BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259D03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 94,138,267 - 94,164,769
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcdh9
Upstream geneLOC668566
Downstream geneLOC100043356
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259D03.bB6Ng01-259D03.g
ACCGA064442GA064443
length1,1971,178
definitionB6Ng01-259D03.b B6Ng01-259D03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,138,267 - 94,139,486)(94,163,588 - 94,164,769)
sequence
gaattctttcacttgacattgaaacaggaaagatttggtccttttgtttt
gactgaactttattttgaaaaattagtataatcacagataagctactaag
atatatgttaattagattacttagccaagaagttgggaaatagaaatcag
tacatgtttcaaaaaagaaaaaaaattacaaagctatgttttgagaaaaa
tattctatcccttacatatctgctgataataaaaactaaaaaacattgca
gagaacatgcttgcagtatgaattacagtttatagaatgtgtatcttacc
ataccatgaggaatctgtgtcttaagaattttttataaaataatgaaggg
actgaatggtgtgtgtgaagggttgtttctcgtgctccttttgaaaggtg
aatgataaccatgtgcatgacaaacgtttccactcatggatacttggcag
ccagtaaaatatagctcagaagttttggtcatggagttttaaaatcaaag
aaaatgtatgttcaaatctaaagcataacacaaaagttttacttagagct
ctgtctatcaaattattacttatagaactcaaaaagaagtttttacatag
acaaactatggatagtgttatatgattttaattatccccactctttagca
gtttaatctgttgaaaatatgattagtatgattattataaaataaaaatg
atatgattaggatgaagtaaaatgaacaacctctaagttattcatatttg
ttcacacctactatctttttctatatgacctgctaaagtatgtacaattt
gttttcctttgttcgaaggtgtataataaatactcagatgataattacat
gaactcatgtccctccagcattcaaagctgaaatagttttgcatcaaatt
tacaagtatctgctccacttttttccttgtctttcttttagacaggacca
ggtctgattcagaatgcattggccccaggggaaaaattctgaaacagaat
agaatgttgggacaaacatttgggttcatcatgctcagactccagatcac
aataagataatggactcatgaaattgcaaagcttctgtcagtaaagaaca
tcaatgtcatattacaaattgccactagatgaaaagattcttactacaac
atcaatgagggttagtatcgaaatatatatgacttaaaaccaaataa

gaattctatgaaatgtaaacaaatgttaaacttaaaaaattttgagcaga
aacaggattggcattgaattcaatgcacatagatcaatagagttgggcag
tgctttccagatctctaagcatctaagtgatgcccatagaatttctactt
agatatcatattttatgttcttcagttcacattctattatattatactac
cctataacatcatttaatatttttaagtcatttgtcacaatgtttatttt
gttttacaaatcttgacaatgaaaatattttggggtgtttatttagtagg
aattagagtacacagttagatattatgtgaacatattgtgtatatgtgac
tctgtttttgaaccaatgaacaaaatgtcttttgaagaattattctagtt
tttacagtattacctttaaacttttattcataagtgtggatatttataag
tgtacactctggagacctgatctggtagtgtgcccacaacaggaagcatt
ttagatttgtactgtttttttttcttgtttctagcaattccgtgtattta
tttttcctttatatcaataatgcatagatggttttcctgccttataattg
ccttggtgtgggtagtagaatattaaaattaatctcagattttctttttg
ttcttttttggaaagcataaccataagtcaaatagttatgagatcaaaaa
tttaatgcaaagggaagttgtaagatttttttcctgcagtttctatcata
aaaccccttgattctgttatagccataattagtccctttttctcatggta
aacatattaacaagtaaagtatattttccattttattccattcctatgct
ttgtgtttcatgtgatgacttattttctaattggcttgtgcctatgcata
tagttcatttattttgcaacacagtttctatgcatactccacatccatta
tataagagatagacagagaactaattcactagcataagatctgtagcact
gtgatctgaaataaggttgttctctgtgtactggggttatcctaagttct
gtttgcagtgtagagacagctgataagaacagtccaccaattgtgacagc
tctttaagttgtcctattcacctgaataaatggatcaaatcccgtcgttt
gtcttggctgaaagtctgagctactaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_94138267_94139486
seq2: B6Ng01-259D03.b_43_1239

seq1  GAATTCTTTCACTTGACATTGAAACAGGAAAGATTTGGTCCTTTTGTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCACTTGACATTGAAACAGGAAAGATTTGGTCCTTTTGTTTT  50

seq1  GACTGAACTTTATTTTGAAAAATTAGTATAATCACAGATAAGCTACTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAACTTTATTTTGAAAAATTAGTATAATCACAGATAAGCTACTAAG  100

seq1  ATATATGTTAATTAGATTACTTAGCCAAGAAGTTGGGAAATAGAAATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTTAATTAGATTACTTAGCCAAGAAGTTGGGAAATAGAAATCAG  150

seq1  TACATGTTTCAAAAAAGAAAAAAAATTACAAAGCTATGTTTTGAGAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTTTCAAAAAAGAAAAAAAATTACAAAGCTATGTTTTGAGAAAAA  200

seq1  TATTCTATCCCTTACATATCTGCTGATAATAAAAACTAAAAAACATTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATCCCTTACATATCTGCTGATAATAAAAACTAAAAAACATTGCA  250

seq1  GAGAACATGCTTGCAGTATGAATTACAGTTTATAGAATGTGTATCTTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACATGCTTGCAGTATGAATTACAGTTTATAGAATGTGTATCTTACC  300

seq1  ATACCATGAGGAATCTGTGTCTTAAGAATTTTTTATAAAATAATGAAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATGAGGAATCTGTGTCTTAAGAATTTTTTATAAAATAATGAAGGG  350

seq1  ACTGAATGGTGTGTGTGAAGGGTTGTTTCTCGTGCTCCTTTTGAAAGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATGGTGTGTGTGAAGGGTTGTTTCTCGTGCTCCTTTTGAAAGGTG  400

seq1  AATGATAACCATGTGCATGACAAACGTTTCCACTCATGGATACTTGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAACCATGTGCATGACAAACGTTTCCACTCATGGATACTTGGCAG  450

seq1  CCAGTAAAATATAGCTCAGAAGTTTTGGTCATGGAGTTTTAAAATCAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAAATATAGCTCAGAAGTTTTGGTCATGGAGTTTTAAAATCAAAG  500

seq1  AAAATGTATGTTCAAATCTAAAGCATAACACAAAAGTTTTACTTAGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTATGTTCAAATCTAAAGCATAACACAAAAGTTTTACTTAGAGCT  550

seq1  CTGTCTATCAAATTATTACTTATAGAACTCAAAAAGAAGTTTTTACATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTATCAAATTATTACTTATAGAACTCAAAAAGAAGTTTTTACATAG  600

seq1  ACAAACTATGGATAGTGTTATATGATTTTAATTATCCCCACTCTTTAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTATGGATAGTGTTATATGATTTTAATTATCCCCACTCTTTAGCA  650

seq1  GTTTAATCTGTTGAAAATATGATTAGTATGATTATTATAAAATAAAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATCTGTTGAAAATATGATTAGTATGATTATTATAAAATAAAAATG  700

seq1  ATATGATTAGGATGAAGTAAAATGAACAACCTCTAAGTTATTCATATTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATTAGGATGAAGTAAAATGAACAACCTCTAAGTTATTCATATTTG  750

seq1  TTCACACCTACTATCTTTTTCTATATGACCTGCTAAAGTATGTACAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACCTACTATCTTTTTCTATATGACCTGCTAAAGTATGTACAATTT  800

seq1  GTTTTCCTTTGTTCGAAGGTGTATAATAAATACTCAGATGATAATTACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCTTTGTTCGAAGGTGTATAATAAATACTCAGATGATAATTACAT  850

seq1  GAACTCATGTCCCTCCAGCATTCAAAGCTGAAATAGTTTTGCATCAAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCATGTCCCTCCAGCATTCAAAGCTGAAATAGTTTTGCATCAAATT  900

seq1  TACAAGTATCTGCTCCACTTTTTTCCTTGTCTTTCTTTTAGACAGGACCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTATCTGCTCCACTTTTTTCCTTGTCTTTCTTTTAGACAGGACCA  950

seq1  GGTCTGATTCAGAATGCATTGGCCCAGGGGGAAAAAATTCTGAAACAGAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGATTCAGAATGCATTGGCCCCAGGGG-AAAAATTCTGAAACAGAA  999

seq1  TAGAATGTTGGGAC-AACATTTGGGTTCATCAATGGCTCAGACTCCAGAT  1049
      |||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  TAGAATGTTGGGACAAACATTTGGGTTCATCA--TGCTCAGACTCCAGAT  1047

seq1  CAACAAT-AGATAAATGGGACCTCATGAAATTGCAAAGCTTCTGTCAGGT  1098
      | ||||| |||| |||||   |||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  C-ACAATAAGAT-AATGG--ACTCATGAAATTGCAAAGCTTCTGTCA-GT  1092

seq1  AAAAGACATTCATTGTCAATATTACAAAATGGCAACTTAAAGATTGGAAA  1148
      |||  ||| ||| |||| ||||||| |||| || |||   ||||    ||
seq2  AAAGAACA-TCAATGTC-ATATTAC-AAATTGCCACT---AGAT---GAA  1133

seq1  AAGATCTTCACTAACCATACATCACATAGAGGGTTAGTATCCAAAATATA  1198
      |||||  | ||||  || |||||| || |||||||||||| | |||||||
seq2  AAGATTCTTACTA--CA-ACATCA-AT-GAGGGTTAGTAT-CGAAATATA  1177

seq1  TAATGAACTTAAAACCAAATAA  1220
      | ||| ||||||||||||||||
seq2  T-ATG-ACTTAAAACCAAATAA  1197


seq1: chr14_94163588_94164769
seq2: B6Ng01-259D03.g_65_1242 (reverse)

seq1  CTTAGTAACTCAGAATTCTCAG-CAAGACAAAGGACGGGGATTTGATTCA  49
      ||||||| |||||| || |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||
seq2  CTTAGTAGCTCAGACTT-TCAGCCAAGACAAACGAC-GGGATTTGATCCA  48

seq1  TTTTATCAGGGTGATAGGACAACTTTAAAGAGCTGTTCACAATTGGTTGA  99
      |||  |||||   |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  TTTATTCAGGTGAATAGGACAAC-TTAAAGAGCTG-TCACAATTGGTGGA  96

seq1  CTGTTCTTATCAGCTGTTCTCTTACACTGCCAACAG-ACTTAGGATAACC  148
      |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  CTGTTCTTATCAGCTG-TCTC-TACACTGCAAACAGAACTTAGGATAACC  144

seq1  CCAGTACACAGGAGAACAACCTTATTTCAGATCACAGTGCTACAGATCTT  198
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACACA-GAGAACAACCTTATTTCAGATCACAGTGCTACAGATCTT  193

seq1  ATGCTAGTGAATTAGTTCTCTGTCTATCTCTTATATAATGGATGTGGAGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGTGAATTAGTTCTCTGTCTATCTCTTATATAATGGATGTGGAGT  243

seq1  ATGCATAG-AACTGTGTTGCAAAATAAATGAACTATATGCATAGGCACAA  297
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAGAAACTGTGTTGCAAAATAAATGAACTATATGCATAGGCACAA  293

seq1  GCCAATTAGAAAATAAGTCATCACATGAAACACAAAGCATAGGAATGGAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTAGAAAATAAGTCATCACATGAAACACAAAGCATAGGAATGGAA  343

seq1  TAAAATGGAAAATATACTTTACTTGTTAATATGTTTACCATGAGAAAAAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGGAAAATATACTTTACTTGTTAATATGTTTACCATGAGAAAAAG  393

seq1  GGACTAATTATGGCTATAACAGAATCAAGGGGTTTTATGATAGAAACTGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTAATTATGGCTATAACAGAATCAAGGGGTTTTATGATAGAAACTGC  443

seq1  AGGAAAAAAATCTTACAACTTCCCTTTGCATTAAATTTTTGATCTCATAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAAATCTTACAACTTCCCTTTGCATTAAATTTTTGATCTCATAA  493

seq1  CTATTTGACTTATGGTTATGCTTTCCAAAAAAGAACAAAAAGAAAATCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGACTTATGGTTATGCTTTCCAAAAAAGAACAAAAAGAAAATCTG  543

seq1  AGATTAATTTTAATATTCTACTACCCACACCAAGGCAATTATAAGGCAGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAATTTTAATATTCTACTACCCACACCAAGGCAATTATAAGGCAGG  593

seq1  AAAACCATCTATGCATTATTGATATAAAGGAAAAATAAATACACGGAATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCATCTATGCATTATTGATATAAAGGAAAAATAAATACACGGAATT  643

seq1  GCTAGAAACAAGAAAAAAAAACAGTACAAATCTAAAATGCTTCCTGTTGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAACAAGAAAAAAAAACAGTACAAATCTAAAATGCTTCCTGTTGT  693

seq1  GGGCACACTACCAGATCAGGTCTCCAGAGTGTACACTTATAAATATCCAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACACTACCAGATCAGGTCTCCAGAGTGTACACTTATAAATATCCAC  743

seq1  ACTTATGAATAAAAGTTTAAAGGTAATACTGTAAAAACTAGAATAATTCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATGAATAAAAGTTTAAAGGTAATACTGTAAAAACTAGAATAATTCT  793

seq1  TCAAAAGACATTTTGTTCATTGGTTCAAAAACAGAGTCACATATACACAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGACATTTTGTTCATTGGTTCAAAAACAGAGTCACATATACACAA  843

seq1  TATGTTCACATAATATCTAACTGTGTACTCTAATTCCTACTAAATAAACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCACATAATATCTAACTGTGTACTCTAATTCCTACTAAATAAACA  893

seq1  CCCCAAAATATTTTCATTGTCAAGATTTGTAAAACAAAATAAACATTGTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAATATTTTCATTGTCAAGATTTGTAAAACAAAATAAACATTGTG  943

seq1  ACAAATGACTTAAAAATATTAAATGATGTTATAGGGTAGTATAATATAAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGACTTAAAAATATTAAATGATGTTATAGGGTAGTATAATATAAT  993

seq1  AGAATGTGAACTGAAGAACATAAAATATGATATCTAAGTAGAAATTCTAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTGAACTGAAGAACATAAAATATGATATCTAAGTAGAAATTCTAT  1043

seq1  GGGCATCACTTAGATGCTTAGAGATCTGGAAAGCACTGCCCAACTCTATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCACTTAGATGCTTAGAGATCTGGAAAGCACTGCCCAACTCTATT  1093

seq1  GATCTATGTGCATTGAATTCAATGCCAATCCTGTTTCTGCTCAAAATTTT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTATGTGCATTGAATTCAATGCCAATCCTGTTTCTGCTCAAAATTTT  1143

seq1  TTAAGTTTAACATTTGTTTACATTTCATAGAATTC  1182
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTTAACATTTGTTTACATTTCATAGAATTC  1178


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |