BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281B11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 28,769,631 - 28,855,926
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErc2
Upstream geneAppl1, Hesx1, Il17rd, LOC665333, Arhgef3, LOC100040147, Ccdc66, LOC665370
Downstream geneLOC100040206, Wnt5a, LOC100040218, Cacna2d3, Lrtm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281B11.bB6Ng01-281B11.g
ACCGA080656GA080657
length1,1591,188
definitionB6Ng01-281B11.b B6Ng01-281B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,854,755 - 28,855,926)(28,769,631 - 28,770,813)
sequence
gaattccagttttgattcttctgagctctataatctttaggaagtcacta
aatgtgtataattcatgcttcttcatacattacaggggggggcttctttg
ggtaagattaagtcaatgcaagtctccaggtcaagtgctcaacatggtat
ctggcactcagtgatgataaaatacaaagactttattcttcttattataa
ttggtattactagtaatgatggtgttgttgtctatgacatcatccactaa
gataactgcttctcaaagaggtagactagaagttcatagacctgccgaac
aactgctcatctctgaccataggacggtcattgggaatgaatgaatgaat
gaatgaatgatcacaaaaggtgattaaacttttcaatgtttagttttgaa
gcaatgagacagagtcttaagttctttgtgatcctatactagcatttttt
cttcttcctcagaaaaactgattctaaaatataactccaaaaaggccata
tagatagctacatctaaacttgaccatggccctgtaattttaagaaccag
cactctggtagacctttcctacactttaaattttaaagctcttggagatc
attttttaagttctattatgccttaaatttttcttttgcatatatttgtt
tgtatgtatgcaggaagaggcatacatgtgcctgtgtctgaagatcagag
ggcaaggctccctcttttcattatgtgggtcctagaaatccaactcatgc
ttgatggctggtacctttacctattaagccatcttgtcagcctaccctta
aagatttgaatttgcatagttacctcaataaaaaagaagctgccttatgt
gctaaaattagttacactgaatcaaacttattcacagtgttaacaaaaaa
ggctataattattaaaataactattcataaatttggtgttcaaatgatta
aatacaatattgaaaacattgctgaatttcactgtgataatctgcctacc
caatgcaggcagtatactgaggactgatttgttttgacatttcgtctcat
aaagagtagtgtcttacttatatgaaactgggtagaacacaaaaacagag
ttatattttataggttgctaagaatcagcttacaggatcacggcccggtc
ttggcacat

gaattctgcactggcaataccaaacactcacatcccagcactgtcatctt
cactacagtaggtgacatgaaggactcaggtataattttttttgacaggt
aggtaagacaaatacatctttatcatatgagagtataacttgtgctatta
ataagttagtggttgtaaattttgtaagcatagcctgtgggtataaaaat
accaaatatcctcaaattctagatatataaatattacttaagagaataga
ttatgagagaaaggaatactgtgcattacaaagcactctgctgtaatagc
caccgctgtatctctttgtgctgctttcaggctttaaaatatggtgcagg
attttccacttatctcatgtgtaagcctctgatgtagctgaaggctacac
atgggttagggattatatgtcctcctccttccatgggcactggtgctgac
tgcagtggccaggaggaagatacatatctcactgacattacccagctggc
cggaaaggcctaactgagatgactcagtctcttgtcatctgtgaccctga
gaggcattacaacaaaaggctgaatgcagggagctcttgggagaaagggg
cgtctgttggtttctgctggagcagtgttgctttgctgaacttggtctca
gtggtttcatttaaatggtgtgagtctgtaaacatgcagaagttgcctaa
tcagttttctagagaagccttcccacaatctttagcctgctcctccttga
cacacagttttacctcaggttaggttctttacaccaatagtgggtcatag
agtccttcgacttctgggtgtttcagccagcatgtactatcagtgtccaa
ttctaatttctttaaaaagaaacaaacaacctcccaaaaactttgaattg
attctttgtgagtttcacaacatgcaccccaatccactcatctcccagtc
acttcatatctattctttgttccgcaactttaccctcaaattcacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacaaagcatagaaagca
tcttattgtggaagctgtaaatatgtacagtgtgttcccacagcatatat
tcttcttgtcatacgtctttcacgtggcatgttccatgcatggattcatt
gctagtttccaggtctcttgggcttattgttaatacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_28854755_28855926
seq2: B6Ng01-281B11.b_44_1202 (reverse)

seq1  ATGTGCCAGCACCGTGGCCGTGAATCTTGTTAAAGCTGAATCTCTAACAA  50
      ||||||||  |||| ||||||| ||| |||  ||||||| ||| || |||
seq2  ATGTGCCAAGACCG-GGCCGTG-ATCCTGT--AAGCTGATTCT-TAGCAA  45

seq1  CCTATTAAAATAT-ACTCTG-TTTTGTG-TCTACCCAGTTTTCATATAAG  97
      |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| 
seq2  CCTA-TAAAATATAACTCTGTTTTTGTGTTCTACCCAG-TTTCATATAA-  92

seq1  GTAGGACACTAACCTCTTTATGAAGAACGGAATGTCAAAACAAATCAGTC  147
      ||| |||||||  ||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGACACTA--CTCTTTATGA--GACGAAATGTCAAAACAAATCAGTC  138

seq1  CTCAGTATTAACTGCCTGCATTGGGTAGGCAGATTATTCACAGTGAAATT  197
      ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  CTCAGTAT--ACTGCCTGCATTGGGTAGGCAGATTA-TCACAGTGAAA-T  184

seq1  TCAGCAATGTTTTCAATATTGTATTTAATCATTTGAACACCAAATTTATG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAATGTTTTCAATATTGTATTTAATCATTTGAACACCAAATTTATG  234

seq1  AATAGTTATTTTAATAATTATAGCCTTTTTTGTTAACACTGTGAATAAGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTATTTTAATAATTATAGCCTTTTTTGTTAACACTGTGAATAAGT  284

seq1  TTGATTCAGTGTAACTAATTTTAGCACATAAGGCAGCTTCTTTTTTATTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCAGTGTAACTAATTTTAGCACATAAGGCAGCTTCTTTTTTATTG  334

seq1  AGGTAACTATGCAAATTCAAATCTTTAAGGGTAGGCTGACAAGATGGCTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACTATGCAAATTCAAATCTTTAAGGGTAGGCTGACAAGATGGCTT  384

seq1  AATAGGTAAAGGTACCAGCCATCAAGCATGAGTTGGATTTCTAGGACCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGTAAAGGTACCAGCCATCAAGCATGAGTTGGATTTCTAGGACCCA  434

seq1  CATAATGAAAAGAGGGAGCCTTGCCCTCTGATCTTCAGACACAGGCACAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGAAAAGAGGGAGCCTTGCCCTCTGATCTTCAGACACAGGCACAT  484

seq1  GTATGCCTCTTCCTGCATACATACAAACAAATATATGCAAAAGAAAAATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCCTCTTCCTGCATACATACAAACAAATATATGCAAAAGAAAAATT  534

seq1  TAAGGCATAATAGAACTTAAAAAATGATCTCCAAGAGCTTTAAAATTTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCATAATAGAACTTAAAAAATGATCTCCAAGAGCTTTAAAATTTAA  584

seq1  AGTGTAGGAAAGGTCTACCAGAGTGCTGGTTCTTAAAATTACAGGGCCAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGGAAAGGTCTACCAGAGTGCTGGTTCTTAAAATTACAGGGCCAT  634

seq1  GGTCAAGTTTAGATGTAGCTATCTATATGGCCTTTTTGGAGTTATATTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGTTTAGATGTAGCTATCTATATGGCCTTTTTGGAGTTATATTTT  684

seq1  AGAATCAGTTTTTCTGAGGAAGAAGAAAAAATGCTAGTATAGGATCACAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCAGTTTTTCTGAGGAAGAAGAAAAAATGCTAGTATAGGATCACAA  734

seq1  AGAACTTAAGACTCTGTCTCATTGCTTCAAAACTAAACATTGAAAAGTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTAAGACTCTGTCTCATTGCTTCAAAACTAAACATTGAAAAGTTT  784

seq1  AATCACCTTTTGTGATCATTCATTCATTCATTCATTCATTCCCAATGACC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCTTTTGTGATCATTCATTCATTCATTCATTCATTCCCAATGACC  834

seq1  GTCCTATGGTCAGAGATGAGCAGTTGTTCGGCAGGTCTATGAACTTCTAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTATGGTCAGAGATGAGCAGTTGTTCGGCAGGTCTATGAACTTCTAG  884

seq1  TCTACCTCTTTGAGAAGCAGTTATCTTAGTGGATGATGTCATAGACAACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTCTTTGAGAAGCAGTTATCTTAGTGGATGATGTCATAGACAACA  934

seq1  ACACCATCATTACTAGTAATACCAATTATAATAAGAAGAATAAAGTCTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATCATTACTAGTAATACCAATTATAATAAGAAGAATAAAGTCTTT  984

seq1  GTATTTTATCATCACTGAGTGCCAGATACCATGTTGAGCACTTGACCTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTATCATCACTGAGTGCCAGATACCATGTTGAGCACTTGACCTGG  1034

seq1  AGACTTGCATTGACTTAATCTTACCCAAAGAAGCCCCCCCCTGTAATGTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGCATTGACTTAATCTTACCCAAAGAAGCCCCCCCCTGTAATGTA  1084

seq1  TGAAGAAGCATGAATTATACACATTTAGTGACTTCCTAAAGATTATAGAG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAGCATGAATTATACACATTTAGTGACTTCCTAAAGATTATAGAG  1134

seq1  CTCAGAAGAATCAAAACTGGAATTC  1172
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAGAATCAAAACTGGAATTC  1159


seq1: chr14_28769631_28770813
seq2: B6Ng01-281B11.g_64_1251

seq1  GAATTCTGCACTGGCAATACCAAACACTCACATCCCAGCACTGTCATCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCACTGGCAATACCAAACACTCACATCCCAGCACTGTCATCTT  50

seq1  CACTACAGTAGGTGACATGAAGGACTCAGGTATAATTTTTTTTGACAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACAGTAGGTGACATGAAGGACTCAGGTATAATTTTTTTTGACAGGT  100

seq1  AGGTAAGACAAATACATCTTTATCATATGAGAGTATAACTTGTGCTATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAGACAAATACATCTTTATCATATGAGAGTATAACTTGTGCTATTA  150

seq1  ATAAGTTAGTGGTTGTAAATTTTGTAAGCATAGCCTGTGGGTATAAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTAGTGGTTGTAAATTTTGTAAGCATAGCCTGTGGGTATAAAAAT  200

seq1  ACCAAATATCCTCAAATTCTAGATATATAAATATTACTTAAGAGAATAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAATATCCTCAAATTCTAGATATATAAATATTACTTAAGAGAATAGA  250

seq1  TTATGAGAGAAAGGAATACTGTGCATTACAAAGCACTCTGCTGTAATAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGAGAAAGGAATACTGTGCATTACAAAGCACTCTGCTGTAATAGC  300

seq1  CACCGCTGTATCTCTTTGTGCTGCTTTCAGGCTTTAAAATATGGTGCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCTGTATCTCTTTGTGCTGCTTTCAGGCTTTAAAATATGGTGCAGG  350

seq1  ATTTTCCACTTATCTCATGTGTAAGCCTCTGATGTAGCTGAAGGCTACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCACTTATCTCATGTGTAAGCCTCTGATGTAGCTGAAGGCTACAC  400

seq1  ATGGGTTAGGGATTATATGTCCTCCTCCTTCCATGGGCACTGGTGCTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTAGGGATTATATGTCCTCCTCCTTCCATGGGCACTGGTGCTGAC  450

seq1  TGCAGTGGCCAGGAGGAAGATACATATCTCACTGACATTACCCAGCTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGGCCAGGAGGAAGATACATATCTCACTGACATTACCCAGCTGGC  500

seq1  CGGAAAGGCCTAACTGAGATGACTCAGTCTCTTGTCATCTGTGACCCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAAAGGCCTAACTGAGATGACTCAGTCTCTTGTCATCTGTGACCCTGA  550

seq1  GAGGCATTACAACAAAAGGCTGAATGCAGGGAGCTCTTGGGAGAAAGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATTACAACAAAAGGCTGAATGCAGGGAGCTCTTGGGAGAAAGGGG  600

seq1  CGTCTGTTGGTTTCTGCTGGAGCAGTGTTGCTTTGCTGAACTTGGTCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTGTTGGTTTCTGCTGGAGCAGTGTTGCTTTGCTGAACTTGGTCTCA  650

seq1  GTGGTTTCATTTAAATGGTGTGAGTCTGTAAACATGCAGAAGTTGCCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTCATTTAAATGGTGTGAGTCTGTAAACATGCAGAAGTTGCCTAA  700

seq1  TCAGTTTTCTAGAGAAGCCTTCCCACAATCTTTAGCCTGCTCCTCCTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTCTAGAGAAGCCTTCCCACAATCTTTAGCCTGCTCCTCCTTGA  750

seq1  CACACAGTTTTACCTCAGGTTAGGTTCTTTACACCAATAGTGGGTCATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGTTTTACCTCAGGTTAGGTTCTTTACACCAATAGTGGGTCATAG  800

seq1  AGTCCTTCGACTTCTGGGTGTTTCAGCCAGCATGTACTATCAGTGTCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTCGACTTCTGGGTGTTTCAGCCAGCATGTACTATCAGTGTCCAA  850

seq1  TTCTAATTTCTTTAAAAAGAAACAAACAACCTCCCAAAAACTTTGAATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATTTCTTTAAAAAGAAACAAACAACCTCCCAAAAACTTTGAATTG  900

seq1  ATTCTTTGTGAGTTTCACAACATGCACCCCAATCCCACTCATCTCCCAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTGTGAGTTTCACAACATGCACCCCAAT-CCACTCATCTCCCAGT  949

seq1  CACTTCATATCTATTCTTTGTTCCCGCAACTTTACCCTCAAATTCACACA  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCATATCTATTCTTTGTT-CCGCAACTTTACCCTCAAATTCACACA  998

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAAGCATAGAAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAAGCATAGAAAG  1048

seq1  CATCTTATTGTGGAAGCTGT-AATATGTTACAGTGTG-TCCCACAGCATA  1098
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  CATCTTATTGTGGAAGCTGTAAATATG-TACAGTGTGTTCCCACAGCATA  1097

seq1  TAT--CTCTGTCCATACGTC-TTCACTTGCAATGTTCATTGCAATGATTT  1145
      |||   |||   |||||||| ||||| ||  ||||||  ||||  |||| 
seq2  TATTCTTCTTGTCATACGTCTTTCACGTGGCATGTTCCATGCATGGATTC  1147

seq1  AATGGTCTAG-TTCCAGGTCTCT--GGCTT-TTG-TAATACCA  1183
      | ||  |||| ||||||||||||  ||||| ||| ||||||||
seq2  ATTG--CTAGTTTCCAGGTCTCTTGGGCTTATTGTTAATACCA  1188


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |