BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275F10
Chromosome14 (Build37)
Map Location 102,983,166 - 103,130,073
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTbc1d4, Commd6, Uchl3, Lmo7, LOC100043795, LOC545567, LOC669278
Downstream geneKctd12, LOC668699, Irg1, Cln5, Fbxl3, LOC100043441, Phr1, LOC100043797, Scel, LOC100043448, Slain1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275F10.bB6Ng01-275F10.g
ACCGA076407GA076408
length1,064601
definitionB6Ng01-275F10.b B6Ng01-275F10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,129,000 - 103,130,073)(102,983,166 - 102,983,765)
sequence
gaattcatcatgacatatggtgagaggtaagggaggcagcttgtttccgt
gcagagggagccaataatgccaggaccacttaataatataccaaccattt
cccgcctaattgaaatgccacttctgtgggtttatttctgggctcaatct
tgttccatagacctatttgaatattttcataatggtgccagagtgttttc
attccagtagttttgtagtgaatttaaacatctggtaaggtatatattct
ttttaccaccctcctttcataactaacttttctaacaaagacacactata
aaatctaataagtcttaagtaattttatgcattccttctcaaaaaagagc
cacattgaaattgtgctagattaagattagattattgatggaagtatttt
gaccagaatctccatattatataagcatgtattagacgtttgcgccttca
ctagaactcattagaatattttgtaacctttcttaagtggacttccttat
cttttccaattagttttaattagttttatttttaatattaaggacactac
ccaatcaagttatagtcaggttagtgaattatcaaaatggtattactagt
cttttaaatttctatcattctggggtttttatagacattgatatgtgatc
atagctgacattttcttgatttactattcattcagacagttttcataact
ttattggcaatttggttcctgatatgacttttgaaatatatagtattatc
tctttaatattgatgtttggtgtctttagtccatacataggattttggtg
ggttataaaaaccacagatattttatacaatatctgaaacttgcttaaag
aaactgagaacttgggctggtgagatggctcagtgggcaagagcacccga
ctgctcttccgaaggtccgaagttcaaatcccagcaaccacatggtggct
cacaaccacccgtaatgagatctgatgcctctctggtgcgtctgagacag
ctacagtgtacttacatatataaataaataataaataataataaataatt
aaatcagactgaga

gaattcccaactggaggatccatcccacatgcagttaccaaaccccattg
tggaagccaagaagtgcatgctgacaggagcctgatatatctgtctcctg
agaggctctgccagagcctgacaaatacagagacagatgctcccagccaa
ccattggactgagcatggggtccccaatggagaagctagagaaaggaccc
aaggagcaaaaggggtttgcagccccataggaggaacaacaatatcaacc
aaccagacccaccctgtgctcccaggcactaaaccaccaaccaaagagta
cacattgaggggcccatggttccagtcacatatgtagcagaggatgacct
tgttggtcatcaatgagaggagaggcccttggtccttcataagagcaggt
ggagaggggatggaatagggggatttcagaggggaaaccaggagagggaa
taacacttaaaatgtaaataaagaaaatatccaattaaaaaaaaaaagaa
tagcatttgggagatgcaatgtaacattcaaaacacatagtgacattaat
cattcattacagccatctatgatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_103129000_103130073
seq2: B6Ng01-275F10.b_44_1107 (reverse)

seq1  TCTCAGTTTCTTGATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTA  50
      |||||||    ||||||| |||||||||   ||||||| |||||||||||
seq2  TCTCAGT---CTGATTTAATTATTTATT--ATTATTTA-TTATTTATTTA  44

seq1  TTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACGCACCAGAAGAGGGCAT  100
       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||
seq2  -TATATGTAAGTACACTGTAGCTGTC-TCAGACGCACCAG-AGA-GGCAT  90

seq1  CAGATCTCATTACGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTCATTACGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTG  140

seq1  AACTTCGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTGCCCACTGAGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTGCCCACTGAGCCAT  190

seq1  CTCACCAGCCCAAGTTCTCAGTTTCTTTAAGCAAGTTTCAGATATTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAGCCCAAGTTCTCAGTTTCTTTAAGCAAGTTTCAGATATTGTAT  240

seq1  AAAATATCTGTGGTTTTTATAACCCACCAAAATCCTATGTATGGACTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCTGTGGTTTTTATAACCCACCAAAATCCTATGTATGGACTAAA  290

seq1  GACACCAAACATCAATATTAAAGAGATAATACTATATATTTCAAAAGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCAAACATCAATATTAAAGAGATAATACTATATATTTCAAAAGTCA  340

seq1  TATCAGGAACCAAATTGCCAATAAAGTTATGAAAACTGTCTGAATGAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGAACCAAATTGCCAATAAAGTTATGAAAACTGTCTGAATGAATA  390

seq1  GTAAATCAAGAAAATGTCAGCTATGATCACATATCAATGTCTATAAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATCAAGAAAATGTCAGCTATGATCACATATCAATGTCTATAAAAAC  440

seq1  CCCAGAATGATAGAAATTTAAAAGACTAGTAATACCATTTTGATAATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAATGATAGAAATTTAAAAGACTAGTAATACCATTTTGATAATTCA  490

seq1  CTAACCTGACTATAACTTGATTGGGTAGTGTCCTTAATATTAAAAATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCTGACTATAACTTGATTGGGTAGTGTCCTTAATATTAAAAATAAA  540

seq1  ACTAATTAAAACTAATTGGAAAAGATAAGGAAGTCCACTTAAGAAAGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTAAAACTAATTGGAAAAGATAAGGAAGTCCACTTAAGAAAGGTT  590

seq1  ACAAAATATTCTAATGAGTTCTAGTGAAGGCGCAAACGTCTAATACATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATATTCTAATGAGTTCTAGTGAAGGCGCAAACGTCTAATACATGC  640

seq1  TTATATAATATGGAGATTCTGGTCAAAATACTTCCATCAATAATCTAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAATATGGAGATTCTGGTCAAAATACTTCCATCAATAATCTAATC  690

seq1  TTAATCTAGCACAATTTCAATGTGGCTCTTTTTTGAGAAGGAATGCATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTAGCACAATTTCAATGTGGCTCTTTTTTGAGAAGGAATGCATAA  740

seq1  AATTACTTAAGACTTATTAGATTTTATAGTGTGTCTTTGTTAGAAAAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTTAAGACTTATTAGATTTTATAGTGTGTCTTTGTTAGAAAAGTT  790

seq1  AGTTATGAAAGGAGGGTGGTAAAAAGAATATATACCTTACCAGATGTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGAAAGGAGGGTGGTAAAAAGAATATATACCTTACCAGATGTTTA  840

seq1  AATTCACTACAAAACTACTGGAATGAAAACACTCTGGCACCATTATGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACTACAAAACTACTGGAATGAAAACACTCTGGCACCATTATGAAA  890

seq1  ATATTCAAATAGGTCTATGGAACAAGATTGAGCCCAGAAATAAACCCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCAAATAGGTCTATGGAACAAGATTGAGCCCAGAAATAAACCCACA  940

seq1  GAAGTGGCATTTCAATTAGGCGGGAAATGGTTGGTATATTATTAAGTGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGCATTTCAATTAGGCGGGAAATGGTTGGTATATTATTAAGTGGT  990

seq1  CCTGGCATTATTGGCTCCCTCTGCACGGAAACAAGCTGCCTCCCTTACCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCATTATTGGCTCCCTCTGCACGGAAACAAGCTGCCTCCCTTACCT  1040

seq1  CTCACCATATGTCATGATGAATTC  1074
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCATATGTCATGATGAATTC  1064


seq1: chr14_102983166_102983765
seq2: B6Ng01-275F10.g_68_667

seq1  AATTCCCAACTGGAGGATCCATCCCACATGCAGTTACCAAACCCCATTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCAACTGGAGGATCCATCCCACATGCAGTTACCAAACCCCATTGT  50

seq1  GGAAGCCAAGAAGTGCATGCTGACAGGAGCCTGATATATCTGTCTCCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCAAGAAGTGCATGCTGACAGGAGCCTGATATATCTGTCTCCTGA  100

seq1  GAGGCTCTGCCAGAGCCTGACAAATACAGAGACAGATGCTCCCAGCCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCTGCCAGAGCCTGACAAATACAGAGACAGATGCTCCCAGCCAAC  150

seq1  CATTGGACTGAGCATGGGGTCCCCAATGGAGAAGCTAGAGAAAGGACCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGACTGAGCATGGGGTCCCCAATGGAGAAGCTAGAGAAAGGACCCA  200

seq1  AGGAGCAAAAGGGGTTTGCAGCCCCATAGGAGGAACAACAATATCAACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAAAAGGGGTTTGCAGCCCCATAGGAGGAACAACAATATCAACCA  250

seq1  ACCAGACCCACCCTGTGCTCCCAGGCACTAAACCACCAACCAAAGAGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGACCCACCCTGTGCTCCCAGGCACTAAACCACCAACCAAAGAGTAC  300

seq1  ACATTGAGGGGCCCATGGTTCCAGTCACATATGTAGCAGAGGATGACCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAGGGGCCCATGGTTCCAGTCACATATGTAGCAGAGGATGACCTT  350

seq1  GTTGGTCATCAATGAGAGGAGAGGCCCTTGGTCCTTCATAAGAGCAGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCATCAATGAGAGGAGAGGCCCTTGGTCCTTCATAAGAGCAGGTG  400

seq1  GAGAGGGGATGGAATAGGGGGATTTCAGAGGGGAAACCAGGAGAGGGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGGATGGAATAGGGGGATTTCAGAGGGGAAACCAGGAGAGGGAAT  450

seq1  AACACTTAAAATGTAAATAAAGAAAATATCCAATTAAAAAAAAAAAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTAAAATGTAAATAAAGAAAATATCCAATTAAAAAAAAAAAGAAT  500

seq1  AGCATTTGGGAGATGCAATGTAACATTCAAAACACATAGTGACATTAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTGGGAGATGCAATGTAACATTCAAAACACATAGTGACATTAATC  550

seq1  ATTCATTACAGCCATCTATGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTACAGCCATCTATGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  600


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |