BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271J20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 101,703,558 - 101,833,501
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382936
Upstream geneLOC100043413, EG668683, EG668684, 1700110M21Rik, LOC100043421
Downstream geneTbc1d4, Commd6, Uchl3, Lmo7, LOC100043795, LOC545567
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271J20.bB6Ng01-271J20.g
ACCGA073648GA073649
length1,172716
definitionB6Ng01-271J20.b B6Ng01-271J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,703,558 - 101,704,749)(101,833,215 - 101,833,501)
sequence
gaattctcagtccttcccatgtttaatcaatgtttgtctcagtagaagct
ttgtaaaaatgcctctgctagccgttatttttcttaagcagctggtaaaa
taaagcgccattattactgaggggacatgtaggtttctggaactagcttg
catgttactttacatttctatcccatcaaaggcatcatttcttgcatcca
ttttctttccagagtcaggatgcctttagtcattcaggcccagattcaca
ccagcttcaatttgaggcttccactctagcaactcgaatctccaagctgc
agctttccagacagccctacgaaatgcttcaacttccattctgggctcat
ggccaagtccccatatttcatgaccttgccccttcaaccttgaacatctg
ctcctgctttagagttgtttctaatgggcagattgctcaaatcctgccaa
tcaggaacaactcttcctttgtcttcccaagctgtctcctgcaaaggaaa
ggctccacaccactctggagcttcctaccttggcatcattatccagggct
tcatttggctgctcggagcctatcacaattgtcctctcaaatccgctcag
atatcttatttgggcatgttgcttttccaaggaaacactaatggaaaaaa
atggaattagatgaaattgaaacatactacaattctttgggtcaccaaca
aatgaaaatgacctcagtatcgtatgtgaggtcataaagagaataatatg
caaaagagttggagccatttcatatgccctgtatacagcctgatgagcat
tcttccagctaaaatgaaaagtacatgttgtggtgatcccaccattctct
gtgcatggcaggacagagagcaagggtctcagaggtcctcctgtaaggat
ccacacacttgatatgttcagaaaaggaaaatatccactaggaaagagct
tgtaaaatctgtaagtaaacttacagttaaagagcatatggatacaagat
tgatttttaggtggtgctgtcatgagaatctatgaataaaaatacatccc
aagatgtaagtgtggactacagcccatggtgctgctctgatttatctgtc
tctataaattcttagagaagatcatgactgtcaaccatgccagactcttc
gtaatttcgagtttcccctata

gaattcttcatggtgggtctgaagaacctcagtctcttcagtgccctttc
tatgcttgggcagtacactagttactttttctattgcatgtgcaaatccc
agacaacaggtaacttaaaggagaaaggatttattttgggtcatagtttg
ttgcagaaattgcctgcctgggcagagaaggcgtgcaagtgggtggaccc
atgggcgctggagtgaaaggcagtaggcaagtgaagcgggacacagagac
ataatagaccctataatctaaccaccataatagaccatagtgtaccctct
gcccccaggggcctagaccactttctttaggtgaggtccatgtcctaaag
gctccatgccctccacaaacagagtcactagctgggcaccaagtgcttaa
agaaacacaaaaccctgttgggagcattgtacacataaatcatataagag
gaagggagtcctggattaatctacatcatatcatctctaaaggtttttat
tttaaatcttatgcacatgtgtgtgtgtgtttgtgtgcatgtggctgtgt
atatgactgtgtgtatgtgcttgtggctgtgtgtgactcagtgtgtgtga
ctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgtgtggctgtgtatatgact
gtgtgtatgtgcttgtggctgtgtgtgactcagtgtgtgtgactctgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_101703558_101704749
seq2: B6Ng01-271J20.b_46_1217

seq1  GAATTCTCAGTCCTTCCCATGTTTAATCAATGTTTGTCTCAGTAGAAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGTCCTTCCCATGTTTAATCAATGTTTGTCTCAGTAGAAGCT  50

seq1  TTGTAAAAATGCCTCTGCTAGCCGTTATTTTTCTTAAGCAGCTGGTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAAATGCCTCTGCTAGCCGTTATTTTTCTTAAGCAGCTGGTAAAA  100

seq1  TAAAGCGCCATTATTACTGAGGGGACATGTAGGTTTCTGGAACTAGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCGCCATTATTACTGAGGGGACATGTAGGTTTCTGGAACTAGCTTG  150

seq1  CATGTTACTTTACATTTCTATCCCATCAAAGGCATCATTTCTTGCATCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTACTTTACATTTCTATCCCATCAAAGGCATCATTTCTTGCATCCA  200

seq1  TTTTCTTTCCAGAGTCAGGATGCCTTTAGTCATTCAGGCCCAGATTCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCCAGAGTCAGGATGCCTTTAGTCATTCAGGCCCAGATTCACA  250

seq1  CCAGCTTCAATTTGAGGCTTCCACTCTAGCAACTCGAATCTCCAAGCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTCAATTTGAGGCTTCCACTCTAGCAACTCGAATCTCCAAGCTGC  300

seq1  AGCTTTCCAGACAGCCCTACGAAATGCTTCAACTTCCATTCTGGGCTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCCAGACAGCCCTACGAAATGCTTCAACTTCCATTCTGGGCTCAT  350

seq1  GGCCAAGTCCCCATATTTCATGACCTTGCCCCTTCAACCTTGAACATCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGTCCCCATATTTCATGACCTTGCCCCTTCAACCTTGAACATCTG  400

seq1  CTCCTGCTTTAGAGTTGTTTCTAATGGGCAGATTGCTCAAATCCTGCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTTTAGAGTTGTTTCTAATGGGCAGATTGCTCAAATCCTGCCAA  450

seq1  TCAGGAACAACTCTTCCTTTGTCTTCCCAAGCTGTCTCCTGCAAAGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAACAACTCTTCCTTTGTCTTCCCAAGCTGTCTCCTGCAAAGGAAA  500

seq1  GGCTCCACACCACTCTGGAGCTTCCTACCTTGGCATCATTATCCAGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCACACCACTCTGGAGCTTCCTACCTTGGCATCATTATCCAGGGCT  550

seq1  TCATTTGGCTGCTCGGAGCCTATCACAATTGTCCTCTCAAATCCGCTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGGCTGCTCGGAGCCTATCACAATTGTCCTCTCAAATCCGCTCAG  600

seq1  ATATCTTATTTGGGCATGTTGCTTTTCCAAGGAAACACTAATGGAAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTATTTGGGCATGTTGCTTTTCCAAGGAAACACTAATGGAAAAAA  650

seq1  ATGGAATTAGATGAAATTGAAACATACTACAATTCTTTGGGTCACCAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATTAGATGAAATTGAAACATACTACAATTCTTTGGGTCACCAACA  700

seq1  AATGAAAATGACCTCAGTATCGTATGTGAGGTCATAAAGAGAATAATATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAATGACCTCAGTATCGTATGTGAGGTCATAAAGAGAATAATATG  750

seq1  CAAAAGAGTTGGAGCCATTTCATATGCCCTGTATACAGCCTGATGAGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAGTTGGAGCCATTTCATATGCCCTGTATACAGCCTGATGAGCAT  800

seq1  TCTTCCAGCTAAAATGAAAAGTACATGTTGTGGTGATCCCACCATTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGCTAAAATGAAAAGTACATGTTGTGGTGATCCCACCATTCTCT  850

seq1  GTGCATGGCAGGACAGAGAGCAAGGGTCTCAGAGGTCCTCCTGTAAGGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGCAGGACAGAGAGCAAGGGTCTCAGAGGTCCTCCTGTAAGGAT  900

seq1  CCACACACTTGATATGTTCAGAAAAGGAAAATATCCACTAGGAAAGAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCACACACTTGATATGTTCAGAAAAGGAAAATATCCACTAGGAAAGAGC-  949

seq1  TTGTAAAATCTGTAAGTAAACTTACAGTTAAAGAGCATATGGATACAAAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGTAAAATCTGTAAGTAAACTTACAGTTAAAGAGCATATGGATAC-AAG  998

seq1  ATTTGATTTTTAGGTGGTGCTGTTCATTGAGAATCTATGAATAAAAATAC  1050
      | |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTGATTTTTAGGTGGTGCTG-TCA-TGAGAATCTATGAATAAAAATAC  1045

seq1  ATCCCAAAGATGTAAGTGTGGACTACAGCCCATGGTGCTTGCTCTTGGAT  1100
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||
seq2  ATCCC-AAGATGTAAGTGTGGACTACAGCCCATGGTGC-TGCTCT--GAT  1091

seq1  TTAATCTTGTCTCTGTTTATTTTCCTAGAG-AGATTCCTTGACTGTCAAC  1149
      || ||| ||||||  | ||  ||| ||||| ||||  | |||||||||||
seq2  TT-ATC-TGTCTC--TATAAATTCTTAGAGAAGAT--CATGACTGTCAAC  1135

seq1  CATGCCCAGACTCTTCTTTATTTTTTCTGATGTTTCCCCTATA  1192
      |||| ||||||||||| | ||||     || ||||||||||||
seq2  CATG-CCAGACTCTTCGTAATTT----CGA-GTTTCCCCTATA  1172


seq1: chr14_101833215_101833501
seq2: B6Ng01-271J20.g_494_780 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACAGAGTCACACACACTGAGTCACACACAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACAGAGTCACACACACTGAGTCACACACAGCC  50

seq1  ACAAGCACATACACACAGTCATATACACAGCCACACGCGCACACACACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCACATACACACAGTCATATACACAGCCACACGCGCACACACACAC  100

seq1  ACACACACACACAGAGTCACACACACTGAGTCACACACAGCCACAAGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACAGAGTCACACACACTGAGTCACACACAGCCACAAGCAC  150

seq1  ATACACACAGTCATATACACAGCCACATGCACACAAACACACACACACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACAGTCATATACACAGCCACATGCACACAAACACACACACACAT  200

seq1  GTGCATAAGATTTAAAATAAAAACCTTTAGAGATGATATGATGTAGATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATAAGATTTAAAATAAAAACCTTTAGAGATGATATGATGTAGATTA  250

seq1  ATCCAGGACTCCCTTCCTCTTATATGATTTATGTGTA  287
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGACTCCCTTCCTCTTATATGATTTATGTGTA  287


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |