BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263N17
Chromosome14 (Build37)
Map Location 97,047,908 - 97,114,441
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043366
Upstream gene4921530L21Rik, Klhl1
Downstream geneLOC668654, EG668659
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263N17.bB6Ng01-263N17.g
ACCGA067917GA067918
length1,1691,146
definitionB6Ng01-263N17.b B6Ng01-263N17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,047,908 - 97,049,089)(97,113,274 - 97,114,441)
sequence
gaattcacttggttgtctctatattttgttcatgggataccacagcatgc
taaatctctgcagaaaaaaaaaaacccactcattgtgtttacatactata
tgagtctgaggtatcattcttctgtgaatcatggacacttacaatacagt
ctaacagacaaaaaatagacctggtaggttttagagaacatatttccttc
tcatggtttataagcttagcacctcaaagtgccaggtgtttgtccttttg
tttggtgagtgagacctccattcttccaaatgctacctacaaaactggga
gggaatttaatgctctgacaatactgggggtaaaaaaccatgaggtcact
ccaccaagactgttgtgaggtcaggcattcccacctgcagccttttcatt
actctgttccctatgactttgcacaaggattacatttcaaagcatcttat
tgaggaagctgtggtgtcacactcctttatttaggaaggcaaccacagtg
atgtgataactaagctgaaagtaaagtttcagtccagaggaaagatgcag
tctttatcttggagatgaaggaacactgagagaatgggagcatgaattat
catctttcttattggctagttttacataattaaaaggaagcctagactat
tgcaaagaactgaactcttacagaaatcctggtacacttggtatctaatt
cgaaaagaataaagtgctgacttacccagcccattcaagatttataagta
aaagagagaaagattccctgacagtcagtctctcagtgcctctcatcaaa
agtggcaaacatttccaagcactgagtgtggcaaggtcatccagcaatct
cttcaccctatttcaggcctttggatacaattcagcctaggaaatacata
gcttcaattttgttatagcattatcttgatctgtttcttagaattaattt
taaaagtcataatggagcatttgtaaaaaaaattaatttcaatgaagata
gtaaacacagttattgactttttaaaatacacatagtaatgttttactta
caaaacggactttatgcccattttatttagtagagttagctatactatgc
gtagttatgactacaatattaaaattacatattggattgaattcgaagtc
attatttagctactactct

gaattcagcttagggaagttcagtagagtgcagttgagctcagtacagag
cccagcagttgagtttagatcagttcattacatacaactgagatactatc
tttccaacagagcaacttagtcagaagctgagagaagccaatttgagtca
gtcagcttggagaggagtttgagttggaacagatgagttgaaacagcatt
tgtaaagcttgggtctggctctaatattatcacttcatcattggaaataa
agcaacattgacttttatatcaagtataacggaagagtcagcatttccat
tctttagtacatatgaaagtttagaggaagttgaaaagtagccattttcc
aattcataccattatttatattagcgaggtaaagatcctgcttttagcca
tagaggaggttgttactgccatagcatctgctcactgtattcttgataca
ttagttacatttcttgttgtgataaaagattatcagaagcaacttaaagg
agaaaaatcttatcttgggaatcacacttacaaatatggtccactgtagc
aaaggataggcctggcaacaaaagtggtttgaggtgtgtgaaacatatga
aatcatatggcccatagtcacattgcccacaactgggaagcatcagaaga
tacatgtcgtgatgactctaaactgtttagtttcctttctgtttattcag
cccaggactacaacaaaggagagagactcacccagatttaggtgggagcc
tttcttccttagtatatctctctgagaaccccctcacagatgtaactata
tttcctcagtgattctaaattctatcattttagttatgattataagtgat
catgcatgcagaacatagtgaccatccaatgacttgaataaacatttata
tttttcatctcaaagaacctattgttgtccctgccccccaaaacaaaaca
aaacatcctacaattgcccaatttagctcgactagtcaactcttctatgt
tgtgaagaaacaccatactactaaacattattgagagtggtacagttctg
agattagtccattatctcattacagagcatagatgacgatggaacatata
catgcctggagccagtagctgaggcttattctgatcgagaagagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_97047908_97049089
seq2: B6Ng01-263N17.b_47_1215

seq1  GAATTCACTTGGTTGTCTCTATATTTTGTTCATGGGATACCACAGCATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGGTTGTCTCTATATTTTGTTCATGGGATACCACAGCATGC  50

seq1  TAAATCTCTGCAGAAAAAAAAAAACCCACTCATTGTGTTTACATACTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTCTGCAGAAAAAAAAAAACCCACTCATTGTGTTTACATACTATA  100

seq1  TGAGTCTGAGGTATCATTCTTCTGTGAATCATGGACACTTACAATACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTGAGGTATCATTCTTCTGTGAATCATGGACACTTACAATACAGT  150

seq1  CTAACAGACAAAAAATAGACCTGGTAGGTTTTAGAGAACATATTTCCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGACAAAAAATAGACCTGGTAGGTTTTAGAGAACATATTTCCTTC  200

seq1  TCATGGTTTATAAGCTTAGCACCTCAAAGTGCCAGGTGTTTGTCCTTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTTTATAAGCTTAGCACCTCAAAGTGCCAGGTGTTTGTCCTTTTG  250

seq1  TTTGGTGAGTGAGACCTCCATTCTTCCAAATGCTACCTACAAAACTGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGAGTGAGACCTCCATTCTTCCAAATGCTACCTACAAAACTGGGA  300

seq1  GGGAATTTAATGCTCTGACAATACTGGGGGTAAAAAACCATGAGGTCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTTAATGCTCTGACAATACTGGGGGTAAAAAACCATGAGGTCACT  350

seq1  CCACCAAGACTGTTGTGAGGTCAGGCATTCCCACCTGCAGCCTTTTCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAAGACTGTTGTGAGGTCAGGCATTCCCACCTGCAGCCTTTTCATT  400

seq1  ACTCTGTTCCCTATGACTTTGCACAAGGATTACATTTCAAAGCATCTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTTCCCTATGACTTTGCACAAGGATTACATTTCAAAGCATCTTAT  450

seq1  TGAGGAAGCTGTGGTGTCACACTCCTTTATTTAGGAAGGCAACCACAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGCTGTGGTGTCACACTCCTTTATTTAGGAAGGCAACCACAGTG  500

seq1  ATGTGATAACTAAGCTGAAAGTAAAGTTTCAGTCCAGAGGAAAGATGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATAACTAAGCTGAAAGTAAAGTTTCAGTCCAGAGGAAAGATGCAG  550

seq1  TCTTTATCTTGGAGATGAAGGAACACTGAGAGAATGGGAGCATGAATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATCTTGGAGATGAAGGAACACTGAGAGAATGGGAGCATGAATTAT  600

seq1  CATCTTTCTTATTGGCTAGTTTTACATAATTAAAAGGAAGCCTAGACTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCTTATTGGCTAGTTTTACATAATTAAAAGGAAGCCTAGACTAT  650

seq1  TGCAAAGAACTGAACTCTTACAGAAATCCTGGTACACTTGGTATCTAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGAACTGAACTCTTACAGAAATCCTGGTACACTTGGTATCTAATT  700

seq1  CGAAAAGAATAAAGTGCTGACTTACCCAGCCCATTCAAGATTTATAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAAGAATAAAGTGCTGACTTACCCAGCCCATTCAAGATTTATAAGTA  750

seq1  AAAGAGAGAAAGATTCCCTGACAGTCAGTCTCTCAGTGCCTCTCATCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGAAAGATTCCCTGACAGTCAGTCTCTCAGTGCCTCTCATCAAA  800

seq1  AGTGGCAAACATTTCCAAGCACTGAGTGTGGCAAGGTCATCCAGCAATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCAAACATTTCCAAGCACTGAGTGTGGCAAGGTCATCCAGCAATCT  850

seq1  CTTCACCCTATTTCAGGCCTTTGGATACAATTCAGGCCTA-GAAATACAT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  CTTCACCCTATTTCAGGCCTTTGGATACAATTCA-GCCTAGGAAATACAT  899

seq1  AGCTTCAATTTTGTTAATAGCATTATCTTGATCTGTTTCTTAGAATTAAT  949
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCAATTTTGTT-ATAGCATTATCTTGATCTGTTTCTTAGAATTAAT  948

seq1  TTTAAAAGTCATAAATGGAGCATTTGTAAAAAAAATTAAATTCAAATGAA  999
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  TTTAAAAGTCAT-AATGGAGCATTTGTAAAAAAAATTAATTTC-AATGAA  996

seq1  GATAGTAAAACACAAGTTATGAACTTTTTAAAATACACATAGTAATGTTT  1049
      |||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGT-AAACAC-AGTTATTGACTTTTTAAAATACACATAGTAATGTTT  1044

seq1  TACTTACAAAACAGAATTTTAATG-CCATTTTATTTAGTAAGAG-TAGCT  1097
      |||||||||||| || |||  ||| |||||||||||||| |||| |||||
seq2  TACTTACAAAACGGACTTT--ATGCCCATTTTATTTAGT-AGAGTTAGCT  1091

seq1  ATACTTATGCGTAAATTTATGACTACAAATATTAAAATATACATATT-GA  1146
      |||| |||||||  | |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
seq2  ATAC-TATGCGT--AGTTATGACTAC-AATATTAAAAT-TACATATTGGA  1136

seq1  TTGAATACAAAAGTCATTATTTTTAGTTACTACTCT  1182
      |||||| |  |||||||||  ||||| |||||||||
seq2  TTGAATTC-GAAGTCATTA--TTTAGCTACTACTCT  1169


seq1: chr14_97113274_97114441
seq2: B6Ng01-263N17.g_68_1213 (reverse)

seq1  CTCTCTCTCTCGATCAGGATATAGCTTTCAGCTACT-GCTCCAGGGCCAT  49
      |||||| |||||||||| ||| |||  ||||||||| ||||||||  |||
seq2  CTCTCT-TCTCGATCAGAATA-AGC-CTCAGCTACTGGCTCCAGG--CAT  45

seq1  GTATATGTGTCCATCGTCCATCTATGCTTCCTGTAATGAGGATAATGGAC  99
      |||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||
seq2  GTATATGT-TCCATCGT-CATCTATGCT--CTGTAATGA-GATAATGGAC  90

seq1  TAATCCTCAGAACCTGTAACCAACTCCTCAATTAAATGTTTACCTTAGTT  149
      |||| ||||||| |||||  | ||| ||||||  ||||||||   ||| |
seq2  TAAT-CTCAGAA-CTGTA--CCACT-CTCAAT--AATGTTTA--GTAG-T  130

seq1  ATGGTGTTTCTTCACAACAATAGAAGAGTTGACTAAGTCGAGCTAAAATT  199
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  ATGGTGTTTCTTCACAAC-ATAGAAGAGTTGACT-AGTCGAGCT-AAATT  177

seq1  GGGCAATTGTAGGATGTTTTGTTTTGTTTTGGGGGGCAGGGACAACAATA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAATTGTAGGATGTTTTGTTTTGTTTTGGGGGGCAGGGACAACAATA  227

seq1  GGTTCTTTGAGATGAAAAATATAAATGTTTATTCAAGTCATTGGATGGTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTTGAGATGAAAAATATAAATGTTTATTCAAGTCATTGGATGGTC  277

seq1  ACTATGTTCTGCATGCATGATCACTTATAATCATAACTAAAATGATAGAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTTCTGCATGCATGATCACTTATAATCATAACTAAAATGATAGAA  327

seq1  TTTAGAATCACTGAGGAAATATAGTTACATCTGTGAGGGGGTTCTCAGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAATCACTGAGGAAATATAGTTACATCTGTGAGGGGGTTCTCAGAG  377

seq1  AGATATACTAAGGAAGAAAGGCTCCCACCTAAATCTGGGTGAGTCTCTCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATACTAAGGAAGAAAGGCTCCCACCTAAATCTGGGTGAGTCTCTCT  427

seq1  CCTTTGTTGTAGTCCTGGGCTGAATAAACAGAAAGGAAACTAAACAGTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTTGTAGTCCTGGGCTGAATAAACAGAAAGGAAACTAAACAGTTT  477

seq1  AGAGTCATCACGACATGTATCTTCTGATGCTTCCCAGTTGTGGGCAATGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCATCACGACATGTATCTTCTGATGCTTCCCAGTTGTGGGCAATGT  527

seq1  GACTATGGGCCATATGATTTCATATGTTTCACACACCTCAAACCACTTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGGGCCATATGATTTCATATGTTTCACACACCTCAAACCACTTTT  577

seq1  GTTGCCAGGCCTATCCTTTGCTACAGTGGACCATATTTGTAAGTGTGATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCAGGCCTATCCTTTGCTACAGTGGACCATATTTGTAAGTGTGATT  627

seq1  CCCAAGATAAGATTTTTCTCCTTTAAGTTGCTTCTGATAATCTTTTATCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGATAAGATTTTTCTCCTTTAAGTTGCTTCTGATAATCTTTTATCA  677

seq1  CAACAAGAAATGTAACTAATGTATCAAGAATACAGTGAGCAGATGCTATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGAAATGTAACTAATGTATCAAGAATACAGTGAGCAGATGCTATG  727

seq1  GCAGTAACAACCTCCTCTATGGCTAAAAGCAGGATCTTTACCTCGCTAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAACAACCTCCTCTATGGCTAAAAGCAGGATCTTTACCTCGCTAAT  777

seq1  ATAAATAATGGTATGAATTGGAAAATGGCTACTTTTCAACTTCCTCTAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAATGGTATGAATTGGAAAATGGCTACTTTTCAACTTCCTCTAAA  827

seq1  CTTTCATATGTACTAAAGAATGGAAATGCTGACTCTTCCGTTATACTTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATATGTACTAAAGAATGGAAATGCTGACTCTTCCGTTATACTTGA  877

seq1  TATAAAAGTCAATGTTGCTTTATTTCCAATGATGAAGTGATAATATTAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGTCAATGTTGCTTTATTTCCAATGATGAAGTGATAATATTAGA  927

seq1  GCCAGACCCAAGCTTTACAAATGCTGTTTCAACTCATCTGTTCCAACTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGACCCAAGCTTTACAAATGCTGTTTCAACTCATCTGTTCCAACTCA  977

seq1  AACTCCTCTCCAAGCTGACTGACTCAAATTGGCTTCTCTCAGCTTCTGAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTCTCCAAGCTGACTGACTCAAATTGGCTTCTCTCAGCTTCTGAC  1027

seq1  TAAGTTGCTCTGTTGGAAAGATAGTATCTCAGTTGTATGTAATGAACTGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGCTCTGTTGGAAAGATAGTATCTCAGTTGTATGTAATGAACTGA  1077

seq1  TCTAAACTCAACTGCTGGGCTCTGTACTGAGCTCAACTGCACTCTACTGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACTCAACTGCTGGGCTCTGTACTGAGCTCAACTGCACTCTACTGA  1127

seq1  ACTTCCCTAAGCTGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCTAAGCTGAATTC  1146


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |