BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259P13
Chromosome14 (Build37)
Map Location 25,268,317 - 25,379,304
singlet/doubletdoublet
Overlap genePolr3a, Rps24
Upstream geneKcnma1, LOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik, LOC669325
Downstream geneLOC669315, LOC100039411, Zmiz1, I920194n01, LOC100039007
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259P13.bB6Ng01-259P13.g
ACCGA065016GA065017
length1,1451,179
definitionB6Ng01-259P13.b B6Ng01-259P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,378,155 - 25,379,304)(25,268,317 - 25,269,494)
sequence
gaattctgcatccagagatgcagcagccacataccaacaaccctgggtcc
tgtcagtgtctgctccctaaatccactccttctgtctttcattcaaatct
gctcatccataccttggctgaaatcattgcaaaggagttttccaaaggac
acaaccatagacacatacaagaacactgcccctgggaagtgaataacagt
gtttttatatcagaggacagcaagcaagcacttgcatgctgactaaaatt
tcagttggttaaaacagagtctatgcccacctacaggaatggcctgcatc
cattctttaatgatgttatagaaaagtacataatgacttggaaaattgct
cctaatatatatttaagtgctaaaagcatattacagaacggtgtgtgaag
aatgatgctatttttggagtatttatttatgtatttgggggaaagactgc
aaaaaaaaaaaaaaacctcattgaaattatcaacatggctatggtgtgta
aacatgcacaccttgtagtgtacagacatttactctttattttctctttg
gtgctgtggacggaatccaaagcctttaccttgctaagcaagccctccac
caatgagctaaatccttagcctcaccttaccctccagcagccactctgct
gctcctcttctcttttcagcaaactccttgaaagaggagctcatgggtgt
actcgacgaatgacagcaattattaggagttatgaaaatcattagacatg
catggcaattatctccagagtcagaaacgcacagaacattctaccactgc
acagcagactgagaggaatgtggggatgtcaggagcagctcagctctcgt
atcccctgagtctcagaggaagcctacaaaagggatgtgatggaatgcca
tcgatccactcccacaacacagcttcgaacagcagtcgccatgcccctca
ccaaacaatgagcataaaacctaagcatgctatgtgtgcatggcacagga
tcagcagtgacggttttgtattaatccaagccacctgtacctgatttaaa
ttgaaagtaagcggacttgggtcaagacgaatctgcattgaacctgccaa
gatactttctgcattgcaacctggaagttgtcagttctctaagtc

gaattcatgtgtgtcaaatatcaggggtctcctgggtggtttggggtccc
tgttggctttgtgtaacagcttgaagagcccagttccgatgttcatcggg
attcccatgatgatgcactcagacactcctgaaaccaaacacaaccgtgc
ttagagagggactcagagtggggaaaccattactcactgaggactgtaca
tttgagatttgaggcccagctctaccatgtatcacctgcctagaccctgc
tcattttccttcctgtgtacgaatacaagggcaaaggctgaggagccatg
aaggacagtgcctaccacagtctactaggtcaatggaaaccaagtcagct
cagccatttctaaaacctgagtcaaaaagcagcagatagatagtctttgg
gaaacagctcgatagcaggaagtctgcacgtgatcaggagatgagtttgt
cacttgccttccttaacctagcgcctggaagaaaggatgacaacagctga
aagtgcagggccctgggttccagtgcccgagtcacaacactgagaagggc
ttccactgcctgagaagggtgggggcagaattcccctctcggcttcactt
caaatctttcttttcccagttttggtttttcaaggcaaagtttctctgct
taccctggcatccctggaaatccctctgtggaccacctggcctcaaactc
aagagacctgcttgcttctgccttcatagtgcttgggattataggtgtat
accaccactgggcagctttagttagttttaaaagctcaaagtctaggctc
tgtgcatgtctctgattctccaggaagcaatcaagaggcagacacattac
aggttgatgtcaaagagacaaagcgccaacctacacccaatatacaagga
gagctactgttgagctagagtgctccagtcatagagacaggcaatttccc
agtaggatggggggaagaggctgttgctaaggcttgcatggtgttcaatg
ttggtggaaggagcatcagaaaagtgggtgtgtacagctggagcaaagac
cagtcttcctagtcaggtggtgctagtctcaggtccagtatctccacagc
ctagctctactctgctaatgctggcctctctatgctagctcctcaacgtt
actcgagtgcacatgggatatttttaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_25378155_25379304
seq2: B6Ng01-259P13.b_46_1190 (reverse)

seq1  GACTTAGAGAAACTGGACAACTTTCCCAGGGTTGCATAGCCAGGAAGTAT  50
      ||||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||| |  ||| ||||||
seq2  GACTTAGAG-AACT-GACAACTT--CCA-GGTTGCA-ATGCAGAAAGTAT  44

seq1  CTGGGCAGGGTTCAAATGCAGATCTGTC-TGACCCAAAGTCCGCTTACTT  99
      || |||| ||||| |||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||
seq2  CTTGGCA-GGTTC-AATGCAGATTCGTCTTGACCC-AAGTCCGCTTACTT  91

seq1  TCAA-TTAAATCAGGTAACAGGT-GCTTGGA-TAATACAAAA-CGTCACT  145
      |||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| |||||||
seq2  TCAATTTAAATCAGGT-ACAGGTGGCTTGGATTAATACAAAACCGTCACT  140

seq1  GCTGATCCTGTGCCATGCACACATAGCATGCTTAGGTTTTATGCTCATTG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATCCTGTGCCATGCACACATAGCATGCTTAGGTTTTATGCTCATTG  190

seq1  TTTGGTGAGGGGCATGGCGACTGCTGTTCGAAGCTGTGTTGTGGGAGTGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGAGGGGCATGGCGACTGCTGTTCGAAGCTGTGTTGTGGGAGTGG  240

seq1  ATCGATGGCATTCCATCACATCCCTTTTGTAGGCTTCCTCTGAGACTCAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGATGGCATTCCATCACATCCCTTTTGTAGGCTTCCTCTGAGACTCAG  290

seq1  GGGATACGGGAGCTGAGCTGCTCCTGACATCCCCACATTCCTCTCAGTCT  345
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATACGAGAGCTGAGCTGCTCCTGACATCCCCACATTCCTCTCAGTCT  340

seq1  GCTGTGCAGTGGTAGAATGTTCTGTGCGTTTCTGACTCTGGAGATAATTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCAGTGGTAGAATGTTCTGTGCGTTTCTGACTCTGGAGATAATTG  390

seq1  CCATGCATGTCTAATGATTTTCATAACTCCTAATAATTGCTGTCATTCGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCATGTCTAATGATTTTCATAACTCCTAATAATTGCTGTCATTCGT  440

seq1  CGAGTACACCCATGAGCTCCTCTTTCAAGGAGTTTGCTGAAAAGAGAAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTACACCCATGAGCTCCTCTTTCAAGGAGTTTGCTGAAAAGAGAAGA  490

seq1  GGAGCAGCAGAGTGGCTGCTGGAGGGTAAGGTGAGGCTAAGGATTTAGCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGCAGAGTGGCTGCTGGAGGGTAAGGTGAGGCTAAGGATTTAGCT  540

seq1  CATTGGTGGAGGGCTTGCTTAGCAAGGTAAAGGCTTTGGATTCCGTCCAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTGGAGGGCTTGCTTAGCAAGGTAAAGGCTTTGGATTCCGTCCAC  590

seq1  AGCACCAAAGAGAAAATAAAGAGTAAATGTCTGTACACTACAAGGTGTGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCAAAGAGAAAATAAAGAGTAAATGTCTGTACACTACAAGGTGTGC  640

seq1  ATGTTTACACACCATAGCCATGTTGATAATTTCAATGAGGTTTTTTTTTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTACACACCATAGCCATGTTGATAATTTCAATGAGGTTTTTTTTTT  690

seq1  TTTTTGCAGTCTTTCCCCCAAATACATAAATAAATACTCCAAAAATAGCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCAGTCTTTCCCCCAAATACATAAATAAATACTCCAAAAATAGCA  740

seq1  TCATTCTTCACACACCGTTCTGTAATATGCTTTTAGCACTTAAATATATA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTTCACACACCGTTCTGTAATATGCTTTTAGCACTTAAATATATA  790

seq1  TTAGGAGCAATTTTCCAAGTCATTATGTACTTTTCTATAACATCATTAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGCAATTTTCCAAGTCATTATGTACTTTTCTATAACATCATTAAA  840

seq1  GAATGGATGCAGGCCATTCCTGTAGGTGGGCATAGACTCTGTTTTAACCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGATGCAGGCCATTCCTGTAGGTGGGCATAGACTCTGTTTTAACCA  890

seq1  ACTGAAATTTTAGTCAGCATGCAAGTGCTTGCTTGCTGTCCTCTGATATA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAATTTTAGTCAGCATGCAAGTGCTTGCTTGCTGTCCTCTGATATA  940

seq1  AAAACACTGTTATTCACTTCCCAGGGGCAGTGTTCTTGTATGTGTCTATG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTGTTATTCACTTCCCAGGGGCAGTGTTCTTGTATGTGTCTATG  990

seq1  GTTGTGTCCTTTGGAAAACTCCTTTGCAATGATTTCAGCCAAGGTATGGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTCCTTTGGAAAACTCCTTTGCAATGATTTCAGCCAAGGTATGGA  1040

seq1  TGAGCAGATTTGAATGAAAGACAGAAGGAGTGGATTTAGGGAGCAGACAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGATTTGAATGAAAGACAGAAGGAGTGGATTTAGGGAGCAGACAC  1090

seq1  TGACAGGACCCAGGGTTGTTGGTATGTGGCTGCTGCATCTCTGGATGCAG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGACCCAGGGTTGTTGGTATGTGGCTGCTGCATCTCTGGATGCAG  1140

seq1  AATTC  1150
      |||||
seq2  AATTC  1145


seq1: chr14_25268317_25269494
seq2: B6Ng01-259P13.g_71_1249

seq1  GAATTCATGTGTGTCAAATATCAGGGGTCTCCTGGGTGGTTTGGGGTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTGTGTCAAATATCAGGGGTCTCCTGGGTGGTTTGGGGTCCC  50

seq1  TGTTGGCTTTGTGTAACAGCTTGAAGAGCCCAGTTCCGATGTTCATCGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCTTTGTGTAACAGCTTGAAGAGCCCAGTTCCGATGTTCATCGGG  100

seq1  ATTCCCATGATGATGCACTCAGACACTCCTGAAACCAAACACAACCGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCATGATGATGCACTCAGACACTCCTGAAACCAAACACAACCGTGC  150

seq1  TTAGAGAGGGACTCAGAGTGGGGAAACCATTACTCACTGAGGACTGTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGAGGGACTCAGAGTGGGGAAACCATTACTCACTGAGGACTGTACA  200

seq1  TTTGAGATTTGAGGCCCAGCTCTACCATGTATCACCTGCCTAGACCCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGATTTGAGGCCCAGCTCTACCATGTATCACCTGCCTAGACCCTGC  250

seq1  TCATTTTCCTTCCTGTGTACGAATACAAGGGCAAAGGCTGAGGAGCCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCCTTCCTGTGTACGAATACAAGGGCAAAGGCTGAGGAGCCATG  300

seq1  AAGGACAGTGCCTACCACAGTCTACTAGGTCAATGGAAACCAAGTCAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAGTGCCTACCACAGTCTACTAGGTCAATGGAAACCAAGTCAGCT  350

seq1  CAGCCATTTCTAAAACCTGAGTCAAAAAGCAGCAGATAGATAGTCTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATTTCTAAAACCTGAGTCAAAAAGCAGCAGATAGATAGTCTTTGG  400

seq1  GAAACAGCTCGATAGCAGGAAGTCTGCACGTGATCAGGAGATGAGTTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGCTCGATAGCAGGAAGTCTGCACGTGATCAGGAGATGAGTTTGT  450

seq1  CACTTGCCTTCCTTAACCTAGCGCCTGGAAGAAAGGATGACAACAGCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCCTTCCTTAACCTAGCGCCTGGAAGAAAGGATGACAACAGCTGA  500

seq1  AAGTGCAGGGCCCTGGGTTCCAGTGCCCGAGTCACAACACTGAGAAGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCAGGGCCCTGGGTTCCAGTGCCCGAGTCACAACACTGAGAAGGGC  550

seq1  TTCCACTGCCTGAGAAGGGTGGGGGCAGAATTCCCCTCTCGGCTTCACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTGCCTGAGAAGGGTGGGGGCAGAATTCCCCTCTCGGCTTCACTT  600

seq1  CAAATCTTTCTTTTCCCAGTTTTGGTTTTTCAAGGCAAAGTTTCTCTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTTTCTTTTCCCAGTTTTGGTTTTTCAAGGCAAAGTTTCTCTGCT  650

seq1  TACCCTGGCATCCCTGGAAATCCCTCTGTGGACCACCTGGCCTCAAACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTGGCATCCCTGGAAATCCCTCTGTGGACCACCTGGCCTCAAACTC  700

seq1  AAGAGACCTGCTTGCTTCTGCCTTCATAGTGCTTGGGATTATAGGTGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACCTGCTTGCTTCTGCCTTCATAGTGCTTGGGATTATAGGTGTAT  750

seq1  ACCACCACTGGGCAGCTTTAGTTAGTTTTAAAAGCTCAAAGTCTAGGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACTGGGCAGCTTTAGTTAGTTTTAAAAGCTCAAAGTCTAGGCTC  800

seq1  TGTGCATGTCTCTGATTCTCCAGGAAGCAATCAAGAGGCAGACACATTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGTCTCTGATTCTCCAGGAAGCAATCAAGAGGCAGACACATTAC  850

seq1  AGGTTGATGTCAAAGAGACAAAGCGCCAACCTACACCCAATATACAAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGATGTCAAAGAGACAAAGCGCCAACCTACACCCAATATACAAGGA  900

seq1  GAGCTACTGTTGAGCTAGAGTGCTCCAGTCATAGAGACAGGGCAATTTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGCTACTGTTGAGCTAGAGTGCTCCAGTCATAGAGACA-GGCAATTTCC  949

seq1  AAGTAGGATGGGGG--AGAGGCTG-TGCTAAGGC-TGCATGGTG-TCAAT  995
       |||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||
seq2  CAGTAGGATGGGGGGAAGAGGCTGTTGCTAAGGCTTGCATGGTGTTCAAT  999

seq1  G-TGGTGG-AGGAGCATCAG-AAAGTGGGTGTGTACAGCTTGAGCAAAGA  1042
      | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTTGGTGGAAGGAGCATCAGAAAAGTGGGTGTGTACAGCTGGAGCAAAGA  1049

seq1  CCCAGTC-TCCTAGGTCAGGTGGGTGCTAGGTCTCAGTCCCAGTATCT-C  1090
       |||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |
seq2  -CCAGTCTTCCTA-GTCAGGT-GGTGCTA-GTCTCAGGTCCAGTATCTCC  1095

seq1  ACAG-CTAGCTCTACTCTGGCTTATGCCTGGGCTTCTCCTATGCTAAGCC  1139
      |||| ||||||||||||| ||| ||||   ||| ||| ||||||||   |
seq2  ACAGCCTAGCTCTACTCT-GCTAATGC--TGGCCTCT-CTATGCTA--GC  1139

seq1  TCCTCACTTTTCCTTCATTTC-CACTGGGTATTTTTAAGA  1178
      ||||||   || ||  | | | ||  || |||||||||||
seq2  TCCTCAACGTTACTCGAGTGCACATGGGATATTTTTAAGA  1179


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |