BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260O06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 107,815,658 - 107,960,633
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668752
Upstream geneLOC100043809, LOC668736, EG668738, EG668739, LOC621487, EG668743, LOC100043811, LOC621499, LOC100043814, EG668742, LOC668748
Downstream geneEG668754, LOC668757
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260O06.bB6Ng01-260O06.g
ACCGA065698GA065699
length1,1511,183
definitionB6Ng01-260O06.b B6Ng01-260O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,815,658 - 107,816,805)(107,959,446 - 107,960,633)
sequence
gaattctcaacagagagatttcaaatgtccaagggacacttcaagaaata
tttgacatccttagtcatcaggaaaatgcaaatcaaaatgactatgagat
tccaccttacactaatcagaatggctaaggtcaaaaagtgaagtgacagc
acatactaggaagcatgtgggaaagatcacttctctactgctgttgggat
cacaaactggtacaaccactctggaaatcaatctggaagccaggacatca
acctttcctcaggaaactggaaatagttctatgtgaagatccatctctac
cactcctgggcatatcccataaagatgctcaaccacaccacaagaatgca
tgttctactatgtttatagaaaccttatttgaaatagccagaagctgaaa
acaacccagatgcccctcaactgaataatggatgcagtggcctgattaaa
actaatctgtgttccctagagtctcttcaggtaaagctgcttctgaagag
taaccacatgtaagcttttctttaatttctaatatcctggtggcaataat
acactgagtggcaataacttaagctaacactaattgcccccacatacaca
tacacactgcttccttttatttttctttctcttcagactaaatgcagcct
attaaggttatagtacctataaattaacccacaagcatgaaggcatttta
tctcctgtgagggtactgatggcctatctcttcttctttgggcattttgc
ccaattaaagactctgccctcttccttcctctgggctcaaaacctggaaa
tgctctttaatttcatttctaatgttatttagtgagttgtatcatggtgt
tccacctgtttcagcctcctataggcttagatgtttccagaaccttcttt
aactctggttctttaaccattcaacctcccttctactctaccaagcacta
gagctagggaaagagagttaataggagatagaggttgaaaatctgtttaa
aatagttttttttgggggggtaattccaattgcattttaagcagtccagt
ccactacctaaacaccaaaccacaaatcagcagcggcagcttggtccaca
tgggcaaacatcaaacatgcatttagttagcatccagattctcccagatc
a

gaattccatagtaaagacaacaacaaatgtcaatgatggtgatcattgag
tcattgttgaatattacttactgtactggctacttttgtgtcaacttgac
acagctggagttatcacagagaaaggagcttcagttgagaaaatgcctcc
atgagaactgtaaggcattttctcaattagtgatcaagggggaaaggccc
cttgtgggtgggaccatctctgggttggtagtcttggttctataagagag
caggctgagcaagcccagggaagcaagccagtaagtaacattcctgcatg
gtctccgcatcagctcttgctttctgacctgcttgagttccagtcctgac
ttcctttggtgatgaacagcaatgtagaagagtaagctgagtaaaccctt
tcctctccaagtgcttcttggtcatgatgtttgtgcaggaatagaaatcc
tgactaagacacttactatactacaaaatagacaaatgcatatgtatgca
tatacaagctaaaaataattgaggaaatgatcatgaatttgggagagaga
agagataatatgggaagtgtcgttgggaaatagatgggcagaaagtatgt
atatctaatgcttatgtgtagagattttttaaaaaaaaaacaaatcataa
aaataagcaagtaaaacattgctgtaataaagattgactatatgtgcaca
aaaagaaatattaccaaactaccaaattaaactcaaatagtgagtgttta
gtaaaagcataaatttaacattctaccatcactgaaagcagtgatgaaca
tatcctgtcttaggtacaacaagacacatgctgaaagccagtgttattct
tctaactatgagagcatattttaaaacctggccctataggacttcatgat
gcaaatgaaataaagggcagataatcacctaaccttgagatgcagatgtt
attctagcttaataatgtagaatctaatgtacccttgaggtctcagggac
aggaaaaccagacagagtgacaggaccaggaaggtggcaattgcactgct
gatctactcttacctgtatattgggataagaaggctaaatgtacaaatat
taaccactggaaagaagtaaaaatccaaatcaatcggttaagaaatttct
ctaacttctggaaaaaatctcaatttcacctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_107815658_107816805
seq2: B6Ng01-260O06.b_46_1196

seq1  GAATTCTCAACAGAGAGATTTCAAATGTCCAAGGGACACTTCAAGAAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAACAGAGAGATTTCAAATGTCCAAGGGACACTTCAAGAAATA  50

seq1  TTTGACATCCTTAGTCATCAGGAAAATGCAAATCAAAATGACTATGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACATCCTTAGTCATCAGGAAAATGCAAATCAAAATGACTATGAGAT  100

seq1  TCCACCTTACACTAATCAGAATGGCTAAGGTCAAAAAGTGAAGTGACAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTACACTAATCAGAATGGCTAAGGTCAAAAAGTGAAGTGACAGC  150

seq1  ACATACTAGGAAGCATGTGGGAAAGATCACTTCTCTACTGCTGTTGGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTAGGAAGCATGTGGGAAAGATCACTTCTCTACTGCTGTTGGGAT  200

seq1  CACAAACTGGTACAACCACTCTGGAAATCAATCTGGAAGCCAGGACATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACTGGTACAACCACTCTGGAAATCAATCTGGAAGCCAGGACATCA  250

seq1  ACCTTTCCTCAGGAAACTGGAAATAGTTCTATGTGAAGATCCATCTCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCCTCAGGAAACTGGAAATAGTTCTATGTGAAGATCCATCTCTAC  300

seq1  CACTCCTGGGCATATCCCATAAAGATGCTCAACCACACCACAAGAATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTGGGCATATCCCATAAAGATGCTCAACCACACCACAAGAATGCA  350

seq1  TGTTCTACTATGTTTATAGAAACCTTATTTGAAATAGCCAGAAGCTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTACTATGTTTATAGAAACCTTATTTGAAATAGCCAGAAGCTGAAA  400

seq1  ACAACCCAGATGCCCCTCAACTGAATAATGGATGCAGTGGCCTGATTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCAGATGCCCCTCAACTGAATAATGGATGCAGTGGCCTGATTAAA  450

seq1  ACTAATCTGTGTTCCCTAGAGTCTCTTCAGGTAAAGCTGCTTCTGAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATCTGTGTTCCCTAGAGTCTCTTCAGGTAAAGCTGCTTCTGAAGAG  500

seq1  TAACCACATGTAAGCTTTTCTTTAATTTCTAATATCCTGGTGGCAATAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACATGTAAGCTTTTCTTTAATTTCTAATATCCTGGTGGCAATAAT  550

seq1  ACACTGAGTGGCAATAACTTAAGCTAACACTAATTGCCCCCACATACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAGTGGCAATAACTTAAGCTAACACTAATTGCCCCCACATACACA  600

seq1  TACACACTGCTTCCTTTTATTTTTCTTTCTCTTCAGACTAAATGCAGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACTGCTTCCTTTTATTTTTCTTTCTCTTCAGACTAAATGCAGCCT  650

seq1  ATTAAGGTTATAGTACCTATAAATTAACCCACAAGCATGAAGGCATTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGTTATAGTACCTATAAATTAACCCACAAGCATGAAGGCATTTTA  700

seq1  TCTCCTGTGAGGGTACTGATGGCCTATCTCTTCTTCTTTGGGCATTTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGTGAGGGTACTGATGGCCTATCTCTTCTTCTTTGGGCATTTTGC  750

seq1  CCAATTAAAGACTCTGCCCTCTTCCTTCCTCTGGGCTCAAAACCTGGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAAAGACTCTGCCCTCTTCCTTCCTCTGGGCTCAAAACCTGGAAA  800

seq1  TGCTCTTTAATTTCATTTCTAATGTTATTTAGTGAGTTGTATCATGGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTTAATTTCATTTCTAATGTTATTTAGTGAGTTGTATCATGGTGT  850

seq1  TCCACCTGTTTCAGCCTCCTATAGGCTTAGATGTTTCCAGAACCTTCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTGTTTCAGCCTCCTATAGGCTTAGATGTTTCCAGAACCTTCTTT  900

seq1  AACTCTGGTTCTTTAACCATTCAACCTCCCTTCTACTCTACCAAGCACTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGGTTCTTTAACCATTCAACCTCCCTTCTACTCTACCAAGCACTA  950

seq1  GAGCTAGGGAAAGAAGAGTTAATAGGAGATAGAGGTTGAAAATCTGTTTA  1000
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGGGAAAG-AGAGTTAATAGGAGATAGAGGTTGAAAATCTGTTTA  999

seq1  AAATAGTTTTTTTTGGGGGGGTAATTCCAATTGCATTTTAAGCAGTCCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTTTTTTTTGGGGGGGTAATTCCAATTGCATTTTAAGCAGTCCAG  1049

seq1  TCCACTACCTATACACCAAA-CACAAATCAGCAGCGGCAGCTTGGTCCAC  1099
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTACCTAAACACCAAACCACAAATCAGCAGCGGCAGCTTGGTCCAC  1099

seq1  AT-GGCAAACATCAAACATGCA-TTAG-TAGCATCCAGATTCTCCCAGAT  1146
      || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAAACATCAAACATGCATTTAGTTAGCATCCAGATTCTCCCAGAT  1149

seq1  CA  1148
      ||
seq2  CA  1151


seq1: chr14_107959446_107960633
seq2: B6Ng01-260O06.g_68_1250 (reverse)

seq1  GCAGGTGAAATTGAATTTTTTTTCCAGAAGTTTAGAGAATATTCTTTTAC  50
      ||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||| |||  || ||
seq2  GCAGGTGAAATTG-AGATTTTTTCCAGAAG-TTAGAGAA-ATTTCTTAAC  47

seq1  TGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTACTTTCTTTCAAGT-GTTAATATTTGTA  99
       |   ||| ||| |   ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||
seq2  CG--ATTGATTTGG--ATTTTTAC-TTCTTTCCAGTGGTTAATATTTGTA  92

seq1  CATTTAGC--TCTTATCCCAATATACAGGT-AGAGTAGATCAGCAAGTTG  146
      ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||
seq2  CATTTAGCCTTCTTATCCCAATATACAGGTAAGAGTAGATCAGCA--GTG  140

seq1  CAATTGCCACCTTCCTGGTCCTGTCACTCTGTCTGGTTTTCCTGTCCCTG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGCCACCTTCCTGGTCCTGTCACTCTGTCTGGTTTTCCTGTCCCTG  190

seq1  AGAACCTCAAGGGTACATTAGA-TCTACATTATTAAGCTAGAATAACATC  245
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-ACCTCAAGGGTACATTAGATTCTACATTATTAAGCTAGAATAACATC  239

seq1  TGCATCTCAAGGTTAGGTGATTATCTGCCC-TTATTTCATTTGCATCATG  294
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTCAAGGTTAGGTGATTATCTGCCCTTTATTTCATTTGCATCATG  289

seq1  AAGTCCTATAGGGCCAGGTTTTAAAATATGCTCTCATAGTTAGAAGAATA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTATAGGGCCAGGTTTTAAAATATGCTCTCATAGTTAGAAGAATA  339

seq1  ACACTGGCTTTCAGCATGTGTCTTGTTGTACCTAAGACAGGATATGTTCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGCTTTCAGCATGTGTCTTGTTGTACCTAAGACAGGATATGTTCA  389

seq1  TCACTGCTTTCAGTGATGGTAGAATGTTAAATTTATGCTTTTACTAAACA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCTTTCAGTGATGGTAGAATGTTAAATTTATGCTTTTACTAAACA  439

seq1  CTCACTATTTGAGTTTAATTTGGTAGTTTGGTAATATTTCTTTTTGTGCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTATTTGAGTTTAATTTGGTAGTTTGGTAATATTTCTTTTTGTGCA  489

seq1  CATATAGTCAATCTTTATTACAGCAATGTTTTACTTGCTTATTTTTATGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAGTCAATCTTTATTACAGCAATGTTTTACTTGCTTATTTTTATGA  539

seq1  TTTGTTTTTTTTTTAAAAAATCTCTACACATAAGCATTAGATATACATAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTTTTTTAAAAAATCTCTACACATAAGCATTAGATATACATAC  589

seq1  TTTCTGCCCATCTATTTCCCAACGACACTTCCCATATTATCTCTTCTCTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCCCATCTATTTCCCAACGACACTTCCCATATTATCTCTTCTCTC  639

seq1  TCCCAAATTCATGATCATTTCCTCAATTATTTTTAGCTTGTATATGCATA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAATTCATGATCATTTCCTCAATTATTTTTAGCTTGTATATGCATA  689

seq1  CATATGCATTTGTCTATTTTGTAGTATAGTAAGTGTCTTAGTCAGGATTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCATTTGTCTATTTTGTAGTATAGTAAGTGTCTTAGTCAGGATTT  739

seq1  CTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCACTTGGAGAGGAAAGGGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCACTTGGAGAGGAAAGGGT  789

seq1  TTACTCAGCTTACTCTTCTACATTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCAGCTTACTCTTCTACATTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGG  839

seq1  ACTGGAACTCAAGCAGGTCAGAAAGCAAGAGCTGATGCGGAGACCATGCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAACTCAAGCAGGTCAGAAAGCAAGAGCTGATGCGGAGACCATGCA  889

seq1  GGAATGTTACTTACTGGCTTGCTTCCCTGGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTTACTTACTGGCTTGCTTCCCTGGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCT  939

seq1  TATAGAACCAAGACTACCAACCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGCCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAACCAAGACTACCAACCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGCCT  989

seq1  TTCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGTTCTCATGGAGGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGTTCTCATGGAGGC  1039

seq1  ATTTTCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAG  1089

seq1  TTGACACAAAAGTAGCCAGTACAGTAAGTAATATTCAACAATGACTCAAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACAAAAGTAGCCAGTACAGTAAGTAATATTCAACAATGACTCAAT  1139

seq1  GATCACCATCATTGACATTTGTTGTTGTCTTTACTATGGAATTC  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACCATCATTGACATTTGTTGTTGTCTTTACTATGGAATTC  1183


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |