BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266I23
Chromosome14 (Build37)
Map Location 102,590,208 - 102,690,986
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700110M21Rik, LOC100043421, LOC382936, Tbc1d4, Commd6, Uchl3, Lmo7, LOC100043795, LOC545567
Downstream geneLOC669278, Kctd12, LOC668699, Irg1, Cln5, Fbxl3, LOC100043441, Phr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266I23.bB6Ng01-266I23.g
ACCGA069927GA069928
length1,0391,111
definitionB6Ng01-266I23.b B6Ng01-266I23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,689,950 - 102,690,986)(102,590,208 - 102,591,314)
sequence
gaattcaaggcttacatcctatttgtattttcctctttaaaattctggag
atatttctactgagagcatagcagcagaacacaaatttccataaattggt
ccacgcagggggatttctagacttttcttttctccctcttctctattgct
gggtttagagggtcaaaagactcagggttcaaaactgtgatctactgaga
ctatggatttgtcaccatggcaacaagcaaaataaatcagtaagcaagga
taagagaaaatacactcctccattgtcctgcaacaagcaagttatcaatg
cagcagaactctttccaaataagacagcagtcctattgtaaaggtgacta
atgccacttctatccctctaccttctgacattttcttctgctctaaaaat
ggaactacttaaatgactgggcattaattttgaggtagtccatactttac
ttgaaattgcaattctacctaatactatcaatttctcactttagtgtaca
aactattcaaggctagattaagtataattggaagttaatgatttcttttt
gcctaagtgggttgaagcatacgaactagaagaaacatttagttagcaaa
tatgaacagcagaacttagaatacgttttgcatgtgaggaatcagtcaag
cagtctcagaaatgtagttgctcatagaaagcatgctggctcacttgaat
ctggaagaagcaaaggaactggatgaagagttgggcattctaccttcttt
cattatcagcaaacctatctgattgataaccacacaaggttgctccctat
ggcatacaacggagtggtagtgactatgcatgtaaagggttatgacatgg
gagtgctatagtggctgacagcagagctctgaactataacaactattagt
tgtagcatcacaatttagattcaatagtccacaagggaagagattatgta
ttatttttaaaatgtgattgtacttgctattgagaagatgctaaataaat
aaattagaggatggatggatggaatggaatggatggatg

gaattcctgacccacagaagcaatgaatcagctaagataagacacacatt
gttttaagccactaagtttgtgttggctcgttacacagaaacagaaaaga
acattacatcatgtatcactttgaactgcttactaaggctcttgctcctc
ttcatctcatatctttgaacatgcagatctttctgcctggactgttgggt
ccagtcttcatctatgcttcctagggtttgttttttgttaacttgaaaca
agcaagagctatattggaagcatagtcttaatcaagaaaatgctccctgc
cctcacaagactgacctatgggtgagctcatgctgaattttcttggttga
ctattgatgtcagagggcccagttgactgtgagtggtatcagcccttggc
tggtgctcctgggggctataagaaagcaggctaagaaaaccaatttactg
tattcttcacatctgtttttgcctccagattcctgcctcgagttcttgcc
ctgactttcatgcatgataactacaaggtgaaaactgaaataaacccctt
cctacccaaattggttttgtacatggtattgtattatgagaatagaaacc
ctaactaagagaccatcctttctttggtttggtgtttcacaatttaagtg
actttttaattgactttccagcagtttttctgtctagcttttctcatggt
gatgtccccctgtctcattatgggtttgaagaaaatatatttctttcatg
acattcatatattataaggtacttattagtctaattatttctaaataatc
aactagaatatacaattgcttggagctagaaagtacatacctgtatagtt
gttagtatatgtcagcatcagtctgacatacagtgtattaccatgtactg
gtaggatgaataaataaccaaccaaccaaagaccacaaggagtgtttaca
gaaatggtaatgagttttagtttaagctggagatacacaggcttcagtga
ttttcagactctcacttctggttcataaagttgatacttattattatggg
gagacacaggttaagaatatattattttgggagcagaatcaaatgggcaa
tgtttgcatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_102689950_102690986
seq2: B6Ng01-266I23.b_43_1081 (reverse)

seq1  CATCCATCCA-TCCA-TCCATCCATCCATCCTCTAATTTATTTATTTAGC  48
      |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATCCATTCCATTCCATCCATCCATCCTCTAATTTATTTATTTAGC  50

seq1  ATCTTCTCAATAGCAAGTACAATCACATTTTTAAAAATAATACATAATCT  98
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTCAATAGCAAGTACAATCACA-TTTTAAAAATAATACATAATCT  99

seq1  CTTCCCTTGTGGACTATTGAATCTAAATTGTGATGCTACAACTAATAGTT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTTGTGGACTATTGAATCTAAATTGTGATGCTACAACTAATAGTT  149

seq1  GTTATAGTTCAGAGCTCTGCTGTCAGCCACTATAGCACTCCCATGTCATA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAGTTCAGAGCTCTGCTGTCAGCCACTATAGCACTCCCATGTCATA  199

seq1  ACCC-TTACATGCATAGTCACTACCACTCCGTTGTATGCCATAGGGAGCA  247
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTACATGCATAGTCACTACCACTCCGTTGTATGCCATAGGGAGCA  249

seq1  ACCTTGTGTGGTTATCAATCAGATAGGTTTGCTGATAATGAAAGAAGGTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTGTGGTTATCAATCAGATAGGTTTGCTGATAATGAAAGAAGGTA  299

seq1  GAATGCCCAACTCTTCATCCAGTTCCTTTGCTTCTTCCAGATTCAAGTGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCCAACTCTTCATCCAGTTCCTTTGCTTCTTCCAGATTCAAGTGA  349

seq1  GCCAGCATGCTTTCTATGAGCAACTACATTTCTGAGACTGCTTGACTGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCATGCTTTCTATGAGCAACTACATTTCTGAGACTGCTTGACTGAT  399

seq1  TCCTCACATGCAAAACGTATTCTAAGTTCTGCTGTTCATATTTGCTAACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCACATGCAAAACGTATTCTAAGTTCTGCTGTTCATATTTGCTAACT  449

seq1  AAATGTTTCTTCTAGTTCGTATGCTTCAACCCACTTAGGCAAAAAGAAAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTCTTCTAGTTCGTATGCTTCAACCCACTTAGGCAAAAAGAAAT  499

seq1  CATTAACTTCCAATTATACTTAATCTAGCCTTGAATAGTTTGTACACTAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAACTTCCAATTATACTTAATCTAGCCTTGAATAGTTTGTACACTAA  549

seq1  AGTGAGAAATTGATAGTATTAGGTAGAATTGCAATTTCAAGTAAAGTATG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAAATTGATAGTATTAGGTAGAATTGCAATTTCAAGTAAAGTATG  599

seq1  GACTACCTCAAAATTAATGCCCAGTCATTTAAGTAGTTCCATTTTTAGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACCTCAAAATTAATGCCCAGTCATTTAAGTAGTTCCATTTTTAGAG  649

seq1  CAGAAGAAAATGTCAGAAGGTAGAGGGATAGAAGTGGCATTAGTCACCTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAAAATGTCAGAAGGTAGAGGGATAGAAGTGGCATTAGTCACCTT  699

seq1  TACAATAGGACTGCTGTCTTATTTGGAAAGAGTTCTGCTGCATTGATAAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAGGACTGCTGTCTTATTTGGAAAGAGTTCTGCTGCATTGATAAC  749

seq1  TTGCTTGTTGCAGGACAATGGAGGAGTGTATTTTCTCTTATCCTTGCTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGTTGCAGGACAATGGAGGAGTGTATTTTCTCTTATCCTTGCTTA  799

seq1  CTGATTTATTTTGCTTGTTGCCATGGTGACAAATCCATAGTCTCAGTAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTATTTTGCTTGTTGCCATGGTGACAAATCCATAGTCTCAGTAGA  849

seq1  TCACAGTTTTGAACCCTGAGTCTTTTGACCCTCTAAACCCAGCAATAGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTTTTGAACCCTGAGTCTTTTGACCCTCTAAACCCAGCAATAGAG  899

seq1  AAGAGGGAGAAAAGAAAAGTCTAGAAATCCCCCTGCGTGGACCAATTTAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGAGAAAAGAAAAGTCTAGAAATCCCCCTGCGTGGACCAATTTAT  949

seq1  GGAAATTTGTGTTCTGCTGCTATGCTCTCAGTAGAAATATCTCCAGAATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTTGTGTTCTGCTGCTATGCTCTCAGTAGAAATATCTCCAGAATT  999

seq1  TTAAAGAGGAAAATACAAATAGGATGTAAGCCTTGAATTC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAGGAAAATACAAATAGGATGTAAGCCTTGAATTC  1039


seq1: chr14_102590208_102591314
seq2: B6Ng01-266I23.g_64_1174

seq1  GAATTCCTGACCCACAGAAGCAATGAATCAGCTAAGATAAGACACACATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACCCACAGAAGCAATGAATCAGCTAAGATAAGACACACATT  50

seq1  GTTTTAAGCCACTAAGTTTGTGTTGGCTCGTTACACAGAAACAGAAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAGCCACTAAGTTTGTGTTGGCTCGTTACACAGAAACAGAAAAGA  100

seq1  ACATTACATCATGTATCACTTTGAACTGCTTACTAAGGCTCTTGCTCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACATCATGTATCACTTTGAACTGCTTACTAAGGCTCTTGCTCCTC  150

seq1  TTCATCTCATATCTTTGAACATGCAGATCTTTCTGCCTGGACTGTTGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTCATATCTTTGAACATGCAGATCTTTCTGCCTGGACTGTTGGGT  200

seq1  CCAGTCTTCATCTATGCTTCCTAGGGTTTGTTTTTTGTTAACTTGAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTTCATCTATGCTTCCTAGGGTTTGTTTTTTGTTAACTTGAAACA  250

seq1  AGCAAGAGCTATATTGGAAGCATAGTCTTAATCAAGAAAATGCTCCCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGCTATATTGGAAGCATAGTCTTAATCAAGAAAATGCTCCCTGC  300

seq1  CCTCACAAGACTGACCTATGGGTGAGCTCATGCTGAATTTTCTTGGTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAAGACTGACCTATGGGTGAGCTCATGCTGAATTTTCTTGGTTGA  350

seq1  CTATTGATGTCAGAGGGCCCAGTTGACTGTGAGTGGTATCAGCCCTTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGATGTCAGAGGGCCCAGTTGACTGTGAGTGGTATCAGCCCTTGGC  400

seq1  TGGTGCTCCTGGGGGCTATAAGAAAGCAGGCTAAGAAAACCAATTTACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTCCTGGGGGCTATAAGAAAGCAGGCTAAGAAAACCAATTTACTG  450

seq1  TATTCTTCACATCTGTTTTTGCCTCCAGATTCCTGCCTCGAGTTCTTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTCACATCTGTTTTTGCCTCCAGATTCCTGCCTCGAGTTCTTGCC  500

seq1  CTGACTTTCATGCATGATAACTACAAGGTGAAAACTGAAATAAACCCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTTCATGCATGATAACTACAAGGTGAAAACTGAAATAAACCCCTT  550

seq1  CCTACCCAAATTGGTTTTGTACATGGTATTGTATTATGAGAATAGAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCCAAATTGGTTTTGTACATGGTATTGTATTATGAGAATAGAAACC  600

seq1  CTAACTAAGAGACCATCCTTTCTTTGGTTTGGTGTTTCACAATTTAAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTAAGAGACCATCCTTTCTTTGGTTTGGTGTTTCACAATTTAAGTG  650

seq1  ACTTTTTAATTGACTTTCCAGCAGTTTTTCTGTCTAGCTTTTCTCATGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTAATTGACTTTCCAGCAGTTTTTCTGTCTAGCTTTTCTCATGGT  700

seq1  GATGTCCCCCTGTCTCATTATGGGTTTGAAGAAAATATATTTCTTTCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCCCCCTGTCTCATTATGGGTTTGAAGAAAATATATTTCTTTCATG  750

seq1  ACATTCATATATTATAAGGTACTTATTAGTCTAATTATTTCTAAATAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCATATATTATAAGGTACTTATTAGTCTAATTATTTCTAAATAATC  800

seq1  AACTAGAATATACAATTGCTTGGAGCTAGAAAGTACATACCTGTATAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGAATATACAATTGCTTGGAGCTAGAAAGTACATACCTGTATAGTT  850

seq1  GTTAGTATATGTCAGCATCAGTCTGACATACAGTGTATTACCATGTACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTATATGTCAGCATCAGTCTGACATACAGTGTATTACCATGTACTG  900

seq1  GTAGGATGAATAAATAACCAACCAACCAAAGACCACAAGGAGTGTTTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATGAATAAATAACCAACCAACCAAAGACCACAAGGAGTGTTTACA  950

seq1  GAAATGGTAATGAGTTTTAGTTTAAGCTGGAGATACACAGGCTTCAGTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAATGGTAATGAGTTTTAGTTTAAGCTGGAGATACACAGGCTTCAGTG-  999

seq1  ATTTTCCAGGACTCTCAC-TCTGGTTCATAAAGTTGATACTTAT--ATAT  1047
      ||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  ATTTTC--AGACTCTCACTTCTGGTTCATAAAGTTGATACTTATTATTAT  1047

seq1  GGGGAGACACA-GTTAAG-ATATATTATTTTGGGAGCAGAATC-AATGGG  1094
      ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGGGAGACACAGGTTAAGAATATATTATTTTGGGAGCAGAATCAAATGGG  1097

seq1  C-ATGTTTGCATAG  1107
      | ||||||||||||
seq2  CAATGTTTGCATAG  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |