BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-264M12
Chromosome14 (Build37)
Map Location 36,556,894 - 36,696,615
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930596D02Rik, LOC100040277
Upstream geneWapal, LOC100041341, Grid1
Downstream geneLOC665933, 4930474N05Rik, Gcap14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-264M12.bB6Ng01-264M12.g
ACCGA068598GA068599
length1,1481,113
definitionB6Ng01-264M12.b B6Ng01-264M12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,556,894 - 36,558,064)(36,695,494 - 36,696,615)
sequence
gaattcctgacaggaactcaaatggggtggacacagagtgcatggaaggg
tgctgcttattggcttttcatcatggcctttgcagcctgcctttttagag
aacccagtacagcttcctgcctagggatggcattaccaagaatgagctgg
gccttcttttcgtaactattcacatcagttaagaaatgccctacagatgt
tatggaggcattttctcaacttaagttccttccactcagataactcaagc
ttgtttcaggttgatgtaaaactagccagcacaattcattacaaaaaata
cacaagcatcaatgaagtacacagttgagaatgagacaacataggcaaag
agatggctcattggctaaagtgcttgttgcataaacataagcacctgggt
ttagatccccagccaccacatacacgccatgtgactgtaataccagtggc
agagaataaataccatggtatttactgaatacctagcaatctcgggactt
actgaaagaccctgctcccaaaataagatgtgctgtgaaagaagacgctc
agtgttgacatgaggcttctatatgcaaacactgcatattgtacagcaaa
tgtgtatagacataaatacactggaccctgagacatatacacaaatgaaa
gacagaggcagagacagagatgaagagagacacacagtaatatgcttact
atgtttctcatactaacatgcttcagagctagaaatgtttatgcaaagat
aaagttatctaaatttttatattctttcagtagcaggtgaaaataaattc
atgaaaatcttaatctcctttgtacttataaaccatctctgagaaaccta
aaaatacacaaaactacgggggaccttaaatgatcttaatacctgaaaag
gtcaagagaagccagtttgctaatcagtgagttacatgtgtcttccttat
catgagatcatattttgtgctgattcaaatctaaaattgctaaggtattt
ggctctagatccattatatacctgagaagtgtgtgtttaagttgcaaatg
atcagatatgcaactgtctttagtctctgagctgtcagagaacaagacga
ctcactatctatatcatgaattgtgattgagaaagcataacattgtgc

gaattctcacccgaggaatactgaatggctgagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccatctcacaccagtcagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcaaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaagcttgtacaaccactctggaaatcagtctggccgttcctca
ggaaattggacatagtactaccggaggatccagcaatacctctcctgggc
atatatctagaagatgtcccaaccggtaagaagaaaactttaaatccata
atattggaaccttgtggtcccagccactgcaatacaggctttcttagaca
aatgcagtttttggaagtgagattcctagcaaattgttagtgcatcaaac
aacattgctccaatcataaattttataaaatgttttccaagagactgtat
tttcattaattcccattagttgccatatttctccgaaagagtccctcctt
agataaggcaagtagaaggcactgtgtgaatcatctcatctatttacctt
tttgcttttgctaaggaaactcatggtgcaatcaataagagcctattgcc
taatggaagacttttctggtgttgcaccttccaagatgcacagcatcagg
gtcaacagctgatctttctctggttttggttaatgtaaatatccaacact
tctctgagagcaccatttggacccattgtgctcacatagagccaataccc
caaggaacccaccactgcctgggaaaggaatcttgaccttcattctcttc
cttgctttacttgaaattttttttacaaaagccagacaatgccctcaaag
ttaggactatctggttctcagagagaagtacttataccataggatgttgt
gaggaaatagtatgagggaggatttgtgtgtgataaccaaggttagtctg
ctcttcttacataaacatgtaataatcctataggttgctaatgcagactg
tttttactgaaataaagtcagagagggcatggtgcccttagcaatatagc
aagggtgtcattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_36556894_36558064
seq2: B6Ng01-264M12.b_45_1192

seq1  GAATTCCTGACAGGAACTCAAATGGGGTGGACACAGAGTGCATGGAAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACAGGAACTCAAATGGGGTGGACACAGAGTGCATGGAAGGG  50

seq1  TGCTGCTTATTGGCTTTTCATCATGGCCTTTGCAGCCTGCCTTTTTAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTTATTGGCTTTTCATCATGGCCTTTGCAGCCTGCCTTTTTAGAG  100

seq1  AACCCAGTACAGCTTCCTGCCTAGGGATGGCATTACCAAGAATGAGCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGTACAGCTTCCTGCCTAGGGATGGCATTACCAAGAATGAGCTGG  150

seq1  GCCTTCTTTTCGTAACTATTCACATCAGTTAAGAAATGCCCTACAGATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTTTTCGTAACTATTCACATCAGTTAAGAAATGCCCTACAGATGT  200

seq1  TATGGAGGCATTTTCTCAACTTAAGTTCCTTCCACTCAGATAACTCAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGGCATTTTCTCAACTTAAGTTCCTTCCACTCAGATAACTCAAGC  250

seq1  TTGTTTCAGGTTGATGTAAAACTAGCCAGCACAATTCATTACAAAAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCAGGTTGATGTAAAACTAGCCAGCACAATTCATTACAAAAAATA  300

seq1  CACAAGCATCAATGAAGTACACAGTTGAGAATGAGACAACATAGGCAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCATCAATGAAGTACACAGTTGAGAATGAGACAACATAGGCAAAG  350

seq1  AGATGGCTCATTGGCTAAAGTGCTTGTTGCATAAACATAAGCACCTGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTCATTGGCTAAAGTGCTTGTTGCATAAACATAAGCACCTGGGT  400

seq1  TTAGATCCCCAGCCACCACATACACGCCATGTGACTGTAATACCAGTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCCCCAGCCACCACATACACGCCATGTGACTGTAATACCAGTGGC  450

seq1  AGAGAATAAATACCATGGTATTTACTGAATACCTAGCAATCTCGGGACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATAAATACCATGGTATTTACTGAATACCTAGCAATCTCGGGACTT  500

seq1  ACTGAAAGACCCTGCTCCCAAAATAAGATGTGCTGTGAAAGAAGACGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAGACCCTGCTCCCAAAATAAGATGTGCTGTGAAAGAAGACGCTC  550

seq1  AGTGTTGACATGAGGCTTCTATATGCAAACACTGCATATTGTACAGCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGACATGAGGCTTCTATATGCAAACACTGCATATTGTACAGCAAA  600

seq1  TGTGTATAGACATAAATACACTGGACCCTGAGACATATACACAAATGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATAGACATAAATACACTGGACCCTGAGACATATACACAAATGAAA  650

seq1  GACAGAGGCAGAGACAGAGATGAAGAGAGACACACAGTAATATGCTTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGGCAGAGACAGAGATGAAGAGAGACACACAGTAATATGCTTACT  700

seq1  ATGTTTCTCATACTAACATGCTTCAGAGCTAGAAATGTTTATGCAAAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTCATACTAACATGCTTCAGAGCTAGAAATGTTTATGCAAAGAT  750

seq1  AAAGTTATCTAAATTTTTATATTCTTTCAGTAGCAGGTGAAAATAAATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATCTAAATTTTTATATTCTTTCAGTAGCAGGTGAAAATAAATTC  800

seq1  ATGAAAATCTTAATCTCCTTTGTACTTATAAACCATCTCTGAGAAACCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATCTTAATCTCCTTTGTACTTATAAACCATCTCTGAGAAACCTA  850

seq1  AAAATACACAAAACTACGGGGGACCTTAAATGATCTTAATACCTGAAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACACAAAACTACGGGGGACCTTAAATGATCTTAATACCTGAAAAG  900

seq1  GTCAAGAGAAGCCAGTTTGCTAATCAGTGAGTTACATGTGTCTTTCCTTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTCAAGAGAAGCCAGTTTGCTAATCAGTGAGTTACATGTGTC-TTCCTTA  949

seq1  TCATGAGATCATATTTTGTGCTGATTCAAATCTAAAATTGCTAAGGTATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGATCATATTTTGTGCTGATTCAAATCTAAAATTGCTAAGGTATT  999

seq1  TGGCTCTAGATCCATTATAATTACCTGAGGAAGTGTGTGTTTAAGTTGCA  1050
      |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  TGGCTCTAGATCCATTATA--TACCTGA-GAAGTGTGTGTTTAAGTTGC-  1045

seq1  AAATGATCAGATAATGCAAACTGTCCTTTTAGTCCTCTGAGCTGTTCAGA  1100
      |||||||||||| |||| |||||||  |||||| |||||||||| |||||
seq2  AAATGATCAGAT-ATGC-AACTGTC--TTTAGT-CTCTGAGCTG-TCAGA  1089

seq1  GAACAAAGACGACATTCACCTATCTATAACCCATGGATATGTGAATTTTG  1150
      |||| ||||||||  ||| |||||||||   |||| || |||||   |||
seq2  GAAC-AAGACGAC--TCA-CTATCTATA--TCATGAAT-TGTGA---TTG  1129

seq1  AGAAAGCATAAACATTTGTGC  1171
      ||||||||| |||| ||||||
seq2  AGAAAGCAT-AACA-TTGTGC  1148


seq1: chr14_36695494_36696615
seq2: B6Ng01-264M12.g_66_1178 (reverse)

seq1  GAATGACACCCCTGGCCTATATTGCTAAGGGCACAATTGCCCCTCTTCTG  50
      ||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||   ||||| ||||
seq2  GAATGACACCCTTG--CTATATTGCTAAGGGCACCAT--GCCCTC-TCTG  45

seq1  ACTTTTAATTTCAGTTAAAAAACAGTCTGGCATTAGCAAACTATAAGA-T  99
      |||||  ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||| || |
seq2  ACTTT--ATTTCAGT--AAAAACAGTCT-GCATTAGCAACCTATAGGATT  90

seq1  ATAACATGTTTAATGTAAGAAGAGCAGACTAACCTTGGTTATCACACACA  149
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATGTTT-ATGTAAGAAGAGCAGACTAACCTTGGTTATCACACACA  139

seq1  AATCCT-CCTCATACTATGTCCTCACAACATCTTATGGTATAAGTACTTC  198
      |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATCCTCCCTCATACTATTTCCTCACAACATCCTATGGTATAAGTACTTC  189

seq1  TCTCTGAGAACCAGATAGTCCTAACTTTGAGGGCATTGTCTGGCTTTTGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGAACCAGATAGTCCTAACTTTGAGGGCATTGTCTGGCTTTTGT  239

seq1  AAAAAAAATTTCAAGTAAAGCAAGGAAGAGAATGAAGGTCAAGATTCCTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATTTCAAGTAAAGCAAGGAAGAGAATGAAGGTCAAGATTCCTT  289

seq1  TCCCAGGCAGTGGTGGGTTCCTTGGGGTATTGGCTCTATGTGAGCACAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGCAGTGGTGGGTTCCTTGGGGTATTGGCTCTATGTGAGCACAAT  339

seq1  GGGTCCAAATGGTGCTCTCAGAGAAGTGTTGGATATTTACATTAACCAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCAAATGGTGCTCTCAGAGAAGTGTTGGATATTTACATTAACCAAA  389

seq1  ACCAGAGAAAGATCAGCTGTTGACCCTGATGCTGTGCATCTTGGAAGGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGAAAGATCAGCTGTTGACCCTGATGCTGTGCATCTTGGAAGGTG  439

seq1  CAACACCAGAAAAGTCTTCCATTAGGCAATAGGCTCTTATTGATTGCACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCAGAAAAGTCTTCCATTAGGCAATAGGCTCTTATTGATTGCACC  489

seq1  ATGAGTTTCCTTAGCAAAAGCAAAAAGGTAAATAGATGAGATGATTCACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTTCCTTAGCAAAAGCAAAAAGGTAAATAGATGAGATGATTCACA  539

seq1  CAGTGCCTTCTACTTGCCTTATCTAAGGAGGGACTCTTTCGGAGAAATAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCTTCTACTTGCCTTATCTAAGGAGGGACTCTTTCGGAGAAATAT  589

seq1  GGCAACTAATGGGAATTAATGAAAATACAGTCTCTTGGAAAACATTTTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACTAATGGGAATTAATGAAAATACAGTCTCTTGGAAAACATTTTAT  639

seq1  AAAATTTATGATTGGAGCAATGTTGTTTGATGCACTAACAATTTGCTAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTATGATTGGAGCAATGTTGTTTGATGCACTAACAATTTGCTAGG  689

seq1  AATCTCACTTCCAAAAACTGCATTTGTCTAAGAAAGCCTGTATTGCAGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCACTTCCAAAAACTGCATTTGTCTAAGAAAGCCTGTATTGCAGTG  739

seq1  GCTGGGACCACAAGGTTCCAATATTATGGATTTAAAGTTTTCTTCTTACC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGACCACAAGGTTCCAATATTATGGATTTAAAGTTTTCTTCTTACC  789

seq1  GGTTGGGACATCTTCTAGATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGGATCCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGGACATCTTCTAGATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGGATCCT  839

seq1  CCGGTAGTACTATGTCCAATTTCCTGAGGAACGGCCAGACTGATTTCCAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTAGTACTATGTCCAATTTCCTGAGGAACGGCCAGACTGATTTCCAG  889

seq1  AGTGGTTGTACAAGCTTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTGTACAAGCTTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCT  939

seq1  TTCTCCACATCCTTGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCACATCCTTGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTAG  989

seq1  CCATTCTGACTGGTGTGAGATGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTGACTGGTGTGAGATGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATT  1039

seq1  TCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCAGCCAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCAGCCAT  1089

seq1  TCAGTATTCCTCGGGTGAGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATTCCTCGGGTGAGAATTC  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |