTCTTTGTTC  1140

seq1  TTGTAGCACCTTAATTCGGTGTCCTGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCACCTTAATTCGGTGTCCTGAATTC  1171

seq1: chr14_123498736_123499889
seq2: B6Ng01-248D08.g_65_1216

seq1  GAATTCAAAACAGAACAGAAAGTCTGGTCTGAGAAATTGCTGAATTAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAACAGAACAGAAAGTCTGGTCTGAGAAATTGCTGAATTAAGC  50

seq1  AATGGGAAGGCTGAACATGCATCAAGCACCAGGCATGCTTTCAGTTGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAAGGCTGAACATGCATCAAGCACCAGGCATGCTTTCAGTTGCTG  100

seq1  CACAAGGTAGTACAAGAAAGTGAAATTGCTTTTCTGAGTTGCTCACCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGTAGTACAAGAAAGTGAAATTGCTTTTCTGAGTTGCTCACCACA  150

seq1  TCAGGGCCAGAGTGCAATGTGCTGGGAAGTTATTATGGGTCAAGTTGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGCCAGAGTGCAATGTGCTGGGAAGTTATTATGGGTCAAGTTGTGC  200

seq1  ACCTCACAGATTCTTATCTGGAAATCATAACTAAACTCAAGTTCCCAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACAGATTCTTATCTGGAAATCATAACTAAACTCAAGTTCCCAAGA  250

seq1  AGGTGAGCTGGTTTGCAAAAGGAGTTGTTAATGATCTAACAAGTTAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGCTGGTTTGCAAAAGGAGTTGTTAATGATCTAACAAGTTAAGAG  300

seq1  AGGTCCTTGGGGCAGGATCCTGTCCCATGTAATTGGGGATTTGGTGATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTTGGGGCAGGATCCTGTCCCATGTAATTGGGGATTTGGTGATAG  350

seq1  ACATATGTTCAGACGAAAGTCTTGTAAAGACAGGGTCAAAGCAGTCATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTTCAGACGAAAGTCTTGTAAAGACAGGGTCAAAGCAGTCATAT  400

seq1  GTCTATACTAAGGAGAATAAGAAAGTTAGCCATCCCTAGAAACCAGAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATACTAAGGAGAATAAGAAAGTTAGCCATCCCTAGAAACCAGAGGA  450

seq1  AGGGCCTGGAATGACTTCTTCCCATTGCTGTTAGAAGGAACCTATCCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTGGAATGACTTCTTCCCATTGCTGTTAGAAGGAACCTATCCTGA  500

seq1  TGATACCCTGACCCCAGACTTCCATCCCTGAGAACTTTGAGACAGCACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACCCTGACCCCAGACTTCCATCCCTGAGAACTTTGAGACAGCACAT  550

seq1  CTGTGTGGCTTGAGATTCTCTGTTGGTGGTGCTTTCATAAAGCAGCCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGCTTGAGATTCTCTGTTGGTGGTGCTTTCATAAAGCAGCCCCA  600

seq1  GCAAGTCAACACTGAGTGTAAGATCAAGCCTTGGTGCATAGACCTCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTCAACACTGAGTGTAAGATCAAGCCTTGGTGCATAGACCTCTGTG  650

seq1  CACACATGTGGGTCTTATCAGCAGTTTCAGTGGCCTTCAAGAGGCTCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGTGGGTCTTATCAGCAGTTTCAGTGGCCTTCAAGAGGCTCATA  700

seq1  CTTCCAGTGGTAGAGATAGGCCCTAACTTAGGTATCAAGACTGACAAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGTGGTAGAGATAGGCCCTAACTTAGGTATCAAGACTGACAAGTG  750

seq1  TCCACCTTGCTGGCCCCAAGACTTTGTTATATTCTGTGTGCTGG-AAGGA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCACCTTGCTGGCCCCAAGACTTTGTTATATTCTGTGTGCTGGAAAGGA  800

seq1  GGGTGGAGAAGTGCCTCTAGAGCCAGTTGGCTGCACTGTCCTTCCATCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGAGAAGTGCCTCTAGAGCCAGTTGGCTGCACTGTCCTTCCATCAT  850

seq1  GAACTTTGTAGTGATTTGTCTTTAGAGGGATAGATTTTTATCCTAGATTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTGTAGTGATTTGTCTTTAGAGGGATAGATTTTTATCCTAGATTT  900

seq1  TGGGTTTGTTC-TGCAGCCTATCTGCACGGGTTCAAATATTCACTGTTAC  948
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTGTTCTTGCAGCCTATCTGCACGGGTTCAAATATTCACTGTTAC  950

seq1  TTATGCTGTGCTGAGAAGTTACAACATC-TTTCCATG-CCTGTCTCCCTG  996
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||
seq2  TTATGCTGTGCTGAGAAGTTACAACATCTTTTCCATGCCCTGTCT-CCTG  999

seq1  TTTTCAGAATGAAGATAAAAATGGTATCTGTTTA-TGTTTCCCAACACCA  1045
      ||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||  
seq2  TTTTCAGAATGAGAATAAAAATGGTATCTGTTTATTGTTTCCCAACAC--  1047

seq1  TTTTGATACATTGCCATAATCAAATGACTCAG-CACAACATGAATTTATT  1094
        ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||
seq2  -ATTGATACATTG-CATAATC-AATGACTCAGCCACACCATG-ATTTATT  1093

seq1  TTTTCACT-GTGGCAGAAAAATCT-GAATTCAGGGTTTGGCAGGGTCATA  1142
      ||| |||| |||||||  |||||| ||||||   |||||||| |||||||
seq2  TTTCCACTGGTGGCAG--AAATCTGGAATTC-CAGTTTGGCA-GGTCATA  1139

seq1  GT-CTCTGAAAAA  1154
      || ||||||||||
seq2  GTCCTCTGAAAAA  1152