BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265M02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 17,715,502 - 17,848,679
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTpi-rs9
Upstream geneLOC667205, 1700062C10Rik, LOC667209, EG435389, Oxsm, Ngly1, Top2b, Rarb
Downstream geneThrb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265M02.bB6Ng01-265M02.g
ACCGA069324GA069325
length1,1511,116
definitionB6Ng01-265M02.b B6Ng01-265M02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,715,502 - 17,716,658)(17,847,559 - 17,848,679)
sequence
gaattcaatatcaaaatagtgaatcacacactgcataattgaaaagaaaa
ataaggctgtcataatggtcactgtagtatgtagctgtcacatatcttgt
aaagaaacatgcaggaggtgctacatggagagacttatatgggtctaagg
cctcaatctctgaggagaggtatctaccaagcagaagctgatagtcctaa
gaatgagatatgggagagaacccatggttgctctggatggcctagtgctg
gctgcatgacactcagagaaaaggaagccagactgctttttcccttgtct
tatgatctacttattctctcatggccctgttggcatagcaccacagatcc
tgctacagatgtgagtgaggattcttctaggctcagtactacaaggcaga
gggtagacagaaatcatagctaacatatccaactgctaggtagccctttt
ggaagcctttaagcttcagtgttcttaaacttctgtactctcatctttag
tcacaggttctacaacttgctaccacacccttgttttttcctttggacca
attacaaattcaaggacaatgcttgaaatgctttattctcctccagaaat
aaagcaaacaatcacaacccccctttataatccctttagtgtcatactgt
atctaatgacaggcattgtcataacattttcatacctgcatgccactgag
tcttactcatatccactcttccaactacccttgctacgtcttcctgtcca
cttcttcctcctacaaagttctcgtttgctttcctgccatgcatgtgtgt
gtttaaatagaaagtatgtatatgaaagaaatcatgcgtcaagcatgaaa
gcgtgcaacgttcagtctccaagttcctttcctctctgaccccacctcct
cctccatcctcctgatggccctcctttacctttcatgttatatacattta
gatgaaagtatatattctacatagaaaagaaagcgttttacatatctgaa
tctggctctttccacttgatatgatgattcacttgtattcattttctaca
acaaacatatgtcacttttctgactaaactccattgcatgcatatcacaa
gctttgttcatctattgttagattctagctggtccatgtcttagatatgt
a

gaattctctgacatcttggtctggagtgtgtccttgaacatctctccagc
ctttgcccccgttgtatgtacttattttgtctctccctgacataggattt
tattgtttagaagggagaggcagatgagatagcaaccaactctaaactac
tctgcttgccttttttcagagctcctttgtttgcttctgggtttctcagt
aagattgtcatgtgacttccctttctggttcctcagcaggttttgatatt
tttactctaaagactgaaattttagaaggatcataatttacccataatct
gagagaagcctgctcattcaggagaacagatctatttacactttctagtt
agagtaaggttttgccaattgtccaagaagctataataaaaactgctcag
tctgtcttcaaattgtgaactaaggctgtttgaaagagcagctcctggtg
tttccagctgtacaggtgctactttgttgacttttatgttaatgtgtagt
agtgtattcttcatgatcagttaatctgtagatatacttcactgaatgtt
tagagtttggttggcatgtttgaattcttttaagttttagtgttcattta
tctatttcgtttcttctgtttttcatcttgagggtttgttgttcttattt
attttgttttgttttgtttgttttgttttgttttgttttgtttttgagac
aggccctctttgtgtaacaactgtggctgtcctagaacttgctctgtaga
ccagagtggccttgaactcagagattagccggctcccaaaatctggaatt
aaaagcatgtgtctgttcttgttttgttttctaaatttctgagttgaaat
tcaaaataaatcttcagactctcttatttcttcttttcaagtttatttta
tattatgtgtgtgtttgtgtatgtacatgtgtgtggagccagacaagtac
atcagatcccttagggcagcattagagttgctcttgtgagcctcctggca
gtgaatgctgggaattgaacagactgaagaacttccttcagagcaacagc
ctctttaaccgccacttcctctcgaaacatcagctgctgtcttaacataa
ggtgtttgagccataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_17715502_17716658
seq2: B6Ng01-265M02.b_45_1195

seq1  GAATTCAATATCAAAATAGTGAATCACACACTGCATAATTGAAAAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATCAAAATAGTGAATCACACACTGCATAATTGAAAAGAAAA  50

seq1  ATAAGGCTGTCATAATGGTCACTGTAGTATGTAGCTGTCACATATCTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGCTGTCATAATGGTCACTGTAGTATGTAGCTGTCACATATCTTGT  100

seq1  AAAGAAACATGCAGGAGGTGCTACATGGAGAGACTTATATGGGTCTAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACATGCAGGAGGTGCTACATGGAGAGACTTATATGGGTCTAAGG  150

seq1  CCTCAATCTCTGAGGAGAGGTATCTACCAAGCAGAAGCTGATAGTCCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATCTCTGAGGAGAGGTATCTACCAAGCAGAAGCTGATAGTCCTAA  200

seq1  GAATGAGATATGGGAGAGAACCCATGGTTGCTCTGGATGGCCTAGTGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGATATGGGAGAGAACCCATGGTTGCTCTGGATGGCCTAGTGCTG  250

seq1  GCTGCATGACACTCAGAGAAAAGGAAGCCAGACTGCTTTTTCCCTTGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATGACACTCAGAGAAAAGGAAGCCAGACTGCTTTTTCCCTTGTCT  300

seq1  TATGATCTACTTATTCTCTCATGGCCCTGTTGGCATAGCACCACAGATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATCTACTTATTCTCTCATGGCCCTGTTGGCATAGCACCACAGATCC  350

seq1  TGCTACAGATGTGAGTGAGGATTCTTCTAGGCTCAGTACTACAAGGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACAGATGTGAGTGAGGATTCTTCTAGGCTCAGTACTACAAGGCAGA  400

seq1  GGGTAGACAGAAATCATAGCTAACATATCCAACTGCTAGGTAGCCCTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGACAGAAATCATAGCTAACATATCCAACTGCTAGGTAGCCCTTTT  450

seq1  GGAAGCCTTTAAGCTTCAGTGTTCTTAAACTTCTGTACTCTCATCTTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCTTTAAGCTTCAGTGTTCTTAAACTTCTGTACTCTCATCTTTAG  500

seq1  TCACAGGTTCTACAACTTGCTACCACACCCTTGTTTTTTCCTTTGGACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTTCTACAACTTGCTACCACACCCTTGTTTTTTCCTTTGGACCA  550

seq1  ATTACAAATTCAAGGACAATGCTTGAAATGCTTTATTCTCCTCCAGAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAAATTCAAGGACAATGCTTGAAATGCTTTATTCTCCTCCAGAAAT  600

seq1  AAAGCAAACAATCACAACCCCCCTTTATAATCCCTTTAGTGTCATACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAACAATCACAACCCCCCTTTATAATCCCTTTAGTGTCATACTGT  650

seq1  ATCTAATGACAGGCATTGTCATAACATTTTCATACCTGCATGCCACTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATGACAGGCATTGTCATAACATTTTCATACCTGCATGCCACTGAG  700

seq1  TCTTACTCATATCCACTCTTCCAACTACCCTTGCTACGTCTTCCTGTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTCATATCCACTCTTCCAACTACCCTTGCTACGTCTTCCTGTCCA  750

seq1  CTTCTTCCTCCTACAAAGTTCTCGTTTGCTTTCCTGCCATGCATGTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCCTCCTACAAAGTTCTCGTTTGCTTTCCTGCCATGCATGTGTGT  800

seq1  GTTTAAATAGAAAGTATGTATATGAAAGAAATCATGCGTCAAGCATGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAATAGAAAGTATGTATATGAAAGAAATCATGCGTCAAGCATGAAA  850

seq1  GCGTGCAACGTTCAGTCTCCAAGTTCCTTTCCTCTCTGACCCCACCTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCAACGTTCAGTCTCCAAGTTCCTTTCCTCTCTGACCCCACCTCCT  900

seq1  CCTCCATCCTCCTGATGG-CCTCCTTTACCTTTCATGTTATATACATTTA  949
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCCTCCTGATGGCCCTCCTTTACCTTTCATGTTATATACATTTA  950

seq1  GATGAAAGTATATATTCTACATAGAAAAGAAAGCGTTTTACATATCTGAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAGTATATATTCTACATAGAAAAGAAAGCGTTTTACATATCTGAA  1000

seq1  TCTGGCTCTTTTCACTTGATATGATGATTTCAACTTGTATTCATTTTCTA  1049
      ||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTCTTTCCACTTGATATGATGATT--CACTTGTATTCATTTTCTA  1048

seq1  CAACAAACATTATGTCACTTTTCTGACTAAAACTCCATTGCATGCATATC  1099
      ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAACA-TATGTCACTTTTCTGACT-AAACTCCATTGCATGCATATC  1096

seq1  AC-AGCTTTGTTCATCTATTGTTAGGTATCTAAGCTGGTTCCATGTCTTA  1148
      || |||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||
seq2  ACAAGCTTTGTTCATCTATTGTTAGAT-TCT-AGCTGG-TCCATGTCTTA  1143

seq1  GATAATGTA  1157
      ||| |||||
seq2  GAT-ATGTA  1151


seq1: chr14_17847559_17848679
seq2: B6Ng01-265M02.g_64_1179 (reverse)

seq1  TTATGGCTTCAAACACC-TATGATAAAGACAAGAAAGCTGATGTTTGGAG  49
      ||||||| ||||||||| |||| | ||||||    ||||||||||| |||
seq2  TTATGGC-TCAAACACCTTATG-TTAAGACA--GCAGCTGATGTTTCGAG  46

seq1  AGGAGTTGGGCGGTTAAGAGGGCTTGTTGCTCTTGAAGAAGTTC-TCAGT  98
      ||||  | ||||||||| || |  |||||||||  | ||||||| |||| 
seq2  AGGAAGT-GGCGGTTAA-AGAGGCTGTTGCTCTGAAGGAAGTTCTTCAG-  93

seq1  TCTG-TCCATTCCCAGCATTCACTGCCA-GAGGCTCACAAGAGCACCTCT  146
      |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  TCTGTTCAATTCCCAGCATTCACTGCCAGGAGGCTCACAAGAGCAACTCT  143

seq1  AATGCCTGCCCTAAGGGATCTGATGTACTTGTCTGGCCTCCACACACATG  196
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATG-CTGCCCTAAGGGATCTGATGTACTTGTCTGG-CTCCACACACATG  191

seq1  TACATACACAAACACACACATAATATAAAATAAACTTGAAAAGAAGAAAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACACAAACACACACATAATATAAAATAAACTTGAAAAGAAGAAAT  241

seq1  AAGAGAGTCTGAAGATTTATTTTGAATTTCAACTCAGAAATTTAGAAAAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGTCTGAAGATTTATTTTGAATTTCAACTCAGAAATTTAGAAAAC  291

seq1  AAAACAAGAACAGACACATGCTTTTAATTCCAGATTTTGGGAGCCGGCTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAGAACAGACACATGCTTTTAATTCCAGATTTTGGGAGCCGGCTA  341

seq1  ATCTCTGAGTTCAAGGCCACTCTGGTCTACAGAGCAAGTTCTAGGACAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGAGTTCAAGGCCACTCTGGTCTACAGAGCAAGTTCTAGGACAGC  391

seq1  CACAGTTGTTACACAAAGAGGGCCTGTCTCAAAAACAAAACAAAACAAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTGTTACACAAAGAGGGCCTGTCTCAAAAACAAAACAAAACAAAA  441

seq1  CAAAACAAACAAAACAAAACAAAATAAATAAGAACAACAAACCCTCAAGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAACAAAACAAAACAAAATAAATAAGAACAACAAACCCTCAAGA  491

seq1  TGAAAAACAGAAGAAACGAAATAGATAAATGAACACTAAAACTTAAAAGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAACAGAAGAAACGAAATAGATAAATGAACACTAAAACTTAAAAGA  541

seq1  ATTCAAACATGCCAACCAAACTCTAAACATTCAGTGAAGTATATCTACAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAACATGCCAACCAAACTCTAAACATTCAGTGAAGTATATCTACAG  591

seq1  ATTAACTGATCATGAAGAATACACTACTACACATTAACATAAAAGTCAAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTGATCATGAAGAATACACTACTACACATTAACATAAAAGTCAAC  641

seq1  AAAGTAGCACCTGTACAGCTGGAAACACCAGGAGCTGCTCTTTCAAACAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGCACCTGTACAGCTGGAAACACCAGGAGCTGCTCTTTCAAACAG  691

seq1  CCTTAGTTCACAATTTGAAGACAGACTGAGCAGTTTTTATTATAGCTTCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGTTCACAATTTGAAGACAGACTGAGCAGTTTTTATTATAGCTTCT  741

seq1  TGGACAATTGGCAAAACCTTACTCTAACTAGAAAGTGTAAATAGATCTGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAATTGGCAAAACCTTACTCTAACTAGAAAGTGTAAATAGATCTGT  791

seq1  TCTCCTGAATGAGCAGGCTTCTCTCAGATTATGGGTAAATTATGATCCTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGAATGAGCAGGCTTCTCTCAGATTATGGGTAAATTATGATCCTT  841

seq1  CTAAAATTTCAGTCTTTAGAGTAAAAATATCAAAACCTGCTGAGGAACCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATTTCAGTCTTTAGAGTAAAAATATCAAAACCTGCTGAGGAACCA  891

seq1  GAAAGGGAAGTCACATGACAATCTTACTGAGAAACCCAGAAGCAAACAAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGAAGTCACATGACAATCTTACTGAGAAACCCAGAAGCAAACAAA  941

seq1  GGAGCTCTGAAAAAAGGCAAGCAGAGTAGTTTAGAGTTGGTTGCTATCTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCTGAAAAAAGGCAAGCAGAGTAGTTTAGAGTTGGTTGCTATCTC  991

seq1  ATCTGCCTCTCCCTTCTAAACAATAAAATCCTATGTCAGGGAGAGACAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCTCTCCCTTCTAAACAATAAAATCCTATGTCAGGGAGAGACAAA  1041

seq1  ATAAGTACATACAACGGGGGCAAAGGCTGGAGAGATGTTCAAGGACACAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTACATACAACGGGGGCAAAGGCTGGAGAGATGTTCAAGGACACAC  1091

seq1  TCCAGACCAAGATGTCAGAGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGACCAAGATGTCAGAGAATTC  1116


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |